EM ma'lumotlar banki - EM Data Bank
 | |
|---|---|
| Tarkib | |
| Tavsif | Uchun yagona ma'lumotlar manbai CryoEM. |
| Aloqa | |
| Ilmiy-tadqiqot markazi | Evropa bioinformatika instituti (Buyuk Britaniya sayti) va Rutgers universiteti (AQSh sayti) |
| Laboratoriya | PDBe & RCSB PDB |
| Birlamchi iqtibos | Louson va boshq. (2011)[1] |
| Ishlab chiqarilish sanasi | 2002 |
| Kirish | |
| Veb-sayt | emdatabank |
The EM ma'lumotlar banki yoki Elektron mikroskopiya ma'lumotlar banki (EMDB) biologik namunalarning elektron mikroskopi yordamida aniqlangan 3D EM xaritalarini va tegishli eksperimental ma'lumotlarni to'playdi. U 2002 yilda tashkil etilgan MSD / PDBe guruhi Evropa bioinformatika instituti (EBI), EMDataBank.org konsortsiumining Evropa sayti joylashgan joyda. 2015 yildan boshlab[yangilash], manba 2600 dan ortiq yozuvni o'z ichiga olgan, o'rtacha o'lchamlari 15Å.[2]
Ma'lumotlarni joylashtirish dastlab EMdep yotqizish interfeysi orqali amalga oshirilgan edi, ammo 2016 yildan beri ma'lumotlar joylashtirilishi wwPDB OneDep interfeysi[3]
Ostida CryoEM uchun NIH yagona ma'lumotlar manbai, Strukturaviy biologiya bo'yicha ilmiy hamkorlik (RCSB) shuningdek, EMDB ma'lumotlarini joylashtirish, ma'lumotlarni qayta ishlash va tarqatish markazi vazifasini bajaradi Makromolekulyar tasvirlash milliy markazi (NCMI) SMDBga tegishli xizmatlar va vositalarni taqdim etishda hamkorlikdagi sherikdir.
EM Data Bank shuningdek quyidagilarni taqdim etadi EM qidirish qidirish vositasi va ma'lumotlardan ham so'ralishi mumkin RCSB, EMBL-EBI va PDBj[1].
EMDB barcha turdagi biologik birikmalar, shu jumladan ribosomalar, chaperonlar, polimerazalar, ko'p funktsional fermentlar va viruslarning uch o'lchovli zichlik xaritalari uchun arxivdir. Viper EMDB da Scripps viruslarning uch o'lchovli EM xaritalari uchun alohida ma'lumotlar bazasi.
Yangi avlod yuqori aniqlikdagi (5Å dan yuqori) tuzilmalarni taqqoslash va baholash uchun EMDB birinchi CryoEM Map Challenge va CryoEM Model Challenge-ni o'tkazdi, deb xabar beradi Journal of Structural Biology. [2]
Shuningdek qarang
Adabiyotlar
- ^ Louson, Ketrin L; Beyker, Metyu L; Eng yaxshi, Kristof; va boshq. (2011 yil yanvar). "EMDataBank.org: CryoEM uchun yagona ma'lumotlar manbai". Nuklein kislotalarni tadqiq qilish. 39 (qo'shimcha 1): D456-464. doi:10.1093 / nar / gkq880. PMC 3013769. PMID 20935055.
- ^ Esquivel-Rodriges, J; Xiong, Y; Xan, X; va boshq. (2015 yil 30-may). "EM-SURFER yordamida 3D elektron mikroskop xaritalarida harakat qilish". BMC Bioinform. 16 (181). doi:10.1186 / s12859-015-0580-6. PMC 4448178. PMID 26025554.
- ^ Yosh, JY; Vestbruk, JD; Feng, Z; Sala, R; Peisach, E; Oldfild, TJ; Sen, S; Gutmanas, A; Armstrong, DR; Berrisford, JM; Chen, L; Chen, M; Di Kostanzo, L; Dimitropulos, D; Gao, G; Ghosh, S; Gor, S; Guranovich, V; Xendrikx, bosh vazir; Xadson, BP; Igarashi, R; Ikegava, Y; Kobayashi, N; Lawson, CL; Liang, Y; Mading, S; Mak, L; Mir, MS; Mukhopadhyay, A; Patwardhan, A; Persikova, men; Rinaldi, L; Sanz-Garsiya, E; Sekharan, MR; Shao, C; Svaminatan, GJ; Tan, L; Ulrich, EL; van Ginkel, G; Yamashita, R; Yang, H; Juravleva, MA; Kuesada, M; Kleyvegt, GJ; Berman, HM; Markli, JL; Nakamura, H; Velankar, S; Burli, SK. "OneDep: PDB arxivida makromolekulyar tuzilmalarni yotqizish, biokuratsiya va tasdiqlash bo'yicha yagona wwPDB tizimi". Tuzilishi. 25: 536–545. doi:10.1016 / j.str.2017.01.004. PMC 5360273. PMID 28190782.
- Tagari, Muhammad; Nyuman, Richard; Chagoyen, Monika; Karazo, Xose-Mariya; Henrik, Kim (2002). "Yangi elektron mikroskop ma'lumotlar bazasi va yotqizish tizimi". Biokimyo fanlari tendentsiyalari. 27 (11): 589. doi:10.1016 / s0968-0004 (02) 02176-x. PMID 12417136.
- Fuller, Stiven D. (2003). "Elektron mikroskop xaritalarini depozit qilish". Tuzilishi. 11 (1): 11–12. doi:10.1016 / s0969-2126 (02) 00942-5. PMID 12517335.
- Xenrik, K; Nyuman, R; Tagari, M; Chagoyenb, M (2003). "EMDep: yuqori aniqlikdagi elektron mikroskopning makromolekulyar strukturaviy ma'lumotlarini joylashtirish va tasdiqlash uchun veb-tizim". Strukturaviy biologiya jurnali. 144 (1–2): 228–237. doi:10.1016 / j.jsb.2003.09.009. PMID 14643225.
- Heymann, J. Bernard; Chagoyen, Monika; Belnap, Devid M. (2005). "Strukturaviy biologiyada uch o'lchovli elektron mikroskopi ma'lumotlarini almashtirish va arxivlash bo'yicha umumiy konvensiyalar". Strukturaviy biologiya jurnali. 151 (2): 196–207. doi:10.1016 / j.jsb.2005.06.001. PMID 16043364.
- Tagari, M .; Teyt J.; Svaminatan, G. J .; va boshq. (2006). "E-MSD: ma'lumotlar yig'ilishi va tuzilish sifatini yaxshilash". Nuklein kislotalarni tadqiq qilish. 34 (Ma'lumotlar bazasi muammosi): 287-290. doi:10.1093 / nar / gkj163. PMC 1347525. PMID 16381867.