Mass-spektrometriya dasturlari ro'yxati - List of mass spectrometry software

Mass-spektrometriya dasturi bu dasturiy ta'minot ma'lumotlar yig'ish uchun ishlatiladi,[1] tahlil qilish yoki vakili mass-spektrometriya.

Proteomika dasturi

Qo'shimcha ma'lumotlar: oqsil massasi spektrometriyasi

Oqsil massa spektrometriyasida, tandem mass-spektrometriyasi (shuningdek, MS / MS yoki MS deb nomlanadi2) uchun tajribalardan foydalaniladi oqsil /peptid identifikatsiya. Peptidlarni aniqlash algoritmlari ikkita keng sinfga bo'linadi: ma'lumotlar bazasini qidirish va de novo qidirmoq. Avvalgi qidiruv barcha ma'lumotlarni o'z ichiga olgan ma'lumotlar bazasiga nisbatan amalga oshiriladi aminokislota ketma-ketliklar tahlil qilingan namunada mavjud deb taxmin qilingan bo'lsa, ikkinchisi peptidlar ketma-ketligini bilmasdan keltirib chiqaradi genomik ma'lumotlar.

Ma'lumotlar bazasini qidirish algoritmlari

IsmTuriTavsif
ProSightPC va ProSightPDmulkiyProSightPC / PD - bu peptid va protein tandem mass-spektrometriya ma'lumotlarini UniProt-dan olingan ma'lumotlar bazalariga nisbatan qidirish uchun dasturiy vositalar. Bilim proteoformlari to'plamidan foydalanib, dasturiy ta'minot ma'lum proteoform maydonini samarali qidirib, proteoformlarni aniqlaydi va tavsiflaydi.
Mavzuochiq manbaTopPIC (Proteoform identifikatsiya qilish va tavsiflashga asoslangan yuqoridan pastga qarab massa spektrometriyasi) proteoformlarni oqsillar ketma-ketligi ma'lumotlar bazasiga nisbatan yuqoridan pastga qarab tandem massa spektrlarini izlash orqali aniqlaydi va tavsiflaydi. TopPIC - MS-Align + ning davomchisi. Muteolar va tarjimadan keyingi modifikatsiyalar (PTM) kabi kutilmagan o'zgarishlar bilan proteoformlarni samarali ravishda aniqlaydi, identifikatsiyaning statistik ahamiyatini aniq baholaydi va noma'lum massa siljishlari bilan xabar qilingan proteoformlarni tavsiflaydi. Tezlik, sezgirlik va aniqlikni oshirish uchun indekslar, spektrlarni tekislash, avlod funktsiyalari usullari va modifikatsiyani identifikatsiya qilish skori (MIScore) kabi bir nechta texnikadan foydalaniladi.[2]
TopMGochiq manbaTopMG (Mass Graphs yordamida yuqoridan pastga massa spektrometriyasi asosida proteoform identifikatsiyalash) - bu ultra modifikatsiyalangan proteoformlarni oqsillar ketma-ketligi ma'lumotlar bazasi bo'yicha yuqoridan pastga tandem massa spektrlarini qidirish orqali aniqlash uchun dasturiy ta'minot vositasi. U proteoformlarni bir nechta o'zgaruvchan PTMlar va giston proteoformlari va fosforillanganlar kabi kutilmagan o'zgarishlar bilan aniqlashga qodir. Proteoform identifikatsiyalash tezligi va sezgirligini oshirish uchun bir nechta o'zgaruvchan PTM'larga ega nomzod proteoformlarini samarali ravishda namoyish etadigan ommaviy grafikalardan foydalaniladi. Bundan tashqari, oqsillar ketma-ketligini filtrlash uchun taxminiy spektrga asoslangan filtrlash usullari va identifikatsiyaning statistik ahamiyatini baholash uchun Markov zanjiri Monte-Karlo usuli (TopMCMC) qo'llaniladi.[3]
Andromeda (MaxQuantning bir qismi)bepul dasturAndromeda - bu ehtimollik skoriga asoslangan peptid qidiruvi. Proteom ma'lumotlariga ko'ra, Andromeda maqsadli aldashni qidirish asosida sezgirlik va o'ziga xoslik tahlili asosida baholanadigan keng tarqalgan tijorat qidiruvi Mascot bilan bir qatorda o'z faoliyatini ham amalga oshiradi. Ma'lumotlarni o'zboshimchalik bilan yuqori qismli massa aniqligi bilan boshqarishi mumkin, yuqori fosforillangan peptidlar kabi tarjimadan keyingi modifikatsiyalarning murakkab naqshlarini tayinlashi va to'plashi mumkin va juda katta ma'lumotlar bazalarini joylashtiradi. Andromeda mustaqil ravishda ishlashi yoki MaxQuant-ga qo'shilishi mumkin. Ushbu kombinatsiya statsionar kompyuterda katta ma'lumotlar to'plamlarini tahlil qilishga imkon beradi. Birgalikda parchalangan peptidlarni aniqlash aniqlangan peptidlar sonini yaxshilaydi. Yurgen Koks va boshqalar tomonidan ishlab chiqilgan Maks Plank nomidagi biokimyo instituti.[4]
ByonikmulkiyMa'lumotlar bazasini qidirish algoritmi 2011 yilda Protein Metrics Inc. tomonidan ishlab chiqilgan va ishlab chiqilgan PARC[5] MS / MS ma'lumotlarini barcha turdagi asboblardan qidiradigan va Combyne dasturidan foydalanadigan,[6] peptid identifikatsiyasini birlashtirgan oqsil ballari va identifikatsiya qilish ehtimollarini ishlab chiqarish uchun.
Kometaochiq manbaDa yaratilgan ma'lumotlar bazasini qidirish algoritmi Vashington universiteti Windows va Linux uchun mavjud. Kometa MS / MS ma'lumotlar bazasini qidirishni amalga oshiradigan bitta buyruq qatori ikkilik ekanligini unutmang. U ba'zi qo'llab-quvvatlanadigan kirish formatida spektrlarni oladi va .pep.xml, .pin.xml, .sqt va / yoki .out fayllarini yozadi. Kometa natijalaridan foydalanish uchun sizga boshqa biron bir qo'llab-quvvatlash vositasi kerak bo'ladi (faqat Windows uchun GUI mavjud).[7]
Tide (Crux-ni qayta yozish)ochiq manbaTide pandidlarni tandem massa spektrlaridan aniqlash vositasi. Bu kuzatilgan spektrlarni ma'lum oqsillar ma'lumotlar bazasidan silikoda olingan nazariy spektrlar katalogi bilan taqqoslash orqali peptidlarni aniqlaydigan SEQUEST algoritmini mustaqil ravishda amalga oshirish. Tide-ning bevosita ajdodi Crux, ammo Tide SEKUEST XCorr ballarini takrorlash bilan birga tezlikni ming baravar oshirishga erishish uchun butunlay qayta ishlab chiqilgan. Da ishlab chiqilgan Vashington universiteti.[8]
Greylagochiq manbaDa yaratilgan ma'lumotlar bazasini qidirish algoritmi Stowers tibbiyot tadqiqotlari instituti bo'yicha katta qidiruvlarni amalga oshirish uchun mo'ljallangan hisoblash klasterlari yuzlab tugunlarga ega.
InsPecTochiq manbaDa mavjud bo'lgan MS-hizalama qidirish algoritmi Hisoblash massa spektrometriyasi markazi Kaliforniya universitetida, San-Diego[9]
MascotmulkiyKuzatilgan va prognoz qilinayotgan peptid parchalari orasidagi o'yinlarni statistik baholash orqali ommaviy spektrometriya ma'lumotlarini tahlilini amalga oshiradi.[10]
MassMatrixbepul dasturMassMatrix - tandem mass-spektrometrik ma'lumotlar uchun ma'lumotlar bazasini qidirish algoritmi. Bu peptid va oqsil gugurtlarini saralash uchun massa aniqligiga sezgir ehtimollik skorlama modelidan foydalanadi.
MassWizochiq manbaQidiruv algoritmi Genomika va integral biologiya instituti windows buyruqlar vositasi sifatida mavjud.
MS-GF +ochiq manbaMS-GF + (aka MSGF + yoki MSGFPlus) peptid identifikatsiyasini oqsillar ketma-ketligi ma'lumotlar bazasidan olingan peptidlarga qarshi MS / MS spektrlarini skorlash orqali amalga oshiradi. U HUPO PSI standart kirish faylini (mzML) qo'llab-quvvatlaydi va natijalarni mzIdentML formatida saqlaydi, ammo natijalarni TSV ga osongina o'zgartirish mumkin. ProteomeXchange MS-GF + qidiruv natijalari yordamida ma'lumotlarni to'liq yuborishni qo'llab-quvvatlaydi. Da ishlab chiqilgan Hisoblash massa spektrometriyasi markazi San-Diego Kaliforniya Universitetida, keyinchalik ishlagan Tinch okeanining shimoli-g'arbiy milliy laboratoriyasi (PNNL)
MSFraggerbepul dasturParchalarni ionli indeksatsiyalash asosida ma'lumotlar bazasini tezkor qidirish. Ochiq (massaga chidamli) izlashga qodir tarjimadan keyingi modifikatsiya kashfiyot, O va N bilan bog'liq glikoproteomika ma'lumotlar bazasida an'anaviy izlanishlarga qo'shimcha ravishda qidiruvlar, yarim va fermentativ bo'lmagan qidiruvlar. Da ishlab chiqilgan Michigan universiteti.[11]
MyriMatchochiq manbaDa yaratilgan ma'lumotlar bazasini qidirish dasturi Vanderbilt universiteti tibbiyot markazi bitta kompyuter muhitida yoki ishlov berish tugunlarining butun klasterida ishlashga mo'ljallangan.[12]
MS-LAMPOchiq manbaLipidlarning elektrosprey ionizatsiyasi (ESI) va / yoki matritsa yordamida lazer desorbsiyasi va ionizatsiyasi (MALDI) izohlashda yordam beradigan mustaqil dastur.[13]
OMSSAbepul dasturOchiq massa spektrometriyasini qidirish algoritmi (OMSSA) ma'lum oqsillar ketma-ketligi kutubxonalarini qidirish orqali MS / MS peptid spektrlarini aniqlash uchun samarali qidiruv tizimidir. OMSSA, klassik gipoteza testi yordamida ishlab chiqilgan ehtimollik baliga ega bo'lgan muhim xitlarni, xuddi shu BLASTda qo'llanilgan statistik usulni qo'llaydi. U da ishlab chiqilgan Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi.[14][15]
PEAKS JBmulkiyMa'lumotlar bazasini qidirish mexanizmi, qidiruv natijalarini avtomatik ravishda tasdiqlash uchun de novo ketma-ketligi bilan parallel ravishda ishlaydi va ma'lum bir yolg'on kashfiyot darajasi uchun topilgan ketma-ketliklar sonini ko'paytirishga imkon beradi. Ma'lumotlar bazasini mustaqil ravishda qidirishni ta'minlashdan tashqari, natijalar dasturiy ta'minotning ko'p motorli (Sequest, Mascot, X! Tandem, OMSSA, PEAKS DB) konsensus hisoboti vositasi, inChorus tarkibiga kiritilishi mumkin.[16] Ushbu vosita shuningdek, faqat de novo ketma-ketlik bilan aniqlangan ketma-ketliklar ro'yxatini taqdim etadi.
pFindbepul dasturpFind Studio - bu ommaviy spektrometriyaga asoslangan proteomika uchun hisoblash echimi bo'lib, u 2002 yilda Xitoy Fanlar Akademiyasining Hisoblash texnologiyalari institutida, Pekin, Xitoyda o'sib chiqqan.
FeniksmulkiyBilan hamkorlikda Jeneva Bioinformatics (GeneBio) tomonidan ishlab chiqilgan Shveytsariya bioinformatika instituti (SIB). Phenyx OLAV-ni o'z ichiga oladi, bu statistik skorlash modellari oilasi bo'lib, barcha turdagi asboblar, moslamalarni sozlash va umumiy namunali muolajalar uchun moslashtiriladigan skorlama sxemalarini yaratish va optimallashtirish uchun.[17]
ProbIDochiq manbaPI - tandem massa spektrini tahlil qilish bo'yicha kuchli to'plam. ProbID tandem massa spektrini, shu jumladan parchalanish qoidalari, dekoltega ustunlik, neytral yo'qotishlar va boshqalarni chuqur tahlil qilish zarurligini qondirishga intilmoqda, Xitoy Fanlar Akademiyasi, Xitoy Fanlar Akademiyasi Hisoblash texnologiyalari instituti Bioinformatika guruhida ishlab chiqilgan.[18]
ProLuCIDbepul dasturProLuCID - bu tez va sezgir tandem massa spektrlariga asoslangan oqsillarni aniqlash dasturi, Tao Xu va boshqalar tomonidan Scripps tadqiqot instituti Yates laboratoriyasida ishlab chiqilgan.[19]
ProteinPilot dasturimulkiyYuzlab modifikatsiyani, triptik bo'lmagan dekoltsiyalarni va aminokislotalarni almashtirishni hisobga olgan holda peptid identifikatsiyasini ta'minlash uchun ketma-ketlik harorat qiymatlarini hisoblash va xususiyatlar ehtimolligini taxmin qilish uchun qisqa ketma-ketlik teglarini ("tagletlar") yaratishni birlashtirgan Paragon ma'lumotlar bazasini qidirish algoritmidan foydalanadi. Peptid dalillari asosida oqlangan minimal oqsillar to'plami haqida xabar berish uchun oqsillarni tahlil qilish uchun Pro Group algoritmidan foydalanadi. Yorliqlarga asoslangan ish oqimlari (iTRAQ reaktivlari, mTRAQ reaktivlari va SILAC yorlig'i) uchun miqdoriy ko'rsatkichlarni qo'llab-quvvatlaydi. Tarjima qatlami foydalanuvchi interfeysi boshqaruvini proteomika eksperimental olimi tilidagi asosiy informatika parametrlariga o'tkazadi.[20]
Proteinlarni qidiruvchiochiq manbaProtein Prospector - bu ishlab chiqarilgan yigirmaga yaqin proteomik tahlil vositalaridan iborat to'plamdir Kaliforniya San-Fransisko universiteti. Tandem mass-spektrometriyasini qidirish dasturi Batch-Tag / Batch-Tag Web bo'lib, natijalari Search Compare yordamida qayta ishlanadi va namoyish etiladi. Har xil turdagi ma'lumotlarni tahlil qilishni optimallashtirish uchun asboblar va parchalanish rejimiga mos skorlama tizimlaridan foydalaniladi.
RAIdyo'qolganMilliy Biotexnologiya Axborot Markazida ishlab chiqilgan, ishonchli aniq identifikatsiya (RAId)[21] tandem mass-spektrometriya ma'lumotlarini aniq statistika bilan tahlil qilish uchun proteomika vositalarining to'plamidir.[22]
SEKVESTmulkiyMa'lumotlar bazalaridan hosil bo'lgan pandidli ketma-ketlikdagi tandem massa spektrlari to'plamlarini aniqlaydi oqsil ketma-ketliklar.[23]
SIM kartalarochiq manbaSIMS (ketma-ket intervalli motiflarni qidirish) - bu tandem massa spektrlari bo'yicha cheklanmagan PTM qidiruvini amalga oshirish uchun dasturiy ta'minot dizayni; foydalanuvchilar potentsial PTM-larni tavsiflashlari shart emas. Buning o'rniga, foydalanuvchilar faqat har bir alohida aminokislota uchun modifikatsiya massasini belgilashlari kerak.[24]
SimTandembepul dasturLC / MS / MS ma'lumotlaridan peptidlar ketma-ketligini aniqlash uchun ma'lumotlar bazasi qidiruvi; vosita tashqi vosita sifatida ishlatilishi mumkin OpenMS / TOPP.[25]
SQIDochiq manbaSeQuence IDentification (SQID) - tandem mass-spektrometriyasi uchun intensivlikka kiritilgan oqsillarni aniqlash algoritmi.
X! Tandemochiq manbaTandem massa spektrlarini peptidlar ketma-ketligi bilan mos keladi.
WsearchVS2020bepul dasturTijorat MS asboblarida olingan spektrlarni namoyish eta oladigan ma'lumotlarni tahlil qilish dasturi. Shuningdek, NIST tijorat ma'lumotlar bazasini qidirishi / moslashtirishi mumkin

