Drosha - Drosha

DROSHA
Mavjud tuzilmalar
PDB	Ortholog qidiruvi: PDBe RCSB
PDB id kodlari ro'yxati
	2KHX, 5B16
Identifikatorlar
Taxalluslar	DROSHA, ETOHI2, HSA242976, RANSE3L, RN3, RNASE3L, RNASEN, drosha ribonukleaz III
Tashqi identifikatorlar	OMIM: 608828 MGI: 1261425 HomoloGene: 8293 Generkartalar: DROSHA
Gen joylashuvi (odam)
Chr.	Xromosoma 5 (odam)
Oxiri	31,532,196 bp
Gen joylashuvi (Sichqoncha)
Chr.	Xromosoma 15 (sichqoncha)
Oxiri	12,935,291 bp
RNK ekspressioni naqsh
	Qo'shimcha ma'lumotni ifodalash ma'lumotlari
Gen ontologiyasi
Molekulyar funktsiya	• ribonukleaz III faolligi; • oqsilni homodimerizatsiya qilish faoliyati; • lipopolisakkaridni bog'lash; • metall ionlari bilan bog'lanish; • endoribonukleaza faolligi; • GO: 0001948 oqsil bilan bog'lanish; • nukleaza faolligi; • endonukleaza faolligi; • gidrolaza faolligi; • RNK bilan bog'lanish; • O'lik / H-quti RNK helikazni bog'lash; • SMAD majburiyligi; • R-SMAD majburiyligi; • birlamchi miRNK bilan bog'lanish; • ikki zanjirli RNK bilan bog'lanish;
Uyali komponent	• nukleoplazma; • mikroprotsessor kompleksi; • nukleus; • hujayra yadrosi; • hujayra membranasi; • fokal yopishqoqlik; • GO: 0097483, GO: 0097481 postsinaptik zichlik;
Biologik jarayon	• RNKni qayta ishlash; • ribosoma biogenezi; • nuklein kislota fosfodiester bog'lanishining gidrolizi; • rRNK katabolik jarayoni; • gen ekspressionining ijobiy regulyatsiyasi; • Gram-manfiy bakteriyaga qarshi himoya reaktsiyasi; • miRNK metabolik jarayonini tartibga solish; • birlamchi miRNKni qayta ishlash; • gen ekspressionini tartibga solish; • Gram-musbat bakteriyaga qarshi himoya; • RNK fosfodiester bog'lanishining gidrolizi, endonukleolitik; • tartibga soluvchi T hujayralari farqlanishini tartibga solish; • RNK fosfodiester bog'lanishining gidrolizi; • yallig'lanish reaktsiyasini tartibga solish; • miRNK metabolik jarayoni; • genning RNK tomonidan susayishi; • RNK interferentsiyasida ishtirok etgan siRNA ishlab chiqarish; • oldingi miRNKni qayta ishlash;
	Manbalar:Amigo / QuickGO
Ortologlar
	29102
	14000
	ENSG00000113360
	ENSMUSG00000022191
	Q9NRR4
	Q5HZJ0
	NM_001100412; NM_013235; NM_001382508
	NM_001130149; NM_026799
	NP_001093882; NP_037367; NP_001369437
	NP_001123621; NP_081075
	Vikidata
Insonni ko'rish / tahrirlash	Sichqonchani ko'rish / tahrirlash

Drosha bu 2-sinf ribonukleaz III ferment ^[5] odamlarda kodlanganligi DROSHA (avval RNASEN) gen.^[6]^[7]^[8]

Funktsiya

Ribonukleaz III superfamilasining a'zolari ikki simli (ds) RNK - o'ziga xos endoribonukleazalar turli xil ishtirok etish RNK pishib etish va parchalanish yo'llari ökaryotik va prokaryotik hujayralar.^[9] RNase III Drosha yadrosidir nukleaz ning boshlanish bosqichini bajaradigan mikroRNK (miRNA) ni qayta ishlash yadro.^[8]^[10]

