TMEM106B - TMEM106B

TMEM106B
Identifikatorlar
Taxalluslar	TMEM106B, transmembran oqsili 106B, HLD16
Tashqi identifikatorlar	OMIM: 613413 MGI: 1919150 HomoloGene: 56806 Generkartalar: TMEM106B
Gen joylashuvi (odam)
Chr.	Xromosoma 7 (odam)
Oxiri	12,243,367 bp
Gen joylashuvi (Sichqoncha)
Chr.	Xromosoma 6 (sichqoncha)
Oxiri	13,089,269 bp
RNK ekspressioni naqsh
	Qo'shimcha ma'lumotni ifodalash ma'lumotlari
Gen ontologiyasi
Molekulyar funktsiya	• GO: 0001948 oqsil bilan bog'lanish; • molekulyar funktsiya;
Uyali komponent	• membrananing ajralmas komponenti; • lizosomal membrana; • kech endosoma membranasi; • membrana; • lizosoma; • endosoma;
Biologik jarayon	• lizosomalarning lokalizatsiyasi; • dendrit morfogenezi; • lizozomlar tashkiloti; • lizosomal transport; • dendrit rivojlanishining ijobiy regulyatsiyasi;
	Manbalar:Amigo / QuickGO
Ortologlar
	54664
	71900
	ENSG00000106460
	ENSMUSG00000029571
	Q9NUM4
	Q80X71
	NM_001134232; NM_018374
	NM_027992
	NP_001127704; NP_060844; NP_001127704.1; NP_060844.2
	NP_082268
	Vikidata
Insonni ko'rish / tahrirlash	Sichqonchani ko'rish / tahrirlash

Transmembran oqsili 106B a oqsil odamlarda kodlanganligi TMEM106B gen.^[5]

Klinik natijalar

Frontotemporal demans AD va Parkinson kasalliklaridan keyin eng keng tarqalgan neyrodejenerativ kasallik hisoblanadi. 515 FTLD-TDP holatlarida, shu jumladan, oilaviy FTLD-TDP ning ma'lum sababi bo'lgan granulin (GRN) genida patogen mutatsiyalarni olib boruvchi 89 kishi, rs1990622, TMEM106B genining (xromosoma 7p21) quyi qismida joylashgan 6,9 kilobazani aniqlagan holda o'tkazilgan tadqiqot. genom bo'yicha signal.^[6] Qizig'i shundaki, ushbu signal GRN mutatsion tashuvchilari orasida boshqa FTLD-TDP namunalariga qaraganda kuchliroq edi.

Ushbu topilmalar asosida Cruchaga va boshq. ,,^[7] TMEM106B variantlari GRN darajasini o'zgartirganligi tahlil qilindi. RS1990622 xavf alleli 13 yosh boshlanishida yoshning o'rtacha pasayishi bilan bog'liqligini aniqladi (P = 9,9 × 10⁻⁷) va ikkala sog'lom keksa odamda past plazmadagi GRN darajasi bilan (P = 4 × 10)⁻⁴) va GRN mutatsion tashuvchilari (P = 0,0027). HapMap ma'lumotlar bazasini tahlil qilish rs1990622 bilan mukammal bog'lanish muvozanatida noma'lum yagona nukleotidli polimorfizm rs3173615 (p.T185S) ni aniqladi, bu mening assotsiatsiyani boshqaradigan funktsional variantni anglatadi. Xulosa qilib aytganda, ushbu natijalar shuni ko'rsatadiki, rs1990622 ning boshlanish yoshiga bog'liqligi, qisman, GRN mutatsion tashuvchilari orasida kasallik boshlanishining keng doirasini tushuntiradi. RS1990622 yoki bog'lanish muvozanatining boshqa bir varianti Altsgeymer kasalligida APOE ga o'xshash tarzda harakat qilishi mumkin, bu esa umumiy populyatsiyada kasallik xavfini oshiradi va mutatsion tashuvchilarda AAO ni o'zgartiradi. TMEM106B ning genetik o'zgarishi maxfiy GRN darajasini modulyatsiya qilish orqali FTLD-TDP xavfiga ta'sir qilishi mumkin.

