Peptid - Peptide

"Peptidlar" bu erga yo'naltiriladi. Jurnal uchun qarang Peptidlar (jurnal).
A tetrapeptid (misol Val -Gly -Ser -Ala ) bilan yashil belgilangan amino oxiri (L-Valin ) va
ko'k belgilangan karboksil oxiri (L-Alanin ).

Peptidlar (dan.) Yunon tili πεπτός, peptos "hazm qilingan"; Tiπέσσεdan olingan, pessin "to digest") - bu ikkitadan ellikgacha bo'lgan qisqa zanjirlar aminokislotalar bilan bog'langan peptid bog'lari.[1][2] O'n yoki o'n besh aminokislotadan kam zanjirlar deyiladi oligopeptidlar va o'z ichiga oladi dipeptidlar, tripeptidlar va tetrapeptidlar.

A polipeptid taxminan elliktagacha aminokislotadan iborat uzunroq, uzluksiz, tarmoqlanmagan peptid zanjiri.[3] Demak, peptidlar keng kimyoviy sinflarga kiradi biologik polimerlar va oligomerlar, yonida nuklein kislotalar, oligosakkaridlar, polisakkaridlar va boshqalar.

Taxminan ellikdan ortiq aminokislotalarni o'z ichiga olgan polipeptid a deb nomlanadi oqsil.[3][4][5] Proteinlar biologik funktsional tarzda joylashtirilgan, ko'pincha bog'langan bir yoki bir nechta polipeptidlardan iborat ligandlar kabi koenzimlar va kofaktorlar, yoki boshqa oqsilga yoki boshqasiga makromolekula kabi DNK yoki RNK yoki murakkabgacha makromolekulyar birikmalar.[6]

Peptidlarga kiritilgan aminokislotalar deyiladi qoldiqlar. Har birining hosil bo'lishi paytida suv molekulasi ajralib chiqadi amid bog'lanish[7] Barcha peptidlar bundan mustasno tsiklik peptidlar bor N-terminal (omin guruhi) va C-terminali (karboksil guruhi) peptidning uchidagi qoldiq (rasmdagi tetrapeptid uchun ko'rsatilgandek).

Sinflar

Peptidlarning ko'p turlari ma'lum. Ular manbalari va funktsiyalariga ko'ra tasniflangan yoki tasniflangan. Biologik faol peptidlar qo'llanmasiga binoan peptidlarning ayrim guruhlariga o'simlik peptidlari, bakterial / antibiotik peptidlari, qo'ziqorin peptidlari, umurtqasizlar peptidlari, amfibiya / teri peptidlari, zahar peptidlari, saraton / antikanser peptidlari, vaktsina peptidlari, immun / yallig'lanish peptidlari, miya kiradi. peptidlar, endokrin peptidlar, yutuvchi peptidlar, oshqozon-ichak peptidlari, yurak-qon tomir peptidlari, buyrak peptidlari, nafas olish peptidlari, opiat peptidlari, neyrotrofik peptidlar va qon-miya peptidlari.[8]

Ba'zi ribosomal peptidlar ta'sir ko'rsatadi proteoliz. Ushbu funktsiya, odatda yuqori organizmlarda, kabi gormonlar va signal beruvchi molekulalar. Ba'zi organizmlar peptidlarni shunday ishlab chiqaradi antibiotiklar, kabi mikrosinlar va bakteriyotsinlar.[9]

Peptidlar tez-tez uchraydi tarjimadan keyingi modifikatsiyalar kabi fosforillanish, gidroksillanish, sulfanlash, palmitoyatsiya, glikosilatsiya va disulfid shakllanish. Umuman olganda, peptidlar chiziqli lariya tuzilmalari kuzatilgan.[10] L-aminokislotalarni D-aminokislotalarga rasemizatsiyasi kabi ko'proq ekzotik manipulyatsiyalar sodir bo'ladi platypus zahari.[11]

Nonribosomal peptidlar tomonidan yig'iladi fermentlar, ribosoma emas. Ribozomal bo'lmagan peptid umumiy hisoblanadi glutation, ning tarkibiy qismi antioksidant aksariyat aerob organizmlarning mudofaasi.[12] Boshqa nonribosomal peptidlar eng ko'p uchraydi bir hujayrali organizmlar, o'simliklar va qo'ziqorinlar va tomonidan sintez qilinadi modulli deb nomlangan ferment komplekslari nonribosomal peptid sintetazlar.[13]

