Shartli genlarni nokaut qilish - Conditional gene knockout - Wikipedia

Shartli genlarni nokaut qilish jigar kabi ba'zi bir to'qimalarda ma'lum bir genni yo'q qilish uchun ishlatiladigan usuldir.[1][2] Ushbu uslub individual genlarning tirik organizmlardagi rolini o'rganish uchun foydalidir. U an'anaviy genlarni nokautdan farq qiladi, chunki u hayotning boshidanoq o'chirilmasdan, ma'lum vaqtlarda aniq genlarni nishonga oladi. Shartli genlarni nokaut qilish texnikasidan foydalanish ko'plab nojo'ya ta'sirlarni an'anaviydan xalos qiladi genlarni nokaut qilish. An'anaviy gen nokautida, embrional o'lim gendan mutatsiya paydo bo'lishi mumkin va bu olimlarning kattalardagi genni o'rganishiga to'sqinlik qiladi. Ayrim to'qimalarni alohida holda to'g'ri o'rganish mumkin emas, shuning uchun gen boshqa to'qimalarda faol bo'lib, ma'lum bir to'qimada harakatsiz bo'lishi kerak. Ushbu texnologiya yordamida olimlar rivojlanishning ma'lum bir bosqichida genlarni nokaut qilishga va bir to'qimadagi genning nokauti boshqa to'qimalarda bir xil genga qanday ta'sir qilishini o'rganishga qodir.[3][4]

Texnik

Shartli nokaut sichqonchasini qanday yaratishni ko'rsatadigan diagramma: Cre genini o'z ichiga olgan sichqon va lox genini o'z ichiga olgan sichqon ma'lum bir qiziqish geni uchun shartli nokaut hosil qilish uchun ishlab chiqarilgan. Sichqonlar Cre recombinase yoki lox saytlarini tabiiy ravishda ifoda etmaydi, ammo ular kerakli genlarni yaratish uchun ushbu gen mahsulotlarini ifoda etish uchun yaratilgan.

Eng ko'p ishlatiladigan texnika Cre-lox rekombinatsiya tizimidir. Cre rekombinaza fermenti DNK tarkibidagi ikkita lox (rekombinatsiya joylari) joylarini aniq taniydi va sabablarini keltirib chiqaradi rekombinatsiya ular orasida. Rekombinatsiya paytida DNKning ikkita zanjiri ma'lumot almashadi. Ushbu rekombinatsiya yo'naltirilganligiga qarab, ikkita lox saytlari orasidagi genlarning yo'q qilinishiga yoki inversiyasiga olib keladi. Uni faolsizlantirish uchun butun genni olib tashlash mumkin.[1][3] Ushbu tizim induktivdir, shuning uchun ma'lum bir vaqtda genlarni chiqarib yuborish uchun kimyoviy moddalar qo'shilishi mumkin. Eng ko'p ishlatiladigan kimyoviy moddalardan ikkitasi Cre rekombinaz genining transkripsiyasini faollashtiradigan tetratsiklin va Cre rekombinaz oqsilini yadroga etkazilishini faollashtiradigan tamoksifen.[4] Faqat bir nechta hujayra turlari Cre rekombinazasini ekspres qiladi va hech qanday sutemizuvchi hujayralar uni ifoda etmaydi, shuning uchun sutemizuvchilarda shartli gen nokautidan foydalanganda lox joylarini tasodifan faollashtirish xavfi yo'q. Organizmda kre-rekombinazani qanday ekspresatsiya qilishni aniqlash bu texnikaning eng qiyin qismiga aylanadi.[3]

Foydalanadi

Shartli genni nokaut qilish usuli ko'pincha boshqa sutemizuvchilarda odam kasalliklarini modellashtirish uchun ishlatiladi.[2] Bu olimlarning o'ziga xos hujayralar turlarida yoki rivojlanish bosqichlarida rivojlanadigan saraton kabi kasalliklarni o'rganish qobiliyatini oshirdi.[4] BRCA1 genidagi mutatsiyalar ko'krak bezi saratoni bilan bog'liqligi ma'lum. BRCA1ni yo'q qilish uchun olimlar shartli gen nokautidan foydalanishdi allel sichqonlarda sut bezlari to'qimalarida va uning o'smani bostirishda muhim rol o'ynashi aniqlandi.[3]

