Planktobakteriyalar - Planctobacteria

PVX guruhi
ChlamydiaTrachomatisEinschlusskörperchen.jpg
Chlamydia trachomatis
Ilmiy tasnif
(vaqtinchalik)
Domen:
Bakteriyalar
(ochilmagan):
Gratsilikatlar
Superfilum:
PVX guruhi
Phyla

Xlamidiya
Kiritimatiellaeota
Lentisfaerae
Planktomitsetalar
Verukomikrobiya
"Ca. Abisubakteriyalar "
"Ca. Aureabakteriyalar "
"Ca. Omnitrofika "

Sinonimlar

Planktobakteriyalar Kavalier-Smit, 1987 y[1]

The PVX guruhi a superfilim ning bakteriyalar uning uchta muhim a'zosi nomidan, Planktomitsetalar, Verukomikrobiya va Xlamidiya.[2] Kavalier-Smit PVX bakteriyalari ehtimol ularni yo'qotgan yoki kamaytirgan deb taxmin qildi peptidoglikan hujayra devori ikki marta.[3] PVX qoplamasining a'zosi hujayraning xujayrasi bo'lishi mumkinligi taxmin qilingan endosimbiyotik hodisa birinchi protoning paydo bo'lishiga olib keldiökaryotik hujayra.[4][5]

Kavalier-Smit xuddi shu guruhga qo'ng'iroq qiladi Planktobakteriyalar va buni ko'rib chiqadi a filum. Biroq, bundan kattaroq ilmiy jamoatchilik kuzatilmaydi.[6] Kavalier-Smit bakterial meglassifikatsiyasida u bakterial tarkibiga kiradi Gratsilikatlar infra-qirollik va filadan iborat Xlamidiya, Lentisfaerae, Planktomitsetalar, Verukomikrobiya.[3][7]

PVX superfilum[8][9][2][10]
PVX
 

Aureabakteriyalar

 
 
 
 

Planktomitsetalar

 
 

Omnitrofika

 
 
 
 

Xlamidiya

 
 
 

Kiritimatillaeota

 
 
 

Lentisfaerae

 
 

Verukomikrobiya

 
 
 
 
 
 

Molekulyar imzolar

Planktomitsetalar, Verukomikrobiya va Xlamidiya ichida an'anaviy molekulyar filogeniya ko'rinishi phyla sifatida qaraladi va shuningdek, deb ataladigan guruhda birgalikda PVX superfilumbilan birga nomzod fil Omnitrofika[11] (ilgari OP3) va Poribakteriyalar.[12] A shaklidagi muhim molekulyar marker konservalangan imzo oqsili PVX a'zolari tomonidan doimiy ravishda birgalikda foydalanilishi aniqlandi, bundan mustasno Poribakteriyalar. Konservalangan imzo oqsili a ni ifodalovchi marker bo'lishi mumkin sinapomorfik bu bakterial guruhni ajratish uchun sifat va vosita. Yaqinda o'tkazilgan tadqiqotlar ushbu oqsilni xarakterladi va u DNK / RNK bilan bog'lanishda muhim uy vazifasini bajaradi.[13] Ushbu kuzatish nafaqat PVX superfilimni ajratib olish vositasini beradi, balki boshqa bakteriyalardan ajralib turadigan ushbu klada birgalikda rivojlangan evolyutsion munosabatlarni ham qo'llab-quvvatlaydi.[14][15]

Konservalangan imzo indellari (CSI) uchun ham aniq topilgan Planktomitsetalar, Verukomikrobiya va Xlamidiya har bir tegishli filumni bir-biridan va boshqa bakteriyalardan ajratib turadi.[14][16] RNK polimeraza oqsilidagi uch aminokislota qo'shimchasi RpoB barcha ketma-ketlikdagi Verrucomicrobia, Chlamydiae va Lentisfaerae turlari. CSI qo'shni Planktomitsetlar va Poribakteriyalarda yo'q, bu CSI o'ziga xos bo'lgan guruhlar orasida umumiy nasabga ishora qiladi.[14]

Ushbu qoplamaning mavjudligi to'g'risida qo'shimcha dalillar topildi.[17][18] Bunga membrana paltosiga o'xshash oqsillar, tubulin, sterol sintezi va quyuqlashgan DNKning mavjudligi.

