Phi qiymatini tahlil qilish - Phi value analysis

Phi qiymatini tahlil qilish, ${displaystyle phi}$ tahlil, yoki ${displaystyle phi}$ - qiymat tahlili eksperimental hisoblanadi oqsil muhandisligi katlama tuzilishini o'rganish texnikasi o'tish holati kichik protein domenlari bu katlama ikki davlat usulida. Kabi usullar yordamida katlamali o'tish holatining tuzilishini topish qiyin oqsil NMR yoki Rentgenologik kristallografiya chunki katlama o'tish holatlari harakatchan va qisman ta'rifga ko'ra tuzilmagan. Yilda ${displaystyle phi}$ - qiymatni tahlil qilish katlama kinetikasi va konformatsion katlama barqarorligi yovvoyi tip oqsil bilan taqqoslanadi nuqtali mutantlar topmoq phi qiymatlari. Bular mutant qoldig'ining katlamli o'tish holatiga qo'shgan energetik hissasini o'lchaydi, bu esa darajani ochib beradi tabiiy tuzilish o'tish holatidagi mutatsiyalangan qoldiq atrofida, qarindoshni hisobga olish yo'li bilan erkin energiya yovvoyi turdagi va mutant oqsillar uchun katlanmagan holat, katlanmış holat va o'tish holati.

Oqsilning qoldiqlari birma-bir mutatsiyaga uchragan holda, buklangan o'tish holatida yaxshi tartiblangan qoldiq klasterlari aniqlanadi. Ushbu qoldiqlarning o'zaro ta'sirini tekshirish mumkin ikki mutant tsikli ${displaystyle phi}$ tahlil, unda bitta joyli mutantlarning ta'siri er-xotin mutantlarga taqqoslanadi. Ko'pgina mutatsiyalar konservativ bo'lib, asl qoldiqni kichikroq bilan almashtiradi (bo'shliq hosil qiluvchi mutatsiyalar) kabi alanin, Garchi tirozin -to-fenilalanin, izolösin -to-valin va treonin -to-serin mutantlardan ham foydalanish mumkin. Ximotripsin inhibitori, SH3 domenlari, L va G oqsillarining individual domenlari, hamma joyda va barnaza tomonidan o'rganilgan ${displaystyle phi}$ tahlil.

Matematik yondashuv

Uchun energiya diagrammalari

{displaystyle phi}

= 0 (chapda) yoki 1 (o'ngda). D - denatura qilingan holat, xanjar, o'tish davri va N, ona davlatning energiyasi.

Phi shunday ta'riflanadi:^[1]

{displaystyle phi = {frac {(Delta G_ {W} ^ {TS-D} -Delta G_ {M} ^ {TS-D})} {(Delta G_ {W} ^ {ND} -Delta G_ {M} ^ {ND})}} = {frac {Delta Delta G ^ {TS-D}} {Delta Delta G ^ {ND}}}}

${displaystyle Delta G_ {W} ^ {TS-D}}$ yovvoyi turdagi oqsillar o'rtasidagi energiya farqidir o'tish va denatura holati, ${displaystyle Delta G_ {M} ^ {TS-D}}$ bir xil energiya farqi, ammo mutant oqsil uchun va ${displaystyle Delta G ^ {N-D}}$ bitlar - bu tabiiy va denatüre holat o'rtasidagi energiya farqlari. Phi qiymati mutatsiyaning buklangan holatga nisbatan o'tish holatini qanchalik beqarorlashtirishi bilan izohlanadi.

Garchi ${displaystyle phi}$ noldan birgacha o'zgarishi kerak edi, salbiy qiymatlar paydo bo'lishi mumkin.^[2] Nolinchi qiymat quyidagini taklif qiladi mutatsiya buklanadigan yo'lning tezligini cheklaydigan o'tish holatining tuzilishiga ta'sir qilmaydi va uning qiymati mutatsiya buklangan holat singari o'tish holatini ham beqarorlashtiradi; nolga yaqin qiymatlar mutatsiya atrofidagi maydon o'tish holatida nisbatan katlanmagan yoki tuzilmagan va birining yonidagi qiymatlar mutatsion joy yaqinidagi o'tish davlatining mahalliy tuzilishi mahalliy davlatnikiga o'xshashligini ko'rsatadi. Protein sirtidagi konservativ almashtirishlar ko'pincha phi qiymatlarini biriga yaqinlashtirib beradi. Qachon ${displaystyle phi}$ noldan bittagacha yaxshi, u kamroq ma'lumotga ega, chunki bu bizga nima ekanligini aytmaydi:

O'tish holatining o'zi qisman tuzilgan; yoki
Ikki bor oqsil populyatsiyalari deyarli teng sonlar, ularning bir turi asosan ochiladi, ikkinchisi asosan buklanadi.

