C8orf48 - C8orf48

C8orf48
Identifikatorlar
TaxalluslarC8orf48, 8-xromosoma ochiq o'qish doirasi 48
Tashqi identifikatorlarMGI: 2142538 HomoloGene: 82747 Generkartalar: C8orf48
Gen joylashuvi (odam)
Xromosoma 8 (odam)
Chr.Xromosoma 8 (odam)[1]
Xromosoma 8 (odam)
C8orf48 uchun genomik joylashuv
C8orf48 uchun genomik joylashuv
Band8p22Boshlang13,566,869 bp[1]
Oxiri13,568,288 bp[1]
Ortologlar
TurlarInsonSichqoncha
Entrez

157773

621080

Ansambl

ENSG00000164743

ENSMUSG00000074384

UniProt

Q96LL4

Q3TTJ4

RefSeq (mRNA)

NM_001007090

NM_001039220

RefSeq (oqsil)

NP_001007091

NP_001034309

Joylashuv (UCSC)Chr 8: 13.57 - 13.57 MbChr 8: 36.99 - 37 Mb
PubMed qidirmoq[3][4]
Vikidata
Insonni ko'rish / tahrirlashSichqonchani ko'rish / tahrirlash

C8orf48 odamlarda kodlangan oqsil C8orf48 gen.[5] C8orf48 - bu yadroviy laminada joylashganligi uchun oldindan taxmin qilingan yadro oqsilidir.[6][7] C8orf48 gen ekspressioni, oqsil sekretsiyasi, hujayralar ko'payishi va yallig'lanish reaktsiyalari kabi turli xil uyali reaktsiyalarni boshqarishda ishtirok etadigan oqsillar bilan o'zaro aloqada ekanligi aniqlandi.[8][9][10] Ushbu protein ko'krak bezi saratoni va papiller tiroid karsinomasi bilan bog'liq.[11][12]

Gen

C8orf48 8-xromosomada joylashgan (8p22) va musbat ipda 13,566,843 dan 13,568,288 gacha.[13] C8orf48 ning ekzon soni 1 ga teng va intronlar yo'q.[5][14] Ushbu oqsilda hech qanday izoform mavjud emas va muqobil birikma mavjud emas.

Oqsil

C8orf48 oqsili 319 ta aminokislotadan iborat.[15] Ushbu oqsilning molekulyar og'irligi 36,9 kDa, izoelektrik nuqtasi esa 8,86 ga teng.[16] C8orf48 oqsili, ayniqsa, yadro qatlamida joylashgan yadro oqsili bo'lishi taxmin qilinmoqda.[6] Ushbu oqsilda signal peptidlari yoki transmembran domenlari mavjud emas. Ushbu oqsil odamlarda juda ko'p ekanligi aniqlandi.[17]

Tuzilishi

C8ORF48 Boshlang'ich Structure.jpg

C8orf48 oqsilida biri 135-149 aminokislotadan, ikkinchisi 204-221 gacha bo'lgan ikkita prognoz qilingan yadro lokalizatsiya signallari mavjud.[7] C8orf48 oqsilining ikkilamchi tuzilishi asosan alfa-spiral va spiral spirallardan iborat. Struktura juda oz miqdordagi beta-varaqlardan tashkil topgan bo'lib, jami uchta maydon beta-varaqning tuzilishini namoyish etadi.[16]

C8orf48 ning uchinchi tuzilishi iTASSER dasturidan olingan.

[18]

Tarjimadan keyingi modifikatsiyalar

C8orf48 translatsiyadan keyingi taxmin qilingan turli xil modifikatsiyalarga ega. Ushbu tarjimadan keyingi modifikatsiyalarga quyidagilar kiradi O-glikosilatsiya, Glikatsiya, N bilan bog'langan glikosilatsiya, Fosforillanish joylari, Yin-Yang saytlari, sumoylyatsiya va SUMO o'zaro ta'sirlar.[19]

Subcellular localization

PSORT II natijalari C8orf48 oqsilida signalPeptid yo'qligi, shuningdek transmembran domenlari yo'qligini aniqladi.[20] Bashorat qilishicha, C8orf48 yadro va potentsial sitoplazmatik bo'lishi mumkin. C8orf48 ortologlarini taqqoslaganda biz juda o'xshash natijalarni ko'ramiz, oqsil asosan yadroda lokalizatsiya qilinadi, ikkinchidan sitoplazmada lokalizatsiya qilinadi. Keyinchalik hujayra ostidagi mahalliylashtirish tahlili CELLO yordamida amalga oshirildi.[21] Ushbu natijalar C8orf48 yadroda lokalizatsiya qilingan degan tushunchani ham qo'llab-quvvatlaydi.

