Amidaza - Amidase

amidaza
Identifikatorlar
EC raqami3.5.1.4
CAS raqami9012-56-0
Ma'lumotlar bazalari
IntEnzIntEnz ko'rinishi
BRENDABRENDA kirish
ExPASyNiceZyme ko'rinishi
KEGGKEGG-ga kirish
MetaCycmetabolik yo'l
PRIAMprofil
PDB tuzilmalarRCSB PDB PDBe PDBsum
Gen ontologiyasiAmiGO / QuickGO
Amidaza
PDB 1m22 EBI.jpg
1,4 a da stenotrofomaz maltofiliyadan mahalliy peptid amidazaning rentgen tuzilishi
Identifikatorlar
BelgilarAmidaza
PfamPF01425
InterProIPR000120
PROSITEPDOC00494
SCOP21 soat / QOIDA / SUPFAM
OPM superfamily55
OPM oqsili1mt5
Membranom325

Yilda enzimologiya, an amidaza (EC 3.5.1.4, akilamidaza, asilaza (chalg'ituvchi), amidohidrolaza (noaniq), deaminaza (noaniq), yog'li akilamidaza, N-asetilaminohidrolaza (noaniq)) an ferment bu kataliz qiladi The gidroliz amidning:

Amid gidrolizi Amidase.png

Shunday qilib, ikkalasi substratlar bu fermentlar monokarboksilik kislota amidi va H2O, ikkinchisi esa mahsulotlar bor monokarboksilat va NH3.

Ushbu ferment. Oilasiga tegishli gidrolazalar, peptid bog'lanishlaridan tashqari uglerod-azotli bog'lanishlarga, xususan chiziqli amidlarga ta'sir ko'rsatadiganlar. The sistematik ism bu fermentlar sinfiga kiradi akilamid amidohidrolaza. Umumiy foydalanishdagi boshqa nomlarga quyidagilar kiradi akilamidaza, asilaza, amidohidrolaza, deaminaza, yog'li akilamidazava N-asetilaminohidrolaza. Ushbu ferment 6 da ishtirok etadi metabolik yo'llar: karbamid aylanishi va aminoguruhlarning metabolizmi, fenilalanin metabolizmi, triptofan metabolizmi, siyanoamin kislotasi almashinuvi, kozo ligatsiyasi orqali benzoat degradatsiyasi va stirol degradatsiyasi.

Amidazalar tarkibiga a saqlanib qolgan taxminan 130 ga teng aminokislotalar AS nomi bilan mashhur ketma-ketlik. Ular keng tarqalgan, ikkalasida ham mavjud prokaryotlar va eukaryotlar. AS fermentlar kataliz qiling The gidroliz ning amid obligatsiyalar (CO-NH2), garchi oila ko'p jihatdan ajralib tursa ham substrat o'ziga xosligi va funktsiyasi. Shunga qaramay, bu fermentlar yadro alfa / beta / alfa tuzilishini saqlaydi, bu erda N- va C-terminal yarmlarining topologiyalari o'xshashdir. AS fermentlari xarakterli ravishda a juda konservalangan C-terminal mintaqasi boy serin va glitsin qoldiqlari, ammo yo'q aspartik kislota va histidin qoldiqlar, shuning uchun ular klassik serindan farq qiladi gidrolazalar. Ushbu fermentlar noyob, juda yuqori darajaga ega saqlanib qolgan Ser-Ser-Lys katalitik uchlik amid gidrolizi uchun ishlatiladi, ammo katalitik mexanizm asil-ferment uchun oraliq hosil bo'lishi fermentlar o'rtasida farq qilishi mumkin.[1]

AS imzosini o'z ichiga olgan fermentlarning namunalariga quyidagilar kiradi:

Strukturaviy tadqiqotlar

2018 yil oxiriga kelib, 162 tuzilmalar dan foydalanish mumkin bo'lgan ushbu oila uchun hal qilindi Pfam.

Adabiyotlar

  1. ^ a b Valiña AL, Mazumder-Shivakumar D, Bruice TC (dekabr 2004). "Peptid amidazaning Ser-Ser-Lys katalitik uchlik mexanizmini tekshirish: asosiy holat, o'tish holati va oraliq holatlarni hisoblash ishlari". Biokimyo. 43 (50): 15657–72. doi:10.1021 / bi049025r. PMID  15595822.
  2. ^ Vey BQ, Mikkelsen TS, McKinney MK, Lander ES, Cravatt BF (dekabr 2006). "Plasenta sutemizuvchilar orasida o'zgaruvchan tarqalishi bilan ikkinchi yog 'kislotasi amid gidrolaz". J. Biol. Kimyoviy. 281 (48): 36569–78. doi:10.1074 / jbc.M606646200. PMID  17015445.
  3. ^ Shin S, Li TH, Xa NC, Koo HM, Kim SY, Li XS, Kim YS, Oh BH (iyun 2002). "Malonamidaza E2 ning tuzilishi tabiatda keng tarqalgan yangi serin gidrolaza katlamida yangi ser-cisSer-Lys katalitik uchligini ochib beradi". EMBO J. 21 (11): 2509–16. doi:10.1093 / emboj / 21.11.2509. PMC  126024. PMID  12032064.
  4. ^ Kvak JH, Shin K, Vu JS, Kim MK, Kim SI, Eom SH, Xong KV (dekabr 2002). "Bacillus stearothermophilus dan glutamil-tRNA (Gln) o'ziga xos amidotransferaza ekspressioni, tozalanishi va kristallanishi". Mol. Hujayralar. 14 (3): 374–81. PMID  12521300.

Qo'shimcha o'qish

Ushbu maqola jamoat domenidagi matnlarni o'z ichiga oladi Pfam va InterPro: IPR000120