Masofa matritsasi - Distance matrix

Yilda matematika, Kompyuter fanlari va ayniqsa grafik nazariyasi, a masofa matritsasi a kvadrat matritsa o'z ichiga olgan (ikki o'lchovli qator) masofalar, to'plam elementlari o'rtasida juftlik bilan olinadi.^[1] Mavjud dasturga qarab, masofa Ushbu matritsani aniqlash uchun foydalaniladigan yoki bo'lmasligi mumkin metrik. Agar mavjud bo'lsa $N$ elementlar, bu matritsa hajmi bo'ladi $N \times N$ . Grafik-nazariy dasturlarda elementlar ko'pincha nuqta, tugun yoki tepalik deb nomlanadi.

Metrik bo'lmagan masofaviy matritsalar

Umuman olganda, masofa matritsasi vaznga ega qo'shni matritsa ba'zi bir grafikalar A tarmoq, a yo'naltirilgan grafik yoylarga berilgan og'irliklar bilan tarmoqning ikkita tugunlari orasidagi masofani ikkita tugunni birlashtirgan eng qisqa yo'llardagi og'irliklar yig'indisining minimal qiymati sifatida aniqlash mumkin.^[2] Ushbu masofa funktsiyasi, aniq belgilangan bo'lsa ham, metrik emas. Og'irliklarni birlashtirish va taqqoslash imkoniyatidan boshqa cheklovlar mavjud emas, shuning uchun ba'zi ilovalarda salbiy og'irliklar qo'llaniladi. Yo'llar yo'naltirilganligi sababli simmetriyaga kafolat berilmaydi va agar tsikllar mavjud bo'lsa, masofa matritsasi bo'sh bo'lmasligi mumkin.

Yuqoridagilarning algebraik formulasini min-plus algebra. Ushbu tizimdagi matritsani ko'paytirish quyidagicha ta'riflanadi: Ikkalasi berilgan ${ displaystyle n times n}$ matritsalar ${ displaystyle A = (a_ {ij})}$ va ${ displaystyle B = (b_ {ij})}$ , ularning masofaviy mahsuloti ${ displaystyle C = (c_ {ij}) = A yulduz B}$ sifatida belgilanadi ${ displaystyle n times n}$ matritsa shunday ${ displaystyle c_ {ij} = min _ {k = 1} ^ {n} {a_ {ik} + b_ {kj} }}$ . To'g'ridan-to'g'ri ulanmagan diagonal elementlarni abadiylikka yoki min-plus operatsiyalarining to'g'ri ishlashi uchun mos katta qiymatga o'rnatilishi kerakligini unutmang. Ushbu joylarda nol masofa, xarajat va boshqalar bo'lmagan chekka sifatida noto'g'ri talqin qilinadi.

Agar ${ displaystyle W}$ bu ${ displaystyle n times n}$ a ning chekka og'irliklarini o'z ichiga olgan matritsa grafik, keyin ${ displaystyle W ^ {k}}$ (ushbu masofaviy mahsulot yordamida) maksimal uzunlik yo'llari yordamida tepaliklar orasidagi masofani beradi ${ displaystyle k}$ qirralar va ${ displaystyle W ^ {n}}$ grafaning masofa matritsasi.

Ixtiyoriy grafik $G$ kuni $n$ tepaliklarni tortilgan to'liq grafik sifatida modellashtirish mumkin $n$ qirralariga to'g'ri keladigan to'liq grafikaning har bir chetiga bittadan og'irlik berish orqali tepaliklar $G$ va boshqa barcha qirralarga nol. $V$ chunki bu to'liq grafik qo'shni matritsa ning $G$ . Masofa matritsasi $G$ dan hisoblash mumkin $V$ yuqoridagi kabi, ammo, $V n$ odatdagidek hisoblangan matritsani ko'paytirish faqat uzunlikning istalgan ikki tepasi orasidagi yo'llar sonini kodlaydi $n$ .

Metrik masofa matritsalari

Ko'pgina dasturlarda masofa matritsasi formalizmining qiymati masofa matritsasi kodni qanday aniq kodlashi mumkinligidadir metrik aksiomalar va bu chiziqli algebra texnikasidan foydalanishga qanday bog'liq. Ya'ni, agar $M = (x ij)$ bilan $1 \leq men, j \leq N$ metrik masofa uchun masofa matritsasi, keyin

asosiy diagonaldagi yozuvlar barchasi nolga teng (ya'ni, matritsa a ichi bo'sh matritsa ), ya'ni $x II = 0$ Barcha uchun $1 \leq men \leq N$ ,
barcha diagonal bo'lmagan yozuvlar ijobiy ( $x ij > 0$ agar $men \neq j$ ), (ya'ni, a manfiy bo'lmagan matritsa ),
matritsa a nosimmetrik matritsa ( $x ij = x ji$ ) va
har qanday kishi uchun $men$ va $j$ , $x ij \leq x ik + x kj$ Barcha uchun $k$ (uchburchak tengsizligi). Buni quyidagicha ifodalash mumkin tropik matritsani ko'paytirish