Gomologiya

C8orf48 filogenetik daraxti (ildizsiz)

C8orf48 sutemizuvchilar, amfibiyalar, sudralib yuruvchilar, aves va baliqlarda saqlanadi.[22] C8orf48 ortologlarini bakteriyalar, arxeya, o'simliklar va zamburug'lardan topib bo'lmadi.[22] C8orf48 topilgan biron bir odamning paraloglari yo'q edi. DUF 4606 domenining ba'zi qismlari ortologlarda yuqori darajada saqlanib qolgan.

Ifoda

Ushbu gen moyak va yo'g'on ichak mushaklari to'qimalarida ortiqcha ifoda etilganligi, shuningdek, rivojlanishning 76 bosqichida ifodalanganligi aniqlandi.[23] C8orf48 ko'pincha siydik pufagi, suyak, yurak, halqum, moyak va qalqonsimon bezda namoyon bo'lishi aniqlandi.[24] Rivojlanish bosqichlarida C8orf48 ko'pincha embrion tanasida topilgan.[24]

PaxDB C8ORF48 Protein Abundance.png

GEO profillari

C8orf48 ning to'qimalarning differentsial ifodasi

Ko'p sonli miyeloma suyagi iligi mezenximal stromal hujayralari bo'yicha olib borilgan tadqiqotda kasallik hujayralarida C8orf48 ekspressioni sog'lom hujayralarga nisbatan pastroq ekanligini ko'rsatadi.[25] endometrioz bilan bog'liq bo'lgan GeoProfile-da aksi ko'rsatilgan, ushbu tadqiqotda C8orf48 darajasi sog'lom holatga qaraganda kasallik holatida yuqori ekanligi aniqlandi.[26] Boshqa tadqiqotlar Papiller tiroid saratoni va estrogen retseptorlari alfa-sukutlangan MCF7 ko'krak bezi saratoni hujayralarining differentsial ifodasini namoyish etadi. Nazorat namunalarida C8orf48 darajasi estrogen retseptorlari urib tushirilgandan past bo'lgan.[11]

Ifodani tartibga solish

C8orf48 ga ta'sir qiluvchi transkripsiya omillari 1-jadvalda keltirilgan. Transkripsiya omillarining aksariyati hujayralar o'sishi, ko'payishi yoki hujayra migratsiyasini tartibga solishda ishtirok etadi. Bu C8orf48 hujayra tsiklida rol o'ynashi mumkinligini anglatadi. Transkripsiya omillarining bir nechtasi o'zlarini ijobiy va salbiy yo'nalishda bir necha bor namoyish etishdi. Ushbu transkripsiya omillari orasida MAX biriktiruvchi oqsil va estrogen bilan bog'liq bo'lgan retseptorlari alfa (ikkilamchi DNK bilan bog'lanish afzalligi) mavjud bo'lib, ularning ikkalasi ham hujayralar o'sishida ishtirok etadi.[27][28]

