Siphoviridae - Siphoviridae

Siphoviridae
	Sifovirusning tipik tuzilishi
Viruslarning tasnifi
(ochilmagan):	Virus
Shohlik:	Duplodnaviriya
Qirollik:	Heunggongvirae
Filum:	Uroviricota
Sinf:	Kaudoviritsetlar
Buyurtma:	Caudovirales
Oila:	Siphoviridae
Genera
	matnni ko'ring
Sinonimlar
	Styloviridae;

Siphoviridae ikki qavatli oiladir DNK viruslar tartibda Caudovirales. Bakteriyalar va arxeylar tabiiy xost sifatida xizmat qiladi. Hozirgi kunda ushbu oilada 783 tur mavjud bo'lib, ular 265 avlod va 13 subfamilaga bo'lingan.^[2]^[3] Ushbu oilaning xarakterli tuzilish xususiyatlari - rivojlanmagan bosh va kontraktil bo'lmagan quyruq.

Tuzilishi

Viruslar Siphoviridae emaso'ralgan, ikosahedral va bosh-dumli geometriyalari bilan^[2] (morfotip B1) yoki a prolat kapsid (morfotip B2) va T = 7 simmetriya. Diametri 60 nm atrofida.^[2] Ushbu oila a'zolari, shuningdek, ularning iplari, o'zaro bog'langan, kontraktil bo'lmagan dumlari, odatda qisqa terminal va subterminal tolalar bilan ajralib turadi. Genomlar ikki qavatli va chiziqli, uzunligi 50kb atrofida,^[2] tarkibida 70 ga yaqin genlar. The guanin /sitozin tarkib odatda 52% atrofida.

Hayot davrasi

Virusli replikatsiya sitoplazmatikdir. Xost xujayrasiga kirish xost xujayrasiga adsorbsiyalash orqali amalga oshiriladi. Replikatsiya replikativ transpozitsiya modeliga amal qiladi. DNK-andozali transkripsiya bu transkripsiya usuli. Tarjima -1 ribosomali kadrlarni uzatish va +1 ribosomal kadrlarni almashtirish orqali amalga oshiriladi. Virus mezbon hujayradan lizis va holin / endolizin / spanin oqsillari bilan chiqadi.^[2] Bakteriyalar va arxeylar tabiiy xost sifatida xizmat qiladi. Etkazish yo'llari passiv diffuziya hisoblanadi.^[2]

Taksonomiya

Quyidagi oilalar tan olinadi:^[3]

Quyidagi turlar subfamilyaga ajratilmagan:^[3]

Bundan tashqari, subfamily va turga ajratilmagan bitta tur mavjud:^[3] Rodokokk virusi RGL3.

Tavsiya etilgan nasl

Sifovirusning elektron mikrografiyalari P. acnes. Fajlar salbiy rangga bo'yalgan va transmissiya elektron mikroskopidan o'tkazilgan. Faglarning boshi taxminan 55 nm diametrga ega bo'lib, genetik material bilan to'ldirilgan. Ularning dumlari 150 × 10 nm o'lchamga ega va egiluvchan va qisqarmaydigan. Pastki mikrografada PAD25 bakterial hujayra qoldiqlariga yopishgan va ikkita fag boshlarini yo'qotgan. Barcha faglar morfologiyasiga ko'ra sifoviruslar deb tasniflangan.^[4]

Quyidagi nasllar taklif qilingan, ammo hozirda Xalqaro viruslar taksonomiyasi qo'mitasi tomonidan tasdiqlanmagan:^[5]^[6]^[7]^[8]^[9]^[10]

