UPF2 - UPF2

UPF2
Protein UPF2 PDB 1uw4.png
Mavjud tuzilmalar
PDBOrtholog qidiruvi: PDBe RCSB
Identifikatorlar
TaxalluslarUPF2, HRENT2, smg-3, bema'ni transkriptlarning UPF2 regulyatori homolog (xamirturush), bema'ni vositachilik mRNA yemirilishining regulyatori, bema'nilik vositachiligi mRNA yemirilishining UPF2 regulyatori
Tashqi identifikatorlarOMIM: 605529 MGI: 2449307 HomoloGene: 6101 Generkartalar: UPF2
Gen joylashuvi (odam)
Xromosoma 10 (odam)
Chr.Xromosoma 10 (odam)[1]
Xromosoma 10 (odam)
UPF2 uchun genomik joylashuv
UPF2 uchun genomik joylashuv
Band10p14Boshlang11,920,022 bp[1]
Oxiri12,043,170 bp[1]
RNK ekspressioni naqsh
Ps.Bng da PBB GE UPF2 203519 s
Qo'shimcha ma'lumotni ifodalash ma'lumotlari
Ortologlar
TurlarInsonSichqoncha
Entrez

26019

326622

Ansambl

ENSG00000151461

ENSMUSG00000043241

UniProt

Q9HAU5

A2AT37

RefSeq (mRNA)

NM_015542
NM_080599

NM_001081132

RefSeq (oqsil)

NP_056357
NP_542166

NP_001074601

Joylashuv (UCSC)Chr 10: 11.92 - 12.04 MbChr 2: 5.95 - 6.06 Mb
PubMed qidirmoq[3][4]
Vikidata
Insonni ko'rish / tahrirlashSichqonchani ko'rish / tahrirlash

Bema'ni transkriptlarning regulyatori 2 a oqsil odamlarda kodlanganligi UPF2 gen.[5][6][7]

Funktsiya

Ushbu gen, qo'shilishdan keyingi multiprotein kompleksining bir qismi bo'lgan oqsilni kodlaydi ekzon birikmasi kompleksi, mRNA yadrosi eksporti va mRNA kuzatuvida ishtirok etadi. mRNA nazorati eksport qilingan mRNKlarni kesilgan ochiq o'qish ramkalari bilan aniqlaydi va bema'ni vositachilik mRNA parchalanishini (NMD) boshlaydi. Tarjima so'nggi exon-exon birikmasidan yuqoriga qarab tugaganda, bu NMD ni erta to'xtash kodonlarini o'z ichiga olgan mRNAlarni parchalanishiga olib keladi. Ushbu oqsil perinuklear sohada joylashgan. U tarjimani chiqarish omillari va xamirturushning funktsional homologi bo'lgan Upf1p va Upf3p oqsillari bilan o'zaro ta'sir qiladi. Ushbu gen uchun ikkita qo'shilish variantlari topildi; ikkala variant ham bir xil oqsilni kodlaydi.[7] Yaqinda UPF2 kattalarning xatti-harakatlarini hipokampal sinaptik o'murtqa zichligi va neyronlarning uzoq muddatli potentsiali o'zgarishi orqali o'zgartirishi ko'rsatilgan.[8]

O'zaro aloqalar

UPF2 ga ko'rsatildi o'zaro ta'sir qilish bilan UPF1,[5][9][10][11][12] UPF3A[9][12] va UPF3B.[9][12][13][14]