Transkripsiya omiliFunktsiya
Myeloid sink barmoq oqsili MZF1Miyeloid nasl differentsiatsiyasiga sodiq qolgan gematopoetik progenitor hujayralarda ifodalangan. Uning tarkibida ikkita glisin va prolinga boy ketma-ketlik bilan ajratilgan ikkita domenga joylashtirilgan 13 C2H2 sink barmoqlari mavjud.[29]
KRAB va SCAN domenlari bilan sink barmog'i 3U asosan yadroda joylashgan bo'lsa-da, ochlik davrida u sitoplazmaga o'tadi. Bu autofagiya va lizosomalar biogenezi / funktsiyalari bilan shug'ullanadigan maqsadli genlarni ekspresatsiyalashga imkon beradi. Avtofagiyaning repressori vazifasini bajaradi va topilgan va saraton hujayralarining rivojlanishini va / yoki turli xil o'smalar va miyelomalarda migratsiyasini kuchaytiradi.[30]
TBX20 transkripsiyasi koeffitsientiKranial vosita neyron hujayralari tanasining migratsiyasi uchun genetik dasturni boshqarishda ishtirok etganligi aniqlandi.[31]
Kruppelga o'xshash sink barmoq oqsili 219Sox9 bilan transkripsiya zavodini yig'ish orqali xondrositlar differentsiatsiyasini boshqarishda ishtirok etganligi aniqlandi.[32]
KRAB tarkibidagi sink barmoq oqsili 300Tadqiqot KRAB-ZFPlar vositachiligidagi transkripsiyaviy repressiyani hujayralarni ko'payishi, differentsiatsiyasi, apoptoz va saraton bilan bog'laydi. Yaqinda rivojlanganligiga ishonishdi.[33]
Krueppelga o'xshash omil 2 (o'pka) (LKLF)KLF2 lipidlarni biriktiruvchi retseptorlari bo'lgan S1P1 ekspressionini targ'ib qilish orqali T-hujayralar savdosini tartibga soladi. Ushbu transkripsiya faktori promouter ketma-ketligidagi CACCC qutisiga bog'lanadi.[34]
Estrogen bilan bog'liq retseptorlari alfa (ikkilamchi DNK bilan bog'lanish afzalligi)Buning ifodasi ko'krak va tuxumdon saratonida salbiy prognostik ahamiyatga ega ekanligi ko'rsatilgan. Estrogen retseptorlari salbiy ko'krak bezi saratonining o'sishi uchun juda muhimdir.[28]
AREB6 (Atp1a1 regulyator elementining majburiy omili 6)AREB6 tuzilishi N va C terminallari mintaqalarida ikkita sink-barmoq klasteridan va o'rtada bitta gomeodomandan iborat. Na, K-ATPase a1 subbirligi, interlökin 2 va b-kristalli genlarning ekspresiyasini tartibga solishi aniqlandi.[35]
MAX bog'lovchi oqsilTranskripsion repressor va Myc-ga bog'liq transkripsiya faollashuvi va hujayra o'sishining antagonisti.[27]
Leytsinga boy takrorlanadigan (FLII da) o'zaro ta'sir qiluvchi protein 1TNF, EGFR va PDGFA ni potentsial ravishda tartibga soluvchi transkripsiyaviy repressor. Ehtimol, arteriya shikastlanishidan keyin silliq mushak hujayralarining ko'payishini nazorat qilish bilan bog'liq.[36]
E2F transkripsiyasi omili 1Hujayra tsikli va o'smaning supressor oqsillarini boshqarishda muhim rol o'ynaydi. Shuningdek, kichik DNK o'simta viruslari oqsillarini konversiya qilish maqsadi deb topildi. Va nihoyat, u hujayra proliferatsiyasi va p53 ga bog'liq / mustaqil apoptozda vositachilik qilishi mumkin.[37]
Kruppelga o'xshash omil 7 (hamma joyda, UKLF)U tegishli bo'lgan oila a'zolari hujayralarning ko'payishini, differentsiatsiyasini va hayotini tartibga solishga javobgardir. Insulin ekspressiyasini, pankreatik beta hujayralardagi sekretsiyasini inhibe qilish va adipotsitlarda adipotsitokin sekretsiyasini tartibga solish orqali 2-toifa diabet rivojlanishiga hissa qo'shishi mumkin.[38]
CCAAT / kuchaytiruvchi bog'lovchi protein (C / EBP), epsilonAmalga oshirilgan granulotsitlar nasli hujayralarining terminali differentsiatsiyasi va funktsional pishishi uchun muhimdir. Ushbu oqsilni kodlovchi gendagi mutatsiyalar o'ziga xos granulalar etishmasligi bilan bog'liqligi aniqlandi.[39]
Sink barmog'i / POZ domenining transkripsiyasi omiliPOZ domeni transkripsiya omillari, onkogen oqsillar, ion kanallari oqsillari va ba'zi aktin bilan bog'liq oqsillarda mavjud bo'lgan saqlanib qolgan oqsil-oqsil ta'sir o'tkazish motifidir.[40]
Oligodendrositlar naslining transkripsiyasi omil 2Miyadagi oligodendrosit o'smalari bilan ifodalanishga moyil. Ushbu protein ventral neyroektodermal progenitor hujayra taqdiri va T-hujayrali o'tkir limfoblastik leykemiya bilan bog'liq t (14; 21) (q11.2; q22) ning muhim regulyatoridir.[41]
Krueppelga o'xshash asosiy omil (KLF3)U bilan bog'liq bo'lgan yo'llardan biri saraton kasalligida transkripsiyani tartibga solishdir va ehtimol gemopoezda rol o'ynashi mumkin. Eritroid hujayralari bilan ifodalangan genlarning CACCC qutisiga bog'lanadi.[42]