Funktsional mexanizm

Li va boshq.,^[8] ommaviy RNK-seq eksperimentida hujayra nisbatlarini aniqlash uchun raqamli dekonvolyutsiya algoritmini ishlab chiqdi va tasdiqladi. Keyinchalik, ular ushbu usuldan foydalanib, inson korteksidagi neyronal nisbatlar bilan bog'liq genlarni aniqladilar.^[9] Ushbu tadqiqotda Cruchaga (https://neurogenomics.wustl.edu/ ) va uning jamoasi TMEM106B ning pastki Frontotemporal demans xavfi bilan bog'liq bo'lgan variantlari, shuningdek, yuqori neyron tarkibiga bog'liqligini namoyish etdi. Shuningdek, ular ushbu assotsiatsiya kasallik holatidan mustaqil ekanligini va TMEM106B neruodejeneratsiya uchun umumiy himoya omili ekanligini ko'rsatib berishdi, bu esa TMEM106B ga qaratilgan yangi terapevtik yondashuvlarga eshiklarni ochib beradi.

O'zaro aloqalar

TMEM106B ga ko'rsatildi o'zaro ta'sir qilish bilan C6orf201.^[10]

Adabiyotlar

^ ^a ^b ^v GRCh38: Ensembl relizi 89: ENSG00000106460 - Ansambl, 2017 yil may
^ ^a ^b ^v GRCm38: Ensembl relizi 89: ENSMUSG00000029571 - Ansambl, 2017 yil may
^ "Human PubMed ma'lumotnomasi:". Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi, AQSh Milliy Tibbiyot Kutubxonasi.
^ "Sichqoncha PubMed ma'lumotnomasi:". Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi, AQSh Milliy Tibbiyot Kutubxonasi.
^ "Entrez Gen: TMEM106B transmembran oqsili 106B".
^ Van Deerlin, VM; Sleyman, bosh vazir; Martines-Laj, M; Chen-Plotkin, A; Vang, LS; Graf-Radford, NR; Dikson, DW; Rademakers, R; Boeve, BF; Grossman, M; Arnold, SE; Mann, DM; Pikering-Braun, SM; Seelaar, H; Heutink, P; van Sviten, JK; Murrell, JR; Getti, B; Spina, S; Grafman, J; Xodjes, J; Spillantini, MG; Gilman, S; Liberman, AP; Kaye, JA; Voltjer, RL; Bigio, EH; Mesulam, M; Al-Sarraj, S; va boshq. (2010 yil mart). "7p21 da keng tarqalgan variantlar TDP-43 qo'shilishi bilan oldingi lobar degeneratsiyasi bilan bog'liq". Tabiat genetikasi. 42 (3): 234–9. doi:10.1038 / ng.536. PMC 2828525. PMID 20154673.
^ Cruchaga, C; Graf, C; Chiang, HH; Vang, J; Xinrixs, AL; Spiegel, N; Bertelsen, S; Mayo, K; Norton, JB; Morris, JK; Echki, A (2011 yil may). "Granulin mutatsion tashuvchisi va plazmadagi granulin oqsillari darajasida yoshi boshlangan TMEM106B gen polimorfizmi assotsiatsiyasi". Nevrologiya arxivi. 68 (5): 581–6. doi:10.1001 / archneurol.2010.350. PMC 3090529. PMID 21220649.
^ Li, Z; Del-Aguila, JL; Dube, U; Budde, J; Martines, R; Qora, K; Xiao, Q; Keyns, NJ; Dominant tarzda meros qilib olingan Altsgeymer tarmog'i, (DIAN) .; Dougherty, JD; Li, JM; Morris, JK; Beteman, RJ; Karch, CM; Cruchaga, C; Harari, O (8 iyun 2018). "Altsgeymer kasalligi bilan bog'liq bo'lgan genetik variantlar turli xil miya yarim korteks hujayralari tipidagi populyatsiya tuzilishini keltirib chiqaradi". Genom tibbiyoti. 10 (1): 43. doi:10.1186 / s13073-018-0551-4. PMC 5992755. PMID 29880032.
^ Li, Z; Farias, FHG; Dube, U; Del-Aguila, JL; Mixindukulasuriya, KA; Fernandes, MV; Ibanez, L; Budde, JP; Vang, F; Leyk, AM; Deming, Y; Peres, J; Yang, C; Bahena, JA; Tsin, V; Bredli, JL; Davenport, R; Bergmann, K; Morris, JK; Perrin, RJ; Benites, BA; Dougherty, JD; Xarari, O; Cruchaga, S (yanvar, 2020). "TMEM106B FTLD-rs1990621 variantini himoya qilish, shuningdek, neyronlarning nisbati oshishi bilan bog'liq". Acta Neuropathologica. 139 (1): 45–61. doi:10.1007 / s00401-019-02066-0. PMC 6942643. PMID 31456032.
^ Rolland T, Tashan M, Charloteaux B, Pevzner SJ, Zhong Q, Sahni N, Yi S, Lemmens I, Fontanillo C, Mosca R, Kamburov A, Giassian SD, Yang X, Ghamsari L, Balcha D, Begg BE, Braun P , Brehme M, Broli MP, Carvunis AR, Convery-Zupan D, Corominas R, Coulombe-Huntington J, Dann E, Dreze M, Dricot A, Fan C, Franzosa E, Gebreab F, Gutierrez BJ, Hardy MF, Jin M, Kang S, Kiros R, Lin GN, Luck K, MacWilliams A, Menche J, Murray RR, Palagi A, Poulin MM, Rambout X, Rasla J, Reichert P, Romero V, Ruyssinck E, Sahalie JM, Scholz A, Shoh AA , Sharma A, Shen Y, Spirohn K, Tam S, Tejeda AO, Trigg SA, Twizere JC, Vega K, Uolsh J, Kusik ME, Xia Y, Barabasi AL, Iakoucheva LM, Aloy P, De Las Rivas J, Tavernier J , Calderwood MA, Hill DE, Hao T, Roth FP, Vidal M (noyabr 2014). "Odamlarning interaktomalar tarmog'ining proteom miqyosli xaritasi". Hujayra. 159 (5): 1212–1226. doi:10.1016 / j.cell.2014.10.050. PMC 4266588. PMID 25416956.