Asosiy taxminlar

Phi qiymatini tahlil qilish taxmin qiladi Xammondning postulati energiya va kimyoviy tuzilish o'zaro bog'liqligini bildiradi. Garchi katlama oraliq va mahalliy davlat tuzilmalari orasidagi bog'liqlik, ularning energiyalari bilan o'zaro bog'liq bo'lishi mumkin energetik landshaft aniq belgilangan, chuqur global minimal darajaga ega, energiya barqarorligi beqarorlashishi energetik landshaft tekislanganda yoki ko'plab mahalliy minimallashganda foydali tarkibiy ma'lumot bermasligi mumkin.
Phi qiymatini tahlil qilish katlamani nazarda tutadi yo'l katlansa ham, sezilarli darajada o'zgartirilmagan energiya balki. Konservativ bo'lmagan mutatsiyalar bunga dosh berolmasligi mumkinligi sababli, konservativ almashtirishlar, aniqlanishi qiyinroq bo'lgan kichikroq energetik beqarorliklarga olib kelishi mumkin.
Cheklash ${displaystyle phi}$ noldan kattaroq sonlarga mutatsiya barqarorlikni oshiradi va na mahalliy, na o'tish holatining energiyasini pasaytiradi. Xuddi shu qatorda, katlamali o'tish holatini barqarorlashtiradigan o'zaro ta'sirlar mahalliy tuzilishga o'xshaydi, ammo ba'zi oqsillarni katlama tadqiqotlari shuni ko'rsatdiki, o'tish holatidagi mahalliy bo'lmagan o'zaro ta'sirlarni barqarorlashtirish katlamani osonlashtiradi.^[3]

Misol: barnase

Alan Fersht kichkintoyni o'rganishda birinchi bo'lib phi qiymatini tahlil qilish bakterial oqsil barnaza.^[4]^[5] Foydalanish molekulyar dinamikasi simulyatsiyalar, u katlama va katlama orasidagi o'tish holati tabiiy holatga o'xshashligini va reaktsiya yo'nalishidan qat'iy nazar bir xil ekanligini aniqladi. Phi mutatsiya joyiga qarab o'zgarib turar edi, chunki ba'zi mintaqalar nolga yaqin, boshqalari esa biriga yaqin qiymatlarni berishdi. Ning taqsimlanishi ${displaystyle phi}$ oqsilning ketma-ketligi bo'yicha qiymatlar barcha taqlid qilingan o'tish holati bilan kelishilgan, lekin bitta spiral, ular yarim mustaqil ravishda buklanib, oqsilning qolgan qismi bilan tabiiy o'tish holati to'liq shakllangandan keyingina aloqalarni o'rnatgan. Bitta oqsilda katlama tezligining bunday o'zgarishi uni izohlashni qiyinlashtiradi ${displaystyle phi}$ o'tish holati tuzilmasi sifatida qiymatlar, aks holda hisoblash uchun qimmat bo'lgan buklanadigan simulyatsiyalar bilan taqqoslanishi kerak.

Variantlar

Yaqinda katlamali o'tish holatini o'rganish uchun boshqa "kinetik bezovtalik" usullari paydo bo'ldi. Eng yaxshi ma'lum bo'lgan psi ( ${displaystyle psi}$ ) qiymati^[6]^[7] kabi ikkita metallni bog'laydigan aminokislota qoldiqlarini muhandislik qilish yo'li bilan topiladi histidin oqsilga qo'shiladi va keyin yozib olinadi katlama kinetikasi metall ionlari kontsentratsiyasi funktsiyasi sifatida,^[8] Fersht bu yondashuvni qiyin deb o'ylagan bo'lsa-da.^[9] A 'o'zaro bog'liqlik 'varianti ${displaystyle phi}$ -valu kovalent o'zaro bog'liqlik kabi katlamali o'tish holatidagi segmentlar assotsiatsiyasini o'rganish uchun ishlatilgan disulfid birikmalari tanishtirildi.^[10]

