VPS29 - VPS29 - Wikipedia

VPS29

Protein VPS29 PDB 1w24.png

Mavjud tuzilmalar

Ortholog qidiruvi: PDBe RCSB

PDB id kodlari ro'yxati
1W24, 2R17

Identifikatorlar

VPS29, DC15, PEP11, DC7, VPS29 retromer kompleks komponenti, retromer kompleks komponent

Tashqi identifikatorlar

OMIM: 606932 MGI: 1928344 HomoloGene: 9433 Generkartalar: VPS29

Gen joylashuvi (odam)

Chr.	Xromosoma 12 (odam)^[1]

Band	12q24.11	Boshlang	110,491,083 bp^[1]
Band	12q24.11	Oxiri	110,502,111 bp^[1]

Gen joylashuvi (Sichqoncha)

Chr.	Xromosoma 5 (sichqoncha)^[2]

Band	5 \| 5 F	Boshlang	122,354,369 bp^[2]
Band	5 \| 5 F	Oxiri	122,364,984 bp^[2]

Gen ontologiyasi
Molekulyar funktsiya	• GO: 0001948 oqsil bilan bog'lanish • metall ionlari bilan bog'lanish • rux ioni bilan bog'lash
Uyali komponent	• kech endosoma • erta endosoma • endosoma membranasi • membrana • hujayra ichidagi membrana bilan chegaralangan organelle • sitoplazma • sitozol • Retromer • retromer, yuklarni tanlab olish kompleksi • endosoma
Biologik jarayon	• oqsillarni tashish • retrograd transport, endosomadan plazma membranasiga • Yo'q, signalizatsiya yo'li • otofagiyani tartibga solish • hujayra ichidagi oqsillarni tashish • Golgi uchun endosomali retrograd transport • GO: 0022415 virusli jarayon • endotsitik qayta ishlash
Manbalar:Amigo / QuickGO

Turlar

Inson

Sichqoncha


51699


56433


ENSG00000111237


ENSMUSG00000029462


Q9UBQ0 Q05DG7


Q9QZ88

RefSeq (mRNA)


NM_001282150 NM_001282151 NM_016226 NM_057180


NM_019780 NM_001347453 NM_001359226

RefSeq (oqsil)


NP_001269079 NP_001269080 NP_057310 NP_476528


NP_001334382 NP_062754 NP_001346155

Joylashuv (UCSC)

Chr 12: 110.49 - 110.5 Mb

Chr 5: 122.35 - 122.36 Mb

PubMed qidirmoq

^[3]

^[4]

Insonni ko'rish / tahrirlash

Sichqonchani ko'rish / tahrirlash

VPS29 inson gen vakuolyar oqsillarni saralash uchun kodlash oqsil Vps29, ning tarkibiy qismi retromer murakkab.^[5]

Xamirturush gomologi

Xamirturush tarkibidagi gomologik oqsil (bir xil funktsiyani bajaradigan) Vakuoler oqsillarni saralash 29 gomolog (S. cerevisiae).^[6]

Funktsiya

VPS29 vakuolyar oqsillarni saralash (VPS) oqsillari uchun kodlovchi genlar guruhiga kiradi, ular funktsional buzilganda, ularning samarali etkazib berilishini buzadi. vakuolyar gidrolazalar.^[7] Ushbu gen tomonidan kodlangan oqsil Vps29 katta multimerik kompleksning tarkibiy qismi bo'lib, retromer oqsillarni endosomalardan to retrograd transportida ishtirok etadigan kompleks Golgi tarmog'i. Vps29 retraker plyonkaning ichki qobig'ini shakllantirishda, prekakuolyar bo'linmani tark etgan retrograd pufakchalar uchun ishtirok etishi mumkin.^[8] Muqobil qo'shilish turli xil izoformalarni kodlovchi variantlar va ko'pdan foydalanish poliadenillanish ushbu gen uchun saytlar topilgan.^[6]

Adabiyotlar

^ ^a ^b ^v GRCh38: Ensembl relizi 89: ENSG00000111237 - Ansambl, 2017 yil may
^ ^a ^b ^v GRCm38: Ensembl relizi 89: ENSMUSG00000029462 - Ansambl, 2017 yil may
^ "Human PubMed ma'lumotnomasi:". Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi, AQSh Milliy Tibbiyot Kutubxonasi.
^ "Sichqoncha PubMed ma'lumotnomasi:". Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi, AQSh Milliy Tibbiyot Kutubxonasi.
^ Edgar AJ, Polak JM (2000 yil noyabr). "Xamirturush vakuolyar oqsilni 29 va 35 saralash bo'yicha inson gomologlari". Biokimyo. Biofiz. Res. Kommunal. 277 (3): 622–30. doi:10.1006 / bbrc.2000.3727. PMID 11062004.
^ ^a ^b "Entrez Gen: VPS29 vakuoler oqsilni saralash 29 homolog (S. cerevisiae)".
^ Haft CR, de la Luz Sierra M, Bafford R, Lesniak MA, Barr VA, Teylor SI (dekabr 2000). "Vps26, 29 va 35 oqsillarni saralash bo'yicha xamirturushli vakuolyar oqsillarni inson orteloglari: multimerik komplekslarga yig'ish". Mol. Biol. Hujayra. 11 (12): 4105–16. doi:10.1091 / mbc.11.12.4105. PMC 15060. PMID 11102511.
^ Bonifacino JS, Hurley JH (2008 yil avgust). "Retromer". Curr. Opin. Hujayra biol. 20 (4): 427–36. doi:10.1016 / j.ceb.2008.03.009. PMC 2833274. PMID 18472259.

