Bam A - Bam A

OMP qo'shilishi (BamCompleks) porin
Identifikatorlar
BelgilarBamA
PfamPF01103
InterProIPR023707
TCDB1. B.33
OPM superfamily179
OPM oqsili5ayw

BamA a β-barrel, tashqi membrana oqsilida joylashgan Gram-manfiy bakteriyalar va u asosiy va muhim tarkibiy qism hisoblanadi β bochkalarni yig'ish mashinalari Ushbu bakteriyalar tarkibidagi (BAM) kompleks.[1] BAM Kompleksi beshta tarkibiy qismdan iborat; BamB, BamC, BamD, BamE (barchasi mavjud lipoproteinlar ) va BamA (Tashqi membrana oqsili).[2][3][4][5] Ushbu kompleks katalizator katlamizatsiyasi va grammusbat bakteriyalar tashqi membranasiga b-barrel oqsillarini kiritishda javobgardir.[6][7]

B-barrelli membrana oqsillarini faqat gram-manfiy bakteriyalarning tashqi membranasida va kabi organellalarda topish mumkin mitoxondriya va xloroplastlar bakteriyalardan hosil bo'lgan.[8][9] Gram-manfiy bakteriyalarda tashqi membrana oqsillari sitoplazmada sintezlanadi va keyin sek translokon apparati bilan periplazma ichiga eksport qilinadi.[10] Keyin ular tashqi membrananing ichki yuzasiga molekulyar chaperonlar tomonidan kuzatiladi. Nihoyat, yangi paydo bo'lgan oqsillar BAM kompleksi bilan o'zaro ta'sir qiladi va tashqi membranaga b-barrel oqsillari kiradi.[11]

Tuzilishi va funktsiyasi

To'liq hal qilingan BamA tuzilishiga ko'ra N. gonoreya, BamA katta periplazmik domen a ga ulangan transmembran b-barrel domeni, 16 dan tashkil topgan antiparallel β iplar.[12] Beshtasi bor polipeptid translokatsiyasi bilan bog'liq BamA periplazmik domenidagi bochkadan cho'zilgan domenlar (POTRA). Amaldagi tadqiqotlar shuni ko'rsatadiki, BAM majmuasidagi to'rtta lipoprotein (BamB, BamC, BamD, BamE) BamA ning POTRA domenlariga qo'shilib, uni BAM kompleksining muhim qismiga aylantiradi. Barrelni yopishda birinchi va oxirgi yoki 16-gachasi iplar birlashadi. Hujayra tashqari ko'chadan Bochkaning (eL) eL4, eL6 va eL7 bochkaning ichki qismini hujayradan tashqaridagi bo'shliqdan ajratib, BamA bochkasining ichki qismi bo'sh bo'lganligi bochka ustida gumbaz hosil qiladi.

Β-bochkaning tashqi chetida toraytirilgan, qisqartirilgan hidrofob Bu lipid tartibini va barrel atrofidagi membrananing qalinligini pasaytiradi. Barrelni yopish bilan bog'liq bo'lgan 1-chi va 16-gachasi iplarni vaqtincha ajratish, BamA ichki bo'shlig'idan tashqi membranaga o'tish yo'lini ochib, bochkaning lateral ochilishiga olib keladi. BAMA ning POTRA 5 domeni β-bochkaga yaqin joylashgan va periplazmik ilmoqlar (pL) pL3, pL4, pL5, pL7 bilan o'zaro ta'sir qiladi va bochkaning yopiq konformatsiyasini barqarorlashtiradi. POTRA 5 domenining tebranish harakatlari va pL bilan o'zaro aloqasi yo'qligi bochkaning ochilishini ta'minlaydi. Shunday qilib, POTRA domenlari b-barrelning ichki qismiga kirishni tartibga soluvchi eshik vazifasini o'taydi. Demak, tashqi membranaga b-barrel oqsillarining kirishini tartibga soluvchi BamA bilan bog'liq uchta strukturaviy xususiyat mavjud. Birinchidan, BamA b-barrelining ochiq va yopiq konformatsiyasi. Ikkinchidan, b-barrel yuzasidagi tor va qisqargan gidrofobik chekka tashqi membrananing lokal stabilizatsiyasini keltirib chiqaradi. Uchinchidan, bochkaning 1-va 16-gachasi iplarini vaqtincha ajratib, yon tomondan ochilish qobiliyati.