Ushbu komplekslar ko'pincha shunga o'xshash tarzda tuziladi va ular ishlab chiqarilayotgan mahsulotga turli xil kimyoviy manipulyatsiyalarni bajarish uchun juda ko'p turli xil modullarni o'z ichiga olishi mumkin.[14] Ushbu peptidlar ko'pincha tsiklik va juda murakkab tsiklik tuzilmalarga ega bo'lishi mumkin, ammo chiziqli nonribosomal peptidlar ham keng tarqalgan. Tizim qurilish uchun mashinalar bilan chambarchas bog'liq bo'lganligi sababli yog 'kislotalari va poliketidlar, gibrid aralashmalar ko'pincha topiladi. Mavjudligi oksazollar yoki tiazollar ko'pincha birikmaning shu tarzda sintez qilinganligini ko'rsatadi.[15]

Peptonlar hayvon suti yoki hazm qilingan go'shtdan olinadi proteoliz.[16] Olingan material tarkibiga mayda peptidlardan tashqari yog'lar, metallar, tuzlar, vitaminlar va boshqa ko'plab biologik birikmalar kiradi. Peptonlar ozuqa muhitida bakteriyalar va zamburug'larni etishtirish uchun ishlatiladi.[17]

Peptid parchalari manba oqsilini aniqlash yoki miqdorini aniqlash uchun ishlatiladigan oqsillarning parchalarini nazarda tutadi.[18] Ko'pincha bu laboratoriyada boshqariladigan namunada o'tkaziladigan fermentativ degradatsiyaning mahsulotlari, ammo tabiiy ta'sirlar natijasida buzilgan sud-tibbiy yoki paleontologik namunalar ham bo'lishi mumkin.[19][20]

Kimyoviy sintez

Asosiy maqola: Peptid sintezi
Aminokislotalar jadvali
Ride amidida qattiq fazali peptid sintezi qatron foydalanish Fmoc -a-omin - himoyalangan aminokislota

Misol oilalar

Ushbu bo'limdagi peptid oilalari ribosomal peptidlar bo'lib, odatda gormonal faollikka ega. Ushbu peptidlarning barchasi hujayralar tomonidan uzoqroq "propeptidlar" yoki "proproteinlar" sifatida sintez qilinadi va hujayradan chiqmasdan oldin kesiladi. Ular signalizatsiya funktsiyalarini bajaradigan qon oqimiga yuboriladi.

Antimikrobiyal peptidlar

Tachikinin peptidlari

Asosiy maqola: Tachikinin peptidlari

Vazoaktiv ichak peptidlari

Asosiy maqola: Secretin oilasi
  • VIP (Vasoaktiv Menichak Peptide; PHM27)
  • PACAP Pgitarali Adenilat Cyklase Axayolparastlik Peptide
  • Peptid PHI 27 (Peptide Histidin Menselitin 27)
  • GHRH 1-24 (Gqator Hormon Relizing Hormon 1-24)
  • Glyukagon
  • Secretin

Pankreatik polipeptid bilan bog'liq peptidlar

  • NPY (NevroPeptide Y)
  • PYY (Peptide YY)
  • APP (Avian Pqadimiy Polipeptid)
  • PPY Pqadimiy PolYpeptid

Opioid peptidlar

Asosiy maqola: Opioid peptid

Kalsitonin peptidlari

O'z-o'zidan yig'iladigan peptidlar

Boshqa peptidlar

Terminologiya

Uzunlik

Peptidlar bilan bog'liq bo'lgan bir nechta atamalarning aniq ta'riflari yo'q va ularning ishlatilishida ko'pincha bir-birining ustiga chiqib ketishadi.

  • A polipeptid tomonidan biriktirilgan ko'plab aminokislotalarning (istalgan uzunlikdagi) bitta chiziqli zanjiri amid bog'lari.
  • A oqsil bir yoki bir nechta polipeptidlardan iborat (taxminan 50 dan ortiq aminokislotalar).
  • An oligopeptid atigi bir nechta aminokislotalardan iborat (ikkidan yigirma gacha).
Tripeptid (misol Val -Gly -Ala ) bilan
yashil belgilangan amino oxiri (L-Valin ) va
ko'k belgilangan karboksil oxiri (L-Alanin )

Aminokislotalar soni

Belgilangan uzunlikdagi peptidlar yordamida nomlanadi IUPAC raqamli multiplikatori prefikslar.