De novo ketma-ketlikni algoritmlari

De novo peptidlarni tartiblash algoritmlari, umuman olganda, Bartelsda taklif qilingan yondashuvga asoslanadi va boshq. (1990).[26]

IsmTuriTavsif
CycloBranchochiq manbaRivozomal bo'lmagan peptidlarni (chiziqli, tsiklik, tarvaqaylab va tarmoqli-tsiklikli) aniq mahsulot ion spektrlaridan aniqlash uchun mustaqil, o'zaro faoliyat platforma va ochiq manbali de novo dvigatel.[27]
DeNovoXmulkiyTo'liq va / yoki qisman peptidlar ketma-ketligini (ketma-ketlik teglari) etkazib beradigan ion ushlagichli mass-spektrometrlar bilan olingan CID spektrlarida yangi ketma-ketlik.[28]
DeNoSSAPR va ECD spektrlaridan olingan barcha ma'lumotlar yordamida peptidlarni ketma-ketligi; Proteinmatching Analysis Software (PAS) dasturiy vositasining bir qismi, bu o'z navbatida Medicwave Bioinformatics Suite (MBS) dasturiy ta'minotining bir qismidir.[29]
Lutefiskochiq manbaPID-CID spektrlarini novo-talqin qilish uchun dasturiy ta'minot.
Novormulkiy, akademik tadqiqotlar uchun bepulHaqiqiy vaqtda de novo peptidlarni ketma-ketlikni qidiruvi, bu tezkor, aniq va tadqiqot quvurlariga qo'shilishi oson. Novor MacBook Pro noutbukida soniyasiga 300 MS / MS spektridan ko'proq ketma-ketlikni ketkazishi mumkin.[30]
PeaksmulkiyHar bir peptid uchun ketma-ketlikni ketma-ketlashtirish, qo'lda yordam beradigan rejim bilan aminokislota tayinlash bo'yicha individual ko'rsatkichlar va butun LCda avtomatlashtirilgan novo ketma-ketlikni qayta ishlash ma'lumotlari soniyasiga 1 spektrdan tezroq ishlaydi.[31][32]
SupernovomulkiyMonoklonal antikorlarni uchidan uchigacha tartiblash uchun noyob, qo'llarsiz echim

Gomologik qidirish algoritmlari

IsmTuriTavsif
MS-homologiyaochiq manbaMS-Homology - bu Protein Prospector to'plamidagi ma'lumotlar bazasini qidirish dasturi, bu massalar va aminokislotalarning cho'zilishini birlashtirgan satrlarni qidirishga imkon beradi, bu erda aminokislotalarning nomuvofiqligi sonini ko'rsatish mumkin.
O'rgimchakmulkiySPIDER algoritmi oqsil va peptidni aniqlash maqsadida ma'lumotlar bazasi ketma-ketliklarida xatolar bilan ketma-ketlik yorliqlariga mos keladi va PEAKS mass-spektrometriya ma'lumotlarini tahlil qilish dasturi bilan birgalikda ishlatilishi mumkin.

