Pastki oqim-peptid motifi - Downstream-peptide motif

Oqim-peptid RNK
Quyi oqim-peptid-RNK.svg
Quyi oqim-peptid RNKlarining konsensusli ikkinchi tuzilishi
Identifikatorlar
BelgilarPastki oqim peptidi
RfamRF01704
Boshqa ma'lumotlar
RNK turiCis- tartibga soluvchi element
Domen (lar)Proxlorokokk va Sinekokok
PDB tuzilmalarPDBe

The Pastki oqim-peptid motifi konservalanganga ishora qiladi RNK tomonidan aniqlangan tuzilish bioinformatika ichida siyanobakterial avlodlar Sinekokok va Proxlorokokk va bitta fag shunday yuqtiradi bakteriyalar.[1] Shuningdek, u aniqlandi dengiz namunalari DNK ishlov berilmagan bakteriyalar, ehtimol siyanobakteriyalarning boshqa turlari.

Qisqa oqim ostida peptidli RNKlar topiladi ochiq o'qish ramkalari Qisqacha kodlanishi taxmin qilingan (ORF) peptidlar (odatda 17 dan 100 gacha aminokislotalar ). Hujayralar etishmovchiligi bilan o'stirilganda, ORFlardan biri, ehtimol, past regulyatsiya qilingan azot manbalar.[2] Quyi oqim-peptid motifi boshqa nomzod RNK tuzilmasi bilan tizimli o'xshashlikka ega glnA RNK motifi siyanobakteriyalarda funktsional glutaminni bog'laydigan riboswitch ekanligi ko'rsatilgan.[3][1] Eng yorqin o'xshashlik - bu ikkala motifning P1 pog'onasida nukleotidlarni saqlash va bu va boshqa o'xshashliklar ilgari muhokama qilingan.[1]

Pastki oqim-peptid RNKlari mos keladi degan faraz qilingan edi riboswitches, bir nechta dalillarga asoslangan.[1] Birinchidan, glnA RNKlar ko'pincha taxmin qilingan joyda joylashgan 5, tarjima qilinmagan mintaqalar ishtirok etgan ko'plab genlar sinflari azot almashinuvi. Bu va boshqa dalillar shundan dalolat beradi glnA RNKlar riboswitchlar bo'lib, ularning strukturasi o'xshashligi quyi oqim-peptid RNKlariga o'z navbatida quyi oqim-peptid RNKlari ham riboswitchlar ekanligini ko'rsatadi. Ikkinchidan, quyi oqim-peptidlar doimiy ravishda a ga mos keladigan joyga joylashtiriladi cis- tartibga soluvchi quyi oqimdagi ORFlarni boshqarishda roli, ammo ORFlarning biologik roli noma'lum. Uchinchidan, pseudoknot tuzilishi riboswitchlarga xos bo'lgan o'rtacha murakkablikka ega. Va nihoyat, quyi oqimdagi ORFni azot bilan tartibga solinishini kuzatish, shuningdek, taklif qiladi cis-elementning regulyativ roli.

Ushbu gipotezani biokimyoviy va genetik ma'lumotlar qo'llab-quvvatlaydi. Birinchidan, ikkala quyi oqim-peptid RNKlari va glnA RNKlar tanlab bog'lanadi glutamin.[4] Ikkinchidan, "Downstream-peptid" motifining muxbir genlari tahlili shuni ko'rsatdiki, ushbu RNK glutaminni bog'lashda reporter genlarini ekspressionatsiyasini kuchaytiradi va shuning uchun uni faollashtiruvchi riboswitch deb hisoblash mumkin.[3] Quyi oqim-peptid motifi bilan tartibga solinishi mumkin bo'lgan nomzodlar o'zlarida tez-tez quyi oqim-peptid motifini olib yuradigan genlardir. 5′UTR va o'z ichiga olgan kichik, noma'lum oqsillarni kodlash DUF 4278 va ularning taxminiy regulyatorlari glutamin sintetaza. Ushbu gipotezaning ifodasini topib, qo'llab-quvvatlanadi DUF 4278 tarkibida glutamin sintetaza genni kodlovchi inhibitiv omil IF17 gifB tarkibiy jihatdan tartibga solinishi ko'rsatildi glnA RNK motifi.[3]

Quyi oqim-peptid RNKlari taxmin qilingan bilan ustma-ust tushadi kodlamaydigan RNK yfr6 deb nomlanadi, bu 200 dan oshadi nukleotidlar uzunligi,[2] ammo RNK tuzilishi sifatida faqat yuqori oqim mintaqasi (Quyi oqim-peptid motifiga mos keladigan) ishlashi taklif qilingan.[1] Yfr14 deb nomlangan aniq kodlangan bo'lmagan RNK[5] har ikkala yfr6 va quyi oqim-peptid RNKlari bilan bir-biriga to'g'ri keladi. Biroq, yfr6 yoki yfr14 ning Downstream-peptid riboswitch-ning hozirda o'rnatilgan rolidan tashqari biron bir funktsiyasi bor-yo'qligi noma'lum.

Adabiyotlar

  1. ^ a b v d e Vaynberg Z, Vang JX, Bogue J va boshq. (2010 yil mart). "Qiyosiy genomika bakteriyalar, arxeylar va ularning metagenomlaridan 104 nomzodning tuzilgan RNKlarini aniqlaydi". Genom Biol. 11 (3): R31. doi:10.1186 / gb-2010-11-3-r31. PMC  2864571. PMID  20230605.
  2. ^ a b Axmann IM, Kensche P, Vogel J, Kohl S, Herzel H, Gess WR (2005). "Siyanobakterial kodlamaydigan RNKlarni genomni taqqoslash yo'li bilan aniqlash". Genom Biol. 6 (9): R73. doi:10.1186 / gb-2005-6-9-r73. PMC  1242208. PMID  16168080.
  3. ^ a b v Klen, Stefan; Bolay, Pol; Rayt, Patrik R; Atilyo, Ruben M; Pivo, Kennet I; Xeygmen, Martin; Breaker, Ronald R; Gess, Volfgang R (2018 yil 2-avgust). "Glutamin riboswitch siyanobakteriyalarda glutamin sintetazasini boshqarishning asosiy elementidir". Nuklein kislotalarni tadqiq qilish. 46: 10082–10094. doi:10.1093 / nar / gky709. PMC  6212724. PMID  30085248.
  4. ^ Ames TD, Breaker RR (2011 yil yanvar). "Glyutaminni tanlab bog'laydigan bakterial aptamerlar". RNK Biol. 8 (1): 82–89. doi:10.4161 / rna.8.1.13864. PMC  3127080. PMID  21282981.
  5. ^ Steglich C, Futschik ME, Lindell D, Voss B, Chisholm SW, Gess WR (avgust 2008). Matik I (tahrir). "Minimal fotoavtotrofda tartibga solish muammosi: kodlanmaydigan RNKlar Proxlorokokk". PLoS Genet. 4 (8): e1000173. doi:10.1371 / journal.pgen.1000173. PMC  2518516. PMID  18769676.

Tashqi havolalar