Death Domain ma'lumotlar bazasi - Death Domain database

O'lim domeni ma'lumotlar bazasi
Tarkib
Tavsifuchun oqsil va oqsillarning o'zaro ta'siri ma'lumotlar bazasi O'lim domeni superfamily.
Aloqa
MualliflarDongseop Kvon
Birlamchi iqtibosKvon va boshq. (2012)[1]
Ishlab chiqarilish sanasi2011
Kirish
Veb-saytwww.deathdomain.org

The Death Domain ma'lumotlar bazasi ning ikkinchi darajali ma'lumotlar bazasi oqsil va oqsillarning o'zaro ta'siri (PPI) ning o'lim domeni superfamily.[1] Ushbu superfamilaning a'zolari asosiy ishtirokchilar apoptoz, yallig'lanish, nekroz va immunitet hujayralarining signalizatsiya yo'llari. Salbiy o'lim sohasi superfamily vositachilik qiluvchi signalizatsiya hodisalari insonning turli kasalliklariga olib keladi, ular orasida: saraton, neyrodejenerativ kasalliklar va immunologik kasalliklar. O'lim domenlari ma'lumotlar bazalarini yaratish biomedikal sohadagi tadqiqotchilar uchun alohida qiziqish uyg'otadi, chunki bu o'lim domenining o'zaro ta'sirida ishtirok etadigan molekulyar mexanizmlarni yanada chuqurroq tushunishga imkon beradi va shu bilan birga protein-oqsillarning o'zaro aloqasi tarmog'ini aks ettiruvchi o'zaro ta'sir xaritasi va ma `lumot. Hozirda faqat o'lim domenlarini ko'rib chiqadigan bitta ma'lumotlar bazasi mavjud, ammo bu superfamilaga tegishli boshqa ma'lumotlar bazalari va manbalari mavjud.[1] PubMed ma'lumotlariga ko'ra,[2] ushbu ma'lumotlar bazasi o'lim domenlari va ularning PPI xulosalari haqida keng va aniq ma'lumotlarga ega bo'lganligi sababli bugungi kunga qadar tanqidiy ko'rib chiqilgan etti maqola tomonidan keltirilgan.

O'lim domeni superfamily

Evolyutsion ravishda saqlanib qolgan Death Domain superfamilyasi bir nechta oqsil bilan o'zaro ta'sirlashadigan domenlar tomonidan hosil bo'lgan o'lim qatlami motifi bilan belgilanadi.[3] Domenlar bir-biriga chambarchas bog'langan oltidan etti kishidan iborat alfa-spirallar a-da joylashtirilgan "Yunoncha kalit katlama".[1][3] Ushbu superfamila eng katta va eng ko'p o'rganilgan protein-oqsillarning o'zaro ta'sirlashish tarmog'i (PPI) hisoblanadi.

O'lim sohasidagi subfamiliyalarning to'rt turi mavjud: o'lim effektori domeni (DED),[4] kaspaz yollash domeni (CARD),[5] pirin domeni (PYD) va o'lim domeni (DD).[1][6] Ushbu subfamily domenlar ketma-ketligi va tuzilishidagi o'xshashlik tufayli birlashtirilgan.[7] Ammo shunga o'xshash bo'lsa-da, har bir domenning o'ziga xos belgilovchi tizimli xususiyati bor: DED-larda RxDL-motif, CARD-larda uzilgan, birinchi spiral, PYD-larda kichikroq (yoki ba'zan noaniq) uchinchi spiral va undan ham ta'sirchan, moslashuvchan uchinchisi DD laridagi spiral.[1] Ushbu subfamilaning a'zolari faqat bir xil turdagi subfamily domeniga ega bo'lgan homotipik bog'lanishlarni hosil qiladilar. Masalan, DED faqat DED, CARD-CARD, PYD-PYD va DD-DD bilan bog'lanadi. Ushbu homotipik o'zaro ta'sirlar bitta domenning faqat ikkita a'zosi bilan (yoki kamdan-kam hollarda ko'proq) va bu domenlarning bir-birlari bilan heterotipik ta'sir o'tkazishini isbotlovchi dalillar bo'lmagan.[3]

