Integrativ biomedikal informatika milliy markazi - National Center for Integrative Biomedical Informatics
 | Bu maqola juda ko'p narsalarga tayanadi ma'lumotnomalar ga asosiy manbalar. (2010 yil noyabr) (Ushbu shablon xabarini qanday va qachon olib tashlashni bilib oling) |
The Integrativ biomedikal informatika milliy markazi (NCIBI) - ettitadan biri Biomedikal hisoblash milliy markazlari tomonidan moliyalashtiriladi Milliy sog'liqni saqlash institutlari Tibbiy tadqiqotlar uchun (NIH) yo'l xaritasi.[1][2] Markazning negizida Michigan universiteti va qismidir Hisoblash tibbiyoti va bioinformatika markazi. NCIBI-ning vazifasi eksperimentlarga rahbarlik qilish va murakkab kasalliklarni tahlil qilishda yangi tushunchalarga yordam berish uchun molekulyar biomedikal tadqiqotlar uchun maqsadli bilim muhitini yaratishdir. 2005 yil oktyabr oyida tashkil etilgan.
Markaz biologik ma'lumotlarga samarali kirish va ularni birlashtirish uchun hisoblash usullarini ishlab chiqadi. Haydovchilik Biologik Loyihalari (DBP) vositalarni ishlab chiqish to'g'risida xabardor qilinadigan, ishga tushiriladigan va sinovdan o'tkaziladigan boshlang'ich nuqtani ta'minlaydi. Hozirgi DBP-larga quyidagilar kiradi genlarning birlashishi saraton kasalligida, organlarga xos bo'lgan asosiy asoratlar diabet, ovqatlanish va semirish va bilan birgalikda kasallik assotsiatsiyalari bipolyar buzilish. Funktsiya uchun sinov vositalaridan tashqari, alohida guruh sinovlarga bag'ishlangan qulaylik va foydalanuvchining o'zaro aloqasi.
Vositalar ishlab chiqilgandan va tasdiqlangandan so'ng, Markaz ma'lumotlar va dasturiy ta'minotni butun Universitet va keng biomedikal tadqiqot jamoatchiligi bo'ylab tarqatadi. O'qitish videolari kabi turli xil mexanizmlar,[3] darsliklar,[4] va taniqli ilmiy konferentsiyalardagi namoyishlar va taqdimotlardan NCIBI ma'lumotlari va dasturiy ta'minotini milliy va xalqaro miqyosda almashish uchun foydalaniladi.[5]
Mavjud vositalar
Quyida keltirilgan vositalardan tashqari, ko'plab NCIBI ma'lumotlar bazalarida joylashgan boyitilgan ma'lumotlar "Bizning asboblarimizni sinab ko'ring" sahifasidagi Ma'lumotlar bazalari yorlig'ida mavjud.[6]
Izlanish tahlili
| Ism | Tavsif |
|---|---|
| ConceptGen[7] | An ochiq manba genlar to'plamini boyitishni sinash va tushunchalarni xaritalash vositasi. Ushbu veb-vositadan farqli ravishda boyitilgan biologik genlar to'plamini (tushunchalar deb ataladi) aniqlash uchun ham foydalanish mumkin ifodalangan genlar (yoki foydalanuvchi tomonidan aniqlangan boshqa genlar ro'yxati) va turli xil biologik manbalardan olingan biologik tushunchalar o'rtasidagi aloqalar tarmog'ini o'rganish |
| MetScape[8] | A Sitoskop tasavvur qilish va tahlil qilish uchun ishlatiladigan plagin metabolik ma'lumotlar. Bu Edinburg inson metabolik tarmog'ini qayta tiklash ma'lumotlaridan foydalanadi. MetScape murakkab tarmoqlarning vizualizatsiyasini osonlashtiradi va tegishli ma'lumotlarni namoyish etadi reaktsiyalar, fermentlar va yo'llar |
| MiMI plagini[9] | A Sitoskop bu plagin ochiq manba tahlil qilish uchun interaktiv vizualizatsiya vositasi oqsillarning o'zaro ta'siri va ularning biologik ta'siri |
| Michigan molekulyar shovqinlari (MiMI)[10] | Internetga asoslangan oqsil, yo'l va genlarning o'zaro ta'siri vosita |
Kontseptual adabiyotlarni izlash
| Ism | Tavsif |
|---|---|
| BioSearch-2D | Katta biomedikal hujjatlar to'plamlarini tarkibini yagona, dinamik xaritaga tushiradigan vosita |
| Gene2Mesh | Tibbiy mavzu sarlavhasi (MeSH) atamalarini gen yordamida gen bilan bog'laydigan avtomatlashtirilgan izohlash vositasi Milliy tibbiyot kutubxonasi "s PubMed adabiyotlar bazasi |