Qo'shimcha o'qish

Maruyama K, Sugano S (1994 yil yanvar). "Oligo-kepka: eukaryotik mRNAlarning kepka tuzilishini oligoribonukleotidlar bilan almashtirishning oddiy usuli". Gen. 138 (1–2): 171–4. doi:10.1016/0378-1119(94)90802-8. PMID 8125298.
Suzuki Y, Yoshitomo-Nakagava K, Maruyama K, Suyama A, Sugano S (1997 yil oktyabr). "To'liq boyitilgan va 5'darajali boyitilgan cDNA kutubxonasini qurish va tavsifi". Gen. 200 (1–2): 149–56. doi:10.1016 / S0378-1119 (97) 00411-3. PMID 9373149.
Olsen QK, Blagoev B, Gnad F, Macek B, Kumar C, Mortensen P, Mann M (noyabr 2006). "Signalizatsiya tarmoqlarida global, in vivo jonli va saytga xos fosforillanish dinamikasi". Hujayra. 127 (3): 635–48. doi:10.1016 / j.cell.2006.09.026. PMID 17081983. S2CID 7827573.

Ushbu maqola gen kuni inson xromosomasi 7 a naycha. Siz Vikipediyaga yordam berishingiz mumkin uni kengaytirish.

[refGRCh38Ensembl-1] v GRCh38: Ensembl relizi 89: ENSG00000106460 - Ansambl, 2017 yil may

[refGRCm38Ensembl-2] v GRCm38: Ensembl relizi 89: ENSMUSG00000029571 - Ansambl, 2017 yil may

[3] "Human PubMed ma'lumotnomasi:". Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi, AQSh Milliy Tibbiyot Kutubxonasi.

[4] "Sichqoncha PubMed ma'lumotnomasi:". Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi, AQSh Milliy Tibbiyot Kutubxonasi.

[entrez-5] "Entrez Gen: TMEM106B transmembran oqsili 106B".