Shunday qilib hosil bo'lgan mikroRNKlar qisqa RNK bilan o'zaro aloqada bo'lish orqali boshqa turli xil genlarni boshqaradigan molekulalar RNK tomonidan induktsiya qilingan kompleks (RISC) dekolte qilish uchun bir-birini to'ldiruvchi xabarchi RNK (mRNA) ning bir qismi sifatida RNK aralashuvi yo'l. MikroRNK molekulasi uzun RNK sifatida sintezlanadi asosiy transkript sifatida tanilgan pri-miRNAxarakteristikasini yaratish uchun Drosha tomonidan ajratilgan dastani halqasi 70 ga yaqin tuzilish tayanch juftliklari uzoq, a sifatida tanilgan pre-miRNA.^[10] Drosha a ning bir qismi sifatida mavjud oqsil kompleksi deb nomlangan Mikroprotsessor majmuasi, shuningdek tarkibida ikkita ipli RNK bilan bog'lovchi oqsil mavjud DGCR8 (deb nomlangan Pasha yilda D. melanogaster va C. elegans ).^[11] DGCR8 Drosha faoliyati uchun juda zarur va pri-miRNA ning to'g'ri ishlov berish uchun zarur bo'lgan bir qatorli bo'laklarini bog'lashga qodir.^[12]

Inson Drosha 2000 yilda klonlangan^{[iqtibos kerak ]}, uni qayta ishlashda ishtirok etgan yadroviy dsRNA ribonuklezi ekanligi aniqlanganda ribosomal RNK kashshoflar. MiRNKni qayta ishlash va faoliyatida ishtirok etadigan boshqa ikkita odam fermenti bu Dicer va Argonaute oqsillar.

Drosha va DGCR8 ikkalasi ham mahalliylashtirilgan hujayra yadrosi, bu erda pri-miRNA-ni oldindan miRNKgacha qayta ishlash sodir bo'ladi. Ushbu oxirgi molekula keyinchalik RNaz tomonidan qayta ishlanadi Dicer hujayradagi etuk miRNKlarga aylanadi sitoplazma.^[10] Droshaning izoformasi mavjud bo'lib, u yadro lokalizatsiya signalini o'z ichiga olmaydi, natijada c-Drosha hosil bo'ladi.^[13]^[14] Ushbu variant hujayra uchun lokalizatsiya qilinganligi ko'rsatilgan sitoplazma yadrodan ko'ra, ammo pri-miRNAni qayta ishlashga ta'siri hali aniq emas.

Drosha va Dicer ham qatnashadilar DNKning zararlanishiga javob.^[15]

Klinik ahamiyati

Drosha va boshqa miRNKni qayta ishlash fermentlari saraton prognozida muhim ahamiyatga ega bo'lishi mumkin.^[16] Drosha ham Dicer kabi ishlashi mumkin asosiy regulyatorlar miRNKni qayta ishlash va ba'zi turlarida pastga regulyatsiya qilinganligi kuzatilgan ko'krak bezi saratoni.^[17] Droshaning muqobil biriktiruvchi naqshlari Saraton genomi atlasi shuningdek, c-drosha ko'krak bezi saratonining turli turlarida boyitilgan ko'rinadi, yo'g'on ichak saratoni va qizilo'ngach saratoni.^[14] Biroq, mikroRNKni qayta ishlash va o'rtasidagi bog'liqlikning aniq tabiati shish paydo bo'lishi tushunarsiz,^[18] ammo uning funktsiyasini mustaqil tekshirish asosida siRNA nokdaun bilan samarali tekshirish mumkin.^[19]