MS / MS peptid miqdorini aniqlash

Qo'shimcha ma'lumotlar: Miqdoriy proteomika
IsmTuriTavsif
MarkerView dasturimulkiyMetabolikalar va proteomik profillar qo'llanmalaridan olingan miqdoriy massaviy ma'lumotlar to'plamlari uchun statistik tahlil uchun tijorat dasturiy ta'minot.
Mascot DistillermulkiyPik yig'ish va xom ma'lumotlarni oldindan qayta ishlash uchun dasturiy ta'minot. Uchun ixtiyoriy asboblar qutisi mavjud yorliqsiz miqdoriy miqdor shu qatorda; shu bilan birga izobarik yorliq va izotopik yorliq. Barcha yirik asbob sotuvchilarning xom fayl formatlarini qo'llab-quvvatlaydi.
Mascot ServermulkiyQidiruv tizim kantifikatsiyani qo'llab-quvvatlaydi izobarik yorliq barcha kerakli ma'lumotlar MS / MS spektrining bir qismi ekan.
MassChroQochiq manbaPeptid miqdorini tahlil qilish yorliq bepul yoki turli xil izotopik yorliq usullar (SILAC, ICAT, N-15, C-13…), yuqori va past aniqlikdagi spektrometr tizimlari bilan ishlaydi, LC-MS tahlilidan oldin (SCX, SDS-PAGE va boshqalar) peptid yoki oqsillarni fraktsionlash kabi murakkab ma'lumotlarni davolashni qo'llab-quvvatlaydi.
MaxQuantbepul dasturYurgen Koks va boshqalar tomonidan ishlab chiqilgan miqdoriy proteomik dastur Maks Plank nomidagi biokimyo instituti yilda Martinsried, Germaniya yozilgan C # tahlil qilishga imkon beradi yorliq bepul va SILAC asoslangan proteomika tajribalari.
MultiQuant dasturimulkiyMRM va shu jumladan TripleTOF yoki QTRAP tizimlaridan miqdoriy ma'lumotlar to'plamlarini qayta ishlashi mumkin SWATH sotib olish.
OpenMS / TOPPochiq manbaLC-MS / MS ma'lumotlarini boshqarish va tahlil qilish uchun dasturiy ta'minot C ++ kutubxonasi, bu mass-spektrometriya bilan bog'liq dasturiy ta'minotni ishlab chiqish uchun infratuzilmani taqdim etadi. Peptid va metabolit miqdorini aniqlashga imkon beradi yorliqsiz va izotopik yorliqlarga asoslangan miqdoriy ko'rsatkichlar (masalan iTRAQ va TMT va SILAC ) shuningdek maqsadli SWATH-MS miqdoriy miqdor.[33]
OpenPIPveb-sayt, ochiq kirishOpenPIP - bu InterVenn Bioscience tomonidan ishlab chiqarilgan, ko'p reaktsiyalarni kuzatish (MRM) tajribalarida erishilgan eng yuqori darajalarni birlashtirish uchun ishlab chiqilgan, ochiq kirish, veb-ga asoslangan vosita. Dastur takroriy neyron tarmoqlari tomonidan quvvatlanadi va qo'lda izohlangan xromatografik cho'qqilarning katta to'plamida o'rganilgan.
ProtMaxbepul dasturProtMAX[34] Vena Universitetida Volker Egelhofer tomonidan ishlab chiqilgan ov miltig'i proteomikasi mass-spektrometriya ma'lumotlar to'plamini tahlil qilish uchun dasturiy ta'minot.
SpektronavtmulkiyBiognosys AG (Shlieren, Shveytsariya) tomonidan mProphet algoritmi asosida ishlab chiqarilgan miqdoriy proteomika uchun tijorat dasturiy ta'minot[35] bu maqsadli tahlil qilish imkonini beradi ma'lumotlarni mustaqil ravishda yig'ish (DIA) SWATH sotib olish deb ham ataladigan yorliqsiz peptid miqdorini aniqlash uchun ma'lumotlar to'plamlari.[36]
Skylineochiq manbaVashington Universitetining MacCoss laboratoriyasida ishlab chiqilgan ochiq kodli (Apache 2.0) Windows mijoz dasturi[37] Tanlangan Reaksiya Monitoringi (SRM) / Ko'p Reaksiya Monitoringi (MRM), Parallel Reaksiya Monitoringi (PRM - Maqsadli MS / MS), Ma'lumotlarni Mustaqil Olish (DIA / SWATH) va MS1 miqdoriy usullari bilan maqsadli DDA va natijada olingan mass-spektrometrni qurishni qo'llab-quvvatlaydi. ma'lumotlar.
SWATH dasturi 2.0mulkiyPeakView-da tijorat dasturiy ta'minotni qayta ishlash vositasi, bu ma'lumotlarni aniq maqsadli qayta ishlashga imkon beradi SWATH sotib olish ma'lumotlari. Protein / peptid ionlari kutubxonasidan foydalangan holda fragmentli ion ekstraktsiyalangan ionli xromatogrammalar (XIC) hosil bo'ladi, ularni kutubxonadan peptidlar uchun belgilanadi va miqdoriy aniqlaydi. Soxta kashfiyot darajasi (FDR) tahlilidan so'ng natijalar filtrlanadi va statistik tahlil uchun miqdoriy peptid / oqsil ma'lumotlari eksport qilinishi mumkin.
BACIQochiq manbaBACIQ - bu peptid intensivligini va peptidni o'lchash kelishuvini oqsil nisbati (BACIQ) ishonch oralig'iga birlashtiradigan matematik jihatdan qat'iy yondashuv. BACIQ ning asosiy afzalliklari quyidagilardan iborat: 1) o'zboshimchalik bilan uzilish asosida xabar qilingan peptid signalini cheklash zaruratini yo'q qiladi va shu bilan berilgan tajribadan ko'proq o'lchovlar haqida xabar beradi; 2) ishonchni takroriy nusxalarsiz tayinlash mumkin; 3) takroriy tajribalar uchun BACIQ miqdoriy oqsillarning kesishishi emas, balki birlashishi uchun ishonch oraliqlarini beradi; 4) takroriy eksperimentlar uchun BACIQ ishonch oraliqlari oqsillarni o'lchash kelishuviga asoslangan ishonch oralig'iga qaraganda ancha bashorat qiladi.

