PHD barmog'i - PHD finger
 | Ushbu maqolada a foydalanilgan adabiyotlar ro'yxati, tegishli o'qish yoki tashqi havolalar, ammo uning manbalari noma'lum bo'lib qolmoqda, chunki u etishmayapti satrda keltirilgan. (Iyun 2018) (Ushbu shablon xabarini qanday va qachon olib tashlashni bilib oling) |
| PHD-barmoq | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 PHD sink barmog'i. Sink atomlari kul rangda ko'rsatilgan | |||||||||
| Identifikatorlar | |||||||||
| Belgilar | PHD | ||||||||
| Pfam | PF00628 | ||||||||
| Pfam klan | CL0390 | ||||||||
| InterPro | IPR019787 | ||||||||
| PROSITE | PS50016 | ||||||||
| SCOP2 | 1f62 / QOIDA / SUPFAM | ||||||||
| OPM superfamily | 59 | ||||||||
| OPM oqsili | 1vfy | ||||||||
| |||||||||
The PHD barmog'i Cys sifatida 1993 yilda topilgan4-Uning qarindoshi3 o'simlik gomeodomainidagi motif (shu sababli PHD) oqsillar HAT3.1 dyuym Arabidopsis talianasi va makkajo'xori ZmHox1a.[1] PHD barmoq motifi metall bog'lashga o'xshaydi RING domeni (Cys.)3-Uning qarindoshi4) va FYVE domeni. Bu bitta barmoq kabi, lekin ko'pincha ikki yoki uchta guruhda uchraydi va boshqa domenlar bilan birga, masalan, xromodomain va bromodomain.
Epigenetikadagi o'rni
PHD barmog'i, uzunligi taxminan 50-80 aminokislotalar, 100 dan ortiq odam oqsillarida uchraydi. U tarkibidagi bir nechta oqsillar yadroda uchraydi va ular ishtirok etadi kromatin - vositachilik genlarni tartibga solish. PHD barmog'i transkripsiyali ko-aktivatorlar kabi oqsillarda uchraydi p300 va CBP, Polycomb o'xshash oqsil (Pcl), Tritoraks guruhidagi oqsillar kabi ASH1L, ASH2L va MLL, otoimmun regulyator (AIRE), Mi-2 kompleksi (histon deatsetilaza kompleksining bir qismi), TIF1 koressressori, JARID1 - demetilazlar oilasi va boshqalar.
Tuzilishi
PHD barmoqining odamdan olingan NMR tuzilishi WSTF (Uilyams sindromi Transkriptsiya faktori) konservalanganligini ko'rsatadi sisteinlar va histidin ikkita Znni koordinatalash2+ ionlari. Umuman olganda, PHD barmog'i ikkita ipdan tashkil topgan sharsimon katlamni qabul qiladi beta-varaq va an alfa-spiral. Ulardan iborat mintaqa ikkilamchi tuzilmalar va muvofiqlashtirishga jalb qilingan qoldiqlar rux -ionlar turlar orasida juda saqlanib qolgan. I va II tsikl mintaqalari o'zgaruvchan bo'lib, turli xil PHD barmoqlariga funktsional o'ziga xoslik qo'shishi mumkin.
Funktsiya
Ba'zi oqsillarning PHD barmoqlari, shu jumladan ING2, YNG1 va NURF bilan bog'lanishlari haqida xabar berilgan histon H3 tri-metillangan kuni lizin 4 (H3K4me3 ), boshqa PHD barmoqlari esa bunday tahlillarda salbiy natijani ko'rsatdi. Oqsil deb nomlangan KDM5C PHD barmog'iga ega bo'lib, u histon H3 tri-metillangan lizin 9 (H3K9me3 ).[2] Ushbu nashrlar asosida tri-metillangan lizinlar bilan gistonlarda bog'lanish PHD barmoqlari orasida keng tarqalgan xususiyat bo'lishi mumkin. O'zgartirilgan histonlar bilan bog'langan domenlar deyiladi epigenetik o'quvchilar chunki ular qoldiqning o'zgartirilgan versiyasini maxsus tan olishadi va unga bog'lanishadi. H3K4me3 modifikatsiyasi faol genlarning transkripsiyasi boshlanadigan joy bilan, H3K9me3 esa faol bo'lmagan genlar bilan bog'liq. Giston lizinlarining modifikatsiyalari, xuddi bo'lgani kabi, dinamikdir metilazlar lizinlarga metil guruhlarini qo'shadigan va mavjud demetilazlar metil guruhlarini olib tashlaydi. KDM5C - bu histon H3 lizin 4 demetilaza, ya'ni u histon 3 da lizin 4 ning metil guruhlarini olib tashlashi mumkin bo'lgan ferment (uni H3K4me2 yoki H3K4me1 ). KDM5C PHD domenining H3K9me3 bilan bog'lanishi H3K9 va H3K4me3 demetilatsiyasi o'rtasida o'zaro bog'liqlikni ta'minlaydimi, deb taxmin qilish mumkin. Bunday o'zaro faoliyat xromatinlarni boshqarishda ishtirok etadigan boshqa domenlar bilan ilgari taklif qilingan va qat'iy muvofiqlashtirilgan tartibga solinishi mumkin.