Adabiyotlar

^ ^a ^b ^v GRCh38: Ensembl relizi 89: ENSG00000113360 - Ansambl, 2017 yil may
^ ^a ^b ^v GRCm38: Ensembl relizi 89: ENSMUSG00000022191 - Ansambl, 2017 yil may
^ "Human PubMed ma'lumotnomasi:". Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi, AQSh Milliy Tibbiyot Kutubxonasi.
^ "Sichqoncha PubMed ma'lumotnomasi:". Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi, AQSh Milliy Tibbiyot Kutubxonasi.
^ Filippov V, Solovyev V, Filippova M, Gill SS (mart 2000). "EKaryotlarda RNase III oilaviy oqsillarining yangi turi". Gen. 245 (1): 213–21. doi:10.1016 / s0378-1119 (99) 00571-5. PMID 10713462.
^ Filippov V, Solovyev V, Filippova M, Gill SS (mart 2000). "EKaryotlarda RNase III oilaviy oqsillarining yangi turi". Gen. 245 (1): 213–21. doi:10.1016 / S0378-1119 (99) 00571-5. PMID 10713462.
^ Vu X, Xu X, Miragliya LJ, Krouk ST (Noyabr 2000). "Inson RNase III - bu preribozomal RNKni qayta ishlashda ishtirok etadigan 160 kDa oqsilidir". Biologik kimyo jurnali. 275 (47): 36957–65. doi:10.1074 / jbc.M005494200. PMID 10948199.
^ ^a ^b "Entrez Gen: RNASEN ribonukleaz III, yadro".
^ Fortin KR, Nikolson RH, Nikolson AW (2002 yil avgust). "Sichqoncha ribonukleaz III. CDNA tuzilishi, ekspression tahlili va xromosoma joylashuvi". BMC Genomics. 3 (1): 26. doi:10.1186/1471-2164-3-26. PMC 122089. PMID 12191433.
^ ^a ^b ^v Lee Y, Ahn C, Xan J, Choi H, Kim J, Yim J, Li J, Provost P, Rådmark O, Kim S, Kim VN (sentyabr 2003). "Yadro RNase III Drosha mikroRNKni qayta ishlashni boshlaydi". Tabiat. 425 (6956): 415–9. doi:10.1038 / nature01957. PMID 14508493. S2CID 4421030.
^ Denli AM, Tops BB, Plasterk RH, Ketting RF, Hannon GJ (2004 yil noyabr). "Mikroprotsessor kompleksi tomonidan birlamchi mikroRNKlarni qayta ishlash". Tabiat. 432 (7014): 231–5. doi:10.1038 / tabiat03049. PMID 15531879. S2CID 4425505.
^ Xan J, Li Y, Yeom KH, Nam JW, Xeo I, Ri JK, Sohn SY, Cho Y, Chjan BT, Kim VN (iyun 2006). "Drosha-DGCR8 kompleksi tomonidan birlamchi mikroRNKlarni tanib olishning molekulyar asoslari". Hujayra. 125 (5): 887–901. doi:10.1016 / j.cell.2006.03.043. PMID 16751099. S2CID 453021.
^ Link S, Grund SE, Diederichs S (2016 yil may). "Muqobil qo'shilish Droshaning subcellular joylashuviga ta'sir qiladi". Nuklein kislotalarni tadqiq qilish. 44 (11): 5330–43. doi:10.1093 / nar / gkw400. PMC 4914122. PMID 27185895.
^ ^a ^b Dai L, Chen K, Youngren B, Kulina J, Yang A, Guo Z, Li J, Yu P, Gu S (2016 yil iyul). "Doshaning sitoplazmik faolligi muqobil qo'shilish natijasida hosil bo'ladi". Nuklein kislotalarni tadqiq qilish. 44 (21): 10454–10466. doi:10.1093 / nar / gkw668. PMC 5137420. PMID 27471035.
^ Francia S, Michelini F, Saxena A, Tang D, de Hoon M, Anelli V, Mione M, Carninci P, d'Adda di Fagagna F (avgust 2012). "Saytga xos DICER va DROSHA RNK mahsulotlari DNKning zararlanishiga ta'sirini nazorat qiladi". Tabiat. 488 (7410): 231–5. doi:10.1038 / tabiat11179. PMC 3442236. PMID 22722852.
^ Slack FJ, Weidhaas JB (dekabr 2008). "Saraton prognozida mikroRNK". Nyu-England tibbiyot jurnali. 359 (25): 2720–2. doi:10.1056 / NEJMe0808667. PMID 19092157.
^ Tomson JM, Newman M, Parker JS, Morin-Kensicki EM, Rayt T, Hammond SM (2006 yil avgust). "MikrokRNKlarning transkripsiyadan keyingi keng ko'lamli regulyatsiyasi va uning saratonga ta'siri". Genlar va rivojlanish. 20 (16): 2202–7. doi:10.1101 / gad.1444406. PMC 1553203. PMID 16882971.
^ Iorio MV, Croce CM (iyun 2012). "odamning saraton kasalligiga chalingan mikroRNK". Kanserogenez. 33 (6): 1126–33. doi:10.1093 / karsin / bgs140. PMC 3514864. PMID 22491715.
^ Munkachsi, Kyonggi; Stupinski, Tszofiya; Herman, Peter; Ban, Bens; Penzvalto, Zofiya; Svarvas, Nora; Jirffy, Balázs (2016-01-01). "Gen massivi ma'lumotlaridan foydalangan holda RNAi sukunat samaradorligini tasdiqlash 429 ta mustaqil tajribada 18,5% muvaffaqiyatsizlik darajasini ko'rsatadi". Molekulyar terapiya - nuklein kislotalar. 5 (9): e366. doi:10.1038 / mtna.2016.66. ISSN 2162-2531. PMC 5056990. PMID 27673562.

