IMES-2 RNK motifi - IMES-2 RNA motif - Wikipedia

IMES-2 RNKlarining konsensusli ikkinchi darajali tuzilishi. Ushbu ko'rsatkich avvalgi nashrning qo'shimcha ma'lumotlariga moslashtirilgan.[1]
HIMB114 alfaproteobakteriyasida bashorat qilingan IMES-2 RNK ikkilamchi tuzilishi. Nukleotidlar 5 ′ oxiridan boshlab raqamlanadi. "0 nt" yorlig'i tarkibida nukleotidlar yo'q.

The IMES-2 RNK motifi saqlanib qolgan RNK asosida olib borilgan tadqiqot natijasida aniqlangan tuzilish metagenomika va bioinformatika,[1] va asosiy RNK sekanslari shunga o'xshash oldingi tadqiqot natijasida mustaqil ravishda aniqlandi.[2] Ushbu RNKlar ekologik ketma-ketlikda mavjud va kashf qilinganda har qanday etishtiriladigan joyda mavjud bo'lishi ma'lum emas edi turlari. Biroq, IMES-2 RNKsi aniqlangan alfaproteobakteriya Da tasniflangan HIMB114 SAR11 qoplamasi ning dengiz bakteriyalari. Ushbu topilma IMES-2 RNKlaridan foydalanadigan turlarning eng yaqin bog'liqligi haqidagi ilgari bashoratlarga mos keladi alfaproteobakteriyalar.[2] IMES-2 RNKlari juda ko'p, chunki IMES-2 RNKlari ikki baravar ko'p topilgan ribosomalar[1] dan olingan RNKlarda tinch okeani.[2][3] Faqat ikkita bakterial RNK ma'lum (6S RNK va transfer RNK ) ribosomalarga qaraganda yuqori darajada transkripsiyalangan bo'lishi.

IMES-2 RNK ikkilamchi tuzilishi to'rttasini o'z ichiga oladi dastani halqasi tuzilmalar va bitta pseudoknot.

Adabiyotlar

  1. ^ a b v Weinberg Z, Perreault J, Meyer MM, Breaker RR (dekabr 2009). "Bakterial metagenom tahlillari natijasida aniqlangan istisno tuzilgan kodlash bo'lmagan RNKlar". Tabiat. 462 (7273): 656–659. doi:10.1038 / nature08586. PMC  4140389. PMID  19956260.
  2. ^ a b v Shi Y, Tayson GW, DeLong EF (2009 yil may). "Metatranskriptomika okean suvi ustunida noyob mikrobial kichik RNKlarni aniqlaydi". Tabiat. 459 (7244): 266–269. doi:10.1038 / nature08055. PMID  19444216.
  3. ^ Frias-Lopez J, Shi Y, Tayson GW va boshq. (2008 yil mart). "Okean sathidagi suvlarda mikroorganizmlarning gen ekspressioni". Proc. Natl. Akad. Ilmiy ish. AQSH. 105 (10): 3805–3810. doi:10.1073 / pnas.0708897105. PMC  2268829. PMID  18316740.