Schellman loopi - Schellman loop

Schellman loopi. Azot atomlari, ko'k; oksigenlar, qizil; uglerodlar, kulrang. Binafsha va sariq chiziqlar vodorod aloqalari. Yon zanjir va vodorod atomlari chiqarib tashlangan. Vodorod bog'lanishining joylashishi pastki rasmning ii-da bo'lgani kabi.

Schellman ko'chadan (shuningdek, deyiladi Schellman motiflari yoki qistirgichlar)[1][2][3][4][5][6][7][8][9][10] ning odatda tuzilish xususiyatlari oqsillar va polipeptidlar.[11] Har birida oltitadan aminokislota qoldiqlar (etiketli qoldiqlar men ga men+5) ikkita o'ziga xos interchainchain bilan vodorod aloqalari (pastki rasmda bo'lgani kabi) va xarakterli asosiy zanjir dihedral burchak konformatsiya. Qoldiqning CO guruhi men bu vodorod bilan bog'langan qoldiqning NH ga men+5 (yuqori rasmda to'q sariq rang) va qoldiqning CO guruhi men+1 qoldiq NH bilan vodorod bilan bog'langan men+4 (beta navbat, binafsha rang). Qoldiqlar men+1, men+2, va men+3 salbiy φ (phi) burchak qiymatlari va qoldiqning phi qiymati men+4 ijobiy. Schellman tsikllarida uchta aminokislota qoldig'i RL mavjud uya (oqsil strukturaviy motifi),[12][13] qaysi uchta magistral NH guruhlar (Schellman loop qoldiqlaridan men+3 dan men+5) shakl konkav vodorod bilan bog'lanish uchun karbonil oksigenlar. Oqsillar tarkibidagi taxminan 2,5% aminokislotalar Schellman looplariga tegishli. Proteinlardagi kichik motiflarni o'rganish uchun ikkita veb-sayt mavjud: Motivatsiyalangan oqsillar: [1];[14] yoki PDBeMotif: [2].[15]

Schellman looplarining aksariyati (82%) C-terminali ning alfa-spiral shunday qoldiqlar men, men+1, men+2 va men+3 spiralning bir qismidir. To'rtdan ortiq spirallarda (28%) C-terminalli Schellman tsikli mavjud.[10]

Vaqti-vaqti bilan Schellman ko'chadanlari oltita qoldiq o'rniga etti dona uchraydi. Ularda CO qoldiqlari guruhi men qoldiqning NH bilan vodorod bilan bog'langan men+6 va CO qoldiqlari guruhi men+1 qoldiq NH bilan vodorod bilan bog'langan men+5. Noyob "chap qo'l" oltita qoldiq Schellman ko'chadan paydo bo'ladi; bular bir xil vodorod aloqalariga ega, ammo qoldiqlar men+1, men+2, va men+3 qoldiqning φ qiymati, ijobiy φ qiymatlarga ega men+4 salbiy; uyasi RL emas, aksincha LRga tegishli.

Oddiy turdagi Schellman pastadirining qoldiqlari uchun aminokislota moyilligi tavsiflangan.[16] Qoldiq men+4 - eng yuqori darajada saqlanadigan; u ijobiy φ qiymatlarga ega; 70% aminokislotalar glitsin va hech kim yo'q prolin.

Schellman tsikllarining vodorod birikmasi. Qoldiqlar qora to'ldirilgan doiralar bilan ifodalanadi. Mainchain-mainchain vodorod aloqalari kesikli chiziqlar sifatida ko'rsatilgan. Kulrang soyalar uchta uyaning qoldiqlarini bildiradi.

Oksigenlar zanjiri bilan bog'langan Schellman ko'chadan uyalaridagi vodorod bog'lanishini ko'rib chiqish ikkita asosiy tartibni ochib beradi: 1,3 ko'prikli yoki yo'q. Birida (pastki rasm, ii) birinchi va uchinchi uyaning NH guruhlari kislorod atomi bilan ko'priklanadi. Ikkinchisida (pastki rasm, iv) birinchi NH guruhi ketma-ketlikda to'rtta qoldiq bo'lgan aminokislotaning CO guruhiga vodorod bilan bog'langan va NH guruhlarining hech biri ko'priklanmagan.[17] Schellman looplari kutilganidan kamroq bir hilga o'xshaydi.

Original Schellman mezonlari [1] natijada hozirda Schellman looplari deb hisoblanmaydigan xususiyatlarni kiritish. Birinchi xatboshida yangi mezonlar to'plami berilgan.