Funktsiya

  • A neyropeptid asab to'qimalari bilan birgalikda faol bo'lgan peptiddir.
  • A lipopeptid a bo'lgan peptiddir lipid unga ulangan va pepdukinlar GPCR bilan o'zaro ta'sir qiluvchi lipopeptidlardir.
  • A peptid gormoni kabi harakat qiladigan peptiddir gormon.
  • A proteoz oqsillarni gidrolizi natijasida hosil bo'lgan peptidlarning aralashmasi. Bu atama biroz arxaikdir.
  • A peptiderjik vosita (yoki dori) tanadagi yoki miyadagi peptid tizimlarini to'g'ridan-to'g'ri modulyatsiya qilish uchun ishlaydigan kimyoviy moddadir. Misol opioidergiya, qaysiki neyropeptidergiklar.

Shuningdek qarang

Adabiyotlar

  1. ^ Xemli, men V (sentyabr 2020). Peptid faniga kirish. Vili. ISBN  9781119698173.
  2. ^ Nelson, Devid L.; Koks, Maykl M. (2005). Biokimyo asoslari (4-nashr). Nyu-York: W. H. Freeman. ISBN  0-7167-4339-6.
  3. ^ a b Saladin, K (2011 yil 13-yanvar). Anatomiya va fiziologiya: shakl va funktsiyalar birligi (6-nashr). McGraw-Hill. p. 67. ISBN  9780073378251.
  4. ^ IUPAC, Kimyoviy terminologiya to'plami, 2-nashr. ("Oltin kitob") (1997). Onlayn tuzatilgan versiya: (2006–) "oqsillar ". doi:10.1351 / goldbook.P04898
  5. ^ "Peptidlar nima". Zelandiya Pharma A / S. Arxivlandi asl nusxasidan 2019-04-29.
  6. ^ Ardejani, Maziar S.; Orner, Brendan P. (2013-05-03). "Peptidni yig'ish qoidalariga rioya qiling". Ilm-fan. 340 (6132): 561–562. Bibcode:2013 yil ... 340..561A. doi:10.1126 / science.1237708. ISSN  0036-8075. PMID  23641105. S2CID  206548864.
  7. ^ IUPAC, Kimyoviy terminologiya to'plami, 2-nashr. ("Oltin kitob") (1997). Onlayn tuzatilgan versiya: (2006–) "polipeptiddagi aminokislota qoldig'i ". doi:10.1351 / goldbook.A00279
  8. ^ Abba J. Kastin, ed. (2013). Biologik faol peptidlarning qo'llanmasi (2-nashr). ISBN  978-0-12-385095-9.
  9. ^ Duquesne S, Destoumieux-Garzón D, Peduzzi J, Rebuffat S (Avgust 2007). "Mikroblar, enterobakteriyalardan genlar bilan kodlangan antibakterial peptidlar". Tabiiy mahsulotlar haqida hisobotlar. 24 (4): 708–34. doi:10.1039 / b516237 soat. PMID  17653356.
  10. ^ Pons M, Feliz M, Antoniya Molins M, Giralt E (may 1991). "Tabiiy ravishda paydo bo'lgan lariya bo'lgan bakitratsin A ning konformatsion tahlili". Biopolimerlar. 31 (6): 605–12. doi:10.1002 / bip.360310604. PMID  1932561. S2CID  10924338.
  11. ^ Torres AM, Menz I, Alewood PF va boshqalar. (2002 yil iyul). "S-turdagi natriuretik peptiddagi D-aminokislota qoldig'i sutemizuvchi zaharidan, Ornithorhynchus anatinus, avstraliyalik platypus". FEBS xatlari. 524 (1–3): 172–6. doi:10.1016 / S0014-5793 (02) 03050-8. PMID  12135762. S2CID  3015474.
  12. ^ Meister A, Anderson ME; Anderson (1983). "Glutation". Biokimyo fanining yillik sharhi. 52 (1): 711–60. doi:10.1146 / annurev.bi.52.070183.003431. PMID  6137189.
