CGView - CGView
| Tarkib | |
|---|---|
| Tavsif | Dumaloq genomlarni ingl |
| Ma'lumot turlari qo'lga olindi | Ma'lumot kiritish: XML, yorliq bilan ajratilgan format yoki NCBI ptt formatidagi izohli genomik ketma-ketliklar. Ma'lumotlar chiqishi: Genomik xaritalarning statik yoki interaktiv tasvirlari. |
| Aloqa | |
| Ilmiy-tadqiqot markazi | Alberta universiteti |
| Laboratoriya | Doktor Pol Stotard va doktor Devid Uishart |
| Birlamchi iqtibos | [1] |
| Ishlab chiqarilish sanasi | 2004 |
| Kirish | |
| Veb-sayt | tilak |
| Turli xil | |
| Ma'lumotlarni chiqarish chastota | Oxirgi marta 2012 yilda yangilangan |
CGView (Circular Genome Viewer) - bu bepul yuklab olinadigan Java dasturiy ta'minot dasturi, applet va API (dastur dasturlash interfeysi ) rang-barang, kattalashtiriladigan, ko'prikli, boy izohli tasvirlarni yaratish uchun dairesel genomlar kabi bakterial xromosomalar, mitoxondrial DNK va plazmidlar.[1][2][3] Odatda veb uchun mos keladigan vizual chiqishni yaratish uchun bakterial ketma-ketlik izohlash quvurlarida ishlatiladi. Bundan tashqari, u turli xil mashhur veb-serverlarda (CGView veb-serverida, PlasMapper, BASys ) va ma'lumotlar bazalari (BacMap ).
Umumiy nuqtai
4000 dan ortiq bakterial genomlar va plazmid genomlarining minglab ketma-ketligi DNK sekvensiyalash texnologiyasining rivojlanganligi tufayli amalga oshirildi. CGView bakterial, plazmid, xloroplast, mitoxondrial DNK sekanslari kabi dairesel genomlarni ko'rish va izohlash uchun maxsus ehtiyojlarni qondirish uchun ishlab chiqilgan. O'rnatilgandan so'ng, CGView dasturi bir nechta turli xil fayl formatlarini qabul qiladi, bu erda xususiyatlar ma'lumotlari va ma'lumotlarni taqdim etish mumkin XML fayl, yorliq bilan ajratilgan fayl yoki NCBI ptt fayli. Keyin CGView kirishni grafik xaritaga o'zgartiradi (PNG, JPG, yoki SVG ) yorliqlar, sarlavhalar, afsonalar va izohlarni o'z ichiga oladigan rasm formatlari. Rasmlar statik, interaktiv yoki plakat o'lchamidagi rasmlarni bosib chiqarish yoki veb-sahifalarga joylashtirish uchun bo'lishi mumkin.
Texnologiya va qulaylik
CGView-da yozilgan Java dasturlash tili. U yuklab olinadigan Java dasturlar to'plami, shuningdek, applet va API. Applet to'plami veb-sahifalarga interaktiv xaritalarni kiritish uchun ishlatilishi mumkin. The API CGView-ni boshqa Java dasturlariga qo'shish uchun ishlatilishi mumkin. Yaqinda CGView-server ishlab chiqildi.
Shuningdek qarang
Adabiyotlar
- ^ a b Stothard, P; Wishart DS (2005). "CGView yordamida doiraviy genomni vizualizatsiya qilish va o'rganish". Bioinformatika. 21 (4): 537–9. doi:10.1093 / bioinformatika / bti054. PMID 15479716.
- ^ Grant, JR; Stothard P (2008). "CGView Server: dumaloq genomlar uchun qiyosiy genomika vositasi". Nuklein kislotalari rez. 36 (Veb-server muammosi): W181-4. doi:10.1093 / nar / gkn179. PMC 2447734. PMID 18411202.
- ^ Grant, JR; Arantes AS; Stothard P. (2012). "CGView taqqoslash vositasi yordamida minglab dumaloq genomlarni taqqoslash". BMC Genomics. 13: 202. doi:10.1186/1471-2164-13-202. PMC 3469350. PMID 22621371.