Qo'shimcha o'qish

Gunther M, Laithier M, Brison O (iyul 2000). "Ikki gibrid skriningda aniqlangan transkripsiya faktori Sp1 bilan o'zaro ta'sir qiluvchi oqsillar to'plami". Molekulyar va uyali biokimyo. 210 (1–2): 131–42. doi:10.1023 / A: 1007177623283. PMID 10976766. S2CID 1339642.
Fortin KR, Nikolson RH, Nikolson AW (2002 yil avgust). "Sichqoncha ribonukleaz III. CDNA tuzilishi, ekspression tahlili va xromosoma joylashuvi". BMC Genomics. 3 (1): 26. doi:10.1186/1471-2164-3-26. PMC 122089. PMID 12191433.
Lee Y, Ahn C, Xan J, Choi H, Kim J, Yim J, Li J, Provost P, Rådmark O, Kim S, Kim VN (sentyabr 2003). "Yadro RNase III Drosha mikroRNKni qayta ishlashni boshlaydi". Tabiat. 425 (6956): 415–9. doi:10.1038 / nature01957. PMID 14508493. S2CID 4421030.
Gregori RI, Yan KP, Amuthan G, Chendrimada T, Doratotaj B, Cooch N, Shiekhattar R (2004 yil noyabr). "Mikroprotsessor kompleksi mikroRNKlar genezisiga vositachilik qiladi". Tabiat. 432 (7014): 235–40. doi:10.1038 / nature03120. PMID 15531877. S2CID 4389261.
Zeng Y, Yi R, Kullen BR (2005 yil yanvar). "Drosha yadroviy qayta ishlash fermenti tomonidan birlamchi mikroRNK prekursorlarining tan olinishi va parchalanishi". EMBO jurnali. 24 (1): 138–48. doi:10.1038 / sj.emboj.7600491. PMC 544904. PMID 15565168.
Xan J, Li Y, Yeom KH, Kim YK, Jin X, Kim VN (2004 yil dekabr). "Birlamchi mikroRNKni qayta ishlashda Drosha-DGCR8 kompleksi". Genlar va rivojlanish. 18 (24): 3016–27. doi:10.1101 / gad.1262504. PMC 535913. PMID 15574589.
Landthaler M, Yalcin A, Tuschl T (2004 yil dekabr). "MiRNA biogenezi uchun odamning DiGeorge sindromining kritik mintaqa geni 8 va uning D. melanogaster homologi talab qilinadi". Hozirgi biologiya. 14 (23): 2162–7. doi:10.1016 / j.cub.2004.11.001. hdl:11858 / 00-001M-0000-0012-EB83-3. PMID 15589161. S2CID 13266269.
Zeng Y, Kullen BR (2005 yil iyul). "Drosha tomonidan birlamchi mikroRNK soch tolasini samarali qayta ishlash uchun strukturaviy bo'lmagan RNK ketma-ketliklari kerak". Biologik kimyo jurnali. 280 (30): 27595–603. doi:10.1074 / jbc.M504714200. PMID 15932881.
Irvin-Uilson CV, Chaudhuri G (2006). "Insonning ko'krak hujayralarida genning ekspressioni bo'yicha muqobil boshlash va biriktirish". Ko'krak bezi saratonini o'rganish. 7 (4): R563-9. doi:10.1186 / bcr1043. PMC 1175071. PMID 15987463.
Kimura K, Vakamatsu A, Suzuki Y, Ota T, Nishikava T, Yamashita R, Yamamoto J, Sekine M, Tsuritani K, Vakaguri H, Ishii S, Sugiyama T, Saito K, Isono Y, Iri R, Kushida N, Yoneyama T , Otsuka R, Kanda K, Yokoi T, Kondo H, Vagatsuma M, Murakava K, Ishida S, Ishibashi T, Takaxashi-Fujii A, Tanase T, Nagai K, Kikuchi H, Nakai K, Isogai T, Sugano S (2006 yil yanvar) ). "Transkripsiya modulyatsiyasining diversifikatsiyasi: keng ko'lamli identifikatsiyalash va inson genlarining muqobil alternativ targ'ibotchilarini tavsiflash". Genom tadqiqotlari. 16 (1): 55–65. doi:10.1101 / gr.4039406. PMC 1356129. PMID 16344560.
Olsen QK, Blagoev B, Gnad F, Macek B, Kumar S, Mortensen P, Mann M (noyabr 2006). "Signalizatsiya tarmoqlarida global, in vivo va maydonga xos fosforillanish dinamikasi". Hujayra. 127 (3): 635–48. doi:10.1016 / j.cell.2006.09.026. PMID 17081983. S2CID 7827573.
Sugito N, Ishiguro H, Kuvabara Y, Kimura M, Mitsui A, Kurehara H, Ando T, Mori R, Takashima N, Ogava R, Fujii Y (dekabr 2006). "RNASEN hujayralar ko'payishini tartibga soladi va qizilo'ngach saratoni bilan kasallangan bemorlarning yashashiga ta'sir qiladi". Klinik saraton tadqiqotlari. 12 (24): 7322–8. doi:10.1158 / 1078-0432.CCR-06-0515. PMID 17121874.
Kim YK, Kim VN (2007 yil fevral). "Intronik mikroRNKlarni qayta ishlash". EMBO jurnali. 26 (3): 775–83. doi:10.1038 / sj.emboj.7601512. PMC 1794378. PMID 17255951.
Xing L, Kieff E (sentyabr 2007). "III kechikish paytida va replikatsiya induksiyasidan keyin Epstein-Barr virusi BHRF1 mikro va barqaror RNKlari". Virusologiya jurnali. 81 (18): 9967–75. doi:10.1128 / JVI.02244-06. PMC 2045418. PMID 17626073.

