MDynaMix - MDynaMix
 MDynaMix-da DNK simulyatsiyasi | |
| Asl muallif (lar) | Aatto Laaksonen, Aleksandr Lyubartsev |
|---|---|
| Tuzuvchi (lar) | Stokgolm universiteti, Materiallar va atrof-muhit kimyosi bo'limi, fizik kimyo bo'limi |
| Dastlabki chiqarilish | 1993 |
| Barqaror chiqish | 5.2.7 / 2015 yil 31-yanvar |
| Yozilgan | Fortran 77-90 |
| Operatsion tizim | Unix, Unixga o'xshash, Linux, Windows |
| Platforma | x86, x86-64, Cray |
| Mavjud: | Ingliz tili |
| Turi | Molekulyar dinamikasi |
| Litsenziya | GPL |
| Veb-sayt | www |
Aralashmalarning molekulyar dinamikasi (MDynaMix) bu kompyuter dasturiy ta'minot umumiy maqsadlar uchun paket molekulyar dinamikasi o'zaro ta'sir o'tkazadigan molekulalarning aralashmalarini simulyatsiya qilish AMBER - va CHARMM o'xshash majburiy maydonlar yilda davriy chegara shartlari.[1][2]Algoritmlar NVE, NVT, NPT, anizotropik NPT ansambllari va Evval summasi elektrostatik o'zaro ta'sirlarni davolash uchun.Kod aralashma shaklida yozilgan Fortran 77 va 90 (bilan Xabarni uzatish interfeysi (MPI) parallel bajarish uchun). Paket ishlaydi Unix va Unixga o'xshash (Linux ) ish stantsiyalari, ish stantsiyalari klasterlari va boshqalar Windows ketma-ket rejimda.
MDynaMix fizik kimyo kafedrasi, materiallar va atrof-muhit kimyosi kafedrasida ishlab chiqilgan, Stokgolm universiteti, Shvetsiya. Sifatida chiqarilgan ochiq manbali dasturiy ta'minot ostida GNU umumiy jamoat litsenziyasi (GPL).
Dasturlar
- md asosiy MDynaMix blokidir
- makemol molekulyar tuzilishini tavsiflovchi fayllarni yaratishda yordam beradigan yordamchi dasturdir kuch maydoni
- tinch traektoriyalarni tahlil qilish uchun kommunal xizmatlar to'plamidir
- mdee kengaytirilgan dasturning versiyasi ansambl hisoblash usuli erkin energiya va kimyoviy potentsial (parallel emas)
- mge beradi grafik foydalanuvchi interfeysi qurmoq molekulyar modellar va dinamikani kuzatish
Qo'llash sohasi
- Suyuqliklarning termodinamik xususiyatlari[3]
- Nuklein kislotasi - ionlarning o'zaro ta'siri[4]
- Lipitli qatlamlarni modellashtirish[5]
- Polielektrolitlar[6]
- Ion suyuqliklar[7][8]
- Suyuq suvning rentgen spektrlari[9]
- Majburiy maydon rivojlanish[10][11]
Shuningdek qarang
Adabiyotlar
- ^ A.P.Lyubartsev, A.Laaksonen (2000). "MDynaMix - o'zboshimchalik bilan molekulyar aralashmalar uchun ölçeklenebilir portativ parallel MD simulyatsiya to'plami". Kompyuter fizikasi aloqalari. 128 (3): 565–589. Bibcode:2000CoPhC.128..565L. doi:10.1016 / S0010-4655 (99) 00529-9.
- ^ A.P.Lyubartsev, A.Laaksonen (1998). "Biyomolekulyar tizimlarning parallel molekulyar dinamikasini simulyatsiyasi". Amaliy parallel hisoblashning katta hajmli ilmiy va ishlab chiqarish muammolari. Kompyuter fanidan ma'ruza matnlari. 1541. Geydelberg: Springer Berlin. 296-303 betlar. doi:10.1007 / BFb0095310. ISBN 978-3-540-65414-8.
- ^ T. Kuznetsova va B. Kvamme (2002). "Suv-karbonat angidrid tizimining namunaviy tizimining termodinamik xususiyatlari va fazalararo tarangligi". Fizika. Kimyoviy. Kimyoviy. Fizika. 4 (6): 937–941. Bibcode:2002PCCP .... 4..937K. doi:10.1039 / b108726f.
- ^ Y. Cheng, N. Korolev va L. Nordenskiyold (2006). "K + va Na + ning quyuqlashgan tartibli DNK bilan o'zaro ta'siridagi o'xshashlik va farqlar. Molekulyar dinamikani kompyuter simulyatsiyasi". Nuklein kislotalarni tadqiq qilish. 34 (2): 686–696. doi:10.1093 / nar / gkj434. PMC 1356527. PMID 16449204.
- ^ C.-J. Xogberg; A.M.Nikitin va A.P.Lyubartsev (2008). "DMPC lipid ikki qatlamli uchun CHARMM kuch maydonini o'zgartirish". Hisoblash kimyosi jurnali. 29 (14): 2359–2369. doi:10.1002 / jcc.20974. PMID 18512235.
- ^ A. Vishnyakov va A.V. Neimark (2008). "Sulfatlangan polielektrolitlarni suvda, dimetilmetilfosfonat va ularning aralashmasida eritmasining o'ziga xos xususiyatlari: molekulyar simulyatsiya tadqiqotlari". J. Chem. Fizika. 128 (16): 164902. Bibcode:2008JChPh.128p4902V. doi:10.1063/1.2899327. PMID 18447495.
- ^ G. Raabe va J. Köler (2008). "Imidazolium asosidagi ionli suyuqliklarning molekulyar simulyatsiyasidan termodinamik va tuzilish xususiyatlari". J. Chem. Fizika. 128 (15): 154509. Bibcode:2008JChPh.128o4509R. doi:10.1063/1.2907332. PMID 18433237.
- ^ X. Vu; Z. Lyu; S. Xuang; V. Vang (2005). "[Bmim] [BF) xona haroratidagi ionli suyuqlik aralashmasining molekulyar dinamikasini simulyatsiyasi4] va tozalangan kuch maydoni orqali asetonitril ". Fizika. Kimyoviy. Kimyoviy. Fizika. 7 (14): 2771–2779. Bibcode:2005PCCP .... 7.2771W. doi:10.1039 / b504681p. PMID 16189592.
- ^ R.L.C. Vang, XJ Kreuzer va M. Grunze (2006). "Suyuq suvning rentgen nurlarini yutish spektrlarini nazariy modellashtirish va talqin qilish". Fizika. Kimyoviy. Kimyoviy. Fizika. 8 (41): 4744–4751. Bibcode:2006PCCP .... 8.4744W. doi:10.1039 / b607093k. PMID 17043717.
- ^ A.M. Nikitin va A.P. Lyubartsev (2007). "Suyuq asetonitril va uning suvli aralashmasini simulyatsiya qilish uchun yangi olti joyli asetonitril modeli". J. Komput. Kimyoviy. 28 (12): 2020–2026. doi:10.1002 / jcc.20721. PMID 17450554.
- ^ E.S. Böesa; E. Bernardiya; X. Stassena; P.F.B. Gonsalves (2008). "Formalamid va metanolda bir valentli anionlarni eritmasi: IEF-PCM modelining parametrlanishi". Kimyoviy fizika. 344 (1–2): 101–113. Bibcode:2008CP .... 344..101B. doi:10.1016 / j.chemphys.2007.12.006.