Cheklovlar

Muvozanat barqarorligi va katlama tezligini o'lchashdagi xato katta bo'lganida katta bo'lishi mumkin ${displaystyle phi}$ bilan echimlar uchun denaturantlar ga ekstrapolyatsiya qilinishi kerak suvli eritmalar deyarli toza yoki tabiiy va mutant oqsil o'rtasidagi barqarorlik farqi "past" yoki 7 kJ / mol dan kam. Bu sabab bo'lishi mumkin ${displaystyle phi}$ nol-bitta diapazondan chiqib ketish.^[11] Hisoblangan qiymatlar ${displaystyle phi}$ ma'lumotlarning qancha nuqtasi va laboratoriya sharoitlariga bog'liq.^[12]

Shuningdek qarang

Adabiyotlar

^ Daggett V, Fersht AR. (2000). Oqsil katlamasidagi o'tish holatlari. Yilda Proteinni katlama mexanizmlari 2-nashr, muharriri RH Pain. Oksford universiteti matbuoti.
^ Rios, MA; Daneshi, M; Plaxco, KW (2005). "Ikki holatli oqsillarda salbiy ph-qiymatlarning chastotasi va o'rnini bosuvchi bog'liqligini eksperimental tekshirish". Biokimyo. 44 (36): 12160–7. doi:10.1021 / bi0505621. PMID 16142914.
^ Zarrine-Asfar, Arash; Uollin, Stefan (2008 yil 22-iyul). "Proteinlarni katlamada o'ziga xos nonnative o'zaro ta'sirining ahamiyatini nazariy va eksperimental namoyish etish" (PDF). Amerika Qo'shma Shtatlari Milliy Fanlar Akademiyasi materiallari. Tabiiy fanlar akademiyasi. 105 (29): 9999–10004. doi:10.1073 / pnas.0801874105. PMC 2481363. PMID 18626019.
^ Matouschek, A; Kellis, JT; Serrano, L; Fersht, AR (1989). "Oqsil muhandisligi bilan oqsilni katlama o'tish va o'tish holatini xaritalash". Tabiat. 340 (6229): 122–6. doi:10.1038 / 340122a0. PMID 2739734.
^ Fersht, AR; Matouschek, A; Serrano, L (1992). "Fermentning katlamasi. I. Proteinni katlama barqarorligi va yo'lini oqsil muhandislik tahlilining nazariyasi". J Mol Biol. 224 (3): 771–82. doi:10.1016 / 0022-2836 (92) 90561-V. PMID 1569556.
^ Sosnik, TR; Dothager, RS; Krantz, BA (2004). "Ubikuitinning katlama o'tish holatidagi farqlar ${displaystyle phi}$ va ${displaystyle psi}$ tahlil qiladi ". Proc. Natl. Akad. Ilmiy ish. AQSH. 101 (50): 17377–17382. doi:10.1073 / pnas.0407683101. PMC 536030. PMID 15576508.
^ Krantz, BA; Dothager, RS; Sosnik, TR (2004 yil mart). "Oqsillarni katlamasida ko'p o'tish holatlarining tuzilishi va energiyasini farqlash ${displaystyle psi}$ -tahlil". J. Mol. Biol. 337: 463–75. doi:10.1016 / j.jmb.2004.01.018. PMID 15003460.
^ Krantz, BA; Sosnik, TR (2001). "Metallni bog'lash joylari o'ralgan spiralning heterojen katlama manzarasini xaritada aks ettiradi" Nat. Tuzilishi. Biol. 8 (12): 1042–1047. doi:10.1038 / nsb723. PMID 11694889.
^ Fersht, AR (2004). " ${displaystyle Phi}$ qiymatga nisbatan ${displaystyle psi}$ tahlil". Proc. Natl. Akad. Ilmiy ish. AQSH. 101 (50): 17327–17328. doi:10.1073 / pnas.0407863101. PMC 536033. PMID 15583125.
^ Vedemeyer, VJ; Welker, E; Narayan, M; Sheraga, XA (iyun 2000). "Disulfid birikmalari va oqsil katlamasi". Biokimyo. 39 (23): 7032. doi:10.1021 / bi005111p. PMID 10841785.
^ Sanches, IE; Kiefhaber, T (2003). "Proteinni katlamada g'ayrioddiy phi-qadriyatlarning kelib chiqishi: o'ziga xos yadrolanish joylariga qarshi dalillar". J. Mol. Biol. 334 (5): 1077–1085. doi:10.1016 / j.jmb.2003.10.016. PMID 14643667.
^ Migel; Los Rios, A. De; Muraidhara, B.K .; Uaylds, Devid; Sosnik, Tobin R.; Marquzi, Syuzan; Vittung-Stafshed, Pernilla; Plaxko, Kevin V.; Ruczinski, Ingo (2006). "Eksperiment asosida aniqlangan oqsillarni katlama stavkalari va phi-qiymatlari to'g'risida". Proteinli fan. 15 (3): 553–563. doi:10.1110 / ps.051870506. PMC 2249776. PMID 16501226.