In ma'lum bir gen sichqon miyasi boshlanishida qatnashgan deb o'ylashdi Altsgeymer kasalligi ferment uchun qaysi kodlar siklinga bog'liq kinaz 5 (Cdk5) nokautga uchradi. Bunday sichqonlar odatdagi sichqonlarga qaraganda "aqlli" ekanligi aniqlandi va laboratoriyada ishlab chiqarilgan "oddiy" sichqonlarga nisbatan murakkab vazifalarni yanada oqilona bajara oldi.[5]

Nokautli sichqoncha loyihasi (KOMP)

Sichqonlardagi shartli genlarni nokaut qilish ko'pincha odam kasalliklarini o'rganish uchun ishlatiladi, chunki ko'plab genlar ikkala turda ham o'xshash fenotiplarni hosil qiladi. So'nggi 100 yil ichida laboratoriya sichqonchani genetikasi ishlatilgan, chunki sichqonlar fiziologik jihatdan odamlarga sifatli sinovlarni o'tkazish uchun etarlicha o'xshash sutemizuvchilardir. Bu ikkalasida shunday o'xshash genlar mavjudki, 4000 ta o'rganilgan gendan faqat 10 tasi bitta turda topilgan, boshqasida topilmagan. Taxminan 80 million yil oldin barcha sutemizuvchilar bir xil umumiy ajdodga ega edilar; texnik jihatdan sutemizuvchilarning barcha genomlari nisbatan o'xshashdir. Biroq, sichqonlar va odamlar o'rtasidagi taqqoslaganda, ularning genomlarining oqsillarni kodlovchi hududlari 85% ga teng va ularning 99% gomologlari o'rtasida o'xshashlik mavjud. Ushbu o'xshashliklar, ikki tur o'rtasida o'xshash fenotiplarni ifodalashga olib keladi. [8] [12] Ularning genlari odamlarga juda o'xshaydi, ularning 99% gomologlari o'xshash. Shu kabi fenotiplarni ishlab chiqarish bilan bir qatorda ularni shartli genlarni nokaut qilish uchun juda istiqbolli nomzodlarga aylantirish bilan bir qatorda. [8] KOMP ning maqsadi sichqonlar tarkibidagi 20000 oqsillarni kodlovchi genlarning har biri uchun embrional ildiz hujayralarida nokaut mutatsiyalarini yaratishdir.[2] Genlar nokaut qilinadi, chunki bu ularning funktsiyalarini o'rganish va inson kasalliklarida ularning o'rni haqida ko'proq bilib olishning eng yaxshi usuli. Shartli genlarni nokaut qilishning ikkita asosiy strategiyasi mavjud: ular genlarni nishonga olish yoki gomologik rekombinatsiya va genlarni tutib olish. Ikkala usul ham odatda sun'iy DNKni maqsadli ES hujayrasiga etkazish usuli sifatida o'zgartirilgan virusli vektor yoki chiziqli bo'lakka ega. Keyin hujayralar petri idishida bir necha kun o'sadi va dastlabki bosqichdagi embrionlarga kiritiladi. Va nihoyat, embrionlar kattalar urg'ochi ayolning bachadoniga joylashtiriladi, u erda u o'z avlodlariga o'sishi mumkin. [9] Ushbu loyihadagi ba'zi allellarni an'anaviy usullar yordamida nokaut qilish mumkin emas va shartli genlarni nokaut qilish texnikasining o'ziga xosligini talab qiladi. Oxirgi qolgan allellarni nokaut qilish uchun boshqa kombinatorial usullar kerak. Shartli genlarni nokaut qilish - bu ko'p vaqt talab qiladigan protsedura va qolgan sichqon genlarini nokaut qilishga qaratilgan qo'shimcha loyihalar mavjud.[6] KOMP loyihaning yordamchisi Oliver Smitis, shubhasiz, ushbu genning aniqlanishiga eng katta ilmiy ta'sir ko'rsatdi. Oliver tibbiyot bo'yicha Nobel mukofotini genlardagi funktsiyalarni aniqlash qobiliyatiga va ba'zi genlarni yo'q qilish uchun "nokaut" usulidan foydalanishga imkon beradigan texnikasi tufayli oldi. Afsuski, genlarni yo'naltirish bo'yicha kashshof 2017 yil 10-yanvarda 91 yoshida vafot etdi. [11] Loyihalashtirilgan KOMP 2006 yilda boshlangan va hozir ham davom etmoqda.[7] KOMP ombori loyihalarda qatnashganlarga o'zlarining fikr-mulohazalarini qaytarish uchun imtiyozlar beradi va aniq mezonlarga javob beradiganlarga tadqiqot hujayralari narxining 50% qaytarilishi mumkin. [10]

