Edvard Markot - Edward Marcotte

Edvard Markot a professor ning biokimyo da Ostindagi Texas universiteti, ishlash genetika, proteomika va bioinformatika.[1] Markotte a ning misoli hisoblash biologi kim ham ishonadi tajribalar bioinformatikaga asoslangan bashoratlarni tasdiqlash.[2]

Ma'lumoti va lavozimlari

Markotening bakalavriat ta'limi Ostindagi Texas universiteti, u erda u B.S.ni olgan. yilda Mikrobiologiya 1990 yilda doktorlik dissertatsiyasini oldi. Biokimyo bo'yicha Ostindagi Texas universiteti 1995 yilda va U.D Ostindagi va postdoktorlik dissertatsiyasini bajargan Kaliforniya universiteti, Los-Anjeles professor bilan Devid Eyzenberg. Markotte 2001 yildan beri UT Ostinning professori.[iqtibos kerak ]

Tadqiqot

Markotening asosiy tadqiqotlari bioinformatika, proteomika, tizimlar biologiyasi va sintetik biologiya.

Bioinformatika va tizimlar biologiyasi

Dastlabki ishlarida Markot va uning hamkasblari har qanday murakkab organizmdagi oqsillar (xamirturush) ichidagi funktsional bog'lanishlarning birinchi genom miqyosli xaritasini yaratdilar. Saccharomyces cerevisiae ), funktsiyani barcha xarakterlanmagan xamirturush oqsillarining yarmidan ko'pini taxmin qilishga imkon beradigan yondashuv.[3] Markotte shuningdek, oqsillar orasidagi funktsional o'zaro ta'sirlarni aniqlashning bir necha usullarini ishlab chiqdi, shu jumladan filogenetik profillash,[4][5][6] Rosetta Stone genlarining birlashishi,[7] mRNA koeffitsienti,[3] va oyna daraxti[8] yondashuvlar.

2010 yilda Marcotte va uning hamkasblari algoritm holatlarini aniqlash uchun chuqur homologiya fenotip asosida.[1][9]

Proteomika

Proteomika sohasida Markotening hissalari inson oqsillari bilan o'zaro ta'sirlashish tarmog'ining dastlabki versiyalarini ishlab chiqishni o'z ichiga oladi[10][11] va> 7000 odamning oqsil bilan o'zaro ta'sirini xaritalash.[12] Markotte va uning hamkasblari oqsil ekspresiyasi, hujayra osti joylashuvi va funktsiyasini yuqori darajada o'lchash uchun aniqlangan hujayra mikroarray texnikasini ishlab chiqdilar,[11][13][14][15] mass-spektrometriya ma'lumotlarini tahlil qilish algoritmlari ishlab chiqilgan,[16][17][18][19] ommaviy spektrometriya proteomikasi ma'lumotlari uchun ochiq ma'lumotlar bazasini ishga tushirdi,[20] va proteom miqyosida mutloq oqsil miqdorini aniqlash uchun APEX usulini ishlab chiqdi.[21][22] APEX-dan foydalangan holda, Markotte va uning hamkasblari quyi ökaryotdagi protein miqdori asosan mRNK darajalari bilan belgilanadi, odam oqsillari esa taxminan teng ravishda transkripsiya va transkripsiyadan keyin tartibga solish orqali aniqlanadi.[23]

