GeneCalling - GeneCalling

Sohasida genomika, GeneCalling ochiq platforma mRNA transkripsiya profilining texnikasi.[1] GeneCalling protokoli darajalarni o'lchaydi cDNA bilan o'zaro bog'liq bo'lgan gen ekspressioni o'ziga xos darajalar stenogrammalar. Ushbu texnologiyada sog'lom to'qimalarda gen ekspressioni va kasallik yoki giyohvand moddalarga sezgir to'qimalar o'rtasidagi farqlar o'rganilib taqqoslanadi.[2] Ushbu texnika inson to'qimalarini o'rganishda qo'llanilgan[3] va o'simlik to'qimalari.[4]

Usul

GeneCalling jarayoni

GeneCalling protokolida mRNKlar avval berilgan namunadan ajratib olinadi va tahlil qilish uchun bo'laklarga ishlov beriladi. Bu, odatda, ikki qavatli sintez va bo'linishni o'z ichiga oladi cDNAlar dan polyA RNK. Ning aniq to'plamlari cheklash fermentlari keyin bo'lingan cDNAs to'plamlarini va natijada yorliqli adapterlarga bog'langan hosil bo'ladigan qismlarni hazm qilish uchun ishlatilishi mumkin. PCR. Keyin PCR mahsulotlari tozalanadi va jelga ta'sir qiladi elektroforez statsionar lazer qo'zg'alishi va ko'p rangli ishlaydigan platformada zaryad bilan bog'langan qurilma tasvirlash tizimi.[5] PCR primerlaridan birining 5 'uchida joylashgan lyuminestsent yorliq PCR fragmentlarini vizuallashtirishga imkon beradi va cDNA'lar bir necha izolyatsiya qilingan va bir xil cheklovlar hazmiga duchor bo'lib, tepalik balandligi va dispersiyasi asosida birlashtirilgan profil hosil qiladi.[6] Keyin cDNA preparatlaridan birlashtirilgan hazm qilish rejimlari differentsial ekspresiya qilingan bo'laklarni topish bilan taqqoslanadi (masalan, normal to'qima bilan kasallangan yoki dori ta'sir qiluvchi to'qima o'rtasida); ushbu profillar GeneScape kabi Internetga tayyor turli ma'lumotlar bazalari orqali taqqoslanadi.[7]

Adabiyotlar

  1. ^ Kirst, M. E. (2005 yil 1-may). "Endoplazmik retikulum bilan bog'liq bo'lgan degradatsiyaga uchragan oqsillarni aniqlash va tavsiflash". O'simliklar fiziologiyasi. 138 (1): 218–231. doi:10.1104 / pp.105.060087. PMC  1104177. PMID  15849299.
  2. ^ Yashil, Sintiya D.; Simons, Jan Fredrik; Taillon, Bryus E.; Lewin, David A. (aprel, 2001). "Ochiq tizimlar: gen ekspressionining panoramali ko'rinishlari". Immunologik usullar jurnali. 250 (1–2): 67–79. doi:10.1016 / S0022-1759 (01) 00306-4. PMID  11251222.
  3. ^ Genlarning ma'lumotlar bazasi so'roviga qo'shilib, transkriptni profillash orqali genlarning ifodasini tahlil qilish. Tabiat biotexnologiyasi 17, 798-803: 1999
  4. ^ Estradiol bilan induktsiya qilinadigan transkripsiya omillari CRC va P tomonidan boshqariladigan makkajo'xori flavonoid yo'l genlarining ekspluatatsiyasi. O'simlik hujayrasi 12, 65-79: 2000
  5. ^ Klayn, S; de Fugerolles, AR; Bleyki, P; Xon, L; Pepe, A; Yashil, CD; Kotelianskiy, V; Giancotti, FG (2002 yil avgust). "Alpha 5 beta 1 integralin angiogenez va yallig'lanish uchun muhim bo'lgan gen ekspressionining NF-kappa B ga bog'liq dasturini faollashtiradi". Molekulyar va uyali biologiya. 22 (16): 5912–22. doi:10.1128 / mcb.22.16.5912-5922.2002. PMC  133962. PMID  12138201.
  6. ^ Shimkets, R.A .; va boshq. (1999). "Genlarning ma'lumotlar bazasi so'roviga qo'shilgan holda transkriptni profillash orqali genlarning ifodasini tahlil qilish". Nat. Biotexnol. 17 (8): 798–803. doi:10.1038/11743. PMID  10429247. S2CID  25463457.
  7. ^ Grotewold, Erix (2003). O'simliklarning funktsional genomikasi. Springer Science & Business Media. p. 386. ISBN  9781592594139. Olingan 17 oktyabr 2016.