SPOP - SPOP

SPOP
Mavjud tuzilmalar
PDB	Ortholog qidiruvi: PDBe RCSB
PDB id kodlari ro'yxati
	2CR2, 3HQH, 3HQI, 3HQL, 3HQM, 3HTM, 3HU6, 3IVB, 3IVQ, 3IVV, 4EOZ, 4HS2, 4J8Z, 4O1V
Identifikatorlar
Taxalluslar	SPOP, BTBD32, TEF2, dog 'turi BTB / POZ oqsili, NEDMIDF, NSDVS1, NSDVS2, NEDMACE
Tashqi identifikatorlar	OMIM: 602650 MGI: 1343085 HomoloGene: 68354 Generkartalar: SPOP
Gen joylashuvi (odam)
Chr.	17-xromosoma (odam)
Oxiri	49,678,163 bp
Gen joylashuvi (Sichqoncha)
Chr.	Xromosoma 11 (sichqoncha)
Oxiri	95,493,406 bp
RNK ekspressioni naqsh
	; ;
	Qo'shimcha ma'lumotni ifodalash ma'lumotlari
Gen ontologiyasi
Molekulyar funktsiya	• GO: 0001948 oqsil bilan bog'lanish; • ubikuitin protein ligaz bilan bog'lanish; • RNK polimeraza II transkripsiya faktorini bog'lash;
Uyali komponent	• Cul3-RING ubikuitin ligaza kompleksi; • yadro zarrasi; • hujayra yadrosi; • nukleoplazma; • sitoplazma; • SCF ubikuitin ligaza kompleksi;
Biologik jarayon	• oqsilning hamma joyda tarqalishi; • proteolizni tartibga solish; • RNK polimeraza II promotoridan transkripsiyaning salbiy regulyatsiyasi; • glyukoza gomeostazasi; • proteazom vositachiligidagi ubiqitinga bog'liq oqsil katabolik jarayoni; • ketma-ketlikka xos DNKni bog'laydigan transkripsiya omilining faolligini salbiy tartibga solish; • endoplazmatik retikulum stressidan kelib chiqqan ichki apoptotik signalizatsiya yo'lining ijobiy regulyatsiyasi; • B tipidagi oshqozon osti bezi hujayralarining apoptotik jarayonini ijobiy tartibga solish; • ubikuitinga bog'liq oqsil katabolik jarayoni;
	Manbalar:Amigo / QuickGO
Ortologlar
	8405
	20747
	ENSG00000121067
	ENSMUSG00000057522
	O43791
	Q6ZWS8
NM_001007226; NM_001007227; NM_001007228; NM_001007229; NM_001007230;
	NM_003563; NM_001370730; NM_001370731; NM_001370732
	NM_025287; NM_001359107
NP_001007227; NP_001007228; NP_001007229; NP_001007230; NP_001007231;
	NP_003554; NP_001357659; NP_001357660; NP_001357661
	NP_079563; NP_001346036
	Vikidata
Insonni ko'rish / tahrirlash	Sichqonchani ko'rish / tahrirlash

Ajratish: animatsion serial uchun qarang She-Ra: Qudrat malikasi.

Singapur qo'shiqchilar tanlovi uchun qarang SPOP qo'shiq!

Spekle tipidagi POZ oqsillari a oqsil odamlarda kodlanganligi SPOP gen.^[5]^[6]^[7]

Ushbu gen a-ni kodlaydi oqsil o'limga bog'liq protein 6 (transkripsiyaviy repressiya faoliyatini modulyatsiya qilishi mumkin (DAXX ) bilan o'zaro ta'sir qiladi giston deatsetilaza, yadro gistonlar, va boshqa histon bilan bog'liq oqsillar. Sichqonchada kodlangan oqsil taxmin bilan bog'lanadi leucine fermuar domen makroH2A1.2 ning, faol bo'lmagan X xromosomalarida boyitilgan variant H2A gistoni. Ushbu oqsilning BTB / POZ domeni boshqa oqsillarda transkripsiyaviy repressiya vositachiligi va giston deatsetilaza ko-repressor komplekslarining tarkibiy qismlari bilan o'zaro aloqasi borligi ko'rsatilgan. Muqobil biriktirish ushbu genning natijasi bir xil oqsilni kodlovchi bir nechta transkript variantlariga olib keladi.^[7]