Jins Cba39unalikevirus; tur turlari: Cellulophaga phage phi39: 1
- Turlar:
  - Cellulophaga phage phi39: 1
Jins Cba46unalikevirus; tur turlari: Selulophaga fage phi46: 1
- Turlar:
  - Selulophaga fage phi46: 1
Jins Cba18unalikevirus; tur turlari: Selulophaga faji phi 18: 1
- Turlar:
  - Selulophaga faji phi 18: 1
  - Cellulophaga phage phi12: 1
  - Cellulophaga phage phi12: 3
  - Cellulophaga phage phi17: 1
  - Cellulophaga phage phi 18: 2
Jins Cba10unalikevirus; tur turlari: Cellulophaga phage phi10: 1
- Turlar:
  - Cellulophaga phage phi10: 1
  - Cellulophaga phage phi19: 1
Jins Cba13unalikevirus; tur turlari: Cellulophaga phage phi13: 1
- Turlar:
  - Cellulophaga phage phi13: 1
  - Cellulophaga phage phi19: 2
  - Cellulophaga fage phiST
Jins Jk06likevirus; tur turlari: Escherichia fage Jk06
- Turlar
  - Escherichia fage Eb49
  - Escherichia fage Jk06
  - Escherichia fage Rogue1
  - Esherichiya fagi AHP24
  - Esherichiya fagi AHS24
  - Esherichiya fagi AHP42
  - Escherichia fage AKS96
  - Enterobakteriyalar faj phiJLA23
  - Enterobakteriyalar fagi phiKP26
Jins Kp36likevirus; tur turlari: Klebsiella fagi KP36
- Turlar
  - Enterobakter faji F20
  - Klebsiella fagi KP36
Jins R1tlikevirus; tur turlari: Laktokokk fagi r1t
- Turlar
  - Laktokokk fagi r1t
Jins Rtplikevirus; tur turlari: Escherichia fage Rtp
- Turlar
  - Escherichia fage Rtp
  - Enterobakteriyalar fagi vB_EcoS_ACG-M12
Jins Tlslikevirus; tur turlari: Escherichia fage Tls
- Turlar
  - Escherichia fage Tls
  - Salmonella faji FSL SP-126

Tasniflanmagan

Yuqoridagi viruslardan tashqari, ko'plab a'zolar Siphoviridae hech qanday naslga oid bo'lmagan tasniflanmagan guruhga birlashtirilgan.^[11] Ushbu guruhga yuqishi ma'lum bo'lgan ko'plab fajlar kiradi Laktobatsillus, Mikobakteriya, Streptokokk va boshqa bakteriyalar.

Adabiyotlar

^ Safferman, R.S .; Kannon, RE; Desjardin, PR .; Gromov, B.V .; Haselkorn, R .; Sherman, L.A.; Shilo, M. (1983). "Siyanobakteriyalar viruslarining tasnifi va nomenklaturasi". Intervirologiya. 19 (2): 61–66. doi:10.1159/000149339. PMID 6408019.
^ ^a ^b ^v ^d ^e ^f "Virusli hudud". ExPASy. Olingan 1 iyul 2015.
^ ^a ^b ^v ^d "Virus taksonomiyasi: 2019 yilgi chiqish". talk.ictvonline.org. Viruslar taksonomiyasi bo'yicha xalqaro qo'mita. Olingan 5 may 2020.
^ Lood R, Mörgelin M, Holmberg A, Rasmussen M, Kollin M (2008). "Propionibacterium acnes ning yuzaki va chuqur to'qima izolatlaridagi induktiv sifoviruslar". BMC Mikrobiol. 8: 139. doi:10.1186/1471-2180-8-139. PMC 2533672. PMID 18702830.
^ Proux C, van Sinderen D, Suarez J, Garsiya P, Ladero V, Fitsjerald GF, Desiere F, Bryussov H (2002). "Sfi kislota bakteriyalarida Sfi21 o'xshash Siphoviridae ning qiyosiy genomikasi bilan tasvirlangan fag taksonomiyasining dilemmasi". J. Bakteriol. 184 (21): 6026–36. doi:10.1128 / JB.184.21.6026-6036.2002. PMC 135392. PMID 12374837.
^ Gutierrez, D; Adriaenssens, EM; Martines, B; Rodriges, A; Lavigne, R; Kropinski, AM; Garsiya, P (2013 yil 11 sentyabr). "Uchta yangi taklif qilingan stafilokokk fagining yangi bakteriofag avlodlari:" 3alikevirus "," 77likevirus "va" Phietalikevirus """. Virusologiya arxivi. 159 (2): 389–98. doi:10.1007 / s00705-013-1833-1. PMID 24022640.
^ ICTV-da ratifikatsiyani kutayotgan taksonomiya bo'yicha takliflar
^ ICTV-da kutilayotgan taksonomiya bo'yicha takliflar
^ Holmfeldt, K .; Solonenko, N .; Shoh M .; Korrier, K .; Riemann, L .; Verberkmoes, N. C .; Sallivan, M. B. (2013). "Jahon okeanlarida ilgari noma'lum bo'lgan o'n ikki fag nasli hamma joyda uchraydi". Milliy fanlar akademiyasi materiallari. 110 (31): 12798–803. doi:10.1073 / pnas.1305956110. PMC 3732932. PMID 23858439.
^ Niu, Y. D .; Makallister, T. A .; Nash, J. H. E.; Kropinski, A. M.; Stenford, K. (2014). "To'rt Escherichia coli O157: H7 Faglari: yangi bakteriofaglar turi va T1 ga o'xshash fajlarning taksonomik klassifikatsiyasi". PLOS ONE. 9 (6): e100426. doi:10.1371 / journal.pone.0100426. PMC 4070988. PMID 24963920.
^ "tasniflanmagan Siphoviridae". NCBI taksonomiyasi.