Adabiyotlar

  1. ^ a b Varshney, Guarav; Burgess, Shawn (2013 yil 26 oktyabr). "Zebrafishdagi mutagenez va fenotiplash manbalari rivojlanish va inson kasalliklarini o'rganish uchun". Funktsional Genomika bo'yicha brifinglar. 13 (2): 82–94. doi:10.1093 / bfgp / elt042. PMC  3954039. PMID  24162064.
  2. ^ a b v Skarnes, Uilyam; Rozen, Barri; va boshq. (2011). "Sichqon genlari funktsiyasini genom bo'yicha o'rganish uchun shartli nokaut-resurs". Tabiat. 474 (7351): 337–342. doi:10.1038 / tabiat10163. PMC  3572410. PMID  21677750.
  3. ^ a b v d Klark, Alan (2000 yil 21 mart). "Urug'lanishni manipulyatsiya qilish: uning kanserogenezni o'rganishga ta'siri". Kanserogenez. 21 (3): 435–441. doi:10.1093 / kanser / 21.3.435. PMID  10688863.
  4. ^ a b v Chjan, Tszyan; Zhao, Jing (2012 yil iyul). "Shartli genlar bilan manipulyatsiya: yangi biologik davrni yaratish". J Zhejiang Univ Sci B. 13 (7): 511–524. doi:10.1631 / jzus.b1200042. PMC  3390709. PMID  22761243.
  5. ^ "Genetik muhandislik orqali intellektni oshirish". 2007-05-29. Olingan 2015-05-30.
  6. ^ Guan, Chunmey; Ha, Chao; Yang, Xiaomey; Gao, Jiangang (2010). "Sichqonchani nokaut qilish bo'yicha katta miqyosdagi harakatlarini ko'rib chiqish". Ibtido. 48 (2): 73–85. doi:10.1002 / dv.20594. PMID  20095055. S2CID  34470273.
  7. ^ Gondo, Y (2008). "Sichqonchaning keng ko'lamli mutagenezi tendentsiyalari: genetikadan funktsional genomikaga". Nat. Rev. Genet. 9 (10): 803–810. doi:10.1038 / nrg2431. PMID  18781157. Olingan 5 noyabr 2015.

8. Ostin, CP, Battey, JF, Bredli, A., Bukan, M., Kapekchi, M., Kollinz, FS, Dove, WF, Dyuk, G., Dymecki, S., Eppig, JT, Grider, FB. , Heintz, N., Hicks, G., Insel, TR, Joyner, A., Koller, BH, Lloyd, KC, Magnuson, T., Mur, MW, Nagy, A.,… Zambrowicz, B. (2004) . Sichqoncha nokauti loyihasi. Tabiat genetikasi, 36 (9), 921-924. https://doi.org/10.1038/ng0904-921

9. Nokautli sichqonlar haqida ma'lumot. (nd). Https://www.genome.gov/about-genomics/fact-sheets/Knockout-Mice-Fact-Sheet sahifasidan olindi

10. Lloyd K. C. (2011). Biotibbiy tadqiqotlar hamjamiyati uchun nokaut sichqonchani manbai. Nyu-York Fanlar akademiyasining yilnomalari, 1245, 24–26. https://doi.org/10.1111/j.1749-6632.2011.06311.x

11. Nobel mukofoti sovrindori doktor Oliver Smitis 10-iyul kuni Earl H. Morris Endowed ma'ruzasini o'qiydi (nd). Https://medicine.wright.edu/about/article/2009/smithieslecture saytidan olindi

12. NIH. (nd). Sichqoncha nima uchun muhim. Https://www.genome.gov/10001345/importance-of-mouse-genome dan olingan