Adabiyotlar

  1. ^ a b Schellman, C (1980). Proteinli katlama. Amsterdam: Elsevier. 53-61 bet.
  2. ^ Milner-Uayt, E J (1988-02-05). "O'ng va chap qo'llarda paydo bo'ladigan oqsillarda takrorlanadigan tsikl motifi. Uning alfa-spirallar va beta-bo'rtiqli tsikllar bilan aloqasi". Molekulyar biologiya jurnali. 199 (3): 503–511. doi:10.1016/0022-2836(88)90621-3. ISSN  0022-2836. PMID  3351939.
  3. ^ Avrora, R; Srinivasan, R; Rose, G D (1994). "Alfa-spiralni glitsin bilan tugatish qoidalari" (PDF). Ilm-fan. 264 (5162): 1126–1130. doi:10.1126 / science.8178170. ISSN  0036-8075. PMID  8178170.
  4. ^ Viguera, Ana Roza; Serrano, Luis (1995-08-04). "Schellman Motifining eksperimental tahlili". Molekulyar biologiya jurnali. 251 (1): 150–160. doi:10.1006 / jmbi.1995.0422. ISSN  0022-2836. PMID  7643384.
  5. ^ Avrora, R; Rose, G D (yanvar, 1998). "Spiralni yopish". Proteinli fan. 7 (1): 21–38. doi:10.1002 / pro.5560070103. ISSN  0961-8368. PMC  2143812. PMID  9514257.
  6. ^ Kallenbax, Nevill R.; Gong, Youxiang (1999 yil yanvar). "Model spiral peptidlarda C-terminalni yopish motivlari". Bioorganik va tibbiy kimyo. 7 (1): 143–151. doi:10.1016 / S0968-0896 (98) 00231-4. ISSN  0968-0896.
  7. ^ Sukumar, Muppalla; Jerasch, Lila M (1997 yil avgust). "Schellman motifidagi mahalliy o'zaro ta'sirlar oqsil parchasidagi interheklararo joylashishni belgilaydi". Katlama va dizayn. 2 (4): 211–222. doi:10.1016 / S1359-0278 (97) 00030-8. ISSN  1359-0278. PMID  9269562.
  8. ^ Datta, Saumen; Uma, Manjappara V.; Shamala, N .; Balaram, P. (1999). "Peptidlardagi Schellman motiflarining stereokimyosi: C-terminali 6 → 1 vodorod bog'lanishiga ega geksapeptidning kristalli tuzilishi" (PDF). Biopolimerlar. 50 (1): 13–22. doi:10.1002 / (sici) 1097-0282 (199907) 50: 1 <13 :: aid-bip2> 3.0.co; 2-k. ISSN  0006-3525.
  9. ^ Sagermann, Martin; Mertensson, Lars-Go'ran; Baase, Valter A.; Metyus, Brayan V. (2002-03-01). "Spiralni yopish uchun tavsiya etilgan qoidalar testi: oqsil dizayni uchun ta'siri". Proteinli fan. 11 (3): 516–521. doi:10.1110 / ps.39802. ISSN  1469-896X. PMC  2373482. PMID  11847274.
  10. ^ a b Lider, DP; Milner-Uayt, EJ (2011). "Globulyar oqsillardagi alfa-spiral uchlari tuzilishi". Oqsillar. 79 (3): 1010–1019. doi:10.1002 / prot.22942. PMID  21287629.
  11. ^ Milner-Uayt, E. Jeyms; Nissink, J. Uillem M.; Allen, Frank X.; Duddi, Uilyam J. (2004-11-01). "Qisqa polipeptidlarda takrorlanadigan asosiy zanjirli anionni bog'laydigan motiflar: uyalar". Acta Crystallographica bo'limi D. 60 (11): 1935–1942. doi:10.1107 / S0907444904021390. ISSN  0907-4449. PMID  15502299.
  12. ^ Datta, S; Uma, MV (1999). "Peptidlardagi Schellman motiflarining stereokimyosi. C-terminali 6-> 1 vodorod bog'lanishiga ega geksapeptidning kristalli tuzilishi" (PDF). Biopolimerlar. 50 (1): 13–22. doi:10.1002 / (sici) 1097-0282 (199907) 50: 1 <13 :: aid-bip2> 3.0.co; 2-k.
  13. ^ Uotson, Jeyms D; Milner-Uayt, E Jeyms (2002-01-11). "Oqsillarda yangi asosiy zanjirli anionni bog'laydigan joy: uya. Bir-birining ketma-ket qoldiqlarida phi, psi qiymatlarining ma'lum birikmasi anionni bog'laydigan joylarni paydo bo'lishiga olib keladi va ko'pincha funktsional jihatdan muhim mintaqalarda uchraydi". Molekulyar biologiya jurnali. 315 (2): 171–182. doi:10.1006 / jmbi.2001.5227. ISSN  0022-2836. PMID  11779237.
  14. ^ Lider, DP; Milner-Uayt (2009). "Motivatsion oqsillar: kichik uch o'lchovli oqsil motiflarini o'rganish uchun veb-dastur". BMC Bioinformatika. 10 (1): 60. doi:10.1186/1471-2105-10-60. PMC  2651126. PMID  19210785.
  15. ^ Golovin, A; Henrik (2008). "MSDmotiv: oqsil joylari va motiflarini o'rganish". BMC Bioinformatika. 9 (1): 312. doi:10.1186/1471-2105-9-312. PMC  2491636. PMID  18637174.
  16. ^ Newell, Nicholas E (2011-12-15). "Mahalliylashtirilgan ketma-ketlik xususiyatlarini ajratib olish uchun kaskadni aniqlash; OIV-1 proteazining o'ziga xosligi natijalari va Schellman pastadirining tuzilish funktsiyasi natijalari". Bioinformatika. 27 (24): 3415–3422. doi:10.1093 / bioinformatika / btr594. ISSN  1367-4811. PMID  22039211.
  17. ^ Afzal, AM; Al-Shubailli, F (2014). "Anionlarni uyalar motiflarida vodorod bog'lanishlari bilan ko'paytirish va uning Schellman halqalari va oqsillar tarkibidagi boshqa yirik motiflar uchun ahamiyati". Oqsillar. 82 (11): 3023–3031. doi:10.1002 / prot.24663. PMID  25132631.

Tashqi havolalar