Tashqi havolalar

[1] Safferman, R.S .; Kannon, RE; Desjardin, PR .; Gromov, B.V .; Haselkorn, R .; Sherman, L.A.; Shilo, M. (1983). "Siyanobakteriyalar viruslarining tasnifi va nomenklaturasi". Intervirologiya. 19 (2): 61–66. doi:10.1159/000149339. PMID 6408019.

[ViralZone-2] v ^d ^e ^f "Virusli hudud". ExPASy. Olingan 1 iyul 2015.

[ICTV-3] v ^d "Virus taksonomiyasi: 2019 yilgi chiqish". talk.ictvonline.org. Viruslar taksonomiyasi bo'yicha xalqaro qo'mita. Olingan 5 may 2020.

[pmid18702830-4] Lood R, Mörgelin M, Holmberg A, Rasmussen M, Kollin M (2008). "Propionibacterium acnes ning yuzaki va chuqur to'qima izolatlaridagi induktiv sifoviruslar". BMC Mikrobiol. 8: 139. doi:10.1186/1471-2180-8-139. PMC 2533672. PMID 18702830.

[5] Proux C, van Sinderen D, Suarez J, Garsiya P, Ladero V, Fitsjerald GF, Desiere F, Bryussov H (2002). "Sfi kislota bakteriyalarida Sfi21 o'xshash Siphoviridae ning qiyosiy genomikasi bilan tasvirlangan fag taksonomiyasining dilemmasi". J. Bakteriol. 184 (21): 6026–36. doi:10.1128 / JB.184.21.6026-6036.2002. PMC 135392. PMID 12374837.

[6] Gutierrez, D; Adriaenssens, EM; Martines, B; Rodriges, A; Lavigne, R; Kropinski, AM; Garsiya, P (2013 yil 11 sentyabr). "Uchta yangi taklif qilingan stafilokokk fagining yangi bakteriofag avlodlari:" 3alikevirus "," 77likevirus "va" Phietalikevirus """. Virusologiya arxivi. 159 (2): 389–98. doi:10.1007 / s00705-013-1833-1. PMID 24022640.

[7] ICTV-da ratifikatsiyani kutayotgan taksonomiya bo'yicha takliflar

[8] ICTV-da kutilayotgan taksonomiya bo'yicha takliflar

[9] Holmfeldt, K .; Solonenko, N .; Shoh M .; Korrier, K .; Riemann, L .; Verberkmoes, N. C .; Sallivan, M. B. (2013). "Jahon okeanlarida ilgari noma'lum bo'lgan o'n ikki fag nasli hamma joyda uchraydi". Milliy fanlar akademiyasi materiallari. 110 (31): 12798–803. doi:10.1073 / pnas.1305956110. PMC 3732932. PMID 23858439.

[10] Niu, Y. D .; Makallister, T. A .; Nash, J. H. E.; Kropinski, A. M.; Stenford, K. (2014). "To'rt Escherichia coli O157: H7 Faglari: yangi bakteriofaglar turi va T1 ga o'xshash fajlarning taksonomik klassifikatsiyasi". PLOS ONE. 9 (6): e100426. doi:10.1371 / journal.pone.0100426. PMC 4070988. PMID 24963920.

[11] "tasniflanmagan Siphoviridae". NCBI taksonomiyasi.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]