C11orf42 - C11orf42

C11orf42 tarkibidagi o'ziga xos bo'lmagan oqsildir homo sapiens tomonidan kodlangan C11orf42 gen.[1] Shuningdek, u xromosoma 11 ochiq o'qish doirasi 42 va boshqa noma'lum xususiyatlarga ega bo'lmagan C11orf42 oqsillari deb nomlanadi.[2] Gen asosan sutemizuvchilarda saqlanadi, ammo u kemiruvchilar, sudralib yuruvchilar, baliqlar va qurtlarda ham topilgan.

Gen

Manzil

Gen 11p15.4 da joylashgan bo'lib, uchta eksonga ega.[1] C11orf42 6205568 bpdan boshlanadi va 6211319 bpdan tugaydi.[3] C11orf42 5752 tayanch juftini qamrab oladi va 11-xromosomaning salbiy qatorida kodlaydi.[3]

C11orf42 direction.png

Turar joy dahasi

11-xromosomada genlar FAM160A2 (gen) va OR52W1 C11orf42 bilan qo'shnilar. FAM160A2 11-xromosomaning musbat zanjirida kodlaydi. OR52W1 11-xromosomaning salbiy zanjirida kodlaydi.

Ifoda

C11orf42 jami etmish to'rt a'zoda ifodalangan.[4] To'qson beshta odamni o'rganish davomida yigirma etti xil to'qimalarda oqsillarni kodlovchi genlarning to'qimalariga xosligini aniqlash uchun RNK sekvensiyasi tugallandi. C11orf42 turli xil to'qimalarda ifodalanadi, garchi u terida ham, moyaklarda ham keng tarqalgan bo'lsa.[1]C11orf42 ning EST profiliga ko'ra, oqsil siydik pufagi, miya va moyaklar tarkibida juda ko'p. Bu siydik pufagi karsinomasi bilan bog'liq bo'lib, kattalar rivojlanish bosqichida kuzatilgan.[5]

Mikroarray ifodasi

Ushbu rasmda miya anevrizmasining turli darajalari uchun C11orf42 ekspressioni ko'rsatilgan. Qizil ustunlar ekspression darajalarini, ko'k kvadratlar esa ifodalangan boshqa genlar qatorida C11orf42 uchun ifoda foizini aks ettiradi. Ochiq yashil yorilgan anevrizmani, o'rta yashil buzilmagan anuerizmani, to'q yashil esa yuzaki vaqtinchalik arteriyani anglatadi.

C11orf42 anevrizmalarning biologik heterojenligini ko'rish uchun interkranial anevrizmalarning turli darajalariga qaragan RNK mikroarrayida kuzatildi. Bu namunalarni o'xshash gen ifodalari bo'lgan guruhlarga ajratish bilan yakunlandi. Yallig'lanishga qarshi regulyator bo'lgan Kruppelga o'xshash transkripsiya omillari oilasi (KLF2, KLF12 va KLF15) pastga regulyatsiya qilinganligi aniqlandi.[6] Ushbu transkripsiya omillari oilasi C11orf42 da uchraydi va u anevrizma devorlarini mexanik kuchaytiruvchi sifatida rivojlanishiga ta'sir qiladi.[6] Rüptürlü anevrizmalarda C11orf42 boshqa genlar orasida 55,5% darajasida bo'lganligi va ekspression darajasi 8,16 bo'lganligi aniqlandi. Uzluksiz anevrizmalarda C11orf42 50,4% darajaga va 9,09 ekspression darajasiga ega edi. Yuzaki vaqtinchalik arteriya uchun reyting 35% va ekspression darajasi 7,75 ni tashkil etdi. Bundan tashqari, C11orf42 anevrizmalarga ta'sir qiladi va ularning devorlarini mustahkamlashda transkripsiya orqali ishtirok etadi.

Targ'ibotchi

Gen Dorisi El Dorado dasturiga ko'ra, 5 'UTR mintaqasi 48 ta tayanch juftligi, 3' UTR esa 93 ta baza jufti bo'lishi taxmin qilinmoqda.[7] UTR-ga erishish uchun bir nechta ketma-ketlik moslashtirildi va ko'plab ortologlarda saqlanadigan pozitsiyalar mavjud edi. 5 'UTR da 9-25 nukleotid holatida va 3' UTRda taxmin qilingan dastani halqa mintaqasi 1070-1084 va 1096-1112 nukleotid holatlarida topilgan.

Stenogramma

Isoform

C11orf42 tarkibida xarakterlanmagan oqsil C11orf42 X1 va X2 deb nomlanuvchi ikkita izoform mavjud. C11orf42 variant X1 5629 bp uzunlikda va 303 aminokislotaga ega.[8] C11orf42 varianti X2 4705 bp uzunlikda va 298 aminokislotaga ega.[9] Izoformalarning ikkalasi uchun biron bir exons topilmadi.

