Y-STR - Y-STR - Wikipedia

STR stavkasi 2008 yilga kelib 16 Y - STR gacha
STR
sayt		Mutatsiya darajasi (x 10−3)
LB-96% CI"stavka"UB-96% CIIzohlar
DYS191.52.43.59658 dan 23tasi
DYS3851.42.13.014896 dan 31tasi
DYS389I0.951.83.07862 dan 14
DYS389II1.82.84.27849 dan 22
DYS3901.42.33.59140 dan 21
DYS3912.03.04.59089 dan 28 tasi
DYS3920.180.551.39053 dan 5tasi
DYS3930.360.891.87842 dan 7 tasi
DYS4370.601.53.14672 dan 7 tasi
DYS4380.0510.431.54709 dan 2 tasi
DYS4393.85.78.44686 dan 27 tasi
DYS4480.191.65.71258 dan 2
DYS4561.84.8101258 dan 6tasi
DYS4582.86.4121258 dan 8tasi
DYS6351.63.87.42131 dan 8
GATA H4.10.712.25.12294 dan 5tasi
Jadval 1. Sanches-Diz va boshq. 2008.
E'tibor bering, 17 STR-dagi ba'zi N lar juda past chastotali

A Y-STR a qisqa tandemni takrorlash (STR) Y-xromosoma. Y-STRlar ko'pincha ishlatiladi sud tibbiyoti, otalik va genealogik DNK tekshiruvi.Y-STRs erkak Y xromosomasidan maxsus olinadi. Ushbu Y-STRlar autosomal STRlarga qaraganda kuchsizroq tahlilni ta'minlaydi, chunki Y xromosoma faqat erkaklarda uchraydi, ular faqat otadan o'tgan bo'lib, Y xromosomasini har qanday otalik chizig'ida deyarli bir xil qiladi. Bu Y-STR namunalari o'rtasida sezilarli darajada kichikroq farqni keltirib chiqaradi. Avtosomal STRlar zigota hosil qilish jarayonida xromosomalar juftligi o'rtasida tasodifiy mos keladiganligi sababli ancha kuchli analitik quvvat beradi.[1]

Nomenklatura

Y-STR larga nomlar beriladi HUGO gen nomenklaturasi qo'mitasi (HGNC).

Ba'zi sinov kompaniyalari STR markerlarini yozish usuli uchun turli xil formatlarga ega. Masalan, DYS455 markeri DYS455, DYS 455, DYS # 455 yoki DYS # 455 sifatida yozilishi mumkin. HUGO tomonidan qabul qilingan ilmiy standart va NIST DYS455 hisoblanadi.[2]

DYS

DYS - bu ikkinchi darajali belgi odatda xromosoma raqami uchun ajratilgan (masalan, D8S1179) inson autosomal STR testida ishlatiladigan jargondagi o'zgarish.

D = DNK
Y = Y-xromosoma
S = (noyob) segment

Y-STR tahlili

DNKda ba'zi bir shaxsga qarab o'zgaruvchan sonli marta takrorlanadigan bazalarning qisqa takrorlanadigan ketma-ketliklarining bir nechta nusxalaridan tashkil topgan mintaqalar mavjud (masalan, TATT). "O'zgaruvchan raqamning qisqa tandem takrorlanishi" deb nomlangan ushbu mintaqalar STR tahlilini o'tkazishda ko'rib chiqiladi. Ikki kishining bir xil miqdordagi takrorlanadigan ketma-ketliklarga ega bo'lish ehtimoli juda kichik va tahlil qilinadigan mintaqalar soni kamayib boradi. Bu qisqa tandem takroriy tahlilining asosini tashkil etadi.[3] Ammo bu jarayonning asos toshi polimeraza zanjiri reaktsiyasi (PCR). Bu sud ekspertlariga STR mintaqalarining millionlab nusxalarini yaratishga imkon beradi. Keyin gel elektroforezi "parchada har bir takroriy birlik paydo bo'lishining sonini beradi". Bu DNKni osonlikcha taqqoslash imkonini beradi.[4]