Boshqa dasturiy ta'minot

IsmTuriTavsif
Salommiqdorochiq manbaProteoform stokiometriyalarini pastdan yuqoriga qarab aniqlashning birinchi tamoyillari modeli va algoritmi.[38]
TopFDochiq manbaTopFD (Top-down mass spectral Feature Detection) - yuqoridan pastga qarab spektral dekonvolyutsiya uchun dasturiy ta'minot vositasi va MS-Deconvning davomchisi. U yuqoridan pastga qarab spektral cho'qqilarni izotopomer konvertlarga guruhlaydi va izotopomer konvertlarni monoizotopik neytral massalarga aylantiradi. Bundan tashqari, u LC-MS yoki CE-MS ma'lumotlaridan proteoform xususiyatlarini chiqaradi.
Clover Biosoft ijodkorimulkiy(Sun'iy Intelligence Straing Typing) MALDI-TOF MS ma'lumotlarini tahlil qilish va sun'iy intellekt va mashinani o'rganish algoritmlariga asoslangan biomarkerni topish vositalari. ArtIST - bu onlayn xizmat.
Ilg'or kimyo taraqqiyotimulkiyMS va xC / MS ma'lumotlarini spektr / tuzilish mosligi bilan izohlash, ma'lum va noma'lum metabolitlarni aniqlash, shuningdek spektral taqqoslash orqali birikmalarni aniqlash uchun tijorat echimlari.
TahlilchimulkiyAB Sciex tomonidan yaratilgan dastur, The bo'limi Danaher korporatsiyasi.
AnalyzerPromulkiySotuvchidan mustaqil dasturiy ta'minot SpectralWorks mass-spektrometriya ma'lumotlarini qayta ishlash uchun. U ma'lumotlarni sifatli va miqdoriy qayta ishlash yordamida GC-MS va LC-MS ma'lumotlarini qayta ishlashi mumkin va bir nechta ma'lumotlar to'plamlarini taqqoslash uchun MatrixAnalyzer yordamida metabolomikada qo'llaniladi. Yaqinda kengaytirilgan statistik tahlil va vizualizatsiya vositalari (PCA). AnalyzerPro XD GCxGC-MS kabi 2 o'lchovli ma'lumotlarni qayta ishlashni qo'llab-quvvatlaydigan 64 bitli versiya.
CFM-identifikatoriochiq manbaIn-silico ESI-MS / MS spektrlarini prognoz qilish, MS / MS spektrlarini izohlash va MS / MS spektri asosida birikmalarni identifikatsiyalash uchun dasturiy ta'minot. Yilda ishlab chiqilgan Wishartlab[39][40][41][42]
ChromeleonmulkiyDasturiy ta'minot tomonidan Termo Fisher ilmiy mass-spektrometriya asboblari, shuningdek xromatografiya asboblari bilan ishlatiladi.
Crosslinxochiq manbaMzML fayllaridan o'zaro bog'langan peptidlarni aniqlang. Python skript yoki Linux va Windows uchun mustaqil bajariladigan dasturlar. Ikki bosqichli yondashuv bilan katta ma'lumotlar bazalari uchun mumkin.[43]
DeNovoGUIochiq manbaNovor va PepNovo + dasturiy ta'minot vositalarining paralellashtirilgan versiyalarini ishlatish uchun grafik foydalanuvchi interfeysiga ega dasturiy ta'minot.[44]
Easotopochiq manbaMass-spektrometr ma'lumotlarini arxivlash, tartibga solish va tahlil qilish uchun dasturiy ta'minot. Hozirgi vaqtda to'plangan CO tomon yo'naltirilgan2 tahlil qilish, ammo katta miqdordagi CO uchun ham foydali2 ish va boshqa izotopik tizimlarga kengaytirilishi mumkin.
[El-MAVEN]ochiq manbaliTomonidan ish stoli dasturlari Elucidata ochiq formatdagi (mzXML, mzML, CDF) LC-MS, GC-MS va LC-MS / MS ma'lumotlarini qayta ishlash uchun. Dasturda saqlash uchun bulutli platformaga integratsiyalashgan grafik va buyruq satrlari interfeysi mavjud bo'lib, nisbiy oqim va miqdorlarni aniqlash kabi keyingi tahlillar mavjud.[45]
ESIprotOqsillarning past aniqlikdagi elektrosprey ionlashuvi (ESI) mass-spektrometriyasi (MS) ma'lumotlari uchun zaryad holatini aniqlash va molekulyar og'irlikni hisoblash imkonini beradi.[46]
EkspressionistmulkiyTomonidan korporativ dasturiy ta'minot echimi Genedata bioterapevtikani tavsiflash, sifatni monitoring qilish va tegishli proteomika va metabolomikani qo'llash kabi dastur sohalarida ommaviy spektrometriya ma'lumotlarini qayta ishlash, tahlil qilish va hisobot berish uchun.
KnowItAll Spektroskopiya dasturi va ommaviy spektral kutubxonamulkiyDasturiy ta'minot Vili mass-spektrometriya uchun echimlar, shu jumladan: spektral tahlil, ma'lumotlar bazasini qidirish (spektr, tuzilish, tepalik, xususiyat va boshqalar), qayta ishlash, ma'lumotlar bazasini yaratish (MS yoki IR, Raman, NMR, UV, Kromatogrammalar, shu jumladan bir nechta texnik vositalar), spektral ayirish va ortiqcha hisobot berish vositalari va ChemWindow tuzilish chizmasi.
LabSolutions LCMSmulkiyDasturiy ta'minot tomonidan Shimadzu korporatsiyasi mass-spektrometriya va HPLC asboblari bilan ishlatiladi.
Massa ++ochiq manbaOchiq formatdagi (mzXML, mzML) fayllarni import qilish va eksport qilish va ba'zi bir asbob-uskunalar sotuvchisi formatlarini yuklashi mumkin bo'lgan ommaviy spektrometriya uchun tahliliy dastur; foydalanuvchilar Mass ++ plaginlari sifatida original funktsiyalarni ishlab chiqishi va qo'shishi mumkin.
MassBank.jpveb-saytIlmiy Bioscience instituti tomonidan joylashtirilgan veb-sayt, yilda Keio universiteti, Tsuruoka shahri, Yamagata, Yaponiya, organik birikmalar uchun mass-spektrometrik ma'lumotlar bilan.
MassBank.euveb-saytEvropa MassBank-server. Veb-sayt saqlanadi va joylashtiriladi Helmholtz atrof-muhit tadqiqotlari markazi (Leypsig, Germaniya)
MassBankochiq manbaMassBank va RMassBankni rivojlantirish veb-sayti MassBank konsortsiumi tomonidan taqdim etilgan. MassBank ma'lumotlari Creative Commons litsenziyasi asosida taqsimlanadi.
MassCentermulkiyDasturiy ta'minot tomonidan JEOL mass-spektrometriya asboblari bilan ishlatiladi.
Ommaviy chegaramulkiyDasturiy ta'minot tomonidan HighChem kichik molekulalarning massa spektrlarini talqin qilish va boshqarish uchun ishlatiladi.
MassLynxmulkiyDasturiy ta'minot tomonidan Waters Corporation.
MassMapmulkiyMS ma'lumotlarini avtomatlashtirilgan baholash uchun umumiy dasturiy ta'minot to'plami MassMap GmbH & Co. KG, har qanday molekulalarning LC / MS va GC / MS ma'lumotlariga, oqsillarning buzilmagan massa spektrlarini tahlil qilishga, umumiy HDX eksperimentlarini va peptidlarning HDX fragmentlarini tahlil qilish uchun mos, kutilmagan / noma'lumlikni aniqlash uchun maxsus usul. juda murakkab aralashmalardagi tarkibiy qismlar.
Mass-Upochiq manbaliMZML, mzXML va CSV fayllaridan ma'lumotlarni yuklaydigan va foydalanuvchilarga boshlang'ich tuzatish, normallashtirish, tekislash, tepalikni aniqlash va eng yuqori darajadagi mosliklarni qo'llashga imkon beradigan MALDI-TOF mass-spektrometriya ma'lumotlarini oldindan qayta ishlash va tahlil qilishni qo'llab-quvvatlash uchun mo'ljallangan yordamchi dastur. Bunga qo'shimcha ravishda, bu biomarkerni kashf qilish, nazoratsiz klasterlash va nazorat qilinadigan namunaviy tasniflash uchun oldindan qayta ishlangan ma'lumotlarga turli xil mashinalarni o'rganish va statistik usullarni qo'llashga imkon beradi.[47]
massXpertochiq manba GPLMa'lum bio-polimerlar ketma-ketligida olingan mass-spektrometrik ma'lumotlarni simulyatsiya qilish va tahlil qilish uchun foydalanuvchi interfeysiga asoslangan grafik dastur (GUI).[48] Polyxmasmasning davomchisi. Ning dasturi msxpertsuite.org dasturiy ta'minot to'plami.
gugurtochiq manbaMS / MS spektrlarini import qilish, tozalash, qayta ishlash va miqdoriy taqqoslash uchun Python kutubxonasi. Da ishlab chiqilgan Niderlandiya eScience Center.[49]