Proteinlarning o'zaro ta'siri

C8orf48 bilan o'zaro aloqada bo'lgan oqsillar tarkibiga jigar saratonida o'chirilgan 1 oqsil kiradi (DLC1 ), MyoD oilasi inhibitori (MDFI ), Sink barmoqlari oqsillari 14 (ZNF14 ) va Sacroglycan Zeta (SGCZ ).[8] Ushbu oqsillarning o'zaro ta'siri eksperimental ravishda ikki gibridli birlashtiruvchi yondashuv, ikki gibridli massiv yoki ikki gibridli ekran orqali topilgan.[10]

Klinik ahamiyati

C8orf48 karsinomaning har xil turlari bo'yicha o'tkazilgan tadqiqotlarda topilgan. Papillary tiroid saratoni va estrogen retseptorlari alfa-sukutlangan MCF7 ko'krak bezi saraton hujayralarida turli xil C8orf48 ekspression darajasi aniqlandi.[25][26]

Adabiyotlar

  1. ^ a b v GRCh38: Ensembl relizi 89: ENSG00000164743 - Ansambl, 2017 yil may
  2. ^ a b v GRCm38: Ensembl relizi 89: ENSMUSG00000074384 - Ansambl, 2017 yil may
  3. ^ "Human PubMed ma'lumotnomasi:". Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi, AQSh Milliy Tibbiyot Kutubxonasi.
  4. ^ "Sichqoncha PubMed ma'lumotnomasi:". Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi, AQSh Milliy Tibbiyot Kutubxonasi.
  5. ^ a b "C8orf48 xromosomasi 8 o'qish doirasi 48 [Homo sapiens (odam)] - Gen - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Olingan 2016-05-09.
  6. ^ a b "Yadro yadrosi bo'limlarini bashorat qilish tizimi". array.bioe.uic.edu. Arxivlandi asl nusxasi 2016-04-19. Olingan 2016-05-09.
  7. ^ a b "Motiflarni skanerlash". myhits.isb-sib.ch. Olingan 2016-05-09.
  8. ^ a b "STRING: funktsional oqsil assotsiatsiyasi tarmoqlari". string-db.org. Olingan 2016-05-09.
  9. ^ "Protein Kinase C signalizatsiyasi | Hujayra signalizatsiyasi texnologiyasi". www.cellsignal.com. Olingan 2016-05-09.
  10. ^ a b PSICQUIC. "PSICQUIC ko'rinishi". www.ebi.ac.uk. Olingan 2016-05-09.
  11. ^ a b "GDS4061 / 236634_at". www.ncbi.nlm.nih.gov. Olingan 2016-05-09.
  12. ^ "GDS1665 / 236634_at". www.ncbi.nlm.nih.gov. Olingan 2016-05-09.
  13. ^ "Genomatix: ElDorado natijasi". www.genomatix.de. Olingan 2016-05-09.
  14. ^ "Transkript: C8orf48-001 (ENST00000297324) - Xulosa - Homo sapiens - Ensembl genom brauzeri 84". www.ensembl.org. Olingan 2016-05-09.
  15. ^ "Homo sapiens xromosomasi 8 o'qish doirasi 48 (C8orf48), mRNA - Nukleotid - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Olingan 2016-05-09.
  16. ^ a b Brendel V, Bucher P, Nurbakhsh IR, Blaisdell BE, Karlin S (1992). "Oqsillar ketma-ketligini statistik tahlil qilish usullari va algoritmlari". Amerika Qo'shma Shtatlari Milliy Fanlar Akademiyasi materiallari. 89 (6): 2002–6. Bibcode:1992 yil PNAS ... 89.2002B. doi:10.1073 / pnas.89.6.2002. PMC  48584. PMID  1549558.
  17. ^ "PaxDb". pax-db.org. Olingan 2016-05-09.
  18. ^ "Protein tuzilishi va funktsiyasini bashorat qilish uchun I-TASSER server". zhanglab.ccmb.med.umich.edu. Olingan 2016-05-09.
  19. ^ "CBS prognoz serverlari". www.cbs.dtu.dk. Olingan 2016-05-09.
  20. ^ "PSORT II bashorati". psort.hgc.jp. Olingan 2016-05-09.
  21. ^ "CELLO: Subcellular localization prognozlash tizimi". cello.life.nctu.edu.tw. Arxivlandi asl nusxasi 2016-03-04 da. Olingan 2016-05-09.
  22. ^ a b NCBI BLAST. BLAST VA PSI-Blast: oqsillar ma'lumotlar bazasini qidirish dasturlarini yaratish. [http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi]
  23. ^ "Bgee: Gen ekspression evolyutsiyasi. C8orf48 Homo Sapiens-ga kirish". BGEE.[doimiy o'lik havola ]
  24. ^ a b "EST profili - Hs.104941". www.ncbi.nlm.nih.gov. Olingan 2016-05-09.