  13. ^ Xann M, Staxelxaus T; Stachelhaus (2004 yil noyabr). "Nonribozomal peptid sintetazlar orasidagi tanlangan o'zaro ta'sirga qisqa aloqa vositachiligi sohalari yordam beradi". Amerika Qo'shma Shtatlari Milliy Fanlar Akademiyasi materiallari. 101 (44): 15585–90. Bibcode:2004 yil PNAS..10115585H. doi:10.1073 / pnas.0404932101. PMC  524835. PMID  15498872.
  14. ^ Finking R, Maraxiel MA; Maraxiel (2004). "Nonribosomal peptidlarning biosintezi1". Mikrobiologiyaning yillik sharhi. 58 (1): 453–88. doi:10.1146 / annurev.micro.58.030603.123615. PMID  15487945.
  15. ^ Du L, Shen B; Shen (2001 yil mart). "Gibrid peptid-poliketid tabiiy maxsulotlarining biosintezi". Giyohvand moddalarni kashf qilish va rivojlantirish bo'yicha hozirgi fikr. 4 (2): 215–28. PMID  11378961.
  16. ^ "UsvPeptides - USVPeptides - bu Hindistonning etakchi farmatsevtika kompaniyasi". USVPeptidlar.
  17. ^ Payne JW (1976). "Peptidlar va mikroorganizmlar". Mikrobial fiziologiyaning yutuqlari. 13: 55–113. doi:10.1016 / S0065-2911 (08) 60038-7. ISBN  9780120277131. PMID  775944. Iqtibos jurnali talab qiladi | jurnal = (Yordam bering)
  18. ^ Hummel J, Niemann M, Wienkoop S, Schulze V, Steinhauser D, Selbig J, Walther D, Weckwerth V (2007). "ProMEX: oqsillar va oqsil fosforillanish joylari uchun ommaviy spektral ma'lumot bazasi". BMC Bioinformatika. 8 (1): 216. doi:10.1186/1471-2105-8-216. PMC  1920535. PMID  17587460.
  19. ^ Vebster J, Oksley D; Oksli (2005). Peptidning massiv barmoq izlari: MALDI-TOF mass-spektrometriyasi yordamida oqsillarni aniqlash. Molekulyar biologiya usullari. Molekulyar biologiya ™ usullari. 310. 227-40 betlar. doi:10.1007/978-1-59259-948-6_16. ISBN  978-1-58829-399-2. PMID  16350956.
  20. ^ Marquet P, Lachatre G; Lachatre (1999 yil oktyabr). "Suyuq xromatografiya-mass-spektrometriya: sud-tibbiy va klinik toksikologiyadagi salohiyat". Xromatografiya jurnali B. 733 (1–2): 93–118. doi:10.1016 / S0378-4347 (99) 00147-4. PMID  10572976.
  21. ^ Tao, Kay; Makam, Pandisvar; Eyzen, Rut; Gazit, Ehud (2017 yil 17-noyabr). "O'z-o'zidan yig'iladigan peptidli yarimo'tkazgichlar". Ilm-fan. 358 (6365): eaam9756. doi:10.1126 / science.aam9756. PMC  5712217. PMID  29146781.
  22. ^ Tao, Kay; Levin, Aviad; Adler-Abramovich, Lihi; Gazit, Ehud (2016 yil 26-aprel). "Fmoc-modifikatsiyalangan aminokislotalar va qisqa peptidlar: funktsional materiallarni ishlab chiqarish uchun oddiy bio-ilhomlangan qurilish bloklari". Kimyoviy. Soc. Vah. 45 (14): 3935–3953. doi:10.1039 / C5CS00889A. PMID  27115033.
  23. ^ Tao, Kay; Vang, Jitsian; Chjou, Peng; Vang, Chengdong; Xu, Xai; Chjao, Syubo; Lu, Jian R. (2011 yil 10-fevral). "Qisqa Aβ (16−22) peptidlarning o'z-o'zini yig'ishi: Terminal qopqog'ining ta'siri va elektrostatik o'zaro ta'sirning roli". Langmuir. 27 (6): 2723–2730. doi:10.1021 / la1034273. PMID  21309606.