Yana bir misol - BHC80 ning PHD barmog'i /PHF21A ning tarkibiy qismi bo'lgan oqsil LSD1 murakkab. Ushbu kompleksda LSD1 H3K4me2 dan H3K4me0 ga maxsus demetilatsiya qiladi va BHC80 PH3 barmog'i orqali H3K4me0 ni bog'lab, kompleksni maqsadli promouterlarda barqarorlashtiradi, ehtimol yana metilatsiyani oldini oladi. Bu PHD barmog'ining lizin metil-nol holatini tan oladigan birinchi misoli.
Adabiyotlar
- ^ Schindler U, Beckmann H, Cashmore AR (iyul 1993). "HAT3.1, saqlanib qolgan sisteinga boy mintaqani o'z ichiga olgan yangi Arabidopsis gomeodomain oqsili". O'simlik jurnali. 4 (1): 137–50. doi:10.1046 / j.1365-313x.1993.04010137.x. PMID 8106082.
- ^ Iwase S, Lan F, Bayliss P, de la Torre-Ubieta L, Huarte M, Qi HH va boshq. (2007 yil mart). "SMCX / JARID1C X bilan bog'liq bo'lgan aqliy zaiflik geni histon H3 lizin 4 demetilazlar oilasini belgilaydi". Hujayra. 128 (6): 1077–88. doi:10.1016 / j.cell.2007.02.017. PMID 17320160. S2CID 14729302.
Qo'shimcha o'qish
- Aasland R, Gibson TJ, Styuart AF (fevral 1995). "PHD barmog'i: xromatin vositachiligidagi transkripsiya regulyatsiyasi uchun ta'siri". Biokimyo fanlari tendentsiyalari. 20 (2): 56–9. doi:10.1016 / s0968-0004 (00) 88957-4. PMID 7701562.
- Paskal J, Martinez-Yamout M, Dyson HJ, Rayt PE (2000 yil dekabr). "Uilyams-Buren sindromining transkripsiyasi omilidan PHD sink barmog'ining tuzilishi". Molekulyar biologiya jurnali. 304 (5): 723–9. doi:10.1006 / jmbi.2000.4308. PMID 11124022.
- Peña PV, Davrazou F, Shi X, Valter KL, Verkhusha VV, Gozani O, Zhao R, Kutateladze TG (2006 yil iyul). "ING2 o'simlik gomeodomainida giston H3K4me3 ni aniqlashning molekulyar mexanizmi". Tabiat. 442 (7098): 100–3. doi:10.1038 / nature04814. PMC 3190580. PMID 16728977.
- Li H, Ilin S, Vang V, Duncan EM, Wysocka J, Allis CD, Patel DJ (2006 yil iyul). "NURF ning BPTF PHD barmog'i bilan H3K4me3 histonini saytga qarab o'qish uchun molekulyar asos". Tabiat. 442 (7098): 91–5. doi:10.1038 / nature04802. PMC 4690523. PMID 16728978.
- Iwase S, Lan F, Bayliss P, de la Torre-Ubieta L, Huarte M, Qi HH, Whetstine JR, Bonni A, Roberts TM, Shi Y (mart 2007). "SMCX / JARID1C X bilan bog'liq bo'lgan aqliy zaiflik geni histon H3 lizin 4 demetilazlar oilasini belgilaydi". Hujayra. 128 (6): 1077–88. doi:10.1016 / j.cell.2007.02.017. PMID 17320160. S2CID 14729302.
- Lan F, Kollinz RE, De Cegli R, Alpatov R, Xorton JR, Shi X, Gozani O, Cheng X, Shi Y (avgust 2007). "Metallashtirilmagan histon H3 lizin 4 ni tan olish BHC80 ni LSD1 vositachiligida gen repressiyasiga bog'laydi". Tabiat. 448 (7154): 718–22. doi:10.1038 / nature06034. PMC 2702779. PMID 17687328.