Protomer - Protomer

Yilda tarkibiy biologiya, a protomer ning strukturaviy birligi oligomerik oqsil. Bu kamida ikki xil oqsil zanjiridan tashkil topgan va eng kattasini tashkil etadigan eng kichik birlikdir hetero-oligomer ushbu qismning ikki yoki undan ortiq nusxasini birlashtirish orqali.

Bu atama Chetverin tomonidan kiritilgan[1] ichida nomenklatura qilish Na / K-ATPase ferment aniq. Ushbu ferment ikkita subbirlikdan iborat, katta katalitik subbirlik, alfa va kichikroq glikoprotein subunit, beta (plyus a proteolipid, b-subunit deb nomlanadi). O'sha paytda ularning har biri qanchasi birgalikda ishlayotgani noma'lum edi. Bundan tashqari, odamlar a haqida gapirganda dimer, ular $ alpha $ ga yoki ( alpha) ga ishora qiladimi, aniq emas edi.2. Chetverin a-ni protomer va (aβ) deb atashni taklif qildi.2 diprotomer.

Protomerlar odatda kelishadi tsiklik simmetriya yopiq shakl yaratish nuqta guruhi simmetriya.

Yilda kimyo, deb nomlangan protomer ko'rsatadigan molekula tautomerizm proton holati tufayli[2][3]

Misollar

Gemoglobin a heterotetramer to'rt subbirlikdan iborat (ikkita a va ikkitasi). Ammo strukturaviy va funktsional jihatdan gemoglobin (aa) sifatida yaxshiroq tavsiflanadi2, shuning uchun biz uni ikkita a-protomerining dimeri, ya'ni diprotomer deb ataymiz.[4]

Aspartat karbamoyiltransferaza a ga ega6β6 subunit tarkibi. Oltita a-protomerlari D ga joylashtirilgan3 simmetriya.

Virusli kapsid ko'pincha protomerlardan tashkil topgan.

Misollar kimyo o'z ichiga oladi tirozin va 4-aminobenzoy kislota. Birinchisi karboksilat va fenoksid anionlarini hosil qilish uchun deprotatsiyalangan bo'lishi mumkin,[5] va keyinroq amino yoki karboksil guruhlarida protonlangan bo'lishi mumkin.[6]

Adabiyotlar

  1. ^ Chetverin, A.B. (1986). "Na, K-ATPaza diprotomerik tuzilishi uchun dalillar: oqsil kontsentratsiyasini aniq aniqlash va guruhning miqdoriy tahlili". FEBS Lett. 196: 121–125. doi:10.1016/0014-5793(86)80225-3. PMID  3002859.
  2. ^ P. M. Lalli, B. A. Iglesias, H. E. Toma, G. F. de Sa, R. J. Daroda, J. C. Silva Filho, J. E. Szulejko, K. Araki va M. N. Eberlin, J. Mass Spectrom., 2012, 47, 712-719.
  3. ^ C. Lapthorn, T. J. Dines, B. Z. Chodri, G. L. Perkins va F. S. Pullen, Tezkor Kommun. Mass Spectrom., 2013, 27,2399–2410.
  4. ^ Buxbaum, E. (2007). Oqsil tuzilishi va funktsiyasining asoslari. Nyu-York: Springer. 105-120 betlar. ISBN  978-0-387-26352-6.
  5. ^ J. Am. Kimyoviy. Soc., 2009, 131 (3), pp 1174–1181
  6. ^ J. Fiz. Kimyoviy. A, 2011, 115 (26), 7625-7632-betlar

Tashqi havolalar