Tashqi havolalar

Adabiyotlar

  1. ^ a b Zimmer, Karl (26.04.2010). "Genlarni qidirish kutilmagan joylarga olib boradi". The New York Times.
  2. ^ "Edvard M Markotte". Odamlar. Ostindagi Texas biologik universiteti Uyali va molekulyar instituti. Olingan 16 avgust 2016.
  3. ^ a b Markotte, EM; Pellegrini, M.; Tompson, M. J .; Yeates, T .; Eisenberg, D. (1999). "Oqsillar funktsiyasini genomik bashorat qilishning birlashgan algoritmi". Tabiat. 402 (6757): 83–86. Bibcode:1999 yil natur.402 ... 83M. doi:10.1038/47048. PMID  10573421. S2CID  144447.
  4. ^ Pellegrini, M.; Markotte, E. M.; Tompson, M. J .; Eyzenberg, D.; Yeates, T. O. (1999). "Genomni taqqoslash yo'li bilan oqsil komplekslari va yo'llarining tarkibiy qismlarini aniqlash: oqsil filogenetik profillari". Proc. Natl. Akad. Ilmiy ish. AQSH. 96 (8): 4285–4288. doi:10.1073 / pnas.96.8.4285. PMC  16324. PMID  10200254.
  5. ^ Markot, Edvard M.; Ksenarios, Ioannis; van Der Blik, Aleksandr M.; Eyzenberg, Devid (2000). "Hujayradagi oqsillarni filogenetik profillaridan lokalizatsiya qilish". Amerika Qo'shma Shtatlari Milliy Fanlar Akademiyasi materiallari. 97 (22): 12115–12120. Bibcode:2000PNAS ... 9712115M. doi:10.1073 / pnas.220399497. PMC  17303. PMID  11035803.
  6. ^ Sana, S.V .; Markotte, E. M. (2003). "Funktsional aloqalarni genomik tahlil qilish orqali o'ziga xos bo'lmagan uyali tizimlarni kashf etish". Tabiat biotexnologiyasi. 21 (9): 1055–1062. doi:10.1038 / nbt861. PMID  12923548. S2CID  1093077.
  7. ^ Markot, Edvard M.; Pellegrini, Matteo; Ng, Xo-Leung; Rays, Denni V.; Yeates, Todd O.; Eyzenberg, Devid (1999). "Genom ketma-ketligidan oqsil funktsiyasini va oqsil-oqsilning o'zaro ta'sirini aniqlash". Ilm-fan. 285 (5428): 751–753. CiteSeerX  10.1.1.535.9650. doi:10.1126 / science.285.5428.751. PMID  10427000.
  8. ^ Ramani, A.K .; Markotte, E. M. (2003). "O'zaro ta'sirning o'ziga xosligini aniqlash uchun o'zaro ta'sir qiluvchi oqsillarning birgalikdagi evolyutsiyasidan foydalanish". J. Mol. Biol. 327: 273–284. doi:10.1016 / s0022-2836 (03) 00114-1. PMID  12614624.
  9. ^ Makgari KL; Park TJ; Woods JO; Cha HJ; Uollingford JB; Markotte EM (2010 yil aprel). "Ortologik fenotiplar orqali odamlarning noaniq kasallik modellarini muntazam ravishda kashf etish" (PDF). Milliy fanlar akademiyasi materiallari. 107 (14): 6544–9. Bibcode:2010PNAS..107.6544M. doi:10.1073 / pnas.0910200107. PMC  2851946. PMID  20308572.
  10. ^ Ramani, A.K .; Bunesku, R. C .; Muni, R. J .; Markotte, E. M. (2005). "Inson interaktomini keng miqyosda xaritalashga tayyorgarlik jarayonida ma'lum bo'lgan odam oqsillari bilan oqsillarning o'zaro ta'sirini birlashtirish". Genom biologiyasi. 6 (5): R40.1-12. doi:10.1186 / gb-2005-6-5-r40. PMC  1175952. PMID  15892868.
  11. ^ a b Narayanasvami, R .; Niu, V.; Scouras, A .; Xart, G. T .; Devis, J .; Ellington, A.D .; Iyer, V. R .; Markotte, E. M. (2006). "Xujayrali fenotiplarni dog'li hujayra mikroarralari bilan tizimli profillash yangi feromonli javob genlarini ochib beradi". Genom biologiyasi. 7 (1): R6. doi:10.1186 / gb-2006-7-1-r6. PMC  1431703. PMID  16507139.
  12. ^ Ramani, A.K .; Li, Z.; Xart, G. T .; Karlson, M. V.; Butz, D .; Markotte, E. M. (2008). "Inson mRNKlari va ularning ortologlarini birgalikda ifoda etishidan olingan inson oqsillari o'zaro ta'sirining xaritasi". Mol. Syst. Biol. 4: 180. doi:10.1038 / msb.2008.19. PMC  2387231. PMID  18414481.