Death Domain subfamilies

O'lim effektori domeni (DED)

DED domenlari Chordata filum va shuningdek, ning kichik foizlarida topish mumkin Ekinodermata filum va viruslar.[8] DED o'z ichiga olgan oqsillar apoptoz regulyatsiyasi bilan bog'liq kaspaz oqsillarning o'zaro ta'siri va xususan hujjatlashtirilgan sutemizuvchilar.[3][9] DED domenlari boshqa domenlar bilan o'zaro aloqada ekanligi ma'lum bo'lgan va quyidagilarni o'z ichiga oladi: yadroviy lokalizatsiya ketma-ketliklari (DEDD-da), transmembranali domenlar (Bap31 va Barda), nukleotidlarni bog'laydigan domenlar (Dap3-da), SAM-domenlar (Barda), o'ralgan spiralli domenlar. (Hip va Hippida) va E2 bilan bog'langan RING domenlari (Barda).[10]

Caspase ishga qabul qilish domeni (CARD)

CARD domenlari birinchi navbatda akkordatlarda uchraydi, ularning ko'plari hayvon qirolligi va undagi kichik foizlarda uchraydi Nematoda va Echinodermata phyla.[11] CARD domenini o'z ichiga olgan oqsil modullari apoptoz bilan, ular o'zaro ta'sir qiladigan kaspazlarni tartibga solish orqali, shuningdek, yallig'lanish jarayonlarida uning ishtiroki bilan bog'liq. NF-kappaB signalizatsiya yo'llari.[12]

Pirin domeni (PYD)

Apoptozdagi domen va INterferon reaksiyasi (DAPIN) domeni deb ham ataladigan PYD domeni odatda umurtqali hayvonlar va virusli oqsillar va apoptoz, saraton va yallig'lanish jarayonlarida ishtirok etadi.[13] Ushbu guruhning funktsiyalari superfamilyaning o'lim domenining 4 a'zosi orasida eng kam tushunilgan.[3]

O'lim domeni (DD)

Ushbu domen asosan hayvonot dunyosida, ayniqsa, o'lim domenini o'z ichiga olgan turli xil PPI turlariga ega bo'lgan sutemizuvchilar orasida uchraydi.[7] Ga binoan Aqlli Qo'shimcha ma'lumotlar bazasi bo'lmagan sutemizuvchilar ma'lum DD-domenlarning taxminan 61% ga ega.[14] DD tarkibidagi oqsillar CARD domeniga o'xshash apoptoz va yallig'lanish bilan bog'liq. Bu shuningdek tug'ma immunitet bilan bog'liq.[15] DDlarni boshqa turdagi domenlarni, shu jumladan Ankyrin takrorlashlari, kaspaza o'xshash burmalar, kinaz domenlari, lösin fermuarlar, lösinga boy takrorlashlar (LRR), TIR domenlari va ZU5 domenlarini topish mumkin.[7]

Umumiy nuqtai

Deathdomain.org dastlab Kvon va boshq. (2012) o'lim domeni superfamily vositachilik signalizatsiya yo'lida keyingi tadqiqotlarni rag'batlantirish uchun. Ularning ma'lumotlar bazasi qo'lda tuzilgan va o'lim domeni va uning oilasi haqida batafsil ma'lumot berishga qaratilgan oqsil va oqsillarning o'zaro ta'siri. Kvon va uning jamoasi PPI modullari va ular bilan bog'liq o'lim sohalariga bag'ishlangan chop etilgan 295 ta nashr etilgan tadqiqotlarni o'rganish, to'plash va tuzishdan boshladilar. Ma'lumotlar bazasi endi foydalanuvchilarga 311 ta qayta ko'rib chiqilgan tadqiqotlar ma'lumotlarini taqdim etadi, bu asl nashrdan biroz oshib ketdi.[1]

Ushbu ma'lumotlar bazasi quyidagilarni ta'minlaydi:

  • O'lim domenining superfamily oqsillari va ular bilan bog'liq PPI ma'lumotlarining to'liq xulosalari
  • Adabiyotlar, domen tuzilishi va eksperimental manbalardan tegishli tahlil usullari haqida ma'lumot
  • O'lim domeni superfamilining vositachiligida signalizatsiya tarmog'ida o'rganish va tadqiqotlarni osonlashtirish uchun xususiyatlar va vositalar (qidiruv tizimi, o'zaro ta'sir xaritasi va boshqa ma'lumotlar bazalari bilan solishtirish uchun havolalar)