METLIN ma'lumotlar bazasi va texnologiya platformasimulkiy2003 yilda yaratilgan METLIN hozirda lipidlar, steroidlar, o'simlik va bakteriyalar metabolitlari, mayda peptidlar, uglevodlar, ekzogen dorilar / metabolitlar, markaziy uglerod metabolitlari va toksikantlardan tortib milliongacha molekulalarni o'z ichiga oladi. Metabolik moddalar va boshqa kichik molekulalar empirik va siliko MS / MS ma'lumotlarini berish uchun alohida tahlil qilindi.
mineXpertochiq manba GPLOmmaviy spektral ma'lumotlarni vizualizatsiya qilish / qazib olish uchun foydalanuvchi interfeysiga asoslangan grafik dastur (GUI). Ion harakatchanligi mass-spektrometriyasini qo'llab-quvvatlaydi. [50]. Ning dasturi msxpertsuite.org dasturiy ta'minot to'plami.
mMassochiq manbaMass-spektrometrik ma'lumotlarni tahlil qilish va talqin qilish uchun ko'p platformali vositalar to'plami Python (endi ishlab chiqilmagan).
MolAnaMolAna Phenomenome Discoveries Inc, (PDI) tomonidan IONICS Mass Spectrometry Group ning 3Q molekulyar analizatorida foydalanish uchun ishlab chiqilgan, Uch karrali massa spektrometri
ms2mzbepul dasturMass spektrometr fayl formatlari o'rtasida konvertatsiya qilish uchun yordamchi dastur, masalan. Proteome Cluster-ga yuklash uchun fayllarni tayyorlash uchun mulkiy ikkilik fayllarni MGF pik ro'yxatidagi fayllarga aylantirish.
MSGraphochiq manba
MSightbepul dasturTomonidan ishlab chiqilgan mass-spektrometriya tasvirlash uchun dasturiy ta'minot Shveytsariya bioinformatika instituti.[51]
MSiReaderbepul dasturMatlab platformasida qurilgan sotuvchi neytral interfeys ommaviy spektrometriya tasviri (MSI) ma'lumotlarini ko'rish va tahlil qilish uchun mo'ljallangan.[52] Matlab MSiReader-dan foydalanish shart emas.
mspireochiq manbaliMzML o'quvchi / yozuvchisi, silikodagi ovqat hazm qilish va izotopik naqshlarni hisoblash va boshqalarni o'z ichiga olgan yoqutda yozilgan ommaviy spektrometriya informatika ishlab chiquvchilar uchun asboblar qutisi; mspire-lipidomics, mspire-sequest va mspire-simulator kabi submodullar funksionallikni kengaytiradi.[53]
MSqRobochiq manbaliYorliqsiz miqdordagi proteomika ma'lumotlarini kuchli differentsial tahlil qilish uchun grafik interfeysga ega R to'plami.[54][55][56]
MultimagingmulkiyMS tasvirlarini normallashtirish, tasdiqlash va izohlash uchun mo'ljallangan mass-spektrometriya tasvirlash uchun dasturiy ta'minot.
multiMS-asboblar qutisiochiq manbams-yolg'iz va multiMS-asboblar qutisi - bu ommaviy spektrometriya ma'lumotlarini yig'ib olish va statistik tahlil qilish uchun asboblar zanjiri.
mzCloudveb-saytBir qator eksperimental sharoitlarda olingan yuqori va past aniqlikdagi tandemli mass-spektrometriya ma'lumotlari to'plamini o'z ichiga olgan Internetga asoslangan ommaviy spektral ma'lumotlar bazasi.
MZmine 2ochiq manbaOmmaviy spektrometriya ma'lumotlarini qayta ishlash uchun ochiq manba dasturiy ta'minot, asosiy e'tibor LC-MS ma'lumotlariga qaratilgan.
OmicsHub ProteomicsOmicsHub Proteomics bir platformada ma'lumotlarni tahlil qilish funktsiyalari bilan ommaviy ma'lumotlarni boshqarish uchun LIMS-ni birlashtiradi.
OpenChromochiq manbaPlaginlar yordamida kengaytiriladigan va bir nechta operatsion tizimlar (Microsoft Windows, Linux, Unix, Mac OS X) va protsessor arxitekturalari (x86, x86_64, ppc) uchun mavjud bo'lgan xromatografiya va mass-spektrometriya dasturi. turli xil ma'lumotlar fayllariga mahalliy kirish uchun konvertorlar bilan, masalan. mzXML, netCDF, Agilent, Finnigan va Varian formatlari uchun konvertorlar.
ORIGAMIochiq manbaMass-spektrometriya va ionlarning harakatchanligi mass-spektrometriyasi ma'lumotlar to'plamini tahlil qilish uchun dasturiy ta'minot to'plami. ORIGAMI dastlab faollashtirilgan IM-MS / to'qnashuv natijasida yuzaga keladigan (CIU) ma'lumotlar to'plamlarini tahlil qilish ish oqimlarini yaxshilash va natijalarni vizual ko'rinishini ta'minlash uchun ishlab chiqilgan. Yaqinda ORIGAMI MS-ga mos kelmaydigan darajada qabul qilinadigan qilib o'zgartirildi va boshqa manbalardan olingan natijalarni vizualizatsiyalashga imkon beradi, shuningdek barcha natijalarni interaktiv formatda eksport qilishga imkon beradi, bu erda foydalanuvchi istalgan ma'lumotlar to'plamini baham ko'rishi va Internet-brauzerda tasavvur qilishi mumkin.[57]
PatternLabbepul dasturDTASelect yoki Census tomonidan filtrlangan SEQUEST, ProLuCID yoki Comet ma'lumotlar bazasi qidiruv natijalarini keyingi tahlil qilish uchun dasturiy ta'minot.[58]
pyOpenMSochiq manbapyOpenMS - bu ommaviy spektrometriya uchun, ayniqsa Pythondagi proteomika va metabolomika ma'lumotlarini tahlil qilish uchun ochiq manbali Python kutubxonasi.
SIM-XLbepul dasturO'zaro bog'langan peptidlar uchun spektrni aniqlash mashinasi (SIM-XL) - bu o'zaro bog'liq peptidlardan olingan tandem mass-spektrometriya ma'lumotlarini tahlil qilish uchun proteomika muhiti uchun PatternLab tarkibiga kiruvchi tezkor va sezgir XL qidiruv mexanizmi.[59]
Tovusochiq manbaMac OS X dasturi tomonidan ishlab chiqilgan Yoxan Kool ma'lumotlar-xromatografiya / mass-spektrometriya (GC / MS) ma'lumotlarini sharhlash uchun ishlatilishi mumkin.
PeakInvestigatormulkiyOmmaviy spetsifikatsiyalardan olingan xom profil ma'lumotlarini keyingi qayta ishlashda 3-4X samarali echimlarni yaxshilash. Veritomyx signallarni qayta ishlashning yuqori darajadagi dasturiy ta'minoti, eng yuqori darajadagi ma'lumotlarni aniqlash, dekonvolyutsiya va markazlashtirilgan ma'lumotni ommaviy profil ma'lumotlarini bir-biriga bog'lab qo'yilgan ma'lumotlarda yashiringan eng yuqori ko'rsatkichlarni ochib beradi. E'tiborga loyiq xususiyatlar: dekonvolvatsiyalangan cho'qqilar uchun massa va mo'l-ko'l aniqlikdagi tartibni takomillashtirish; mahalliy dinamik bazelining; ilg'or chegara algoritmi keng dinamik diapazonda sezgirlikni oshiradi; statistik jihatdan boshqariladigan va to'liq avtomatlashtirilgan (foydalanuvchidan foydalanuvchiga farq yo'q). To'liqroq va aniqroq olingan ommaviy ro'yxatlar tezroq va tejamkor ravishda keyinchalik to'g'ri biomolekulyar identifikatsiyani aniqlashga yordam beradi.
PinnacleMulkiyDDA, DIA, PRM yoki SRM dan foydalangan holda, to'liq integral statistik va biologik talqin bilan DDA, DIA, PRM yoki SRM dan foydalangan holda yuzlab namunalar bo'yicha minglab oqsillarni kompleks miqdoridan tortib, N-ga bog'langan glikoproteinlarni aniqlash tartibini bajarish uchun, shu jumladan oqsillarni tavsiflashda juda chuqur tahlillarga qadar. peptidlarni xaritalash, xatolarga chidamli qidirish va disulfidlarni tahlil qilish, bularning barchasi bitta dasturiy ta'minotda mavjud. Yuzlab namunalarni tahlil qilish bir necha oy davomida sotib olish jarayonida LC va MS o'zgaruvchanligining katta qiyinchiliklarini keltirib chiqaradi va dastur avtomatik ravishda buni tuzatishi mumkin. Vizualizatsiya, tahrirlash va izohlash qobiliyatlari oqsillarning yuqori darajasida yoki o'tish yoki izotoplarning ancha past darajasida bo'lishi mumkin.
PIQMIevebProteomika identifikatsiyalash / kvantatsiya ma'lumotlarini boshqarish va integratsiya xizmati - bu ishonchli va o'lchovli ma'lumotlarni boshqarish, tahlil qilish va yarim miqdoriy vizuallashtirishga yordam beradigan veb-ga asoslangan vosita (SILAC ) proteomika tajribalari.[60]