Tashqi havolalar

Da mavjud bo'lgan barcha tarkibiy ma'lumotlarga umumiy nuqtai PDB uchun UniProt: Q9NRR4 (Ribonukleaz 3) da PDBe-KB.

[refGRCh38Ensembl-1] v GRCh38: Ensembl relizi 89: ENSG00000113360 - Ansambl, 2017 yil may

[refGRCm38Ensembl-2] v GRCm38: Ensembl relizi 89: ENSMUSG00000022191 - Ansambl, 2017 yil may

[3] "Human PubMed ma'lumotnomasi:". Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi, AQSh Milliy Tibbiyot Kutubxonasi.

[4] "Sichqoncha PubMed ma'lumotnomasi:". Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi, AQSh Milliy Tibbiyot Kutubxonasi.

[Filippov-5] Filippov V, Solovyev V, Filippova M, Gill SS (mart 2000). "EKaryotlarda RNase III oilaviy oqsillarining yangi turi". Gen. 245 (1): 213–21. doi:10.1016 / s0378-1119 (99) 00571-5. PMID 10713462.

[pmid10713462-6] Filippov V, Solovyev V, Filippova M, Gill SS (mart 2000). "EKaryotlarda RNase III oilaviy oqsillarining yangi turi". Gen. 245 (1): 213–21. doi:10.1016 / S0378-1119 (99) 00571-5. PMID 10713462.

[7] Vu X, Xu X, Miragliya LJ, Krouk ST (Noyabr 2000). "Inson RNase III - bu preribozomal RNKni qayta ishlashda ishtirok etadigan 160 kDa oqsilidir". Biologik kimyo jurnali. 275 (47): 36957–65. doi:10.1074 / jbc.M005494200. PMID 10948199.

[entrez-8] "Entrez Gen: RNASEN ribonukleaz III, yadro".

[fortin-9] Fortin KR, Nikolson RH, Nikolson AW (2002 yil avgust). "Sichqoncha ribonukleaz III. CDNA tuzilishi, ekspression tahlili va xromosoma joylashuvi". BMC Genomics. 3 (1): 26. doi:10.1186/1471-2164-3-26. PMC 122089. PMID 12191433.