| Metab2MeSH | MeSH, the-da belgilangan tushunchalar bilan metabolitlarni ishonchli va avtomatik ravishda izohlash uchun statistik yondashuvdan foydalanadigan vosita Milliy tibbiyot kutubxonasi biomedikal tushunchalar uchun boshqariladigan so'z boyligi |
| MiSearch[11] | Bilan ishlaydigan adabiyotni qidirish vositasi Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi ning (NCBI) Entrez tez qidirish PubMed iqtiboslar va ularni tadqiqot yo'nalishlariga muvofiqligi bo'yicha saralangan |
| PubAnatomiya[12] | Anatomik tuzilmalar, patofiziologik jarayonlar o'rtasidagi munosabatlarni o'rganishning yangi usullarini taqdim etadigan adabiyotni o'rganish vositasi, gen ekspressioni darajalari va oqsil va oqsillarning o'zaro ta'siri kontekstida Medline adabiyotlar va eksperimental ma'lumotlar |
| PubOnto | Ko'p narsalarni ta'minlaydigan adabiyotni o'rganish vositasi ontologiyalar dan Ochiq biotibbiyot ontologiyalari tadqiqotchilarga adabiyotni turli nuqtai nazardan o'rganishda yordam berish |
Shuningdek qarang
Izohlar
- ^ NIH umumiy jamg'armasi, bioinformatika va hisoblash biologiyasi
- ^ Biomedikal hisoblash milliy markazlari, Xulosa
- ^ NCIBI YouTube kanali
- ^ NCIBI Virtual ustaxonalari
- ^ NCIBI taqdimotlari
- ^ NCIBI Asboblarimiz sahifasini sinab ko'ring
- ^ Sartor, M. A .; Mahavisno, V .; Keshamouni, V. G.; Kavalkoli, J .; Rayt, Z .; Karnovskiy, A .; Kuik, R .; Jagadish, H.V .; Mirel, B. (2009). "ConceptGen: genlar to'plamini boyitish va genlar majmuasini aloqalarini xaritalash vositasi". Bioinformatika. 26 (4): 456–63. doi:10.1093 / bioinformatika / btp683. PMC 2852214. PMID 20007254.
- ^ Gao, J .; Tarcea, V. G.; Karnovskiy, A .; Mirel, B. R .; Veymut, T. E.; Beecher, C. V.; Kavalkoli, J. D .; Athey, B. D .; Omenn, G. S. (2010). "Metscape: inson metabolik tarmoqlari sharoitida metabolik ma'lumotlarni tasavvur qilish va talqin qilish uchun sitoskop plagini". Bioinformatika. 26 (7): 971–3. doi:10.1093 / bioinformatika / btq048. PMC 2844990. PMID 20139469.
- ^ Gao, J .; Ade, A. S .; Tarcea, V. G.; Veymut, T. E.; Mirel, B. R .; Jagadish, H.V .; Shtatlar, D. J. (2008). "Sitoskop uchun MiMI plaginidan foydalangan holda interaktomni birlashtirish va izohlash". Bioinformatika. 25 (1): 137–8. doi:10.1093 / bioinformatics / btn501. PMC 2638934. PMID 18812364.
- ^ Tarcea, V. G.; Veymut, T .; Ade, A .; Bookvich, A .; Gao, J .; Mahavisno, V .; Rayt, Z .; Chapman, A .; Jayapandian, M. (2009). "Michigan molekulyar o'zaro ta'siri r2: o'zaro ta'sir qiluvchi oqsillardan tortib to yo'llarga". Nuklein kislotalarni tadqiq qilish. 37 (Ma'lumotlar bazasi muammosi): D642-6. doi:10.1093 / nar / gkn722. PMC 2686565. PMID 18978014.
- ^ Shtatlar, D. J .; Ade, A. S .; Rayt, Z. S.; Bookvich, A. V.; Athey, B. D. (2009). "MiSearch moslashuvchan pubMed qidiruv vositasi". Bioinformatika. 25 (7): 974–6. doi:10.1093 / bioinformatics / btn033. PMC 2660869. PMID 18326507.
- ^ Syuan, Veytszyan; Day, Manxun; Mirel, Barbara; Qo'shiq, Jan; Athey, Brayan; Uotson, Stenli J; Meng, Fan (2009). "Ochiq biomedikal ontologiyaga asoslangan Medline tadqiqotlari". BMC Bioinformatika. 10: S6. doi:10.1186 / 1471-2105-10-S5-S6. PMC 2679406. PMID 19426463.
Adabiyotlar
- Shannon, P .; Markiel, A; Ozier, O; Baliga, NS; Vang, JT; Ramage, D; Amin, N; Shvikovski, B; Ideker, T (2003). "Sitoskop: Biyomolekulyar o'zaro ta'sir tarmoqlarining integral modellari uchun dasturiy muhit". Genom tadqiqotlari. 13 (11): 2498–504. doi:10.1101 / gr.1239303. PMC 403769. PMID 14597658.