Integratsiyalashgan Genom brauzeri - Integrated Genome Browser - Wikipedia

Integratsiyalashgan Genom brauzeri (IGB)
9.1.0 versiyasi bosh ekrani
9.1.0 versiyasi bosh ekrani
Operatsion tizimUNIX, Linux, Mac, MS-Windows
TuriBioinformatika vositasi
LitsenziyaCPL 1.0
Veb-saytbioviz.org

Integratsiyalashgan Genom brauzeri (IGB) (Ig-Bee deb talaffuz qilinadi)[1] bu ochiq manbali genom brauzeri, a vizualizatsiya genomik ma'lumotlar to'plamidagi biologik-qiziqarli naqshlarni, shu jumladan ketma-ketlik ma'lumotlarini, gen modellarini kuzatish uchun ishlatiladigan vosita, hizalamalar va ma'lumotlar DNK mikroarraylari.

Tarix

Integratsiyalashgan Genom brauzeri birinchi bo'lib ishlab chiqilgan Affimetriya ularning olimlari va jamoat sektori hamkorlari uchun genom bo'ylab plitka massivlaridan ma'lumotlarni ingl. IGB-ning birinchi takrorlashlari mablag 'yordamida ishlab chiqilgan nih kompaniya olimlari Gregg Xelt va Tom Gingeralarga topshirildi. 2004 yilda Affymetrix Genomiz SDK, genom brauzer dasturlarini yaratish uchun grafik kutubxonasi bilan birgalikda IGB-ni ochiq kodli dasturiy ta'minot sifatida chiqardi. Kod bazasining birinchi chiqarilishi siqilgan fayl arxivi sifatida amalga oshirildi. Ko'p o'tmay, kod SourceForge-dagi yangi omborga import qilindi. O'shandan beri barcha rivojlanish ochiq manbali model ostida ommaviy ravishda davom etdi. 2008 yil boshida "Affymetrix" ning sobiq xodimi Ann Lorayn boshchiligidagi guruh Milliy Ilmiy Jamg'arma mablag'lari va UNC Charlotte-ning yangi tergovchilar mablag'lari yordamida IGB-ni ishlab chiqishni va saqlashni boshladi. O'shandan beri Loreyn, uning shogirdlari va hamkasblari ko'plab yangi xususiyatlar va imkoniyatlarni qo'shdilar, xususan yuqori mahsuldorlik ketma-ketligi ma'lumotlarini ingl. Illumina va boshqa platformalar. 2014 yilda ular manba kodini git havzasiga ko'chirishdi Bitbucket.

Tavsif

IGB Genoviz SDK-ning yuqori qismida qurilgan,[2] a Java dinamik, real vaqtda masshtabni kattalashtirish va genomik xaritada siljitish kabi asosiy vizuallashtirish funktsiyalarini amalga oshiradigan kutubxona, IGB brauzerining xususiyati, uni ko'plab shunga o'xshash vositalardan ajratib turadi.

IGB shuningdek, alohida laboratoriyalar ma'lumot almashish uchun ma'lumotlar manbai serverlarini sozlashi qulayligi, xususan, Dam olish -style veb-xizmatlari (Tarqatilgan izohlash tizimi ) va QuickLoad deb nomlangan oddiy fayl tizimiga asoslangan yondashuv.

Inson genomini ko'rsatadigan IGB 9.1.0

Qo'llab-quvvatlanadigan formatlar

IGB ma'lumotlarni o'nlab formatlarda o'qiydi, jumladan BAM, BED, Affimetriya CHP, FASTA, GFF, GTF, PSL, SGR va WIG. Eng dolzarb ro'yxat BioViz Wiki-da mavjud.

IGB vizual ma'lumotlarni ma'lumotlarni o'nlab formatlarda chiqarishi mumkin FreeHEP kutubxona. Bunga quyidagilar kiradi EPS, PostScript, PDF, EMF, SVG, SWF, CGM, GIF, PNG va PPM.

Adabiyotlar

  1. ^ Nicol JW, Helt GA, Blanchard SG, Raja A, Loraine AE (oktyabr 2009). "Birlashgan Genom brauzeri: genom miqyosidagi ma'lumotlar to'plamini tarqatish va o'rganish uchun bepul dastur". Bioinformatika. 25 (20): 2730–1. doi:10.1093 / bioinformatics / btp472. PMC  2759552. PMID  19654113.
  2. ^ Helt GA, Nicol JW, Erwin E va boshq. (2009 yil 25-avgust). "Genoviz Software Development Kit: Genomika vizualizatsiyasini yaratish uchun Java vositalar to'plami". BMC Bioinformatika. 10: 266. doi:10.1186/1471-2105-10-266. PMC  2746221. PMID  19706180.

Tashqi havolalar