Atrof muhit namunalarida mavjud bo'lgan RNKlar - RNAs present in environmental samples

Turli xil kodlamaydigan RNKlar turlicha aniqlangan turlari fanga ma'lum bo'lgan organizmlarning. Shu bilan birga, RNKlar "metagenomika "namunalaridan olingan ketma-ketliklar DNK yoki RNK noma'lum turlarni o'z ichiga olgan atrof-muhitdan olingan. Ushbu sohadagi dastlabki ishlar aniqlandi gomologlar ma'lum bo'lgan bakterial Bunday metagenom namunalaridagi RNKlar.[1][2] Ushbu RNK ketma-ketliklarining ko'pi o'stirilgan bakteriyalar tarkibidagi ketma-ketliklardan ajralib turardi va ular tegishli bo'lgan RNK sinflari to'g'risida qo'shimcha ma'lumot olish imkoniyatini beradi.

Oldindan noma'lum bo'lgan RNKlarni aniqlash uchun aniq ekologik ketma-ketliklar ishlatilgan dengiz bakteriyasi Pelagibakteriyalar. P. ubique dengiz ketma-ketligida juda keng tarqalgan. Shunday qilib, olingan DNKning ketma-ketliklari okeanlar, ularning aksariyati muqarrar ravishda tegishli turlardan kelib chiqadi P. ubique, mumkin bo'lgan tahlilni osonlashtirish uchun foydalanilgan ikkilamchi tuzilmalar ushbu turda bashorat qilingan RNKlarning soni.[3]

Keyingi tadqiqotlar yangi RNKlarni faqat atrof-muhit namunalaridan olingan ketma-ketliklar yordamida aniqladi. Birinchi tadqiqotda mikrobial biomassadan to'g'ridan-to'g'ri ajratib olingan RNKlarning ketma-ketliklari aniqlandi tinch okeani.[4] Tadqiqotlar shuni ko'rsatdiki, chiqarilgan RNK molekulalarining katta qismi kodga o'xshamagan oqsil, ammo buning o'rniga izchil RNK ikkilamchi tuzilmalari saqlanib qoladi. Ularning bir nechtasi ma'lum bo'lgan kichik RNK ketma-ketlik oilalariga, shu jumladan riboswitches. Ushbu mikrobial kichik RNKlarning kattaroq qismi yangi, kodlashsiz, hali biron bir ma'lumotlar bazalarida tasvirlanmagan kichik RNKlarni ifodalaydi. Ikkinchi tadqiqotda turli xil muhitlardan olingan DNKning ketma-ketliklari ishlatilgan va ba'zi birlari orasida saqlanib qolgan RNK ikkilamchi tuzilmalari borligi haqida xulosa chiqarilgan. ushbu ketma-ketliklar.[5] Ikkala tadqiqot ham ma'lum bo'lgan biron bir organizmning o'sha paytda mavjud bo'lgan genom ketma-ketligida bo'lmagan RNKlarni aniqladi va ba'zi RNKlarning juda ko'pligini aniqladi.[4][5] Aslida, RNK sinflaridan ikkitasi ( IMES-1 RNK motifi va IMES-2 RNK motifi ) oshdi ribosomalar nusxadagi raqamda, bu bakteriyalardagi RNKlar orasida g'ayrioddiy. IMES-1 RNKlari qirg'oqda juda ko'p ekanligi aniqlandi Atlantika okeani turli xil texnikalardan foydalangan holda.

Atrof-muhit ketma-ketligi namunalarida aniqlangan RNKlarga quyidagilar kiradi IMES-1, IMES-3, IMES-4, Balina tushishi-1, potC, Termit-flg va Gut-1 RNK motiflari. Ushbu RNK tuzilmalari ma'lum bir turdagi genomda aniqlanmagan. The IMES-2 RNK motifi, GOLLD RNK motifi va manA RNK motifi atrof-muhitning DNK yoki RNK ketma-ketligi namunalari yordamida topilgan va ma'lum bo'lgan oz sonli turlarda mavjud. Dengiz muhitida qo'shimcha kodlamaydigan RNKlar bashorat qilinadi,[4] garchi ushbu boshqa nomzodlar uchun maxsus konservalangan ikkinchi darajali tuzilmalar nashr etilmagan bo'lsa ham. Boshqa konservalangan RNK tuzilmalari dastlab atrof-muhit ketma-ketligi ma'lumotlari yordamida aniqlandi, masalan glnA RNK motifi, ammo keyinchalik ko'plab etishtirilgan bakteriyalar turlarida aniqlangan.

Hozirgi kunda ma'lum bo'lgan turlar orasida aniqlanmagan RNKlarning topilishi, hozirgi vaqtda atrof-muhit namunalariga xos bo'lgan oqsil sinflarining topilmalarini aks ettiradi.[6]

Adabiyotlar

  1. ^ Kazanov MD, Vitreschak AG, Gelfand MS (2007). "Mikrobial jamoalarda riboswitchlarning ko'pligi va funktsional xilma-xilligi". BMC Genomics. 8: 347. doi:10.1186/1471-2164-8-347. PMC  2211319. PMID  17908319.
  2. ^ Barrick JE, Breaker RR (2007). "Metabolit bilan bog'laydigan riboswichlarning tarqalishi, mexanizmlari va tuzilmalari". Genom Biol. 8 (11): R239. doi:10.1186 / gb-2007-8-11-r239. PMC  2258182. PMID  17997835.
  3. ^ Meyer MM, Ames TD, Smit DP va boshq. (2009). "Dengiz organizmida nomzod tuzilgan RNKlarni aniqlash" Candidatus Pelagibacter ubique'". BMC Genomics. 10: 268. doi:10.1186/1471-2164-10-268. PMC  2704228. PMID  19531245.
  4. ^ a b v Shi Y, Tayson GW, DeLong EF (2009 yil may). "Metatranskriptomika okean suvi ustunida noyob mikrobial kichik RNKlarni aniqlaydi". Tabiat. 459 (7244): 266–9. doi:10.1038 / nature08055. PMID  19444216.
  5. ^ a b Weinberg Z, Perreault J, Meyer MM, Breaker RR (dekabr 2009). "Bakterial metagenom tahlillari natijasida aniqlangan istisno tuzilgan kodlash bo'lmagan RNKlar". Tabiat. 462 (7273): 656–9. doi:10.1038 / nature08586. PMC  4140389. PMID  19956260.
  6. ^ Yooseph S, Satton G, Rusch DB va boshq. (2007 yil mart). "Jodugar II global okean namunalari ekspeditsiyasi: oqsilli oilalar olamini kengaytirish". PLoS Biol. 5 (3): e16. doi:10.1371 / journal.pbio.0050016. PMC  1821046. PMID  17355171.