Klinik ahamiyati

Mutatsiyalar SPOP prostata o'simtasining barcha turlarining 15 foizida ishtirok etishiga olib keladi prostata saratoni.^[8]^[9]

Adabiyotlar

^ ^a ^b ^v GRCh38: Ensembl relizi 89: ENSG00000121067 - Ansambl, 2017 yil may
^ ^a ^b ^v GRCm38: Ensembl relizi 89: ENSMUSG00000057522 - Ansambl, 2017 yil may
^ "Human PubMed ma'lumotnomasi:". Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi, AQSh Milliy Tibbiyot Kutubxonasi.
^ "Sichqoncha PubMed ma'lumotnomasi:". Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi, AQSh Milliy Tibbiyot Kutubxonasi.
^ Nagai Y, Kojima T, Muro Y, Xachiya T, Nishizava Y, Vakabayashi T, Xagivara M (noyabr 1997). "SPOP yangi yadroli dog 'tipidagi oqsilni aniqlash". FEBS xatlari. 418 (1–2): 23–6. doi:10.1016 / S0014-5793 (97) 01340-9. PMID 9414087. S2CID 32204506.
^ Zapata JM, Pawlowski K, Haas E, Ware CF, Godzik A, Reed JC (iyun 2001). "Shish nekrozi faktori retseptorlari bilan bog'liq omil domenlarini o'z ichiga olgan turli xil oqsillar oilasi". Biologik kimyo jurnali. 276 (26): 24242–52. doi:10.1074 / jbc.M100354200. PMID 11279055.
^ ^a ^b "Entrez Gen: SPOP dog 'tipidagi POZ oqsillari".
^ Heidi Evans (2012 yil 20-may). "Olimlar prostata saratonining yangi turini topdilar - kashfiyot moslashtirilgan davolanishga olib kelishi mumkin". Nyu-York Daily News. Olingan 20 may 2012.
^ Barbieri CE, Baca SC, Lawrence MS, Demichelis F, Blattner M, Theurillat JP, White TA, Stojanov P, Van Allen E, Stransky N, Nickerson E, Chae SS, Boysen G, Auclair D, Onofrio RC, Park K, Kitobayashi N, MacDonald TY, Shayx K, Vuong T, Guiducci C, Cibulskis K, Sivachenko A, Carter SL, Saksena G, Voet D, Hussain WM, Ramos AH, Winckler W, Redman MC, Arlie K, Tewari AK, Mosquera JM, Rupp N, Wild PJ, Moch H, Morrissey C, Nelson PS, Kantoff PW, Gabriel SB, Golub TR, Meyerson M, Lander ES, Getz G, Rubin MA, Garraway LA (iyun 2012). "Exome sekvensiyasi prostata saratonida takrorlanadigan SPOP, FOXA1 va MED12 mutatsiyalarini aniqlaydi". Tabiat genetikasi. 44 (6): 685–9. doi:10.1038 / ng.2279. PMC 3673022. PMID 22610119.