  13. ^ Chjao, J .; Niu, V.; Yao, J .; Mohr, S .; Markotte, E. M.; Lambovits, A. M. (2008). "II guruh intron oqsillarni lokalizatsiyasi va joylashish joylari polifosfat ta'sirida". PLOS biologiyasi. 6 (6): e150. doi:10.1371 / journal.pbio.0060150. PMC  2435150. PMID  18593213.
  14. ^ Narayanasvami, R .; Moradi, E. K .; Niu, V.; Xart, G. T .; Devis M.; Makgari, K. L .; Ellington, A.D .; Markotte, E. M. (2009). "Asosiy qutblanish o'qi bo'ylab oqsil tarkibiy qismlarining tizimli ta'rifi feromon bilan ishlov berilgan kurtak ochadigan xamirturushda polarizatsiya texnikasini qayta ishlatilishini aniqlaydi". Proteom tadqiqotlari jurnali. 8 (1): 6–19. doi:10.1021 / pr800524g. PMC  2651748. PMID  19053807.
  15. ^ Narayanasvami, R .; Levi M.; Tsechanskiy, M.; Stovall, G. M .; O'Konnel, J .; Mirrielees, J .; Ellington, A.D .; Markotte, E. M. (2009). "Oziq moddalar ochligidan keyin metabolik fermentlarni qayta tiklanadigan birikmalarga keng qayta tashkil etish". Proc. Natl. Akad. Ilmiy ish. AQSH. 106 (25): 10147–52. Bibcode:2009PNAS..10610147N. doi:10.1073 / pnas.0812771106. PMC  2691686. PMID  19502427.
  16. ^ Ramakrishnan, S .; Mao, R .; Nakorchevskiy, A. A .; Shahzoda J. T .; Uillard, V. S.; Xu, V.; Markotte, E. M.; Miranker, D. P. (2006). "Oqsillarni mass-spektrometriya yordamida aniqlash uchun tezkor qo'pol filtrlash usuli". Bioinformatika. 22 (12): 1524–31. doi:10.1093 / bioinformatika / btl118. PMID  16585069.
  17. ^ Shahzoda, J.T .; Markotte, E. M. (2008). "mspire: Rubydagi mass-spektrometriya proteomikasi". Bioinformatika. 24 (23): 2796–7. doi:10.1093 / bioinformatics / btn513. PMC  2639276. PMID  18930952.
  18. ^ Ramakrishnan, S.R .; Vogel, C .; Shahzoda J. T .; Li, Z.; Penalva, L. O .; Myers, M .; Markotte, E. M.; Miranker, D. P. (2009). "Protein identifikatsiyasini yaxshilash uchun ov miltig'ining proteomikasi va mRNA ekspression ma'lumotlarini birlashtirish". Bioinformatika. 25 (11): 1397–1403. doi:10.1093 / bioinformatika / btp168. PMC  2682515. PMID  19318424.
  19. ^ Shahzoda, J.T .; Markotte, E. M. (2006). "ESI-LC-MS proteomikasi ma'lumotlar to'plamlarini buyurtma qilingan ikki tomonlama interpolyatsiya qilingan çözgülerle kromatografik tekislash". Analitik kimyo. 78 (17): 6140–6152. doi:10.1021 / ac0605344. PMID  16944896.
  20. ^ Shahzoda, J.T .; Karlson, M. V; Vang, R .; Lu, P.; Markotte, E. M. (2004). "Ommaviy proteomika omboriga ehtiyoj". Tabiat biotexnologiyasi. 22 (4): 471–2. doi:10.1038 / nbt0404-471. PMID  15085804. S2CID  3220616.
  21. ^ Lu, P.; Vogel, C .; Vang, R .; Yao, X .; Markotte, E. M. (2007). "Mutlaq oqsil ekspresiyasini profillashi transkripsiya va translyatsiya regulyatsiyasining nisbiy hissasini baholaydi". Tabiat biotexnologiyasi. 25 (1): 117–20. doi:10.1038 / nbt1270. PMID  17187058. S2CID  13061107.
  22. ^ Vogel, Kristin; Markotte, Edvard M. (2008). "Massalarning spektrometriyasi asosida oqsillarning mutanosib va ​​nisbiy ko'pligini hisoblash". Tabiat protokollari. 3 (9): 1444–1451. doi:10.1038 / nprot.2008.132. PMID  18772871. S2CID  17456044.
  23. ^ Vogel, Kristin; de Sousa Abreu, Rakel; Ko, Dajzin; Le, Shu ‐ Yun; Shapiro, Bryus A; Berns, Suzanna S; Sandxu, Devraj; Boutz, Daniel R; Markot, Edvard M.; Penalva, Luiz O (2010). "Ketma-ket imzolar va mRNK kontsentratsiyasi inson hujayra chizig'idagi oqsil ko'pligining uchdan ikki qismiga o'zgarishini tushuntirishi mumkin". Molekulyar tizimlar biologiyasi. 6: 400. doi:10.1038 / msb.2010.59. PMC  2947365. PMID  20739923.