[Daggett-1] Daggett V, Fersht AR. (2000). Oqsil katlamasidagi o'tish holatlari. Yilda Proteinni katlama mexanizmlari 2-nashr, muharriri RH Pain. Oksford universiteti matbuoti.

[2] Rios, MA; Daneshi, M; Plaxco, KW (2005). "Ikki holatli oqsillarda salbiy ph-qiymatlarning chastotasi va o'rnini bosuvchi bog'liqligini eksperimental tekshirish". Biokimyo. 44 (36): 12160–7. doi:10.1021 / bi0505621. PMID 16142914.

[3] Zarrine-Asfar, Arash; Uollin, Stefan (2008 yil 22-iyul). "Proteinlarni katlamada o'ziga xos nonnative o'zaro ta'sirining ahamiyatini nazariy va eksperimental namoyish etish" (PDF). Amerika Qo'shma Shtatlari Milliy Fanlar Akademiyasi materiallari. Tabiiy fanlar akademiyasi. 105 (29): 9999–10004. doi:10.1073 / pnas.0801874105. PMC 2481363. PMID 18626019.

[4] Matouschek, A; Kellis, JT; Serrano, L; Fersht, AR (1989). "Oqsil muhandisligi bilan oqsilni katlama o'tish va o'tish holatini xaritalash". Tabiat. 340 (6229): 122–6. doi:10.1038 / 340122a0. PMID 2739734.

[5] Fersht, AR; Matouschek, A; Serrano, L (1992). "Fermentning katlamasi. I. Proteinni katlama barqarorligi va yo'lini oqsil muhandislik tahlilining nazariyasi". J Mol Biol. 224 (3): 771–82. doi:10.1016 / 0022-2836 (92) 90561-V. PMID 1569556.

[6] Sosnik, TR; Dothager, RS; Krantz, BA (2004). "Ubikuitinning katlama o'tish holatidagi farqlar ${displaystyle phi}$ va ${displaystyle psi}$ tahlil qiladi ". Proc. Natl. Akad. Ilmiy ish. AQSH. 101 (50): 17377–17382. doi:10.1073 / pnas.0407683101. PMC 536030. PMID 15576508.

[7] Krantz, BA; Dothager, RS; Sosnik, TR (2004 yil mart). "Oqsillarni katlamasida ko'p o'tish holatlarining tuzilishi va energiyasini farqlash ${displaystyle psi}$ -tahlil". J. Mol. Biol. 337: 463–75. doi:10.1016 / j.jmb.2004.01.018. PMID 15003460.

[8] Krantz, BA; Sosnik, TR (2001). "Metallni bog'lash joylari o'ralgan spiralning heterojen katlama manzarasini xaritada aks ettiradi" Nat. Tuzilishi. Biol. 8 (12): 1042–1047. doi:10.1038 / nsb723. PMID 11694889.

[9] Fersht, AR (2004). " ${displaystyle Phi}$ qiymatga nisbatan ${displaystyle psi}$ tahlil". Proc. Natl. Akad. Ilmiy ish. AQSH. 101 (50): 17327–17328. doi:10.1073 / pnas.0407863101. PMC 536033. PMID 15583125.

[10] Vedemeyer, VJ; Welker, E; Narayan, M; Sheraga, XA (iyun 2000). "Disulfid birikmalari va oqsil katlamasi". Biokimyo. 39 (23): 7032. doi:10.1021 / bi005111p. PMID 10841785.

[11] Sanches, IE; Kiefhaber, T (2003). "Proteinni katlamada g'ayrioddiy phi-qadriyatlarning kelib chiqishi: o'ziga xos yadrolanish joylariga qarshi dalillar". J. Mol. Biol. 334 (5): 1077–1085. doi:10.1016 / j.jmb.2003.10.016. PMID 14643667.

[12] Migel; Los Rios, A. De; Muraidhara, B.K .; Uaylds, Devid; Sosnik, Tobin R.; Marquzi, Syuzan; Vittung-Stafshed, Pernilla; Plaxko, Kevin V.; Ruczinski, Ingo (2006). "Eksperiment asosida aniqlangan oqsillarni katlama stavkalari va phi-qiymatlari to'g'risida". Proteinli fan. 15 (3): 553–563. doi:10.1110 / ps.051870506. PMC 2249776. PMID 16501226.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]