GOLLD RNK motifi - GOLLD RNA motif - Wikipedia

GOLLD
RF02032.svg
Kelishuv ikkilamchi tuzilish va ketma-ketlikni saqlash ulkan, bezakli, ko'l va Laktobatsilalesdan olingan (GOLLD) RNK ning 3 'yarmidan
Identifikatorlar
BelgilarGOLLD
RfamRF02032
Boshqa ma'lumotlar
RNK turiGen
SOSO: 0001263
PDB tuzilmalarPDBe

Gigant, bezakli, ko'l va laktobakterillardan olingan (GOLLD) RNK saqlanib qolgan RNK mavjud tuzilish bakteriyalar. Dastlab GOLLD RNKlari aniqlangan metagenom ketma-ketliklari DNK dan ajratilgan Gatun ko'li Panamada.[1] Biroq, ular etishtirilgan bakteriyalarning kamida sakkizta shtammida mavjudligi ma'lum. GOLLD RNKlari konservalangan, murakkab bo'lgan boshqa RNKlarga nisbatan juda katta ikkilamchi tuzilish va o'rtacha 800 nukleotid. Bunday yirik, murakkab RNKlar tez-tez uchraydi ribozimlar, ammo GOLLD RNKlarining biokimyoviy funktsiyasi noma'lum bo'lib qolmoqda. Laboratoriya sharoitida asosan ishlov berilmagan bakteriyalar orasida GOLLD RNKlari kabi yirik RNKlarning topilishi shuni ko'rsatadiki, hali o'rganilmagan bakteriyalarda juda ko'p boshqa juda katta RNKlar bo'lishi mumkin.[1]

GOLLD RNK Lactobacillus brevis ATCC 367 eksperimental ravishda o'rganildi.[1] Ushbu GOLLD RNK a tomonidan kodlangan payg'ambarlik, va uning transkripsiyasi faj davomida oshiriladi litik tsikl. Shuning uchun, ushbu GOLLD RNK, ehtimol, ushbu jarayon davomida fag uchun foydali funktsiyani bajaradi. GOLLD RNKlari ko'pincha yaqinida joylashgan ko'chirish RNKlari (tRNA), ba'zi hollarda esa tRNK GOLLD RNK strukturasining o'zida bo'lishi taxmin qilinmoqda. Biroq, ushbu assotsiatsiya asosidagi biologik sabab tushunilmagan.[1]

Yaqinda kashf etilgan katta bakterial RNK ROOL RNK motifi, xususiyatlarini GOLLD RNKlari bilan bo'lishadi. Ushbu RNK motiflarining nisbatan katta o'lchamlari va yuqori darajada murakkabligi bilan bir qatorda, ularning ikkalasi ham ba'zida faqat profaglarda joylashgan va ko'pincha tRNKlarga yaqin joylashgan. Biroq, GOLLD va ROOL RNKlarining ketma-ketligi va tuzilmalari bir-biriga bog'liq emas.

The Rfam GOLLD RNK modeli GOLLD ning atigi 3 'yarmidan foydalanadi, chunki to'liq RNKning ushbu mintaqasi o'zining tuzilishiga juda mos keladi.

Adabiyotlar

  1. ^ a b v d Weinberg Z, Perreault J, Meyer MM, Breaker RR (dekabr 2009). "Bakterial metagenom tahlillari natijasida aniqlangan istisno tuzilgan kodlash bo'lmagan RNKlar". Tabiat. 462 (7273): 656–659. doi:10.1038 / nature08586. PMC  4140389. PMID  19956260.