POTAMOSLARochiq manbaPTM-lari genlarni boshqarishda hal qiluvchi rol o'ynaydi, deb hisoblangan taniqli oqsilli histonlar oilasiga yo'naltirilgan asboblardan mustaqil ravishda hisoblangan mass-spektrometriya ma'lumotlarini taqdim etadigan veb-dastur; berilgan peptidlar ketma-ketligi va berilgan massaga mos keladigan mumkin bo'lgan PTMlarning turini, sonini va kombinatsiyalarini hisoblab chiqadi.
ProMassmulkiyProMass - bu ESI / LC / MS ma'lumotlarini yoki bitta ESI massa spektrlarini qayta ishlash uchun ishlatiladigan avtomatlashtirilgan biomolekula dekonvolyutsiyasi va hisobot dasturlari to'plami. Artonefaktsiz dekonvolutlangan massa spektrlarini yaratish uchun yangi dekonvolyutsiya algoritmi ZNova-dan foydalaniladi. ProMass hozirda Thermo, Waters va Shimadzu platformalarida mavjud. Bundan tashqari, Internet uchun ProMass deb nomlangan brauzerga asoslangan "lite" formatida mavjud bo'lib, hech qanday o'rnatishni yoki dasturni yuklab olishni talab qilmaydi.
PROTRAWLERXom-massa spektrometri sotuvchisi ma'lumotlarini o'qiydigan (turli taniqli asbobsozlik kompaniyalaridan) LC / MS ma'lumotlarini kamaytirish dasturi, LC / MS xromatogrammasini sarhisob qiladigan {massa, ushlab turish vaqti, integral signal intensivligi} uchliklarining ro'yxatlarini yaratadi.
ProteoIQmulkiyMascot, SEQUEST yoki X! Tandem ma'lumotlar bazasini qidirish natijalarini tahlildan keyingi dastur.[61][62][63]
ProteomatikBepul dasturMass-spektrometrik proteomika tajribalarini baholash maqsadida yaratilgan ma'lumotlarni qayta ishlash quvuri.[64]
Proteomika vositalariochiq manbaMASCOT, SEQUEST, Comet, XTandem, PFind, PeptidePhophet, MyriMatch, MSGF, OMSSA, MSAmanda yoki Percolator ma'lumotlar bazalarini qidirish natijalarini tahlildan keyingi dastur.[65]
ProteoWizardochiq manbaProteomika ma'lumotlarini tahlil qilishni osonlashtiradigan modulli va kengaytiriladigan ochiq manbali, o'zaro faoliyat platformalar vositalari va dasturiy ta'minot kutubxonalari to'plami bo'lgan bog'lanish kutubxonasi va vositalari.
ProteoWorkermulkiyCOMET, Peptid Payg'ambar, ProteinProphet va keng ma'lumotlarni saralash, filtrlash va izohlash vositalarini o'z ichiga olgan proteomika ma'lumotlarini tahlil qilish uchun bulutli dastur.
Ta'minlashochiq manbaBulutga asoslangan dasturiy ta'minot yozilgan R MaxQuant tomonidan ishlab chiqarilgan proteomika ma'lumotlarini tahlil qilish uchun. Ushbu dastur differentsial miqdoriy ma'lumotlarni tahlil qilishga yo'naltirilgan va tahlilni osonlashtirish uchun vositalar hamda vizualizatsiya imkoniyatlarini taqdim etadi. Yorliqsiz va tandemli ommaviy yorliqli ma'lumotlarni qayta ishlash mumkin.[66]
pymzMLochiq manbaPython interfeysga mo'ljallangan modul mzML ma'lumotlari MS-informatika uchun qo'shimcha vositalar bilan cElementTree-ga asoslangan Python-da.[67]
Piteomikaochiq manbaA Python proteomika ma'lumotlarini tahlil qilish uchun asos.[68]
KvantAnalitik standartlarsiz ESI-MS miqdorini aniqlash uchun dasturiy ta'minot. Yilda ishlab chiqilgan Kruvelab tomonidan tarqatilgan Quantem Analytics
QuantinetixmulkiyBruker, Sciex, Thermo va iMZML kabi MSI turli xil asboblari bilan mos keladigan turli xil o'rganish turlarida MS tasvirlarini miqdoriy va normalizatsiya qilish uchun mo'ljallangan mass-spektrometrli tasvirlash dasturi.
Ratsional raqamlar Excel plaginlarimulkiyMicrosoft Excel 2010, Excel 2013 va Excel 2016 bilan ishlaydigan De novo identifikatsiya qilish vositasi.
Ratsional raqamlarni qidirishmulkiyMatematik bo'lim sifatida ko'rsatilgan 250000 molekulalar ma'lumotlar bazasiga aniq massa parchalanish ma'lumotlarini taqqoslash orqali kichik molekulalarni aniqlash
REGATTAProCrawler bilan ishlaydigan LC / MS ro'yxatini taqqoslash dasturi (lekin Excel / CSV shaklida qabul qilishni qabul qiladi) LC / MS natijalari ro'yxatini filtrlash va normallashtirish uchun muhitni ta'minlash uchun {massa, saqlash vaqti, integral intensivlik} ro'yxatlari.
Masofaviy tahlilchimulkiyDasturiy ta'minot tomonidan SpectralWorks LC-MS va GC-MS ma'lumotlar tizimidan foydalanishni ta'minlash va ulardan foydalanishni ta'minlaydigan mustaqil "Ochiq kirish" mijoz / serverga asoslangan echimlar uchun; asboblarni boshqarish va ko'plab sotuvchilarning qo'shimcha qurilmalari uchun ma'lumotlarni qayta ishlashni qo'llab-quvvatlash. Shuningdek, NMR asboblari va ma'lumotlarni qayta ishlashni qo'llab-quvvatlang.
IskalamulkiyBir nechta namunalar bo'yicha spektrlarni, peptidlarni va oqsillarni tahlil qilish uchun proteomika vositalari to'plami.
SCIEX OSmulkiyKeyingi avlod dasturlari SCIEX X seriyali mass-spektrometrlarni boshqarish va Analyst dasturiy majmuasi yordamida olingan ma'lumotlarni tahlil qilishni qo'llab-quvvatlash.
SCiLS laboratoriyasimulkiyMass-spektrometriya tasvirlash ma'lumotlarini statistik tahlil qilish uchun ko'p sotuvchili dastur.
SimGlycanmulkiyMass / spektrometriya MS / MS ma'lumotlari yordamida glikanlar va glikopeptidlarning tuzilishini bashorat qiladi.
SIMIONmulkiyIon optikasini simulyatsiya qilish dasturi
SpektrolizatorSpectrolyzer - bu Microsoft Windows-ga asoslangan dasturiy ta'minot to'plami, bu turli xil mass-spektrometrlar uchun bioinformatik ma'lumotlarni tahlil qilish vositalarini taqdim etadi, bu proteinlar biomarkerlarini topishga va oqsillarning og'ishini aniqlashga qaratilgan.
SpektromaniyamulkiyMass-spektrometrik ma'lumotlarni tahlil qilish va vizualizatsiya qilish uchun dasturiy ta'minot.[69]
StavroXbepul dasturYozilgan mass-spektrometrik ma'lumotlardan o'zaro bog'langan peptidlarni aniqlash dasturi Java o'zaro bog'liqlik MS tajribasida ishlatiladigan turli xil o'zaro faoliyat bog'lovchilar va proteazlar uchun ishlatilishi mumkin; it compares theoretical peptide-peptide cross link combinations for the analyzed proteins to MS/MS data.[70]
Swiss Mass Abacusochiq manbaSwiss Mass Abacus is a calculator of peptide and glycopeptide masses. It is purposefully kept as simple as a basic calculator executing arithmetic operations.
TOF-DSmulkiySoftware by Markes International used with BenchTOF time-of-flight mass spectrometers
TurboMassmulkiyGC/MS software by PerkinElmer.
Trans-Proteomic Pipeline (TPP)ochiq manbaThe Trans-Proteomic Pipeline (TPP) is a collection of integrated tools for MS/MS proteomics that includes PeptideProphet for the Statistical validation of PSMs using search engine results, iProphet for distinct peptide sequence validation, using PeptideProphet results (can also combine the results of multiple search engines) and ProteinProphet for Protein identification and validation, using PeptideProphet OR iProphet results. TPP does also Protein Quantification with XPRESS (Calculation of relative abundances of peptides and proteins from isotopically labeled MS/MS samples), ASAPRatio (Automated Statistical Analysis on Protein Ratio; an alternative to XPRESS) and Libra (Quantification of isobarically-labeled samples (e.g. iTraq, TMT, etc.) for any number of channels). The TPP currently supports Sequest, Mascot, ProbID, X!Tandem, Comet, SpectraST, MSGF+, Inspect, MyriMatch, and Phenyx. Developed at the Seattle Proteomic Centre (SPC).[71]

