Landshaft korrelyatsiya - Horizontal correlation - Wikipedia

Bu maqola uchun qo'shimcha iqtiboslar kerak tekshirish. Iltimos yordam bering ushbu maqolani yaxshilang tomonidan ishonchli manbalarga iqtiboslarni qo'shish. Ma'lumot manbasi bo'lmagan material shubha ostiga olinishi va olib tashlanishi mumkin. Manbalarni toping: "Gorizontal korrelyatsiya"  – Yangiliklar  · gazetalar  · kitoblar  · olim  · JSTOR (2008 yil yanvar) (Ushbu shablon xabarini qanday va qachon olib tashlashni bilib oling)

Landshaft korrelyatsiya uchun metodologiya genlar ketma-ketligi tahlil. Muayyan texnikani nazarda tutishdan ko'ra, gorizontal korrelyatsiya buning o'rniga ketma-ketlikni tahlil qilishning ikkita o'ziga xos mavzusi bo'yicha birlashtirilgan turli xil yondashuvlarni qamrab oladi:

• Tartibni tahlil qilish taqqoslashlar yordamida amalga oshiriladi gorizontal ravishda, bitta genetik ketma-ketlikning uzunligi bo'yicha; bu farqli o'laroq vertikal turli xil genetik ketma-ketliklar bo'yicha taqqoslashni amalga oshiradigan usullar.
• Odatda qilingan taqqoslashlar o'lchovdir axborot nazariyasi ning qiymati kabi miqdorlar o'zaro ma'lumot ketma-ketlikning ikkita mintaqasi orasidagi funktsiya.

Gorizontal korrelyatsion yondashuvning asosiy g'oyalari birinchi marta 2000 yilda Grosse, Herzel, Buldyrev va Stanley tomonidan nashr etilgan (Grosse va boshq. 2000). Ushbu birinchi formulada Grosse va uning hamkasblari ketma-ketlikni ajratish orqali katta genetik ketma-ketlikni tavsiflashga intildilar kodlash va kodlamaydigan mintaqalar. Kodlash va kodlash muammosiga an'anaviy yondashuvlar, avvalambor, kichik ma'lumotlarga o'rganib chiqilgan va keyin butun ketma-ketlikda ishlaydigan murakkab naqshlarni aniqlash tizimlariga (Ohler va boshq. 1999) asoslangan bo'lsa, Grosse gorizontal korrelyatsion yondashuv va uning hamkasblari buning o'rniga ketma-ketlikni nisbatan qisqa ketma-ketlik qismlariga ajratish orqali ishladilar, ularning har biri atigi 500 taglik juftlikdan iborat edi. Keyin ular ushbu fragmentlarning har birini kodlash yoki kodlash kabi tavsiflashga intildilar. Bunga fragment uzunligi bo'yicha har bir 3-o'lchamdagi oynani ushbu qismdagi birinchi o'lchamdagi 3-oyna bilan taqqoslash, so'ngra ikkita oyna orasidagi o'zaro axborot funktsiyasining qiymatini o'lchash orqali erishildi. Kodlash ketma-ketligi 3-davriylikning stilize qilingan naqshini namoyish etishi aniqlandi, bu kodlashning ketma-ketligi bo'lmagan. Bunday naqshni tanib olish oson edi va kodlash mintaqalarini turlarga bog'liq bo'lmagan holda ancha tezroq aniqlashga imkon berdi (Grosse va boshq. 2000).

2000 yildan beri genlar ketma-ketligi bo'yicha ma'lumotlarning nazariy miqdorlarini o'lchashni ta'kidlaydigan gorizontal korrelyatsiya metodologiyasi keng qo'llanila boshlandi va hattoki ov miltig'ini ketma-ketligi fragment assambleyasi (Otu & Sayood, 2004).

Adabiyotlar

• Grosse, Ivo; Gertsel, Xanspeter; Buldirev, Sergey V.; Stenli, X. Evgen (2000-05-01). "DNKni kodlash va kodlashda o'zaro ma'lumot turlarining mustaqilligi". Jismoniy sharh E. Amerika jismoniy jamiyati (APS). 61 (5): 5624–5629. doi:10.1103 / physreve.61.5624. ISSN  1063-651X. PMID  11031617.
• Ohler, U .; Xarbek, S .; Niman, X.; Yo'q, E .; Riz, M. G. (1999-05-01). "Eukaryotik promouterni tanib olish uchun interpolatsiyalangan markov zanjirlari". Bioinformatika. Oksford universiteti matbuoti (OUP). 15 (5): 362–369. doi:10.1093 / bioinformatika / 15.5.362. ISSN  1367-4803. PMID  10366656.
• Otu, H. H .; Sayood, K. (2003-01-01). "Parchalarni yig'ishda bo'linish va g'alaba qozonish yondashuvi". Bioinformatika. Oksford universiteti matbuoti (OUP). 19 (1): 22–29. doi:10.1093 / bioinformatika / 19.1.22. ISSN  1367-4803. PMID  12499289.