Izohlar

Adabiyotlar

  1. ^ Kavalier-Smit, T (1987). "Eukaryot va arxebakterial hujayralarning kelib chiqishi". Nyu-York Fanlar akademiyasining yilnomalari. 503: 17–54. doi:10.1111 / j.1749-6632.1987.tb40596.x. PMID  3113314.
  2. ^ a b Vagner, M .; Horn, M. (2006). "Planktomitsetlar, Verrucomicrobia, Chlamydiae va opa-singillar biotexnologik va tibbiy ahamiyatga ega bo'lgan superfilumdan iborat". Biotexnologiyaning hozirgi fikri. 17 (3): 241–249. doi:10.1016 / j.copbio.2006.05.005. PMID  16704931.
  3. ^ a b Kavalier-Smit, T (2002). "Archaebakteriyalarning neomuran kelib chiqishi, universal daraxtning negibakterial ildizi va bakterial meglassifikatsiya". Xalqaro sistematik va evolyutsion mikrobiologiya jurnali. 52 (Pt 1): 7-76. doi:10.1099/00207713-52-1-7. PMID  11837318.
  4. ^ Forter, Patrik (2011 yil yanvar). "Eukaryoning kelib chiqishi uchun yangi birlashma gipotezasi: oldingilariga qaraganda yaxshiroq, lekin ehtimol ham noto'g'ri". Mikrobiologiya bo'yicha tadqiqotlar. 162 (1): 77–91. doi:10.1016 / j.resmic.2010.10.005. PMID  21034817.
  5. ^ Baum, Devid A; Baum, Buzz (2014 yil 28-oktabr). "Eukaryotik hujayraning ichki va tashqi kelib chiqishi". BMC biologiyasi. 12 (1): 76. doi:10.1186 / s12915-014-0076-2. PMC  4210606. PMID  25350791.
  6. ^ Krieg, N.R .; Lyudvig, V.; Whitman, W.B.; Hedlund, B.P .; Paster, B.J .; Steyli, JT .; Uord, N .; Braun, D .; Parte, A. (2010 yil 24-noyabr) [1984 (Uilyams va Uilkins)]. Jorj M. Garrity (tahrir). Bacteroidetes, Spirochaetes, Tenericutes (Mollicutes), Acidobacteria, Fibrobacteres, Fusobacteria, Dictyoglomi, Gemmatimonadetes, Lentisphaerae, Verrucomicrobia, Chlamydiae va Planctomycetes.. Bergeyning sistematik bakteriologiya qo'llanmasi. 4 (2-nashr). Nyu-York: Springer. p. 908. ISBN  978-0-387-95042-6. Britaniya kutubxonasi №. GBA561951.
  7. ^ Kavalier-Smit T (2006). "O'tish davri tahlillari bilan hayot daraxtini ildiz otish". Biol. To'g'ridan-to'g'ri. 1 (1): 19. doi:10.1186/1745-6150-1-19. PMC  1586193. PMID  16834776.
  8. ^ Rappe, M. S .; Giovannoni, S. J. (2003). "Madaniyatsiz mikroblar ko'pligi". Mikrobiologiyaning yillik sharhi. 57: 369–394. doi:10.1146 / annurev.micro.57.030502.090759. PMID  14527284.
  9. ^ Woese, C. R. (1987). "Bakteriyalar evolyutsiyasi". Mikrobiologik sharhlar. 51 (2): 221–271. doi:10.1128 / MMBR.51.2.221-271.1987. PMC  373105. PMID  2439888.
  10. ^ Stefan Spring, Boyke Bunk, Ketrin Sproyer, Piter Shumann, Manfred Rohde, Brayan J Tindall va Xans-Piter Klenk, (2016). Verrucomicrobia 5-bo'linmasining birinchi madaniy vakilining xarakteristikasi yangi filum taklifini ko'rsatadi. Tabiat.
  11. ^ "Taksonomiya - Candidatus Omnitrophica (PHYLUM)". UniProt.
  12. ^ Vagner, M .; Horn, M. (2006). "Planktomitsetlar, Verrucomicrobia, Chlamydiae va opa-singillar biotexnologik va tibbiy ahamiyatga ega bo'lgan superfilumdan iborat". Biotexnologiyaning hozirgi fikri. 17 (3): 241–249. doi:10.1016 / j.copbio.2006.05.005. PMID  16704931.
  13. ^ Lagkouvardos I, Jehl MA, Rattei T, Horn M (2014). "PVX superfilimning imzo oqsili". Appl Environ Microbiol. 80 (2): 440–445. doi:10.1128 / AEM.02655-13. PMC  3911108. PMID  24185849.
  14. ^ a b v Gupta RS, Bhandari V, Naushad HS (2012). "Bakteriyalarning PVX qoplamasi uchun molekulyar imzolar (Planktomitsetlar, Verrucomicrobia, Chlamydiae va Lentisphaerae) ularning evolyutsion aloqalari to'g'risida tushuncha beradi". Old mikrobiol. 3: 327. doi:10.3389 / fmicb.2012.00327. PMC  3444138. PMID  23060863.
  15. ^ Gupta RS (2016). "Genomikaning mikrob evolyutsiyasi va tasnifini tushunishga ta'siri: Darvin qarashlarining tasnifga ahamiyati". FEMS Microbiol Rev. 40 (4): 520–53. doi:10.1093 / femsre / fuw011. PMID  27279642.
  16. ^ Gupta RS, Naushad S, Chokshi C, Griffiths E, Adeolu M (2015). "Chlamydiae filimini filogenomik va molekulyar markerlar asosida tahlil qilish: Chlamydiia sinfini Chlamydiales va Parachlamydiales ord. Nov. Ikki qatorga ajratish taklifi va Chlamydiia sinfining tavsifi." Antoni van Leyvenxuk. 108 (3): 765–781. doi:10.1007 / s10482-015-0532-1. PMID  26179278.
  17. ^ Vagner M, Xorn M (2006). "Planktomitsetlar, Verrucomicrobia, Chlamydiae va opa-singillar biotexnologik va tibbiy ahamiyatga ega bo'lgan superfilumdan iborat". Curr. Opin. Biotexnol. 17 (3): 241–9. doi:10.1016 / j.copbio.2006.05.005. PMID  16704931.
  18. ^ Kamneva OK, Liberles DA, Ward NL (2010). "Yangi hisoblash usuli yordamida aniqlangan PVX superfilum bakteriyalari evolyutsiyasiga indel almashtirishlarining genomik ta'siri". Genom Biol Evol. 2: 870–86. doi:10.1093 / gbe / evq071. PMC  3000692. PMID  21048002.