[6] Van Deerlin, VM; Sleyman, bosh vazir; Martines-Laj, M; Chen-Plotkin, A; Vang, LS; Graf-Radford, NR; Dikson, DW; Rademakers, R; Boeve, BF; Grossman, M; Arnold, SE; Mann, DM; Pikering-Braun, SM; Seelaar, H; Heutink, P; van Sviten, JK; Murrell, JR; Getti, B; Spina, S; Grafman, J; Xodjes, J; Spillantini, MG; Gilman, S; Liberman, AP; Kaye, JA; Voltjer, RL; Bigio, EH; Mesulam, M; Al-Sarraj, S; va boshq. (2010 yil mart). "7p21 da keng tarqalgan variantlar TDP-43 qo'shilishi bilan oldingi lobar degeneratsiyasi bilan bog'liq". Tabiat genetikasi. 42 (3): 234–9. doi:10.1038 / ng.536. PMC 2828525. PMID 20154673.

[7] Cruchaga, C; Graf, C; Chiang, HH; Vang, J; Xinrixs, AL; Spiegel, N; Bertelsen, S; Mayo, K; Norton, JB; Morris, JK; Echki, A (2011 yil may). "Granulin mutatsion tashuvchisi va plazmadagi granulin oqsillari darajasida yoshi boshlangan TMEM106B gen polimorfizmi assotsiatsiyasi". Nevrologiya arxivi. 68 (5): 581–6. doi:10.1001 / archneurol.2010.350. PMC 3090529. PMID 21220649.

[8] Li, Z; Del-Aguila, JL; Dube, U; Budde, J; Martines, R; Qora, K; Xiao, Q; Keyns, NJ; Dominant tarzda meros qilib olingan Altsgeymer tarmog'i, (DIAN) .; Dougherty, JD; Li, JM; Morris, JK; Beteman, RJ; Karch, CM; Cruchaga, C; Harari, O (8 iyun 2018). "Altsgeymer kasalligi bilan bog'liq bo'lgan genetik variantlar turli xil miya yarim korteks hujayralari tipidagi populyatsiya tuzilishini keltirib chiqaradi". Genom tibbiyoti. 10 (1): 43. doi:10.1186 / s13073-018-0551-4. PMC 5992755. PMID 29880032.

[9] Li, Z; Farias, FHG; Dube, U; Del-Aguila, JL; Mixindukulasuriya, KA; Fernandes, MV; Ibanez, L; Budde, JP; Vang, F; Leyk, AM; Deming, Y; Peres, J; Yang, C; Bahena, JA; Tsin, V; Bredli, JL; Davenport, R; Bergmann, K; Morris, JK; Perrin, RJ; Benites, BA; Dougherty, JD; Xarari, O; Cruchaga, S (yanvar, 2020). "TMEM106B FTLD-rs1990621 variantini himoya qilish, shuningdek, neyronlarning nisbati oshishi bilan bog'liq". Acta Neuropathologica. 139 (1): 45–61. doi:10.1007 / s00401-019-02066-0. PMC 6942643. PMID 31456032.

[10] Rolland T, Tashan M, Charloteaux B, Pevzner SJ, Zhong Q, Sahni N, Yi S, Lemmens I, Fontanillo C, Mosca R, Kamburov A, Giassian SD, Yang X, Ghamsari L, Balcha D, Begg BE, Braun P , Brehme M, Broli MP, Carvunis AR, Convery-Zupan D, Corominas R, Coulombe-Huntington J, Dann E, Dreze M, Dricot A, Fan C, Franzosa E, Gebreab F, Gutierrez BJ, Hardy MF, Jin M, Kang S, Kiros R, Lin GN, Luck K, MacWilliams A, Menche J, Murray RR, Palagi A, Poulin MM, Rambout X, Rasla J, Reichert P, Romero V, Ruyssinck E, Sahalie JM, Scholz A, Shoh AA , Sharma A, Shen Y, Spirohn K, Tam S, Tejeda AO, Trigg SA, Twizere JC, Vega K, Uolsh J, Kusik ME, Xia Y, Barabasi AL, Iakoucheva LM, Aloy P, De Las Rivas J, Tavernier J , Calderwood MA, Hill DE, Hao T, Roth FP, Vidal M (noyabr 2014). "Odamlarning interaktomalar tarmog'ining proteom miqyosli xaritasi". Hujayra. 159 (5): 1212–1226. doi:10.1016 / j.cell.2014.10.050. PMC 4266588. PMID 25416956.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]