Ma'lumotlar bazasini yaratish

PubMed ma'lumotlar bazasi[2] DeathDomain.org ma'lumotlar bazasida ma'lumotlar yig'ish uchun ishlatiladigan asosiy manba edi. Sayt mualliflari 99 o'lim domeni bo'lgan superfamily oqsillarining sinonimlarini topishdan boshladilar UniProt KB[16] va Entrez Gen.[17] Protein nomi bilan bir qatorda, PudMed ma'lumotlar bazasida boshqa oqsillar bilan jismoniy bog'lanishda ishtirok etgan o'lim domeni oqsillari uchun maqolalarni qidirishda sinonimlardan foydalanilgan. Keyinchalik qidiruvlar amalga oshirildi DIP,[18] Buzilmagan,[19] Yalpiz[20] va STRING[21] barcha tegishli maqolalarning tadqiqotga kiritilganligini ta'minlash uchun ma'lumotlar bazalari. Mualliflar 99 DD superfamily oqsillari orasida 175 PPI juftligini muhokama qilgan 295 ta tanqidiy maqolalarni topib, ularni qo'lda tayyorlashga muvaffaq bo'lishdi. Ushbu raqamlar asl nashrdan beri 991 superfamily oqsillari orasida 181 PPI juftligini muhokama qiladigan 311 ta ko'rib chiqilgan maqolalarga ko'paygan.[1]

Adabiyotdagi ma'lumotlarni boshqarish uchun mualliflar analitik usullar, eksperimental natijalar, manbalar va nomenklatura. Agar hujjatlarda ma'lumotlar etarli bo'lmasa, foydalanuvchilar ushbu bo'limlarda "Ko'rsatilmagan" yozuvini ko'rishadi.[1]

Xususiyatlari

DD superfamily va PPI xulosalari

Ushbu xususiyatga qiziqish doirasini tanlash va ushbu domenni o'z ichiga olgan oqsilni tanlash uchun subtab yordamida kirish mumkin. Bu foydalanuvchini juda batafsil ("Tafsilotlar" yorlig'i) yoki undan kichikroq ("Bir qarashda" yorlig'i) ko'rinishida ko'rish mumkin bo'lgan ma'lumotlarning ko'pligiga olib boradi (navbati bilan 1D va 1C-rasm). Ma'lumotlar yana uchta toifaga bo'linadi: o'zaro ta'sir, tavsif va funktsional rol. Ushbu toifalar shu kabi tadqiqotlarda ishlatilganligi sababli tanlangan.[22] Ko'pgina hollarda, har bir PPI uchun foydalanuvchilar ular haqida ko'proq ma'lumotni bosish orqali bilib olishlari mumkin PubMed ID, unda sarlavha, referat, mualliflar, maqolada keltirilgan o'zaro munosabatlar va nashrga havolani o'z ichiga olgan tafsilotlar.[23]

Boshqa pastki sarlavhalar oqsil ma'lumotlariga, shu jumladan oqsillarning to'liq nomi, muqobil nomlari, funktsiyasi va o'lim domeni subfamilyasi va chegara hududiga kirish huquqini beradi. Ikkinchisi foydalanuvchilarga qulay tarzda olish imkoniyatini beradi aminokislota ketma-ketliklar va UniProtKB / dan domen chegaralari /Shveytsariya-Prot va ikkala emblidagi UniProtKB / TrEMBL ma'lumotlar bazalari, genbank yoki fasta formati.[16] Ma'lumotlar bazasining tashqi havolasini bosish orqali foydalanuvchilar ushbu ma'lumotni boshqasida joylashgan domen tarkibidagi oqsil uchun olishlari mumkin turlari. Ular shu kabi ma'lumotlar bazalari haqida ko'proq ma'lumot olishlari mumkin (Uniprot, DIP, STRING, KEGG, IntAct va MINT) tegishli identifikator raqamini bosish orqali. So'nggi ikkita yorliq foydalanuvchilarga "3-o'lchovli struktura" yorlig'i ostida tabiiy va yuklab olinadigan 3-o'lchovli strukturaviy rasmlarni taqdim etadi mutatsiyalar va tegishli kasalliklar ular "Kasallik" yorlig'i ostida qatnashadilar (1-rasm).[23]

