Bsoft - Bsoft
Bsoft bu dasturlar to'plami va strukturaviy biologiyada tasvir va molekulyar ishlov berish uchun dasturiy ta'minotni ishlab chiqish platformasi. Strukturaviy biologiyadagi muammolar yuqori modulli dizayn bilan yondashilib, yangi algoritmlarni tezkor ishlab chiqishga imkon beradi, masalan, fayl kiritish-chiqarish. U osonlikcha kirish mumkin bo'lgan interfeysni, boshqa paketlarda ishlatilishi mumkin va ishlatilishini ta'minlaydi. Bitta zarrachalarni tahlil qilish va tomografiya kabi bir nechta ish oqimlari parametrlarni almashtirish bilan bir qatorda kompyuterlarning heterojen klasterlari bo'yicha taqsimlangan ishlov berish imkoniyatini beradi.
Texnik ma'lumotlar
Versiya: 1.8.8
Operatsion tizimni qo'llab-quvvatlash: Unix (Mac OS X, IRIX, Linux, AIX, Solaris, Tru64), OpenVMS
Formatni qo'llab-quvvatlash:
- Rasmlar: BioRad, Brix, CCP4, Raqamli asboblar, Raqamli mikrograf, DSN6, EM, Goodford, GRD, Imagic, JPEG, MFF, Tasvir Magick, MRC, PIC, PIF, PNG, O'rgimchak, Suprim, TIFF, Xomashyo
- Mikrograf parametrlari: STAR (Bsoft lug'ati), XML (Bsoft sxemasi), EMX (EM almashtirish formati sxemasi)
- Ketma-ketliklar: EMBL, Fasta, Genbank, Phylip, PIR, STAR, Matn
- Molekulyar modellashtirish: Gromak, PDB, STAR / mmCIF, Matn, WAH
- Umumiy modellashtirish: Chimera marker modeli, STAR (Bsoft lug'ati), XML (Bsoft sxemasi)
Nashrlar
- Heymann JB (2001) Bsoft: Elektron mikroskopda tasvir va molekulyar ishlov berish. Strukturaviy biologiya jurnali 133 (2/3), 156 - 169.
- Heymann JB va Belnap DM (2007) Bsoft: Rasmlarni qayta ishlash va elektron mikroskopi uchun molekulyar modellashtirish. Strukturaviy biologiya jurnali 157 (1), 3 - 18.
- Heymann JB, Cardone G, Winkler DC va Steven AC (2008) Bsoftda kriyo-elektron tomografiya uchun hisoblash manbalari. Strukturaviy biologiya jurnali 161 (3), 232 - 242.
- Heymann JB (2018) yuqori aniqlikdagi rekonstruksiya qilish va elektron mikrograflardan biomolekulyar tuzilmalarni tekshirish uchun Bsoft-dan foydalanish bo'yicha ko'rsatmalar. Proteinli fan 27 (1), 159-171.
- Heymann JB (2018) Map Challenge uchun Bsoft yordamida bitta zarrachani qayta qurish va tekshirish. Strukturaviy biologiya jurnali 204 (1), 90-95.