TMEM260 - TMEM260
| TMEM260 | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikatorlar | |||||||||||||||||||||||||
| Taxalluslar | TMEM260, C14orf101, transmembran oqsili 260, SHDRA | ||||||||||||||||||||||||
| Tashqi identifikatorlar | OMIM: 617449 MGI: 2443219 HomoloGene: 49506 Generkartalar: TMEM260 | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ortologlar | |||||||||||||||||||||||||
| Turlar | Inson | Sichqoncha | |||||||||||||||||||||||
| Entrez | |||||||||||||||||||||||||
| Ansambl | |||||||||||||||||||||||||
| UniProt | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (mRNA) | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (oqsil) | |||||||||||||||||||||||||
| Joylashuv (UCSC) | Chr 14: 56.49 - 56.65 Mb | Chr 14: 48.45 - 48.52 Mb | |||||||||||||||||||||||
| PubMed qidirmoq | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
| Vikidata | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
TMEM260 a oqsil odamlarda kodlanganligi TMEM260 gen. TMEM260 funktsiyasi hali aniq tushunilmagan.[5] TMEM260 shuningdek UPF0679, c14orf101 va FLJ0392 sifatida tanilgan.[6]
Gen
Manzil
TMEM260 insonning kichik qo'lidagi 22.3 bandida joylashgan xromosoma 14. Genomik ketma-ketlik 56,955,072 bp.dan boshlanadi va xromosomada 14,117,324 bp.da tugaydi.Genning genomik hajmi 162,253 bp. The mRNA TMEM260 uchun hajmi 4 278 bp. va 15 dan iborat exons.[6]
Gen mahallasi
TMEM260 mahallasida yana to'rtta gen mavjud. TMEM260 ning yuqori qismida ikkita gen, shu jumladan LINC00520, bu uzoq intergenik oqsil bo'lmagan kodlovchi RNK geni 520 geni va PELI2 bu pellino E3 ubiquitin protein ligaz oila a'zosi 2 genidir. Quyi oqimda bitta psevdogen yotadi, RPL36AP1 va gen OTX2, bu ortodentikulyar homeobox 2 genidir.[7]
Konservalangan domenlar
TMEM260 tarkibida bitta saqlangan domen mavjud, DUF2723. DUF2723 domeni bakteriyalarda saqlanib qolgan va uning faoliyati ma'lum emas.
Gomologiya
TMEM260 ko'plab turlarda saqlanadi. Ortologlar hamma joyda topish mumkin Eukaryotlar, Viridiplantae, Qo'ziqorinlar, Himoyachilar, Bakteriyalar va Eubakteriyalar. Hech qanday paraloglar topilmadi.[8]
Isoformlar
Ikki ma'lum izoformlar muqobil qo'shish orqali ishlab chiqarilgan TMEM260 uchun. Ularning uniprot Identifikatorlar Q9NX78-1 va Q9NX78-2. Isoform 1 barcha 707 dan iborat aminokislotalar 15 ekzonsdan tashkil topgan butun oqsillar ketma-ketligida. Isoform 2 286 aminokislotada 3 'uchi kesilgan holda qo'shiladi, shunda u ketma-ketlikdagi faqat dastlabki 7 eksonni o'z ichiga oladi. Uning vazni atigi 30 707 Da ni tashkil qiladi.[6]
Oqsil
Umumiy xususiyatlar
TMEM260 oqsili 707 aminokislotadan iborat bo'lib, taxmin qilingan molekulyar og'irligi 79,536 Da ni tashkil qiladi. Oqsilning izoelektrik nuqtasi 8,4 ga teng. TMEM260 ko'p qirrali membrana oqsili bo'lib, u 8 spiral transmembran domenlarini o'z ichiga oladi.[5][6]
Tabiatni muhofaza qilish