Statistika

The statistika sahifa ro'yxatidan iborat nashrlar ma'lumotlar bazasida ishlatilgan (nashr etilgan yili bo'yicha ajratilgan) va a orqali kirish mumkin ko'prik. Sahifa, shuningdek, har bir domen uchun PPI sonining jadvallangan xulosalarini taqdim etadi va ularning PPI xulosasi sahifasiga gipermurojaat qilinadi. Jadvalning yana bir xususiyati - Death Domain ma'lumotlar bazasida topilgan DD superfamily vositachilik PPI juftlarini boshqa PPI ma'lumotlar bazalari bilan taqqoslash. Ushbu sahifa foydalanuvchilarga ularning ma'lumotlar bazasida Deathbase.org ga qaraganda ko'proq PPI juftligi va IntAct va Mint bilan bir xil raqamlar borligini ko'rsatadi.[24]

Boshqa manbalar

Ma'lumotlar bazasi nomiMa'lumotlar bazasi turiXususiyatlariMa'lumotlar bazasidagi organizmlar
O'lim bazasi[25]Hujayra o'limida ishtirok etadigan oqsillarning ma'lumotlar bazasi- Apoptozda ishtirok etgan oqsillarning funktsiyasi, tuzilishi va evolyutsiyasi / boshqa hujayralar o'limiga oid ma'lumotlar

- Qo'l bilan tuzilgan ma'lumotlar

- Turlar, oqsil, yo'l, oila va domen nomlariga asoslangan oson qidiruv

Inson

Sichqoncha

Zebrafish

Pashsha

Qurt

BuzilmaganMolekulyar ta'sir o'tkazish ma'lumotlar bazasi-Ma'lumotlar bazasi tizimini oching va molekulyar ta'sir o'tkazish ma'lumotlarini tahlil qilish vositalarini o'z ichiga oladi

- Qo'lda tuzilgan ma'lumotlar (EMBL-EBIdan)

- Keng qamrovli qidiruv parametrlari: Gen, Protein, RNK, kimyoviy nomi, UniProtKB, ChEBI AC, UniProtKB ID, RNACentral ID, PMID va IMEx ID.

Uyali organizmlar

Viruslar

Boshqa ko'plab odamlar

Yalpiz[20]Molekulyar ta'sir o'tkazish ma'lumotlar bazasi- Eksperiment sifatida tasdiqlangan oqsil va oqsillarning o'zaro ta'siri ma'lumotlari

- Qo'l bilan tuzilgan ma'lumotlar

-Qulay qidirish variantlari: turlar, oqsil, gen nomi, UniProt oqsilga qo'shilish raqami va PubMed id / D.O.I

Inson

Xamirturush

Meva chivinlari

Qurt

STRING[21]Oqsillar bilan oqsillarning o'zaro aloqasi bo'yicha tarmoq ma'lumotlar bazasi-Ma'lum va bashorat qilingan protein-oqsillarning o'zaro ta'siri to'g'risida ma'lumotlar: to'g'ridan-to'g'ri (jismoniy) va bilvosita (funktsional) assotsiatsiya

- Qo'l bilan tuzilgan ma'lumotlar

-Qulay qidirish variantlari: turlari, oqsil nomi va identifikatori

2031 jami organizmlar
DIP[18]Oqsillar bilan oqsillarning o'zaro aloqasi bo'yicha tarmoq ma'lumotlar bazasi-Oqsillar orasidagi tajribada aniqlangan o'zaro ta'sirlar to'g'risidagi ma'lumotlar

- Qo'l bilan tuzilgan ma'lumotlar

-Qulay qidirish variantlari: protein, ketma-ketlik, motif, maqola, IMEx va pathBLAST