Adabiyotlar

  1. ^ Uolter DM, Rapaport D, Tommassen J (sentyabr 2009). "Bakteriyalar va eukaryotlarda beta-barrel membranasi oqsillarining biogenezi: evolyutsion saqlanish va divergentsiya". Uyali va molekulyar hayot fanlari: CMLS. 66 (17): 2789–804. doi:10.1007 / s00018-009-0029-z. PMC  2724633. PMID  19399587.
  2. ^ Habib SJ, Vaizenegger T, Niewienda A, Paschen SA, Neupert V, Rapaport D (yanvar 2007). "Tob55 ning N-terminalli domeni mitoxondriyal beta-barrel oqsillari biogenezida retseptorlarga o'xshash funktsiyaga ega". Hujayra biologiyasi jurnali. 176 (1): 77–88. doi:10.1083 / jcb.200602050. PMC  2063629. PMID  17190789.
  3. ^ Knowles TJ, Scott-Tucker A, Overduin M, Henderson IR (mart 2009). "Membran oqsillari me'morlari: tashqi membrana oqsillarini yig'ilishida BAM kompleksining roli". Tabiat sharhlari. Mikrobiologiya. 7 (3): 206–14. doi:10.1038 / nrmicro2069. PMID  19182809.
  4. ^ Xagan CL, Silhavy TJ, Kahne D (2011). "Bam kompleksi bo'yicha b-Barrel membrana oqsillarini yig'ilishi". Biokimyo fanining yillik sharhi. 80: 189–210. doi:10.1146 / annurev-biochem-061408-144611. PMID  21370981.
  5. ^ Rigel NW, Silhavy TJ (aprel 2012). "Beta-bochka ishlab chiqarish: Gram-manfiy bakteriyalarda tashqi membrana oqsillarini yig'ish". Mikrobiologiyaning hozirgi fikri. 15 (2): 189–93. doi:10.1016 / j.mib.2011.12.007. PMC  3320693. PMID  22221898.
  6. ^ Jiang JH, Tong J, Tan KS, Gabriel K (2012). "Evolyutsiyadan patogenezgacha: mitoxondriyaning tashqi membranasidagi b-bochka yig'ish texnikasi va grammusbat bakteriyalar o'rtasidagi bog'liqlik". Xalqaro molekulyar fanlar jurnali. 13 (7): 8038–50. doi:10.3390 / ijms13078038. PMC  3430219. PMID  22942688.
  7. ^ Tommassen J (sentyabr 2010). "Bakteriyalar va mitoxondriyalarda tashqi membrana oqsillarini yig'ilishi". Mikrobiologiya. Reading, Angliya. 156 (Pt 9): 2587-2596. doi:10.1099 / mikrofon.0.042689-0. PMID  20616105.
  8. ^ Chacinska A, Koehler CM, Milenkovic D, Lithgow T, Pfanner N (avgust 2009). "Mitokondriyal oqsillarni import qilish: mashinalar va mexanizmlar". Hujayra. 138 (4): 628–44. doi:10.1016 / j.cell.2009.08.005. PMC  4099469. PMID  19703392.
  9. ^ Vebb KT, Xaynts E, Litgov T (2012 yil dekabr). "Barrelli yig'ish mexanizmining rivojlanishi". Mikrobiologiya tendentsiyalari. 20 (12): 612–20. doi:10.1016 / j.tim.2012.08.006. PMID  22959613.
  10. ^ Goujon M, McWilliam H, Li V, Valentin F, Squizzato S, Paern J, Lopez R (2010 yil iyul). "EMBL-EBI da yangi bioinformatika tahlil vositalarining asoslari". Nuklein kislotalarni tadqiq qilish. 38 (Veb-server muammosi): W695-9. doi:10.1093 / nar / gkq313. PMC  2896090. PMID  20439314.
  11. ^ Vu T, Malinverni J, Ruiz N, Kim S, Silhavy TJ, Kahne D (aprel 2005). "Escherichia coli-da tashqi membrana biogenezi uchun zarur bo'lgan ko'pkomponentli kompleksni aniqlash". Hujayra. 121 (2): 235–45. doi:10.1016 / j.cell.2005.02.015. PMID  15851030.
  12. ^ Noinaj N, Kuszak AJ, Gumbart JK, Lukacik P, Chang H, Easley NC, Lithgow T, Buchanan SK (sentyabr 2013). "B-barrelli membrana oqsillari biogenezi to'g'risida tizimli tushuncha". Tabiat. 501 (7467): 385–90. doi:10.1038 / tabiat12521. PMC  3779476. PMID  23995689.