Oqsil

Uzunlik

C11orf42 ning 3D tasviri alfa spirallari bilan pushti rangda va sariq rangdagi beta-varaqlarda.

C11orf42 uzunligi 333 aminokislotali oqsilni kodlaydi. Oqsilning vazni 36,7 kilo Daltons va asosan prolinga boy.[10] Protein tarkibida 13% alfa spirallar va 27% beta-varaqlar mavjud.[11]

Paraloglar

Ishlatilgandan keyin C11orf42 oqsiliga paraloglar topilmadi NCBI BLAST.

Ortologlar

TavsifUmumiy ismNCBI kirish identifikatoriSo'rov muqovasiE qiymatiShaxsiyatAjralish sanasi (MYA)
Homo sapiensInsonNP_775796.2100%0.0100%Yo'q
Pan paniskusBonobo primatiXP_003819114.1100%0.099.10%6.4
Gorilla gorilla gorillaG'arbiy pasttekislik GorillaXP_004050626.2100%0.097.30%8.61
Makaka mulattaRhesus MaymunNP_001181413.1100%0.095.20%28.10
Cercocebus otysSooty MangabeyXP_011891914.1100%0.094.29%28.10
Ocotona knyazlariAmerikalik PikaXP_004590032.1100%0.091.29%88
Ictidomys tridecemlineatusO'n uch qatorli er usti sincapXP_005341148.1100%0.090.09%88
Callorhinus ursinusShimoliy mo'yna muhriXP_025704267.1100%0.089.79%94
Pteropus vampyrusKatta uchadigan tulkiXP_011383491.1100%0.089.19%94
Trichechus manatus latirostrisFlorida ManateiXP_004389128.1100%0.088.29%102
Carlito syrichtaFilippin TarsierXP_008062834.1100%0.087.09%66.7
Hipposideros armigerKatta dumaloq bargXP_019523989.1100%0.086.49%94
Cricetulus griseusXitoy hamsteriRLQ71833.1100%0.085.33%88
Manis javanicaSunda PangolinXP_017522375.1100%0.078.38%94
Gekko japonicusSchlegelning yaponiyalik GeckoXP_015277243.163%1e-6153.08%320
Protobotroplar mukrosquamatusJigarrang dog'li pitviperXP_015672776.199%1e-6744.71%320
Terrapene mexicana triunguisUch toed box toshbaqaXP_026514492.199%3e-5340.30%320
Callorhinchus miliiAvstraliyalik sharpaXP_007899855.163%7e-2435.27%465
Oncorhynchus tshawytschaChinook ikraXP_024270155.151%1e-0732.57%432
Sakkoglossus kowalevskiiAcorn qurtiXP_006813712.159%2e-0424.53%627
Ushbu rasmda C11orf42 uchun yaqin va uzoqqa tegishli ortologlarning ketma-ket ketma-ketligi ko'rsatilgan.

Konservalangan domenlar

Kulrang pozitsiyalar start va stop kodonlarini ifodalaydi. Qizil pozitsiyalar glikatsiya, amidatsiya, N-miristoylatsiya, yadroviy eksport signali va O-glikosilatsiya kabi translyatsion modifikatsiyalarning muhim joylarini ko'rsatadi. Moviy to'rtburchaklar noma'lum funktsiya sohasini, qora mintaqa esa oqsilning prolinga boy mintaqasini anglatadi.

Qidiruvdan so'ng [NCBI], C11orf42-da faqat odamlardan qurtlarga saqlanib qolgan DUF4463 nomli noma'lum funktsiya sohasi borligi aniqlandi.[12] DUF4463 aminokislotalarning 4-209 pozitsiyalaridan keyin 313-333 pozitsiyalarigacha. PRR prolinga boy mintaqani anglatadi va u 210-312 aminokislotalar holatida joylashgan.[13]

Translatatsion modifikatsiyani yuboring

Tarjimadan keyingi C11orf42 modifikatsiyalari

C11orf42 ning postklyuziv modifikatsiyasining har xil turlari, jumladan Glikatsiya, O-GlcNAc, O-Glikosilyatsiya va Fosforillanish jarayoni sodir bo'lishi taxmin qilinmoqda. Aminokislotalarning 125-pozitsiyasida leucine Nuclear Export signali mavjud edi.[14]

Uyali pastki lokalizatsiya

C11orf42 ning dastlabki hayotida sutemizuvchi bo'lmagan organizmlar ichida sitoplazmatik ekanligi aniqlandi (Schlegelning yaponiyalik Gecko, Acorn qurti ) va keyin u sutemizuvchilardan rivojlanishda davom etar ekan, yadroviy lokalizatsiya qilinganligi aniqlandi.[15] Oqsil uchun hech qanday signal peptidlari, mitoxondriyal maqsadli ketma-ketliklar yoki xloroplast peptidlari bashorat qilinmagan va shuning uchun sekretor yo'lga, mitoxondriyalarga yoki xloroplastga joylashmasligi taxmin qilinmagan.[14]