[Lee_2003-10] v Lee Y, Ahn C, Xan J, Choi H, Kim J, Yim J, Li J, Provost P, Rådmark O, Kim S, Kim VN (sentyabr 2003). "Yadro RNase III Drosha mikroRNKni qayta ishlashni boshlaydi". Tabiat. 425 (6956): 415–9. doi:10.1038 / nature01957. PMID 14508493. S2CID 4421030.

[pmid15531879-11] Denli AM, Tops BB, Plasterk RH, Ketting RF, Hannon GJ (2004 yil noyabr). "Mikroprotsessor kompleksi tomonidan birlamchi mikroRNKlarni qayta ishlash". Tabiat. 432 (7014): 231–5. doi:10.1038 / tabiat03049. PMID 15531879. S2CID 4425505.

[pmid16751099-12] Xan J, Li Y, Yeom KH, Nam JW, Xeo I, Ri JK, Sohn SY, Cho Y, Chjan BT, Kim VN (iyun 2006). "Drosha-DGCR8 kompleksi tomonidan birlamchi mikroRNKlarni tanib olishning molekulyar asoslari". Hujayra. 125 (5): 887–901. doi:10.1016 / j.cell.2006.03.043. PMID 16751099. S2CID 453021.

[LINK-13] Link S, Grund SE, Diederichs S (2016 yil may). "Muqobil qo'shilish Droshaning subcellular joylashuviga ta'sir qiladi". Nuklein kislotalarni tadqiq qilish. 44 (11): 5330–43. doi:10.1093 / nar / gkw400. PMC 4914122. PMID 27185895.

[nar.oxfordjournals.org-14] Dai L, Chen K, Youngren B, Kulina J, Yang A, Guo Z, Li J, Yu P, Gu S (2016 yil iyul). "Doshaning sitoplazmik faolligi muqobil qo'shilish natijasida hosil bo'ladi". Nuklein kislotalarni tadqiq qilish. 44 (21): 10454–10466. doi:10.1093 / nar / gkw668. PMC 5137420. PMID 27471035.

[francia-15] Francia S, Michelini F, Saxena A, Tang D, de Hoon M, Anelli V, Mione M, Carninci P, d'Adda di Fagagna F (avgust 2012). "Saytga xos DICER va DROSHA RNK mahsulotlari DNKning zararlanishiga ta'sirini nazorat qiladi". Tabiat. 488 (7410): 231–5. doi:10.1038 / tabiat11179. PMC 3442236. PMID 22722852.

[pmid19092157-16] Slack FJ, Weidhaas JB (dekabr 2008). "Saraton prognozida mikroRNK". Nyu-England tibbiyot jurnali. 359 (25): 2720–2. doi:10.1056 / NEJMe0808667. PMID 19092157.

[17] Tomson JM, Newman M, Parker JS, Morin-Kensicki EM, Rayt T, Hammond SM (2006 yil avgust). "MikrokRNKlarning transkripsiyadan keyingi keng ko'lamli regulyatsiyasi va uning saratonga ta'siri". Genlar va rivojlanish. 20 (16): 2202–7. doi:10.1101 / gad.1444406. PMC 1553203. PMID 16882971.

[18] Iorio MV, Croce CM (iyun 2012). "odamning saraton kasalligiga chalingan mikroRNK". Kanserogenez. 33 (6): 1126–33. doi:10.1093 / karsin / bgs140. PMC 3514864. PMID 22491715.

[19] Munkachsi, Kyonggi; Stupinski, Tszofiya; Herman, Peter; Ban, Bens; Penzvalto, Zofiya; Svarvas, Nora; Jirffy, Balázs (2016-01-01). "Gen massivi ma'lumotlaridan foydalangan holda RNAi sukunat samaradorligini tasdiqlash 429 ta mustaqil tajribada 18,5% muvaffaqiyatsizlik darajasini ko'rsatadi". Molekulyar terapiya - nuklein kislotalar. 5 (9): e366. doi:10.1038 / mtna.2016.66. ISSN 2162-2531. PMC 5056990. PMID 27673562.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]

[15]

[16]

[17]

[18]

[19]