Qo'shimcha o'qish

Maruyama K, Sugano S (1994 yil yanvar). "Oligo-kepka: eukaryotik mRNAlarning kepka tuzilishini oligoribonukleotidlar bilan almashtirishning oddiy usuli". Gen. 138 (1–2): 171–4. doi:10.1016/0378-1119(94)90802-8. PMID 8125298.
Bonaldo MF, Lennon G, Soares MB (1996 yil sentyabr). "Normallashtirish va ayirish: genlarni kashf etishni osonlashtirish uchun ikkita yondashuv". Genom tadqiqotlari. 6 (9): 791–806. doi:10.1101 / gr.6.9.791. PMID 8889548.
Suzuki Y, Yoshitomo-Nakagava K, Maruyama K, Suyama A, Sugano S (1997 yil oktyabr). "To'liq boyitilgan va 5'darajali boyitilgan cDNA kutubxonasini qurish va tavsifi". Gen. 200 (1–2): 149–56. doi:10.1016 / S0378-1119 (97) 00411-3. PMID 9373149.
Vu J, Song Y, Bakker AB, Bauer S, Spies T, Lanier LL, Phillips JH (Jul 1999). "NKG2D va DAP10 tomonidan hosil qilingan faollashtiruvchi immunoreseptor kompleksi". Ilm-fan. 285 (5428): 730–2. doi:10.1126 / science.285.5428.730. PMID 10426994.
Xartli JL, Temple GF, Brasch MA (Nov 2000). "In vitro saytga xos rekombinatsiya yordamida DNKni klonlash". Genom tadqiqotlari. 10 (11): 1788–95. doi:10.1101 / gr.143000. PMC 310948. PMID 11076863.
Zapata JM, Pawlowski K, Haas E, Ware CF, Godzik A, Reed JC (iyun 2001). "Shish nekrozi faktori retseptorlari bilan bog'liq omil domenlarini o'z ichiga olgan turli xil oqsillar oilasi". Biologik kimyo jurnali. 276 (26): 24242–52. doi:10.1074 / jbc.M100354200. PMID 11279055.
Takaxashi I, Kameoka Y, Xashimoto K (Avgust 2002). "MacroH2A1.2 Spop yadro oqsilini bog'laydi". Biochimica et Biofhysica Acta (BBA) - Molekulyar hujayralarni tadqiq qilish. 1591 (1–3): 63–8. doi:10.1016 / S0167-4889 (02) 00249-5. PMID 12183056.
Gilfillan S, Xo EL, Cella M, Yokoyama WM, Colonna M (dekabr 2002). "NKG2D NK hujayralarini faollashtirish va kostimulyatsiyasini boshlash uchun ikkita alohida adapterni jalb qiladi". Tabiat immunologiyasi. 3 (12): 1150–5. doi:10.1038 / ni857. PMID 12426564. S2CID 5859797.
Diefenbax A, Tomasello E, Lukas M, Jeymison AM, Hsia JK, Vivier E, Raulet DH (dekabr 2002). "Signallovchi oqsillar bilan tanlangan assotsiatsiyalar NKG2D ning stimulyatsion va kostimulyator faolligini aniqlaydi". Tabiat immunologiyasi. 3 (12): 1142–9. doi:10.1038 / ni858. PMID 12426565. S2CID 14901451.
Billadeau DD, Upshaw JL, Schoon RA, Dik CJ, Leybson PJ (iyun 2003). "NKG2D-DAP10 Syk-dan mustaqil tartibga solish yo'li bilan inson NK hujayralari vositasida o'ldirishni keltirib chiqaradi". Tabiat immunologiyasi. 4 (6): 557–64. doi:10.1038 / ni929. PMID 12740575. S2CID 7699074.
Liu A, Desai BM, Stoffers DA (2004 yil may). "PDX-1 (MODY4) transkripsiyaviy faolligini inhibe qiluvchi POZ domen oqsili PCIF1 ni aniqlash". Molekulyar va uyali biologiya. 24 (10): 4372–83. doi:10.1128 / MCB.24.10.4372-4383.2004. PMC 400448. PMID 15121856.
La M, Kim K, Park J, Von J, Li JH, Fu YM, Meadows GG, Jo CO (Iyul 2004). "MMP1 genining Daxx vositachiligidagi transkripsiyaviy repressiyasini SPOP qaytaradi". Biokimyoviy va biofizik tadqiqotlari. 320 (3): 760–5. doi:10.1016 / j.bbrc.2004.06.022. PMID 15240113.
Wiemann S, Arlt D, Huber V, Vellenayter R, Shlyeger S, Mehrle A, Bechtel S, Sauermann M, Korf U, Pepperkok R, Sultmann H, Poustka A (2004 yil oktyabr). "ORFeome'dan biologiyaga: funktsional genomika quvuri". Genom tadqiqotlari. 14 (10B): 2136-44. doi:10.1101 / gr.2576704. PMC 528930. PMID 15489336.
Ernandes-Muñoz I, Lund AH, van der Stoop P, Boutma E, Muijrers I, Verxoven E, Nusinov DA, Panning B, Maraxrens Y, van Loxizen M (may 2005). "X-xromosomalarning barqaror inaktivatsiyasi PRC1 Polycomb kompleksini o'z ichiga oladi va MACROH2A1 gistoni va CULLIN3 / SPOP ubiquitin E3 ligazasini talab qiladi". Amerika Qo'shma Shtatlari Milliy Fanlar Akademiyasi materiallari. 102 (21): 7635–40. doi:10.1073 / pnas.0408918102. PMC 1140410. PMID 15897469.
Rual JF, Venkatesan K, Xao T, Xirozane-Kishikava T, Drikot A, Li N, Berriz GF, Gibbons FD, Dreze M, Ayivi-Gedehoussou N, Klitgord N, Saymon S, Boxem M, Milshteyn S, Rozenberg J, Goldberg DS, Zhang LV, Vong SL, Franklin G, Li S, Albala JS, Lim J, Fraughton C, Llamosas E, Cevik S, Bex C, Lamesch P, Sikorski RS, Vandenhaute J, Zoghbi HY, Smolyar A, Bosak S, Sequerra R, Ducette-Stamm L, Cusick ME, Hill DE, Roth FP, Vidal M (oktyabr 2005). "Odamning oqsil va oqsil bilan o'zaro aloqasi tarmog'ining proteom miqyosli xaritasi tomon". Tabiat. 437 (7062): 1173–8. doi:10.1038 / nature04209. PMID 16189514. S2CID 4427026.
Mehrle A, Rozenfelder H, Shupp I, del Val C, Arlt D, Xahne F, Bechtel S, Simpson J, Hofmann O, Hide W, Glatting KH, Huber V, Pepperkok R, Poustka A, Wiemann S (Yanvar 2006). "2006 yilda LIFEdb ma'lumotlar bazasi". Nuklein kislotalarni tadqiq qilish. 34 (Ma'lumotlar bazasi muammosi): D415-8. doi:10.1093 / nar / gkj139. PMC 1347501. PMID 16381901.