STR va sud ekspertizasi

Qo'shma Shtatlarda 13 xil autosomal STR lokuslari sud ekspertizasi uchun tahlil qilish uchun asos sifatida foydalaniladi. Agar jinoyat sodir bo'lgan joyning DNKsi etarli bo'lsa va barcha 13 ta autosomal lokuslar mavjud bo'lsa, bir-biriga aloqasi bo'lmagan ikki kishining bir xil namunaga to'g'ri kelishi ehtimolligi bir milliarddan biriga teng.[5]

Y-STR tahlili uchun profil ehtimolligini baholash uchun asos hisoblash usuli hisoblanadi.[6] Ishonch oralig'ini qo'llash ma'lumotlar bazasi hajmi va namuna olishning o'zgarishini hisobga oladi. Y haplotip chastotasi (p) p = x / N formulasi yordamida hisoblanadi, bu erda x haplotiplarning N sonini o'z ichiga olgan ma'lumotlar bazasida haplotip kuzatilgan soniga teng. Masalan, agar N = 2000 ma'lumotlar bazasida haplotip ikki marta kuzatilgan bo'lsa, u haplotipning chastotasi quyidagicha bo'ladi: 2/2000 = 0,001. Y haplotipi chastotasi to'g'risida ishonch oralig'isiz xabar berish maqbul, ammo ma'lumotlar bazasida Y haplotipining kuzatuvlari to'g'risida faqat dalillarni taqdim etadi. Populyatsiyada Y haplotipi ehtimolining yuqori ishonch chegarasi Klopper va Pirson (1934) tavsiflagan usul yordamida hisoblanishi kerak.[7] Bunda hisoblash ehtimoli uchun binomial taqsimotdan foydalaniladi, shu jumladan Y haplotiplari uchun topilgan nol yoki boshqa kichik sonlar.

Ma'lumotlar bazalari

Sud-tibbiy ma'lumotlar bazalari (shaxsiy ma'lumotlarsiz, chastota maqsadida):

Yilda genetik nasab, Ysearch ilgari ommaviy ravishda yuborilgan familiyalar va Y-STRni o'z ichiga olgan so'nggi homiylik qilingan ma'lumotlar bazasi bo'lgan haplotiplar 2018 yil 24 mayda ishdan chiqarilgunga qadar, bir kun oldin amalga oshiriladi Ma'lumotlarni himoya qilish bo'yicha umumiy reglament ichida Yevropa Ittifoqi, yaratuvchisi tomonidan uzoq vaqt qo'llab-quvvatlanmaganidan so'ng, Oila daraxti DNK. Ma'lumotlar bazasi 2003 yilda tashkil topgan va yopilishidan oldin 219 ming yozuvga erishgan (ular orasida 152 ming noyob haplotiplar mavjud). Boshqa shunga o'xshash ma'lumotlar bazalari ilgari yo'q bo'lib ketgan.[8][9]

Haplogroup (Y-SNP) ga xos ma'lumotlar:

Shuningdek qarang

Adabiyotlar

  1. ^ [1] "STR tahlili"
  2. ^ http://www.cstl.nist.gov/biotech/strbase/ystr_fact.htm
  3. ^ [2] "STR tahlili"
  4. ^ [3] "Yuqori texnologiyali detektivlarning yangi zoti"
  5. ^ [4] "STR tahlili"
  6. ^ [5] "Y-xromosomalarni STR yozish uchun SWGDAM izohlash bo'yicha ko'rsatmalar".
  7. ^ Clopper, C. va Pearson, E. Binomial, Biometrika (1934) 26: 404-413 misolida keltirilgan ishonch yoki fidusial chegaralardan foydalanish.
  8. ^ Butunjahon oilalar tarmog'i, Ysearch va Mitosearch changni tishlaydi - katta rahmat GDPR
  9. ^ Izlash

Tashqi havolalar

Diagrammalar

Ma'lumotlar varaqalari

Ma'lumotlar bazalari

O'quv qo'llanmalari