[72]

Universal Mass CalculatorUniversal Mass Calculator (UMC) for Windows written in C++ is a proprietary toolbox for calculating relevant information from sum formulae, e.g. isotope distribution, mass differences, mass deviations and mass/isotope information of the elements, degree of deuteration.
VIPERAnalysis of accurate mass and chromatography retention time analysis of LC-MS features (accurate mass and time tag approach).[73]
XkaliburmulkiySoftware by Termo Fisher ilmiy used with mass spectrometry instruments.
XCMS Onlayn (Cloud-Based)mulkiyFreely available and the most widely used metabolomic and lipidomic data processing platform with over 21,000 users as of 2017.

Shuningdek qarang

Adabiyotlar

  1. ^ Cree, Duncan; Pliya, Prosper (November 2019). "Effect of elevated temperature on eggshell, eggshell powder and eggshell powder mortars for masonry applications". Qurilish muhandisligi jurnali. 26: 100852. doi:10.1016/j.jobe.2019.100852. ISSN  2352-7102.
  2. ^ kou, Qiang; Xun, Likun; Liu, Xiaowen (2016). "TopPIC: a software tool for top-down mass spectrometry-based proteoform identification and characterization". Bioinformatika. 32 (22): 3495–3497. doi:10.1093/bioinformatics/btw398. ISSN  1460-2059. PMC  5181555. PMID  27423895.
  3. ^ kou, Qiang; Vu, Si; Tolić, Nikola; Pasa-Tolich, Ljiljana; Liu, Yunlong; Liu, Xiaowen (2017). "A mass graph-based approach for the identification of modified proteoforms using top-down tandem mass spectra". Bioinformatika. 33 (9): 1309–1316. doi:10.1093/bioinformatics/btw806. ISSN  1460-2059. PMC  5860502. PMID  28453668.
  4. ^ Koks, Yurgen; Neuhauser, Nadin; Michalski, Annette; Scheltema, Richard A.; Olsen, Jesper V.; Mann, Matthias (2011). "Andromeda: A Peptide Search Engine Integrated into the MaxQuant Environment". Proteom tadqiqotlari jurnali. 10 (4): 1794–1805. doi:10.1021/pr101065j. ISSN  1535-3893. PMID  21254760.
  5. ^ Bern, Marshal; Cai, Yuhan; Goldberg, David (2007). "Lookup Peaks: A Hybrid of de Novo Sequencing and Database Search for Protein Identification by Tandem Mass Spectrometry". Analytical Chemistry. 79 (4): 1393–1400. doi:10.1021/ac0617013. PMID  17243770.
  6. ^ Bern, Marshal; Goldberg, David (2008). "Improved Ranking Functions for Protein and Modification-Site Identifications". Hisoblash biologiyasi jurnali. 15 (7): 705–719. doi:10.1089/cmb.2007.0119. PMID  18651800.
  7. ^ Eng, Jimmi K.; Jahan, Tahmina A.; Hoopmann, Michael R. (2013). "Comet: An open-source MS/MS sequence database search tool". Proteomika. 13 (1): 22–24. doi:10.1002/pmic.201200439. ISSN  1615-9853. PMID  23148064. S2CID  13533125.
  8. ^ Diament, Benjamin J.; Noble, William Stafford (2011). "Faster SEQUEST Searching for Peptide Identification from Tandem Mass Spectra". Proteom tadqiqotlari jurnali. 10 (9): 3871–3879. doi:10.1021/pr101196n. ISSN  1535-3893. PMC  3166376. PMID  21761931.
  9. ^ "Inspect and MS-Alignment".
  10. ^ Perkins, Devid N .; Pappin, Darryl J. C.; Creasy, David M.; Cottrell, John S. (1999). "Mass-spektrometriya ma'lumotlari yordamida ketma-ketlik ma'lumotlar bazalarini qidirish orqali ehtimollik asosida oqsillarni aniqlash". Elektroforez. 20 (18): 3551–67. doi:10.1002/(SICI)1522-2683(19991201)20:18<3551::AID-ELPS3551>3.0.CO;2-2. PMID  10612281.
  11. ^ Kong, Andy T.; Leprevost, Felipe V.; Avtonomov, Dmitry M.; Mellacheruvu, Dattatreya; Nesvizhskii, Alexey I. (2017). "MSFragger: ultrafast and comprehensive peptide identification in mass spectrometry–based proteomics". Tabiat usullari. 14 (5): 513–520. doi:10.1038/nmeth.4256. PMC  5409104. PMID  28394336.
  12. ^ Tabb, David L.; Fernando, Christopher G.; Chambers, Matthew C. (2007). "MyriMatch: Highly Accurate Tandem Mass Spectral Peptide Identification by Multivariate Hypergeometric Analysis". Proteom tadqiqotlari jurnali. 6 (2): 654–61. doi:10.1021/pr0604054. PMC  2525619. PMID  17269722.
  13. ^ Sabareesh, Varatharajan; Singh, Gurpreet (2013). "Mass spectrometry based lipid(ome) analyzer and molecular platform: a new software to interpret and analyze electrospray and/or matrix-assisted laser desorption/ionization mass spectrometric data of lipids: a case study from Mycobacterium tuberculosis". Journal of Mass Spectrometry. 48 (4): 465–477. Bibcode:2013JMSp...48..465S. doi:10.1002/jms.3163. ISSN  1096-9888. PMID  23584940.
  14. ^ "OMSSA ms/ms search engine". Pubchem.ncbi.nlm.nih.gov. Olingan 2011-09-27.
  15. ^ Geer, Lyuis Y.; Markey, Sanford P.; Kowalak, Jeffrey A.; Vagner, Lukas; Xu, Ming; Maynard, Dawn M.; Yang, Xiaoyu; Shi, Wenyao; Bryant, Stephen H. (2004). "Open Mass Spectrometry Search Algorithm". Proteom tadqiqotlari jurnali. 3 (5): 958–64. arXiv:q-bio/0406002. Bibcode:2004q.bio.....6002G. doi:10.1021/pr0499491. PMID  15473683. S2CID  12218715.
  16. ^ Liang, C; Smith, JC; Hendrie, Christopher (2003). "A Comparative Study of Peptide Sequencing Software Tools for MS/MS".
  17. ^ Colinge, Jacques; Masselot, Alexandre; Giron, Marc; Dessingy, Thierry; Magnin, Jérôme (2003). "OLAV: Towards high-throughput tandem mass spectrometry data identification". Proteomika. 3 (8): 1454–63. doi:10.1002/pmic.200300485. PMID  12923771. S2CID  36666495.
  18. ^ Zhang, Zhuo; Sun, Shiwei; Chju, Syaopen; Chang, Suhua; Liu, Xiaofei; Yu, Chungong; Bu, Dongbo; Chen, Runsheng (2006). "A novel scoring schema for peptide identification by searching protein sequence databases using tandem mass spectrometry data". BMC Bioinformatics. 7 (1): 222. doi:10.1186/1471-2105-7-222. ISSN  1471-2105. PMC  1463009. PMID  16638152.
  19. ^ Xu, T .; Park, S.K .; Venable, J.D.; Wohlschlegel, J.A.; Diedrich, J.K.; Cociorva, D.; Lu, B .; Liao, L.; Hewel, J.; Xan X.; Wong, C.C.L.; Fonslow, B.; Delahunty, C.; Gao, Y .; Shah, H.; Yates, J.R. (2015). "ProLuCID: An improved SEQUEST-like algorithm with enhanced sensitivity and specificity". Proteomika jurnali. 129: 16–24. doi:10.1016/j.jprot.2015.07.001. ISSN  1874-3919. PMC  4630125. PMID  26171723.
  20. ^ Shilov, Ignat V.; Seymour, Sean L.; Patel, Alpesh A.; Loboda, Alex; Tang, Wilfred H.; Keating, Sean P.; Hunter, Christie L.; Nuwaysir, Lydia M.; Schaeffer, Daniel A. (2007). "The Paragon Algorithm, a Next Generation Search Engine That Uses Sequence Temperature Values and Feature Probabilities to Identify Peptides from Tandem Mass Spectra". Molekulyar va uyali proteomika. 6 (9): 1638–1655. doi:10.1074/mcp.T600050-MCP200. ISSN  1535-9476. PMID  17533153. S2CID  7097773.
  21. ^ "RAId MS/MS search engine". QMBP NCBI NLM NIH. Olingan 2008-01-01.
  22. ^ Alves, Gelio; Ogurtsov, Aleksey Y.; Yu, Yi-Kuo (2007). "RAId_DbS: peptide identification using database searches with realistic statistics". Biol Direct. 2: 25. doi:10.1186/1745-6150-2-25. PMC  2211744. PMID  17961253.
  23. ^ Jimmy K. Eng; Ashley L. McCormack; John R. Yates, III (1994). "An Approach to Correlate Tandem Mass Spectral Data of Peptides with Amino Acid Sequences in a Protein Database". J Am Soc ommaviy spektri. 5 (11): 976–989. doi:10.1016/1044-0305(94)80016-2. PMID  24226387. S2CID  18413192.
  24. ^ Hricovíni, Miloš; Tvaroška, Igor; Hirsch, Ján; Duben, Anthony J. (1991). "Nuclear overhauser effects and the flexibility of saccharides: methyl β-xylobioside". Karbongidrat tadqiqotlari. 210: 13–20. doi:10.1016/0008-6215(91)80109-Z. ISSN  0008-6215. PMID  1878875.
  25. ^ Novak, Jiri; Sachsenberg, Timo; Hoksza, David; Skopal, Tomas; Kohlbacher, Oliver (2013). "On Comparison of SimTandem with State-of-the-Art Peptide Identification Tools, Efficiency of Precursor Mass Filter and Dealing with Variable Modifications". Integrativ bioinformatika jurnali. 10 (3): 1–15. doi:10.1515/jib-2013-228. PMID  24231142. S2CID  22469656.
  26. ^ Bartels, Christian (31 May 1990). "Fast algorithm for peptide sequencing by mass spectroscopy". Biologik massa spektrometriyasi. 19 (6): 363–368. doi:10.1002/bms.1200190607. PMID  24730078.
  27. ^ Novak, Jiri; Lemr, Karel; Schug, Kevin A.; Havlicek, Vladimir (2015). "CycloBranch: De Novo Sequencing of Nonribosomal Peptides from Accurate Product Ion Mass Spectra". J. Am. Soc. Ommaviy spektrom. 26 (10): 1780–1786. Bibcode:2015JASMS.tmp..155N. doi:10.1007/s13361-015-1211-1. PMID  26195308. S2CID  207470364.