Qo'shimcha o'qish

Seaman MN, McCaffery JM, Emr SD (1998). "Xamirturushda endosoma-Golgi retrograd transporti uchun zarur bo'lgan membrana palto kompleksi". J. Hujayra Biol. 142 (3): 665–81. doi:10.1083 / jcb.142.3.665. PMC 2148169. PMID 9700157.
Edgar AJ, Polak JM (2000). "Xamirturush vakuolyar oqsilni 29 va 35 saralash bo'yicha inson gomologlari". Biokimyo. Biofiz. Res. Kommunal. 277 (3): 622–30. doi:10.1006 / bbrc.2000.3727. PMID 11062004.
Xartli JL, Temple GF, Brasch MA (2001). "In vitro saytga xos rekombinatsiyadan foydalangan holda DNKni klonlash". Genom Res. 10 (11): 1788–95. doi:10.1101 / gr.143000. PMC 310948. PMID 11076863.
Haft CR, de la Luz Sierra M, Bafford R va boshq. (2001). "Vps26, 29 va 35 oqsillarni saralash bo'yicha xamirturushli vakuolyar oqsillarni inson orteloglari: multimerik komplekslarga yig'ish". Mol. Biol. Hujayra. 11 (12): 4105–16. doi:10.1091 / mbc.11.12.4105. PMC 15060. PMID 11102511.
Wiemann S, Weil B, Wellenreuther R va boshq. (2001). "Inson genlari va oqsillari katalogiga qarab: 500 cDNA ning to'liq kodlangan oqsillarini izchillik bilan tahlil qilish". Genom Res. 11 (3): 422–35. doi:10.1101 / gr. GR1547R. PMC 311072. PMID 11230166.
Simpson JC, Wellenreuther R, Poustka A va boshq. (2001). "Keng ko'lamli cDNA sekvensiyasi bilan aniqlangan yangi oqsillarni tizimli hujayralararo lokalizatsiyasi". EMBO vakili. 1 (3): 287–92. doi:10.1093 / embo-report / kvd058. PMC 1083732. PMID 11256614.
Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH va boshq. (2003). "15000 dan ortiq to'liq uzunlikdagi odam va sichqonchani cDNA sekanslarini yaratish va dastlabki tahlil qilish". Proc. Natl. Akad. Ilmiy ish. AQSH. 99 (26): 16899–903. doi:10.1073 / pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
Vergés M, Luton F, Gruber C va boshq. (2004). "Sutemizuvchilar retromeri polimer immunoglobulin retseptorlari transtsitozini boshqaradi". Nat. Hujayra biol. 6 (8): 763–9. doi:10.1038 / ncb1153. PMID 15247922. S2CID 22296469.
Mingot JM, Bohnsack MT, Jakle U, Görlich D (2005). "Exportin 7 yangi yadro eksporti yo'lini belgilaydi". EMBO J. 23 (16): 3227–36. doi:10.1038 / sj.emboj.7600338. PMC 514512. PMID 15282546.
Gerxard DS, Vagner L, Feingold EA va boshq. (2004). "NIH to'liq uzunlikdagi cDNA loyihasining holati, sifati va kengayishi: sutemizuvchilar genlari to'plami (MGC)". Genom Res. 14 (10B): 2121-7. doi:10.1101 / gr.2596504. PMC 528928. PMID 15489334.
Wiemann S, Arlt D, Huber V va boshqalar. (2004). "ORFeome'dan Biologiyaga: funktsional genomika quvuri". Genom Res. 14 (10B): 2136-44. doi:10.1101 / gr.2576704. PMC 528930. PMID 15489336.
Vang D, Guo M, Liang Z va boshqalar. (2005). "Odamning vakuolyar oqsilni saralash oqsilining 29 kristalli tuzilishi fosfodiesteraza / nukleaza o'xshash katlamni va ikkita oqsil-oqsilning o'zaro ta'sir maydonini ochib beradi". J. Biol. Kimyoviy. 280 (24): 22962–7. doi:10.1074 / jbc.M500464200. PMID 15788412.
Mehrle A, Rozenfelder H, Shupp I va boshq. (2006). "2006 yilda LIFEdb ma'lumotlar bazasi". Nuklein kislotalari rez. 34 (Ma'lumotlar bazasi muammosi): D415-8. doi:10.1093 / nar / gkj139. PMC 1347501. PMID 16381901.
Damen E, Krieger E, Nilsen JE va boshq. (2006). "Insonning Vps29 retromer komponenti kationga bog'liq bo'lmagan mannoz 6-fosfat retseptorlari substrat peptidi uchun metallo-fosfoesteraza". Biokimyo. J. 398 (3): 399–409. doi:10.1042 / BJ20060033. PMC 1559457. PMID 16737443.
Rojas R, Kametaka S, Haft CR, Bonifacino JS (2007). "Endosomalar va mannoz 6-fosfat retseptorlari savdosi bilan bog'liq bo'lgan retromer assotsiatsiyasidagi SNX1 va SNX2 ning almashtiriladigan, ammo muhim funktsiyalari". Mol. Hujayra. Biol. 27 (3): 1112–24. doi:10.1128 / MCB.00156-06. PMC 1800681. PMID 17101778.
Xierro A, Rojas AL, Rojas R va boshq. (2007). "Retromer yuklarni tanib olish kompleksining funktsional arxitekturasi". Tabiat. 449 (7165): 1063–7. doi:10.1038 / nature06216. PMC 2377034. PMID 17891154.

PDB galereyasi
1w24: INSON VPS29 ning kristalli tuzilishi 1z2w: Mn2 + bilan murakkab Vps29 sichqonchasining kristalli tuzilishi 1z2x: Vps29 sichqonchasining kristalli tuzilishi

Ushbu maqola gen kuni inson xromosomasi 12 a naycha. Siz Vikipediyaga yordam berishingiz mumkin uni kengaytirish.