O'zaro ta'sir qiluvchi oqsillar

IGLL1, SNX2 va SNX5 barchasi C11orf42 bilan o'zaro aloqada bo'lganligi aniqlandi. IGLL1 "textmining" ga ega edi[16] SNX2 va SNX5 ushbu gen bilan o'zaro ta'sir o'tkazganda, ushbu gen bilan o'zaro bog'liqlik.[17]

Klinik ahamiyati

Yuqorida mikroarray ekspressionida va to'qima ekspresiyasida ko'rinib turganidek, C11orf42 oqsili siydik pufagi karsinomalari va miya anevrizmalarining tarqalishida muhim rol o'ynashi mumkin. Romatoid artritni davolashning C11orf42 dan ta'sir darajasini ko'rsatadigan ta'sirini ko'rib chiqqan yana bir tadqiqot mavjud edi, bu uning davolash terapiyalari uchun mavjud bo'lgan dorilarga ta'sir qilishi mumkinligini ko'rsatdi anti-TNF terapiyasi.[18] C11orf42 ning boshqa kasalliklarda yoki kasalliklarni davolash jarayonida ta'sir ko'rsatishini tasdiqlash uchun hali ham ko'proq tadqiqotlar o'tkazish kerak.

Adabiyotlar

  1. ^ a b v "C11orf42 xromosomasi 11 ochiq o'qish doirasi 42 [Homo sapiens (odam)] - Gen - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Olingan 2019-02-26.
  2. ^ "Gen kartalari: C11orf42". www.genecards.org. Olingan 2019-02-26.
  3. ^ a b "Insonni BLAT qidiruvi". genome.ucsc.edu. Olingan 2019-02-26.
  4. ^ "Gen: C11orf42 - ENSG00000180878". bgee.org. Olingan 2019-02-26.
  5. ^ "EST profili - Hs.278221". www.ncbi.nlm.nih.gov.
  6. ^ a b Nakaoka, Xirofumi; Tajima, Atsushi; Yoneyama, Taku; Xosomichi, Kazuyoshi; Kasuya, Xidetoshi; Mizutani, Tru; Inoue, Ituro (2014). "Genlarning ekspresyoni profilaktikasi intrakranial anevrizmaning yorilishi bilan bog'liq bo'lgan aniq molekulyar imzolarni ochib beradi". Qon tomir. 45 (8): 2239–2245. doi:10.1161 / strokeaha.114.005851. ISSN  0039-2499. PMID  24938844.
  7. ^ "Genomatix: TranscriptInfo". www.genomatix.de.
  8. ^ "BASHORAT: Homo sapiens xromosoma 11 ochiq o'qish doirasi 42 (C11orf42), transkript varianti X1, mRNA". 2018-03-26. Iqtibos jurnali talab qiladi | jurnal = (Yordam bering)
  9. ^ "BASHORAT: Homo sapiens xromosomasi 11 ochiq o'qish doirasi 42 (C11orf42), transkript varianti X2, mRNA". 2018-03-26. Iqtibos jurnali talab qiladi | jurnal = (Yordam bering)
  10. ^ "SAPS . www.ebi.ac.uk.
  11. ^ Kelley, Lourens A. Mezulis, Stefans Yeyts, Kristofer M. Vass, Mark N. Sternberg, Maykl J. E. (2015). Proteinlarni modellashtirish, bashorat qilish va tahlil qilish uchun Phyre2 veb-portali. OCLC  922582332. PMID  25950237.CS1 maint: bir nechta ism: mualliflar ro'yxati (havola)
  12. ^ "NCBI saqlangan domenni qidirish". www.ncbi.nlm.nih.gov.
  13. ^ "PROSITE". prosite.expasy.org. Olingan 2019-05-04.
  14. ^ a b "ExPASy: SIB Bioinformatics Resurs Portali - Proteomika vositalari". www.expasy.org.
  15. ^ "PSORT II bashorati". psort.hgc.jp.
  16. ^ "C11orf42 oqsili (inson) - STRING o'zaro ta'sir tarmog'i". string-db.org.
  17. ^ "C11orf42 natijasi haqida xulosa | BioGRID". thebiogrid.org.
  18. ^ Julia, Antonio; Erra, Alba; Palasio, Karles; Tomas, Karlos; Sans, Xaver; Barselo, Pere; Marsal, Sara (2009-10-22). "Sakkiz genli qon ekspressioni profilaktikasi revmatoid artritdagi infliksimabga javobni bashorat qilmoqda". PLOS ONE. 4 (10): e7556. Bibcode:2009PLoSO ... 4.7556J. doi:10.1371 / journal.pone.0007556. ISSN  1932-6203. PMC  2762038. PMID  19847310.