ROOL RNK motifi - ROOL RNA motif - Wikipedia
| ROOL | |
|---|---|
 Kelishuv ikkilamchi tuzilish va ketma-ketlikni saqlash ROOL RNK | |
| Identifikatorlar | |
| Belgilar | ROOL |
| Rfam | RF03087 |
| Boshqa ma'lumotlar | |
| RNK turi | Gen; sRNK |
| SO | SO: 0001263 |
| PDB tuzilmalar | PDBe |
The Rumendan kelib chiqqan, bezakli, katta (ROOL) RNK motifi dastlab bioinformatika tomonidan tahlil qilish orqali topilgan metagenomik dan ketma-ketliklar sigir Rum.[1] ROOL RNKlari turli xillarda uchraydi bakterial turlari va, ehtimol, kodlamaydi oqsillar. RNK kompleksga ega RNK ikkilamchi tuzilishi va uning o'rtacha hajmi 581 nukleotid[1] bakterial kodlamaydigan RNKlar uchun juda katta. Bakterial RNK uchun bu katta o'lcham va tuzilish murakkabligi katta xususiyatlariga mos keladi ribozimlar.[2]
ROOL RNKlari mavjud payg'ambarlar va tozalangan fajlar, shuningdek, bakterial genomik fajlar bilan bog'liq bo'lmagan joylar.[1] ROOL RNKlari ham tez-tez yaqin joylashgan tRNKlar. ROOL RNKlarining katta o'lchamlari va murakkab ikkilamchi tuzilishi, ularning tRNK va faglar bilan birikishi bilan birlashtirilgan xususiyatlar GOLLD RNK motifi, boshqa bakterial kodlamaydigan RNK. Ushbu umumiy xususiyatlar tegishli funktsiyani taklif qilishi mumkin, ammo umumiylik boshqa sabablarga ko'ra paydo bo'lishi mumkin.[1]
ROOL RNKlari bakteriyalarda mavjud fitna Firmicutes, Fusobakteriyalar va Tenerikutlar,[1] yuqorida aytib o'tilganidek, faglar va sigir rumen metagenomlaridan tashqari. Firmicutes ichida ular bir nechta turlarda mavjud Klostridiya va ko'p sut kislotasi bakteriyalari, ayniqsa tur Laktobatsillus.
ROOL RNKlari Lactobacillus salivarius ifoda etishning juda yuqori darajalariga qarab mustaqil ravishda kashf etildi Lactobacillus salivarius UCC118[3] ROOL RNKlari turli shtammlarda Lactobacillus salivarius keyin o'rganildi; turli xil shtammlarda ROOL RNKlarining ekspression darajalarida juda katta diapazon mavjud va ba'zi shtammlar genomida bu RNKlarga ega emas.[3] ROOL RNKlari L. salivarius UC118 ba'zi bir o'sish sharoitida juda ko'pdir, kech statsionar bosqichda ular hatto undan ham oshib ketadi 16S ribosomal RNKlar.[3] ROOL RNKlari uchun eksperimental ravishda aniqlangan kattalik L. salivarius[3] bioinformatikaga asoslangan taklif qilingan RNK strukturasining o'lchamiga to'liq mos keladi.[1]
Adabiyotlar
- ^ a b v d e f Vaynberg, Zasha; Lünse, Kristina E.; Korbino, Keyt A .; Ems, Tayler D.; Nelson, Jeyms V.; Rot, Odam; Perkins, Kevin R.; Sherlock, Medeline E.; Breaker, Ronald R. (10 avgust 2017). "Intergenik mintaqalarning o'ziga xos pastki qismlarini qiyosiy tahlil qilish orqali 224 nomzodning tuzilgan RNKlarini aniqlash". Nuklein kislotalarni tadqiq qilish. 45 (18): 10811–10823. doi:10.1093 / nar / gkx699. PMC 5737381. PMID 28977401.
- ^ Weinberg Z, Perreault J, Meyer MM, Breaker RR (dekabr 2009). "Bakterial metagenom tahlillari natijasida aniqlangan istisno tuzilgan kodlash bo'lmagan RNKlar". Tabiat. 462 (7273): 656–659. doi:10.1038 / nature08586. PMC 4140389. PMID 19956260.
- ^ a b v d Kuzen, Fabien J.; Linch, Denis B.; Chuat, Viktoriya; Bourin, Maksens J. B.; Keysi, Pat G.; Dalmasso, Marion; Xarris, Xyu M. B.; Makken, Anjela; O'Toole, Pol V. (2017 yil 17-iyul). "Lactobacillus salivarius tarkibidagi uzoq va mo'l-ko'l kodlamaydigan RNK". Mikrobial genomika. 3 (9): e000126. doi:10.1099 / mgen.0.000126. PMC 5643018. PMID 29114404.
 | Bu molekulyar yoki hujayra biologiyasi maqola a naycha. Siz Vikipediyaga yordam berishingiz mumkin uni kengaytirish. |