Inson

Xamirturush

Meva chivinlari

Boshqa ko'plab odamlar

Adabiyotlar

  1. ^ a b v d e f g h men Kvon, Dongseop; Yun Jong Xvan; Shin Su-Yong; Jang Tae-Xo; Kim Xong-Gi; Shunday qilib Insuk; Jeon Ju-Xong; Park Xyon Xo (yanvar 2012). "O'lim domeni superfamilasi uchun qo'lda tayyorlangan oqsil-oqsillarning o'zaro ta'sirlashish ma'lumotlar bazasi". Nuklein kislotalarni tadqiq qilish. 40 (D1): D331-D336. doi:10.1093 / nar / gkr1149. PMC  3245059. PMID  22135292.
  2. ^ a b Sayers, EW; Barrett, T; Benson, DA; Bolton, E; Bryant, SH; Kanese, K; Chetvernin, V; Cherkov, DM; Dikuchio, M; Federhen, S; va boshq. (2011). "Milliy Biotexnologiya Axborot Markazining ma'lumotlar bazasi resurslari". Nuklein kislotalari rez. 39 (Ma'lumotlar bazasi muammosi): D38 – D51. doi:10.1093 / nar / gkq1172. PMC  3013733. PMID  21097890.
  3. ^ a b v d e Lam, A; Paradiso, A; Yashil, D. R .; Melino, G (2003). "Apoptozda domenning o'zaro ta'siri". Hujayra o'limi va differentsiatsiyasi. 10 (1): 10–12. doi:10.1038 / sj.cdd.4401203. ISSN  1350-9047. PMID  12655289. S2CID  32593733.
  4. ^ Chinnaiyan, AM; O'Rourke, K; Tevari, M; Dixit, VM (1995). "FADD, yangi o'lim domeniga ega protein, fasning o'lim sohasi bilan o'zaro ta'sir qiladi va apoptozni boshlaydi". Hujayra. 81 (4): 505–512. doi:10.1016/0092-8674(95)90071-3. PMID  7538907. S2CID  16906755.
  5. ^ Xofmann, K; Bucher, P; Tschopp, J (1997). "CARD domeni: yangi apoptotik signalizatsiya motifi". Biokimyo fanlari tendentsiyalari. 22 (5): 155–156. doi:10.1016 / S0968-0004 (97) 01043-8. ISSN  0968-0004. PMID  9175472.
  6. ^ Tartalya, Kaliforniya; Ayres, TM; Vong, GHW; Goeddel, DV (1993), "55 kdli TNF retseptorlari doirasidagi yangi domen hujayralar o'limiga ishora qiladi", Hujayra, 74 (5): 845–53, doi:10.1016/0092-8674(93)90464-2, PMID  8397073, S2CID  38732043
  7. ^ a b v O'lim domeni (IPR000488), olingan 3 noyabr 2016
  8. ^ Tomas, L; Xenson, A; Reed, JC; Solsbury, FR; Torburn, A (2004). "Fas bilan bog'liq o'lim domenini (FADD) o'smaning nekroz omiliga bog'liq apoptozni keltirib chiqaradigan ligand retseptorlari DR5 bilan to'g'ridan-to'g'ri bog'lanishi FADD ning o'lim effektori sohasi bilan tartibga solinadi". Biologik kimyo jurnali. 279 (31): 32780–5. doi:10.1074 / jbc.M401680200. PMID  15173180.
  9. ^ DED: O'lim effektori domeni, olingan 3 noyabr 2016
  10. ^ Reed, JC; Doktor, KS; Godsik, A (2004). "Apoptoz sohalari: genomika istiqboli". Science's STKE. 2004 (239): qayta doi:10.1126 / stke.2392004re9. PMID  15226512. S2CID  40047696.
  11. ^ CARD: Caspase ishga qabul qilish domeni, olingan 3 noyabr 2016
  12. ^ Bouchier-Hayes, L; Martin, SJ (2002). "Apoptoz va immunitetdagi karta o'yinlari". EMBO hisobotlari. 3 (7): 616–621. doi:10.1093 / embo-report / kvf139. PMC  1084193. PMID  12101092.
