MIRIAM reestri - MIRIAM Registry

The MIRIAM reestri, ning yon mahsuloti MIRIAM Ko'rsatmalar, bu yaratishda ishlatiladigan ism maydonlari va tegishli ma'lumotlar bazasi bir xil resurs identifikatorlari. U ma'lumotlar bazalari va birinchi navbatda biologiya fanlari sohasiga xizmat qiluvchi manbalar uchun jamoat tomonidan tasdiqlangan nom maydonlarini o'z ichiga oladi. Ushbu umumiy nom maydonlari "ma'lumotlar yig'ish" identifikatorlari bilan birlashganda ma'lumotlar omborlarida saqlanadigan bilimlar uchun dunyo miqyosida noyob identifikatorlarni yaratish uchun ishlatilishi mumkin. Modellarni izohlash uchun URI-lardan foydalanish haqida ko'proq ma'lumot olish uchun texnik xususiyatlarga qarang SBML 2-darajali 2-versiyasi (va yuqorida).

"Ma'lumotlarni yig'ish" - bu provayder tomonidan yaratilgan ma'lumotlar to'plami. Ushbu ma'lumotni tarqatuvchi sifatida "resurs" aniqlanadi. Bunday tavsif ko'plab manbalarni yagona to'plam bilan bog'lashga imkon beradi va bu butunjahon tarmog'ida biologik ma'lumotlarning mavjudligini aniq aks ettirishga imkon beradi; ko'pincha bir xil ma'lumotlar, bitta ma'lumot to'plamidan, turli xil manbalar bilan aks ettirilishi yoki asosiy ma'lumotlar boshqa ma'lumotlar bilan to'ldirilishi mumkin.

MIRIAM registrida saqlangan yozuv namunasi

MIRIAM ro'yxatga olish kitobi - hamma uchun ochiq va ochiq bo'lgan ma'lumot manbai. Yangi to'plamlar uchun arizalarni veb-sayt orqali amalga oshirish mumkin.[1]

MIRIAM tizimidan foydalanadigan identifikatorlar

MIRIAM yo'riqnomasi model tarkibiy qismlarining izohida bir xil resurs identifikatorlaridan foydalanishni talab qiladi. Ular MIRIAM registrida aniqlangan ism maydonlarining umumiy ro'yxati yordamida yaratilgan.

MIRIAM URI-lari

MIRIAM registrida aniqlangan nom maydonlaridan foydalanib, URN va URL shakllarida identifikatorlarni yaratish mumkin. Buning uchun axborot maydonini global darajada cheklash uchun o'ziga xos to'plamga xos identifikator, shuningdek ism maydoni kerak. Har ikkala URI shaklining ham nom maydoni, ham ildizi Ro'yxatdan o'tish kitobidagi har bir ma'lumot yig'ish uchun berilgan. Ikkala shakl ham bir xil nom maydonidan kelib chiqqan. Masalan:

Ushbu misolda kollektsiyaga xos identifikator 16333295 bo'lib, ism maydoni e'lon qilingan.

URN identifikator shakli havola qilingan yozuvga kirish uchun veb-xizmatlardan yoki dasturiy vositalardan foydalanishni talab qiladi. Bu shuni anglatadiki, URN shaklini shunchaki brauzer oynasiga qo'yib, havola qilingan ma'lumotga etib bo'lmaydi. URL formasi to'g'ridan-to'g'ri hal qilinishi mumkin va bu tomonidan taqdim etilgan hal etuvchi qatlamga asoslanadi Identifiers.org.

Qo'llab-quvvatlaydigan xususiyatlar va mavjudlik

MIRIAM registridan samarali foydalanish va izohlash sxemasini tezkor qabul qilish uchun bir qator qo'llab-quvvatlovchi xususiyatlar taqdim etilgan.[2] Bunga quyidagilar kiradi Veb-xizmatlar, veb-sayt interfeysi[3] ro'yxatga olish kitobining o'zi va Java kutubxonasiga kirish uchun[4]

MIRIAM registri Proteomics Services jamoasi tomonidan ishlab chiqilgan Evropa bioinformatika instituti. Butun loyiha uchun manba kodi, shu jumladan qo'llab-quvvatlovchi xususiyatlar SourceForge.net.[5]

The MIRIAM reestri kabi bir necha dunyo miqyosidagi loyihalar tomonidan qo'llaniladi BioModels ma'lumotlar bazasi,[6][7] SABIO-RK,[8] KOPASI,[9] To'liq ro'yxatni veb-saytda topishingiz mumkin.[10]

Shuningdek qarang

Adabiyotlar

  1. ^ "Yangi to'plamni taqdim etish sahifasi". Ebi.ac.uk. Olingan 2012-10-09.
  2. ^ Leyb, Kamil; Le Novère, Nikolas (2007). "MIRIAM manbalari: Tizimlar biologiyasida ishonchli o'zaro bog'liqliklarni yaratish va hal qilish uchun vositalar". BMC tizimlari biologiyasi. 1: 58. doi:10.1186/1752-0509-1-58. PMC  2259379. PMID  18078503.
  3. ^ "MIRIAM resurslari veb-sayti". Ebi.ac.uk. Olingan 2012-10-09.
  4. ^ Li, C .; Kortot, M .; Le Novere, N .; Laibe, C. (2009). "BioModels.net veb-xizmatlari, hisoblash uchun modellashtirish dasturi uchun bepul va birlashtirilgan vositalar to'plami". Bioinformatika bo'yicha brifinglar. 11 (3): 270–7. doi:10.1093 / bib / bbp056. PMC  2913671. PMID  19939940.
  5. ^ "Arxivlangan nusxa". Arxivlandi asl nusxasi 2012-05-10. Olingan 2012-10-23.CS1 maint: nom sifatida arxivlangan nusxa (havola) SourceForge.net saytidagi MIRIAM loyihasi[birlamchi bo'lmagan manba kerak ]
  6. ^ Li, C; Donizelli, M; Rodriguez, N; Dharuri, H; Endler, L; Xelliya, V; Li, L; U, E; Genri, A; Stefan, Melani I; Snoep, Jeki L; Xukka, Maykl; Le Novère, Nikolas; Laibe, Kamille (2010). "BioModels ma'lumotlar bazasi: nashr etilgan miqdoriy kinetik modellar uchun yaxshilangan, tavsiflangan va izohli manba". BMC tizimlari biologiyasi. 4: 92. doi:10.1186/1752-0509-4-92. PMC  2909940. PMID  20587024.
  7. ^ "BioModels ma'lumotlar bazasi veb-sayti". Ebi.ac.uk. Olingan 2012-10-09.
  8. ^ SDBV. "SABIO-Reaction Kinetics ma'lumotlar bazasi virtual hujayrasi". Sabio.villa-bosch.de. Olingan 2012-10-09.
  9. ^ "Murakkab yo'l simulyatori va SBMLeditor". Copasi.org. Olingan 2012-10-09.
  10. ^ "MIRIAMdan foydalanish". Ebi.ac.uk. Olingan 2012-10-09.