Adabiyotlar

  1. ^ a b v GRCh38: Ensembl relizi 89: ENSG00000151461 - Ansambl, 2017 yil may
  2. ^ a b v GRCm38: Ensembl relizi 89: ENSMUSG00000043241 - Ansambl, 2017 yil may
  3. ^ "Human PubMed ma'lumotnomasi:". Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi, AQSh Milliy Tibbiyot Kutubxonasi.
  4. ^ "Sichqoncha PubMed ma'lumotnomasi:". Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi, AQSh Milliy Tibbiyot Kutubxonasi.
  5. ^ a b Mendell JT, Medghalchi SM, RG ko'li, Noensie EN, Dietz HC (Dek 2000). "Novel Upf2p ortologlari tarjimani boshlash va bema'nilik nazorati komplekslari o'rtasida funktsional bog'liqlikni taklif qiladi". Molekulyar va uyali biologiya. 20 (23): 8944–57. doi:10.1128 / MCB.20.23.8944-8957.2000. PMC  86549. PMID  11073994.
  6. ^ Serin G, Gersappe A, Black JD, Aronoff R, Maquat LE (yanvar 2001). "Saccharomyces cerevisiae Upf2 oqsiliga va Upf3 oqsiliga (Caenorhabditis elegans SMG-4) odam orloglarini aniqlash va tavsifi". Molekulyar va uyali biologiya. 21 (1): 209–23. doi:10.1128 / MCB.21.1.209-223.2001. PMC  88795. PMID  11113196.
  7. ^ a b "Entrez Gen: UPF2 UPF2 bema'ni transkriptlar regulyatori homolog (xamirturush)".
  8. ^ Notaras, Maykl; Allen, Megan; Longo, Franchesko; Volk, Nikol; Tot, Miklos; Li Jeon, Noo; Klann, Erik; Colak, Dilek (2019-10-21). "UPF2 sinaptik plastika va kognitiv funktsiyalarni tartibga solish uchun dendritik yo'naltirilgan mRNKlarning degradatsiyasiga olib keladi". Molekulyar psixiatriya: 1–20. doi:10.1038 / s41380-019-0547-5. ISSN  1476-5578. PMID  31636381. S2CID  204812259.
  9. ^ a b v Lejeune F, Li X, Maquat LE (2003 yil sentyabr). "Sutemizuvchilar hujayralarida bema'nilik vositachiligidagi mRNK parchalanishi parchalanish, dedenilatlash va ekzonukleolitik faollikni o'z ichiga oladi". Molekulyar hujayra. 12 (3): 675–87. doi:10.1016 / S1097-2765 (03) 00349-6. PMID  14527413.
  10. ^ Schell T, Köcher T, Wilm M, Serafin B, Kulozik AE, Hentze MW (2003 yil avgust). "HeLa hujayralaridagi bema'nilik vositachiligidagi mRNA parchalanish yo'lining inson upf1 (yuqoriga tortuvchi oqsil 1) va bema'nilik vositachiligidagi mRNA parchalanish omillari orasidagi komplekslar". Biokimyoviy jurnal. 373 (Pt 3): 775-83. doi:10.1042 / BJ20021920. PMC  1223536. PMID  12723973.
  11. ^ Yamashita A, Ohnishi T, Kashima I, Taya Y, Ohno S (2001 yil sentyabr). "Odam SMG-1, yangi fosfatidilinozitol 3-kinaz bilan bog'liq protein kinaz, mRNA kuzatuv kompleksining tarkibiy qismlari bilan bog'lanadi va bema'ni vositachilik mRNA parchalanishini boshqarishda ishtirok etadi". Genlar va rivojlanish. 15 (17): 2215–28. doi:10.1101 / gad.913001. PMC  312771. PMID  11544179.
  12. ^ a b v Lykke-Andersen J, Shu MD, Steits JA (2000 yil dekabr). "Inson Upf oqsillari mRNKni tugatish kodonining quyi qismida bog'langanda bema'ni vositachilik bilan parchalanish uchun yo'naltiradi". Hujayra. 103 (7): 1121–31. doi:10.1016 / S0092-8674 (00) 00214-2. PMID  11163187. S2CID  18417600.
  13. ^ Lehner B, Sanderson CM (iyul 2004). "Inson mRNA degradatsiyasi uchun oqsillarning o'zaro ta'sir doirasi". Genom tadqiqotlari. 14 (7): 1315–23. doi:10.1101 / gr.2122004. PMC  442147. PMID  15231747.
  14. ^ Lykke-Andersen J (dekabr 2002). "HUpf oqsillari bilan bog'liq bo'lgan odamning parchalanadigan kompleksini bema'ni vositachilik bilan parchalanishda aniqlash". Molekulyar va uyali biologiya. 22 (23): 8114–21. doi:10.1128 / MCB.22.23.8114-8121.2002. PMC  134073. PMID  12417715.

Qo'shimcha o'qish