  13. ^ Staub, E .; Dahl, E; Rosenthal, A (2001). "DAPIN oilasi: yangi domen apoptotik va interferon reaksiya oqsillarini birlashtiradi". Biokimyo fanlari tendentsiyalari. 26 (2): 83–85. doi:10.1016 / S0968-0004 (00) 01717-5. PMID  11166557.
  14. ^ O'LIM: O'LIM domeni, hujayra o'limiga aloqador oqsillarda (apoptoz)., olingan 3 noyabr 2016
  15. ^ O'Nil, Kaliforniya; Dunne, A; Edjebak, M; Kulrang, P; Jefferies, C; Wietek, C (2003), "Mal va MyD88: pullik retseptorlari orqali signal o'tkazishda ishtirok etadigan adapter oqsillari", Endotoksin tadqiqotlari jurnali, 9 (1): 55–59, doi:10.1177/09680519030090010701, ISSN  0968-0519, PMID  12691620
  16. ^ a b UniProt konsortsiumi (2010). "2010 yilda Umumjahon Protein Resursi (UniProt)". Nuklein kislotalari rez. 38 (Ma'lumotlar bazasi muammosi): D142-D148. doi:10.1093 / nar / gkp846. PMC  2808944. PMID  19843607.
  17. ^ Maglot, D; Ostell, J; Pruitt, KD; Tatusova, T (2011). "Entrez Gen: NCBI-da genlarga yo'naltirilgan ma'lumot". Nuklein kislotalari rez. 39 (Ma'lumotlar bazasi muammosi): D52-D57. doi:10.1093 / nar / gkq1237. PMC  3013746. PMID  21115458.
  18. ^ a b Salvinskiy, L; Miller, KL; Smit, AJ; Pettit, FK; Bowie, JU; Eisenberg, D (2004). "O'zaro ta'sir qiluvchi oqsillarning ma'lumotlar bazasi: 2004 yil yangilanishi". Nuklein kislotalari rez. 32 (90001): D449-D451. doi:10.1093 / nar / gkh086. PMC  308820. PMID  14681454.
  19. ^ Aranda, B; Axutan, P; Alam-Faruque, Y; Armean, men; Ko'prik, A; Derow, C; Feyerman, M; Ganbarian, AT; Kerrien, S; Xadake, J; va boshq. (2010). "2010 yilda IntAct molekulyar ta'sir o'tkazish ma'lumotlar bazasi". Nuklein kislotalari rez. 38 (Ma'lumotlar bazasi muammosi): D525-D531. doi:10.1093 / nar / gkp878. PMC  2808934. PMID  19850723.
  20. ^ a b Ceol, A; Chatr Aryamontri, A; Licata, L; Peluso, D; Briquanti, L; Perfetto, L; Kastagnoli, L; Sezareni, G (2010). "MINT, molekulyar ta'sir o'tkazish ma'lumotlar bazasi: 2009 yilgi yangilanish". Nuklein kislotalari rez. 38 (Ma'lumotlar bazasi muammosi): D532-D539. doi:10.1093 / nar / gkp983. PMC  2808973. PMID  19897547.
  21. ^ a b Shklarchik, D; Francheschini, A; Kun, M; Simonovich, M; Rot, A; Minquez, P; Doerks, T; Stark, M; Myuller, J; Bork, P; va boshq. (2011). "2011 yilda STRING ma'lumotlar bazasi: global miqyosda birlashtirilgan va ishlab chiqarilgan oqsillarning funktsional ta'sir o'tkazish tarmoqlari". Nuklein kislotalari rez. 39 (Ma'lumotlar bazasi muammosi): D561-D568. doi:10.1093 / nar / gkq973. PMC  3013807. PMID  21045058.
  22. ^ Ksenarios, men; Eyzenberg, D (2001). "Proteinlarning o'zaro ta'siri ma'lumotlar bazalari" (PDF). Curr. Opin. Biotexnol. 12 (4): 334–339. doi:10.1016 / s0958-1669 (00) 00224-x. PMID  11551460.
  23. ^ a b "Superfamily o'lim domeni va PPI haqida batafsil ma'lumot". O'lim domeni. Olingan 3 noyabr 2016.
  24. ^ "Statistika". O'lim domeni. Olingan 3 noyabr 2016.
  25. ^ "Deathbase.org". O'lim bazasi. Olingan 1 dekabr 2016.

Tashqi havolalar