  25. ^ a b "101259684 - GEO profillari - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Olingan 2016-05-09.
  26. ^ a b "47601584 - GEO profillari - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Olingan 2016-05-09.
  27. ^ a b "MNT MAX tarmog'ining transkripsiyaviy repressori [Homo sapiens (inson)] - Gen - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Olingan 2016-05-09.
  28. ^ a b Stein RA, Chang CY, Kazmin DA, Way J, Shreder T, Vergin M, Dewhirst MW, McDonnell DP (2008). "Estrogen bilan bog'liq retseptorlari alfa, estrogen retseptorlari-salbiy ko'krak bezi saratonining o'sishi uchun juda muhimdir". Saraton kasalligini o'rganish. 68 (21): 8805–12. doi:10.1158 / 0008-5472. CAN-08-1594. PMC  2633645. PMID  18974123.
  29. ^ Morris JF, Xromas R, Rauscher FJ (1994). "Mieloid sink barmoq oqsili MZF1 ning DNK bilan bog'lanish xususiyatlarining xarakteristikasi: ikkita mustaqil DNKni bog'laydigan domenlar umumiy G ga boy yadroga ega bo'lgan ikkita DNK konsensusining ketma-ketligini taniydilar". Molekulyar va uyali biologiya. 14 (3): 1786–95. doi:10.1128 / mcb.14.3.1786. PMC  358536. PMID  8114711.
  30. ^ "ZKSCAN3 - KRAB va SCAN domenlari bo'lgan sink barmoq oqsili 3 - Homo sapiens (Human) - ZKSCAN3 geni va oqsili". www.uniprot.org. Olingan 2016-05-09.
  31. ^ Song MR, Shirasaki R, Cai CL, Ruiz EC, Evans SM, Lee SK, Pfaff SL (2006). "T-box transkripsiyasi omil Tbx20 kranial vosita neyron hujayralari tanasi migratsiyasi uchun genetik dasturni tartibga soladi". Rivojlanish. 133 (24): 4945–55. doi:10.1242 / dev.02694. PMC  5851594. PMID  17119020.
  32. ^ "rProtein. Rekombinant oqsillar to'plami". rProtein.[doimiy o'lik havola ]
  33. ^ Lupo A, Cesaro E, Montano G, Zurlo D, Izzo P, Costanzo P (2013). "KRAB-sink barmoqlari oqsillari: bir nechta biologik funktsiyalarni namoyish qiluvchi repressor oilasi". Hozirgi Genomika. 14 (4): 268–78. doi:10.2174/13892029113149990002. PMC  3731817. PMID  24294107.
  34. ^ "www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=KLF2". www.genecards.org. Olingan 2016-05-09.
  35. ^ Ikeda K, Kavakami K (1995). "AREB6 sink-barmoq-gomeodomain oqsilining alohida domenlari bilan DNKning bog'lanishi gen transkripsiyasiga turlicha ta'sir qiladi". Evropa biokimyo jurnali. 233 (1): 73–82. doi:10.1111 / j.1432-1033.1995.073_1.x. PMID  7588776.
  36. ^ "www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=LRRFIP1". www.genecards.org. Olingan 2016-05-09.
  37. ^ "E2F1 E2F transkripsiyasi omil 1 [Homo sapiens (odam)] - Gen - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Olingan 2016-05-09.
  38. ^ "KLF7 Kruppelga o'xshash omil 7 (hamma joyda mavjud) [Homo sapiens (odam)] - Gen - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Olingan 2016-05-09.
  39. ^ "CEBPE CCAAT / kuchaytiruvchi bog'lovchi epsilon oqsili [Homo sapiens (odam)] - Gen - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Olingan 2016-05-09.
  40. ^ Lee DK, Suh D, Edenberg HJ, Hur MW (2002 yil iyul). "POZ domen transkripsiyasi faktori, FBI-1, ADH5 / FDH transkripsiyasini rux barmog'i bilan ta'sir o'tkazish va Sp1 ning DNK bilan bog'lanish faolligiga xalaqit berish bilan bosadi". Biologik kimyo jurnali. 277 (30): 26761–8. doi:10.1074 / jbc.M202078200. PMID  12004059.
  41. ^ "OLIG2 oligodendrositlar naslining transkripsiyasi omil 2 [Homo sapiens (odam)] - Gen - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Olingan 2016-05-09.
  42. ^ "www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=KLF3". www.genecards.org. Olingan 2016-05-09.