Aloqa uchun buyurtma - Contact order

The aloqa buyurtmasi a oqsil inter-ning joylashuvining o'lchovidir.aminokislota oqsil tarkibidagi kontaktlar ona shtati uchinchi darajali tuzilish. U hosil bo'lgan qoldiqlar orasidagi o'rtacha ketma-ketlik masofasi sifatida hisoblanadi mahalliy aloqalar oqsilning umumiy uzunligiga bo'lingan katlanmış oqsilda. Yuqori darajadagi aloqa buyurtmalari uzoqroq vaqtni ko'rsatadi katlama vaqtlari,[1][2] va potentsialni bashorat qilish uchun past darajadagi buyurtma taklif qilingan pastga burma, yoki a holda yuzaga keladigan oqsil katlamasi erkin energiya to'siq.[3] Ushbu effekt yo'qotishning pastligi bilan bog'liq deb o'ylashadi konformatsion entropiya mahalliy bo'lmagan aloqalardan farqli o'laroq mahalliy shakllanish bilan bog'liq.[2]

Nisbiy aloqa tartibi (CO) rasmiy ravishda quyidagicha aniqlanadi:

qayerda N bu kontaktlarning umumiy soni, ΔSi, j qoldiqlarda, kontakt qoldiqlari orasidagi ketma-ketlikni ajratish men va jva L oqsil tarkibidagi qoldiqlarning umumiy soni.[1] Aloqa tartibining qiymati odatda bitta domenli oqsillar uchun 5% dan 25% gacha, pastki aloqa tartibi asosan spiral oqsillarga va yuqori darajadagi beta-varaq tarkibidagi oqsillarga tegishli.

Oqsillar tarkibini bashorat qilish usullari past darajadagi aloqa darajalariga ega oqsillarning tuzilishini bashorat qilishda aniqroq. Buning sababi qisman aloqa darajasidagi past oqsillar mayda bo'lishga moyil bo'lishi bilan bog'liq bo'lishi mumkin, ammo uzoq vaqt oralig'idagi qoldiq-qoldiqning o'zaro ta'sirining kamroq bo'lishi bilan izohlanishi mumkin. global optimallashtirish minimallashtiradigan protseduralar energiya funktsiyasi.[4] Kabi muvaffaqiyatli tuzilmani bashorat qilish usullari ham Rozetta eksperimental ravishda aniqlangan oqsil tuzilmalarida kuzatilgan taqsimotlarga nisbatan past kontaktli buyurtma tuzilishini bashorat qilish usuli.[2]

Mahalliy ravishda katlanmış aloqa tartibining foizini katlamaning "tabiiyligi" ning o'lchovi sifatida ham ishlatish mumkin o'tish davlatlari. Phi qiymatini tahlil qilish bilan konsertda molekulyar dinamikasi kichik va tez katlanadigan oqsillarda buklanish holatiga yaqin bo'lgan o'tish holati modellarini ishlab chiqardi.[5] Bundan tashqari, o'tish davridagi va mahalliy davlatlardagi buyurtmalar umumiy katlama vaqti bilan juda bog'liqdir.[6]

Strukturani bashorat qilishdagi rolidan tashqari, aloqa buyurtmalarini o'zlari a asosida bashorat qilishlari mumkin ketma-ketlikni tekislash, bu ma'lum bir darajadagi yangi ketma-ketlikning katlamini tasniflashda foydali bo'lishi mumkin homologiya ma'lum ketma-ketliklarga.[7]

Shuningdek qarang

Adabiyotlar

  1. ^ a b Plaxko, Kevin V; Simons, Kim T; Beyker, Devid (1998 yil aprel). "Kontaktlar tartibi, o'tish holatini joylashtirish va bitta domenli oqsillarni qayta taqsimlash stavkalari". Molekulyar biologiya jurnali. 277 (4): 985–994. doi:10.1006 / jmbi.1998.1645. PMID  9545386.
  2. ^ a b v Bonne, Richard; Ruczinski, Ingo; Tsay, Jerri; Beyker, Devid (2002 yil avgust). "Aloqa tartibi va ab initio oqsil tuzilishini bashorat qilish". Proteinli fan. 11 (8): 1937–1944. doi:10.1110 / ps.3790102. PMC  2373674. PMID  12142448.
  3. ^ Zuo, G; Vang, J; Vang, V (2006). "Pastga tushish harakati va oqsillarning past kooperativligi bilan katlama". Oqsillar. 63 (1): 165–73. doi:10.1002 / prot.20857. PMID  16416404.
  4. ^ DM tog'i. (2004). Bioinformatika: ketma-ketlik va genomni tahlil qilish 2-nashr. Cold Spring Harbor laboratoriyasining matbuoti: Cold Spring Harbor, NY.
  5. ^ Pandit, milodiy; Jha, A; Ozod, KF; Sosnik, TR (2006). "Kichik oqsillar tabiiy sharoitga o'xshash topologiyalarga ega o'tish davri holatlarida katlanadilar". J Mol Biol. 361 (4): 755–70. doi:10.1016 / j.jmb.2006.06.041. PMID  16876194.
  6. ^ Paci, E; Lindorff-Larsen, K; Dobson, CM; Karplus, M; Vendruscolo, M (2005). "O'tish holatidagi aloqa buyurtmalari oqsillarni katlama stavkalari bilan o'zaro bog'liq". J Mol Biol. 352 (3): 495–500. doi:10.1016 / j.jmb.2005.06.081. PMID  16120445.
  7. ^ Shi, Yi; Chjou, Tszianjun; Arndt, Devid; Vishart, Devid S.; Lin, Guohui (2008). "Birlamchi ketma-ketlikdagi oqsillar bilan aloqa tartibini bashorat qilish". BMC Bioinformatika. 9: 255. doi:10.1186/1471-2105-9-255. PMC  2440764. PMID  18513429.