Masofa matritsasi dastlabki uchta aksiomani qondirganda (uni yarim metrikaga aylantiradi) ba'zan uni masofadan oldingi matritsa deb atashadi. Evklid fazosiga joylashtirilishi mumkin bo'lgan masofadan oldingi matritsa a deb ataladi Evklid masofasi matritsasi.

Metrik masofa matritsasining yana bir keng tarqalgan misoli paydo bo'ladi kodlash nazariyasi qachon a blok kodi elementlar alfavit bo'yicha belgilangan uzunlikdagi satrlar va ular orasidagi masofa Hamming masofasi metrik. Masofadagi matritsadagi nolga teng bo'lmagan eng kichik yozuv kodni tuzatish va xatolarni aniqlash qobiliyatini o'lchaydi.

Ilovalar

Ierarxik klasterlash

Masofa matritsasi uchun zarur ierarxik klasterlash.

Filogenetik tahlil

Masofaviy matritsalar ishlatiladi filogenetik tahlil.

Boshqa maqsadlar

Yilda bioinformatika, tasvirlash uchun masofa matritsalaridan foydalaniladi oqsil koordinatalardan mustaqil ravishda tuzilmalar, shuningdek ketma-ketlik fazosidagi ikkita ketma-ketlik orasidagi juftlik masofalar. Ular ishlatilgan tizimli va ketma-ket hizalama va protein tuzilmalarini aniqlash uchun NMR yoki Rentgenologik kristallografiya.

Ba'zan ma'lumotlarni a sifatida ifodalash qulayroq bo'ladi o'xshashlik matritsasi.

Bu belgilash uchun ishlatiladi masofa korrelyatsiyasi.

Misollar

Masalan, ushbu ma'lumotlar qaerda tahlil qilinishi kerak deylik piksel Evklid masofasi bo'ladi masofa metrikasi.

Xom ma'lumotlar

Masofa matritsasi quyidagicha bo'ladi:

	a	b	v	d	e	f
a	0	184	222	177	216	231
b	184	0	45	123	128	200
v	222	45	0	129	121	203
d	177	123	129	0	46	83
e	216	128	121	46	0	83
f	231	200	203	83	83	0

Keyinchalik ushbu ma'lumotlarni grafik shaklda a shaklida ko'rish mumkin issiqlik xaritasi. Ushbu rasmda qora 0 masofani, oq esa maksimal masofani bildiradi.

Grafik ko'rinish

Shuningdek qarang

Adabiyotlar

^ Weyenberg, G., & Yoshida, R. (2015). Filogeniyani tiklash: Hisoblash usullari. Zamonaviy biologiya uchun algebraik va diskret matematik usullarda (293-319 betlar). Akademik matbuot.
^ Frank Xarari, Robert Z. Norman va Dorvin Kartritt (1965) Strukturaviy modellar: yo'naltirilgan grafikalar nazariyasiga kirish, 134–8 betlar, John Wiley & Sons JANOB 0184874

[1] Weyenberg, G., & Yoshida, R. (2015). Filogeniyani tiklash: Hisoblash usullari. Zamonaviy biologiya uchun algebraik va diskret matematik usullarda (293-319 betlar). Akademik matbuot.

[2] Frank Xarari, Robert Z. Norman va Dorvin Kartritt (1965) Strukturaviy modellar: yo'naltirilgan grafikalar nazariyasiga kirish, 134–8 betlar, John Wiley & Sons JANOB 0184874

[1]

[2]

	a	b	v	d	e	f
a	0	184	222	177	216	231
b	184	0	45	123	128	200
v	222	45	0	129	121	203
d	177	123	129	0	46	83
e	216	128	121	46	0	83
f	231	200	203	83	83	0

	a	b	v	d	e	f
a	0	184	222	177	216	231
b	184	0	45	123	128	200
v	222	45	0	129	121	203
d	177	123	129	0	46	83
e	216	128	121	46	0	83
f	231	200	203	83	83	0

	a	b	v	d	e	f
a	0	184	222	177	216	231
b	184	0	45	123	128	200
v	222	45	0	129	121	203
d	177	123	129	0	46	83
e	216	128	121	46	0	83
f	231	200	203	83	83	0