TMEM260 uchun aminokislotalar ketma-ketligi yuqori darajada saqlanib qolgan sutemizuvchilar, 86% dan 100% gacha bo'lgan ketma-ketlik o'xshashligiga ega. Qushlar, qurbaqalar va kaltakesaklar shuningdek, odamning TMEM260 ketma-ketligi bilan o'xshashlik darajasi yuqori va 76% dan 83% gacha. Baliq ketma-ketlikning o'xshashligi 56% dan 66% gacha. Yosunlar taxminan 52% ketma-ket o'xshashlikka ega, diatomalarda esa 39%. Garchi sutemizuvchilar ketma-ketlikning o'xshashligini juda yuqori darajada bo'lishiga qaramay, boshqa hayvonlar ketma-ketlikning o'xshashligini juda yuqori darajada ko'rsatsa-da, suv o'tlari kabi boshqa turlar, diatomlar, va bakteriyalarda bo'shliqlar va 3 'ni qisqartirish mavjud. Yosunlar, diatomlar va bakteriyalargacha bo'lgan organizmlarda yuqori darajada saqlanib qolgan TMEM260 ketma-ketligi segmenti saqlanib qolgan DUF2723 domeni hisoblanadi.[9][10]
| Jins va turlarning nomi | Umumiy ism | Proteinga kirish raqami[9] | Tartib uzunligi (aminokislotalar)[9] | Inson oqsilining ketma-ketligi[9] | Odam oqsiliga ketma-ket o'xshashlik[9] |
|---|---|---|---|---|---|
| Homo sapiens | Odamlar | NP_060269 | 707 | ||
| Pan trogloditlari | Shimpanze | XP_522861 | 707 | 99% | 99% |
| Kanis tanish | It | XP_003930546 | 707 | 91% | 95% |
| Loxodonta africana | Fil | XP_00340871 | 707 | 90% | 94% |
| Muskul mushak | Sichqoncha | NP_76188 | 707 | 82% | 90% |
| Ornithorhynchus Anatinus | Platypus | XP_001520783 | 549 | 75% | 86% |
| Taeniopygia guttata | Zopak finch | XP_00200425 | 705 | 71% | 83% |
| Xenopus tropicalis | Qurbaqa | XP _002933788 | 687 | 66% | 81% |
| Anolis karolinensis | Kertenkele | XP_003228513 | 730 | 65% | 76% |
| Danio rerio | Zopak baliqlari | XP_688103 | 740 | 48% | 66% |
| Guillardia teta | Alga | EKX49772 | 733 | 36% | 52% |
| Talassiosira pseudonana | Diatom | XP_972174.2 | 716 | 25% | 39% |
Tarjima modifikatsiyasini yuboring
TMEM260 oqsili keyingi translatsion modifikatsiyalarga ega. Ular orasida N-terminal mavjud Asetilatsiya, N-glikosilatsiya va Fosforillanish.[11]
Adabiyotlar
- ^ a b v GRCh38: Ensembl relizi 89: ENSG00000070269 - Ansambl, 2017 yil may
- ^ a b v GRCm38: Ensembl relizi 89: ENSMUSG00000036339 - Ansambl, 2017 yil may
- ^ "Human PubMed ma'lumotnomasi:". Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi, AQSh Milliy Tibbiyot Kutubxonasi.
- ^ "Sichqoncha PubMed ma'lumotnomasi:". Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi, AQSh Milliy Tibbiyot Kutubxonasi.
- ^ a b "NCBI-nukleotid". Olingan 2013-04-25.
- ^ a b v d "GeneCards". Arxivlandi asl nusxasi 2014-02-03 da. Olingan 2013-04-25.
- ^ "TMEM260 transmembran oqsili 260 [Homo sapiens (odam)] - Gen - NCBI".
- ^ "BLAST-ortologlar". Olingan 2013-04-25.
- ^ a b v d e "BLAST: Mahalliy tekislash bo'yicha asosiy qidiruv vositasi".
- ^ "SDSC Biology Workbench".
- ^ "ExPASy: SIB Bioinformatics Resurs Portali - Kategoriyalar".