Eksperimental omil ontologiyasi - Experimental factor ontology

Eksperimental omil ontologiyasi
Ontlogy.gif eksperimental omil logotipi
Tarkib
TavsifBiomedikal ontologiya
Ma'lumot turlari
qo'lga olindi		Eksperimental va namunaviy o'zgaruvchilar
OrganizmlarBir nechta
Aloqa
Ilmiy-tadqiqot markaziEvropa molekulyar biologiya laboratoriyasi
LaboratoriyaEvropa bioinformatika instituti
Birlamchi iqtibos[1]
Kirish
Veb-saytEFO
URLni yuklab olishOntologiyani yuklab oling
Sparql so'nggi nuqtaEBI RDF platformasi
Asboblar
Internethttp://www.ebi.ac.uk/efo
Turli xil
Ma'lumotlarni chiqarish
chastota		oylik
Kuratsiya siyosatiQo'l bilan davolash, matn qazib olish

Eksperimental omil ontologiyasi, shuningdek, nomi bilan tanilgan EFO, bu ochiq kirish ontologiya ning eksperimental o'zgaruvchilar ayniqsa ishlatilganlar molekulyar biologiya.[1] Ontologiya kasallik tomonlarini o'z ichiga olgan o'zgaruvchini qamrab oladi, anatomiya, hujayra turi, hujayra chiziqlari, kimyoviy birikmalar va tahlil qilish ma `lumot. EFO ishlab chiqilgan va saqlanib kelinmoqda EMBL-EBI kuratsiya, so'rovlar va ma'lumotlarni birlashtirish maqsadlari uchun o'zaro faoliyat resurs sifatida[2] kabi manbalarda Ansambl,[3] ChEMBL va ifoda atlasi.[4]

Kapsam va kirish

EFO-ning asl maqsadi EBI ning Expression Atlas resursidagi eksperimental o'zgaruvchilarni tavsiflash edi.[1][4] Bu asosan kasallik, anatomik mintaqalar va hujayralar turlaridan iborat edi. 2013 yil dekabr oyiga kelib, EMBL-EBI manbalari va CellFinder, shu jumladan bir nechta tashqi loyihalar qamrab olindi.[5] dan hujayra chiziqlari KODLASH SNP ma'lumotlariga loyiha va fenotip NHGRI Genom-keng assotsiatsiyani nashr etilgan katalogi.[6]

EFO mavjud biomedikal ontologiyalardan foydalanadi Ochiq biotibbiyot ontologiyalari shu kabi ontologiyalardan foydalanishi mumkin bo'lgan boshqa manbalar bilan o'zaro ishlashni yaxshilash maqsadida yig'ish ChEBI[7] va Biotibbiy tadqiqotlar uchun ontologiya.

Ma'lumotlar bazasidagi barcha ma'lumotlar mulkiy bo'lmagan yoki mulkiy bo'lmagan manbadan olingan. Shunday qilib, u har kimga erkin kirish va mavjuddir. Bundan tashqari, har bir ma'lumotlar elementi to'liq kuzatilishi mumkin va aniq asl manbaga havola qilinadi.

EFO ma'lumotlari umumiy biomedikal ontologiya markazida (NCBO) joylashgan BioPortal veb-xizmati umumiy veb-interfeysi orqali mavjud.[8] va yuklamalar.

Shuningdek qarang

Adabiyotlar

  1. ^ a b v Malone, J .; Xollouey, E .; Adamusiak, T .; Kapusheskiy, M .; Zheng, J .; Kolesnikov, N .; Jukova, A .; Brazma, A .; Parkinson, H. (2010). "Eksperimental omil ontologiyasi bilan namunaviy o'zgaruvchilarni modellashtirish". Bioinformatika. 26: 1112–8. doi:10.1093 / bioinformatika / btq099. PMC  2853691. PMID  20200009.
  2. ^ Brooksbank, C .; Bergman, M.T .; Apvayler, A .; Birni, E .; Tornton, J. = (2014). "Evropa bioinformatika institutining ma'lumotlar manbalari 2014". Nuklein kislotalarni tadqiq qilish. 42: D18 – D25. doi:10.1093 / nar / gkt1206. PMC  3964968. PMID  24271396.
  3. ^ Flicek, P. (2014). "Ensembl 2014". Nuklein kislotalarni tadqiq qilish. 42: D749 – D755. doi:10.1093 / nar / gkt1196. PMC  3964975. PMID  24316576.
  4. ^ a b Kapusheskiy, M .; Emom, men; Xollouey, E; Kurnosov, P; Zorin, A; Malone, J; Rustici, G; Uilyams, E; Parkinson, H; Brazma, A (2010). "Evropa bioinformatika institutida gen ekspresiyasi atlasi". Nuklein kislotalarni tadqiq qilish. 38: D690 – D698. doi:10.1093 / nar / gkp936. PMC  2808905. PMID  19906730.
  5. ^ Seltmann, S. (2014). "CELDA - murakkab tizimlarda hujayralarni har tomonlama namoyish etish uchun ontologiya". BMC Bioinformatika. 14: 228. doi:10.1186/1471-2105-14-228. PMC  3722091. PMID  23865855.
  6. ^ Welter, D. (2014). "NHGRI GWAS katalogi, SNP-xususiyat assotsiatsiyalarining qo'llanma manbai". Nuklein kislotalarni tadqiq qilish. 42: D1001-D1006. doi:10.1093 / nar / gkt1229. PMC  3965119. PMID  24316577.
  7. ^ De Matos, P.; Alkantara, R .; Dekker, A .; Ennis, M .; Xastings, J .; Xag, K .; Spiteri, I .; Tyorner, S .; Steinbek, C. (2009). "Biologik qiziqishning kimyoviy sub'ektlari: yangilanish". Nuklein kislotalarni tadqiq qilish. 38 (Ma'lumotlar bazasi muammosi): D249-54. doi:10.1093 / nar / gkp886. PMC  2808869. PMID  19854951.
  8. ^ "NCBO BioPortal". Stenford universiteti. Olingan 4 aprel 2014.

Tashqi havolalar