  24. ^ Yan Xemli (2011). "Amfifil peptidlarning o'zini o'zi yig'ish" (PDF). Yumshoq materiya. 7 (9): 4122–4138. doi:10.1039 / C0SM01218A.CS1 maint: mualliflar parametridan foydalanadi (havola)
  25. ^ Kay Tao, Gay Jeykobi, Luba Burlaka, Roy Bek, Ehud Gazit (2016 yil 26-iyul). "Boshqariladigan Bio-Inspired Chiroptic Self-Assemblies dizayni". Biomakromolekulalar. 17 (9): 2937–2945. doi:10.1021 / acs.biomac.6b00752. PMID  27461453.CS1 maint: mualliflar parametridan foydalanadi (havola)
  26. ^ Kay Tao, Aviad Levin, Gey Yakobi, Roy Bek, Ehud Gazit (2016 yil 23-avgust). "Bio-ilhomlangan o'zini o'zi yig'ishning barqaror burama oraliqlari bilan entropik faza o'tishlari". Kimyoviy. Yevro. J. 22 (43): 15237–15241. doi:10.1002 / chem.201603882. PMID  27550381.CS1 maint: mualliflar parametridan foydalanadi (havola)
  27. ^ Donghui Jia, Kay Tao, Djitsian Vang, Chengdong Vang, Xiubo Chjao, Muhammad Yasin, Xay Syu, Guohe Que, Jon R. P. Vebster, Jian R. Lu (2011 yil 16 iyun). "Gidrofilik kremniy / suv interfeysida lipopeptid sirt faol moddalardan adsorbsiyalangan yuzalararo qatlamlarning dinamik adsorbsiyasi va tuzilishi: bosh guruhi uzunligining ta'siri". Langmuir. 27 (14): 8798–8809. doi:10.1021 / la105129m. PMID  21675796.CS1 maint: mualliflar parametridan foydalanadi (havola)
  28. ^ Xeyts, Mark; Javor, Sacha; Darbre, Tamis; Reymond, Jan-Lui (2019-08-21). "SiRNA transfektsiyasi uchun stereoelektiv pH sezgir peptid dendrimerlari". Biokonjugat kimyosi. 30 (8): 2165–2182. doi:10.1021 / acs.bioconjchem.9b00403. ISSN  1043-1802. PMID  31398014.
  29. ^ Boelsma E, Kloek J; Kloek (2009 yil mart). "Laktotripeptidlar va gipertenziv ta'sir: tanqidiy tahlil". Britaniya oziqlanish jurnali. 101 (6): 776–86. doi:10.1017 / S0007114508137722. PMID  19061526.
  30. ^ Xu JY, Qin LQ, Vang PY, Li V, Chang S (oktyabr 2008). "Sut tripeptidlarining qon bosimiga ta'siri: tasodifiy nazorat ostida o'tkazilgan sinovlarning meta-tahlili". Oziqlanish. 24 (10): 933–40. doi:10.1016 / j.nut.2008.04.004. PMID  18562172.
  31. ^ Pripp AH (2008). "Oziq-ovqat oqsillaridan olinadigan peptidlarning qon bosimiga ta'siri: tasodifiy boshqariladigan tekshiruvlarning meta-tahlili". Oziq-ovqat va ovqatlanish bo'yicha tadqiqotlar. 52: 10.3402 / fnr.v52i0.1641. doi:10.3402 / fnr.v52i0.1641. PMC  2596738. PMID  19109662.
  32. ^ Engberink MF, Schouten EG, Kok FJ, van Mierlo LA, Brouwer IA, Geleijnse JM (Fevral 2008). "Laktotripeptidlar inson qon bosimiga ta'sir ko'rsatmaydi: er-xotin ko'r randomize tekshiruv natijalari". Gipertenziya. 51 (2): 399–405. doi:10.1161 / HYPERTENSIONAHA.107.098988. PMID  18086944.
  33. ^ Vu, Xunchjun; Ren, Chunyan; Yang, Fang; Tsin, Yufeng; Chjan, Yuanxing; Liu, Dzianven (2016 yil aprel). "Colla Corii Asini-dan gemopoetik faollik bilan kollagendan olingan peptidlarni ajratib olish va aniqlash". Etnofarmakologiya jurnali. 182: 129–136. doi:10.1016 / j.jep.2016.02.019. PMID  26911525.