Ushbu maqola gen kuni inson xromosomasi 17 a naycha. Siz Vikipediyaga yordam berishingiz mumkin uni kengaytirish.

[refGRCh38Ensembl-1] v GRCh38: Ensembl relizi 89: ENSG00000121067 - Ansambl, 2017 yil may

[refGRCm38Ensembl-2] v GRCm38: Ensembl relizi 89: ENSMUSG00000057522 - Ansambl, 2017 yil may

[3] "Human PubMed ma'lumotnomasi:". Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi, AQSh Milliy Tibbiyot Kutubxonasi.

[4] "Sichqoncha PubMed ma'lumotnomasi:". Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi, AQSh Milliy Tibbiyot Kutubxonasi.

[pmid9414087-5] Nagai Y, Kojima T, Muro Y, Xachiya T, Nishizava Y, Vakabayashi T, Xagivara M (noyabr 1997). "SPOP yangi yadroli dog 'tipidagi oqsilni aniqlash". FEBS xatlari. 418 (1–2): 23–6. doi:10.1016 / S0014-5793 (97) 01340-9. PMID 9414087. S2CID 32204506.

[pmid11279055-6] Zapata JM, Pawlowski K, Haas E, Ware CF, Godzik A, Reed JC (iyun 2001). "Shish nekrozi faktori retseptorlari bilan bog'liq omil domenlarini o'z ichiga olgan turli xil oqsillar oilasi". Biologik kimyo jurnali. 276 (26): 24242–52. doi:10.1074 / jbc.M100354200. PMID 11279055.

[entrez-7] "Entrez Gen: SPOP dog 'tipidagi POZ oqsillari".

[NYDNHeidiEvans-8] Heidi Evans (2012 yil 20-may). "Olimlar prostata saratonining yangi turini topdilar - kashfiyot moslashtirilgan davolanishga olib kelishi mumkin". Nyu-York Daily News. Olingan 20 may 2012.

[doi.10.1038/ng.2279-9] Barbieri CE, Baca SC, Lawrence MS, Demichelis F, Blattner M, Theurillat JP, White TA, Stojanov P, Van Allen E, Stransky N, Nickerson E, Chae SS, Boysen G, Auclair D, Onofrio RC, Park K, Kitobayashi N, MacDonald TY, Shayx K, Vuong T, Guiducci C, Cibulskis K, Sivachenko A, Carter SL, Saksena G, Voet D, Hussain WM, Ramos AH, Winckler W, Redman MC, Arlie K, Tewari AK, Mosquera JM, Rupp N, Wild PJ, Moch H, Morrissey C, Nelson PS, Kantoff PW, Gabriel SB, Golub TR, Meyerson M, Lander ES, Getz G, Rubin MA, Garraway LA (iyun 2012). "Exome sekvensiyasi prostata saratonida takrorlanadigan SPOP, FOXA1 va MED12 mutatsiyalarini aniqlaydi". Tabiat genetikasi. 44 (6): 685–9. doi:10.1038 / ng.2279. PMC 3673022. PMID 22610119.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]