  28. ^ thermo finnigan introduces denovox – Search results from HighBeam Business[o'lik havola ]
  29. ^ Savitski, Mixail M.; Nielsen, Michael L.; Kjeldsen, Frank; Zubarev, Roman A. (2005). "Proteomics-Grade de Novo Sequencing Approach". Proteom tadqiqotlari jurnali. 4 (6): 2348–54. doi:10.1021/pr050288x. PMID  16335984.
  30. ^ Ma, Bin (30 June 2015). "Novor: Real-Time Peptide de Novo Sequencing Software". Amerika ommaviy spektrometriya jamiyati jurnali. 26 (11): 1885–1894. Bibcode:2015JASMS..26.1885M. doi:10.1007/s13361-015-1204-0. PMC  4604512. PMID  26122521.
  31. ^ Ma, bin; Zhang, Kaizhong; Hendrie, Christopher; Liang, Chengji; Li, Ming; Doherty-Kirby, Amanda; Lajoie, Gilles (2003). "PEAKS: powerful software for peptidede novo sequencing by tandem mass spectrometry". Rapid Communications in Mass Spectrometry. 17 (20): 2337–42. Bibcode:2003RCMS...17.2337M. doi:10.1002/rcm.1196. PMID  14558135.
  32. ^ Tannu, Nilesh S; Hemby, Scott E (2007). "De novo protein sequence analysis of Macaca mulatta". BMC Genomics. 8: 270. doi:10.1186/1471-2164-8-270. PMC  1965481. PMID  17686166.
  33. ^ Röst HL, Sachsenberg T, Aiche S, Bielow C, Weisser H, Aicheler F, Andreotti S, Ehrlich HC, Gutenbrunner P, Kenar E, Liang X, Nahnsen S, Nilse L, Pfeuffer J, Rosenberger G, Rurik M, Schmitt U, Veit J, Walzer M, Wojnar D, Wolski WE, Schilling O, Choudhary JS, Malmström L, Aebersold R, Reinert K, Kohlbacher O (2016). "OpenMS: a flexible open-source software platform for mass spectrometry data analysis" (PDF). Nat. Usullari. 13 (9): 741–8. doi:10.1038/nmeth.3959. PMID  27575624. S2CID  873670.
  34. ^ Egelhofer V, Hoehenwarter W, Lyon D, Weckwerth W, Wienkoop S (2013). "Using ProtMAX to create high-mass-accuracy precursor alignments from label-free quantitative mass spectrometry data generated in shotgun proteomics experiments". Nat protokoli. 8 (3): 595–601. doi:10.1038/nprot.2013.013. PMID  23449253. S2CID  29653992.
  35. ^ Reiter, L; va boshq. (2011). "mProphet: automated data processing and statistical validation for large-scale SRM experiments". Nat usullari. 8 (5): 430–435. doi:10.1038/nmeth.1584. PMID  21423193. S2CID  205419625.
  36. ^ Law, KP; Lim YP (2013). "Mass-spektrometriyadagi so'nggi yutuqlar: ma'lumotlarni mustaqil tahlil qilish va giper reaktsiyalarni monitoring qilish". Expert Rev Proteomics. 10 (6): 551–566. doi:10.1586/14789450.2013.858022. PMID  24206228. S2CID  29969570.
  37. ^ Maclean, B (2010). "Skyline: An Open Source Document Editor for Creating and Analyzing Targeted Proteomics Experiments". Bioinformatika. 26 (7): 966–968. doi:10.1093 / bioinformatics / btq054. PMC  2844992. PMID  20147306.
  38. ^ Malioutov, Dmitry; Chen, Tianchi; Airoldi, Edoardo; Jaffe, Jacob; Budnik, Bogdan; Slavov, Nikolai (2019-01-01). "Quantifying Homologous Proteins and Proteoforms". Molekulyar va uyali proteomika. 18 (1): 162–168. doi:10.1074/mcp.TIR118.000947. ISSN  1535-9476. PMC  6317479. PMID  30282776.
  39. ^ Allen, Felicity; Pon, Ellison; Uilson, Maykl; Greiner, Russ; Wishart, David (2014). "CFM-ID: A web server for annotation, spectrum prediction and metabolite identification from tandem mass spectra". Nucleic Acids Research. 42 (Web Server issue): W94–W99. doi:10.1093/nar/gku436. PMC  4086103. PMID  24895432.
  40. ^ Allen, Felicity; Greiner, Russ; Wishart, David (2015). "Competitive fragmentation modeling of ESI-MS/MS spectra for putative metabolite identification". Metabolik moddalar. 11: 98–110. arXiv:1312.0264. doi:10.1007/s11306-014-0676-4. S2CID  256589.
  41. ^ Allen, Felicity; Pon, Ellison; Greiner, Russ; Wishart, David (2016). "Computational Prediction of Electron Ionization Mass Spectra to Assist in GC/MS Compound Identification". Analytical Chemistry. 88 (15): 7689–7697. doi:10.1021/acs.analchem.6b01622. PMID  27381172.
  42. ^ Djoumbou-Feunang, Yannick; Pon, Ellison; Karu, Naama; Zheng, Jiamin; Li, Karin; Arndt, Devid; Gautam, Maheswor; Allen, Felicity; Wishart, David S. (2019). "CFM-ID 3.0: Significantly Improved ESI-MS/MS Prediction and Compound Identification". Metabolitlar. 9 (4): 72. doi:10.3390/metabo9040072. PMID  31013937. S2CID  129941603.
  43. ^ Ozawa, SI; Bald, T; Onishi, T; Xue, H; Matsumura, T; Kubo, R; Takaxashi, H; Xippler, M; Takahashi, Y (October 2018). "Configuration of Ten Light-Harvesting Chlorophyll a/b Complex I Subunits in Chlamydomonas reinhardtii Photosystem I." O'simliklar fiziologiyasi. 178 (2): 583–595. doi:10.1104/pp.18.00749. PMC  6181050. PMID  30126869.
  44. ^ Muth, Thilo; Weilnböck, Lisa; Rapp, Erdmann; Huber, Christian G.; Martens, Lennart; Vaudel, Marc; Barsnes, Harald (2014). "DeNovoGUI: An Open Source Graphical User Interface for de Novo Sequencing of Tandem Mass Spectra". Proteom tadqiqotlari jurnali. 13 (2): 1143–1146. doi:10.1021/pr4008078. ISSN  1535-3893. PMC  3923451. PMID  24295440.
  45. ^ Sahil; Shubhra Agrawal; GeorgeSabu; Rishabh Gupta; Pankaj Kumar; Saiful B. Khan; kailash yadav; Naman Gupta; Raghav Sehgal (2019-01-11), ElucidataInc/ElMaven: v0.6.1, doi:10.5281/zenodo.2537593
  46. ^ Winkler, Robert (2010). "ESIprot: a universal tool for charge state determination and molecular weight calculation of proteins from electrospray ionization mass spectrometry data". Rapid Communications in Mass Spectrometry. 24 (3): 285–94. doi:10.1002/rcm.4384. PMID  20049890.
  47. ^ López-Fernández, H; Santos, HM; Capelo, JL; Fdez-Riverola, F; Glez-Peña, D; Reboiro-Jato, M (2015). "Mass-Up: an all-in-one open software application for MALDI-TOF mass spectrometry knowledge discovery". BMC Bioinformatics. 16: 318. doi:10.1186/s12859-015-0752-4. PMC  4595311. PMID  26437641.
  48. ^ Rusconi, F. (2009). "massXpert 2: a cross-platform software environment for polymer chemistry modelling and simulation/analysis of mass spectrometric data". Bioinformatika. 25 (20): 2741–2. doi:10.1093/bioinformatics/btp504. PMID  19740912.
  49. ^ Xuber, Florian; Verxoven, Stefan; Meijer, Christiaan; Spreeuw, Hanno; Villanueva, Efrain; Geng, Cunliang; van der Hooft, Justin J.J.; Rojers, Simon; Belloum, Adam; Diblen, Faruk; Spaaks, Jurriaan H. (2020). "matchms - processing and similarity evaluation of mass spectrometry data". JOSS. 5 (52): 2411. doi:10.21105/joss.02411.
  50. ^ Rusconi, F. (2019). "mineXpert: Biological Mass Spectrometry Data Visualization and Mining with Full JavaScript Ability" (PDF). J. Proteome Res. 18 (5): 2254–2259. doi:10.1021/acs.jproteome.9b00099. PMID  30950277.
  51. ^ Palagi, Patrisiya M.; Walther, Daniel; Quadroni, Manfredo; Catherinet, SéBastien; Burgess, Jennifer; Zimmermann-Ivol, Catherine G.; Sanchez, Jean-Charles; Binz, Per-Alen; Hochstrasser, Denis F.; Appel, Ron D. (2005). "MSight: An image analysis software for liquid chromatography-mass spectrometry". Proteomika. 5 (9): 2381–4. doi:10.1002/pmic.200401244. PMID  15880814. S2CID  33296427.
  52. ^ Robichaud, Guillaume; Garrard, Kenneth P.; Barry, Jeremy A.; Muddiman, David C. (March 2013). "MSiReader: An Open-Source Interface to View and Analyze High Resolving Power MS Imaging Files on Matlab Platform". Amerika ommaviy spektrometriya jamiyati jurnali. 24 (5): 718–721. Bibcode:2013JASMS..24..718R. doi:10.1007/s13361-013-0607-z. PMC  3693088. PMID  23536269.
  53. ^ Prince, J. T.; Marcotte, E. M. (2008). "Mspire: Mass spectrometry proteomics in Ruby". Bioinformatika. 24 (23): 2796–2797. doi:10.1093/bioinformatics/btn513. PMC  2639276. PMID  18930952.
  54. ^ Goeminne, L. J. E.; Gevaert, K ​​.; Clement, L. (2016). "Peptide-level Robust Ridge Regression Improves Estimation, Sensitivity, and Specificity in Data-dependent Quantitative Label-free Shotgun Proteomics". Molekulyar va uyali proteomika. 15 (2): 657–668. doi:10.1074/mcp.M115.055897. PMC  4739679. PMID  26566788.
  55. ^ Goeminne, L. J. E.; Gevaert, K ​​.; Clement, L. (2018). "Experimental design and data-analysis in label-free quantitative LC/MS proteomics: A tutorial with MSqRob". Proteomika jurnali. 171: 23–26. doi:10.1016/j.jprot.2017.04.004. PMID  28391044.
  56. ^ Goeminne, L. J. E.; Sticker, A.; Martens, M.; Gevaert, K ​​.; Clement, L. (2020). "MSqRob takes the missing hurdle: uniting intensity- and count-based proteomics". Analytical Chemistry. XXXX (XX): 6278–6287. doi:10.1021/acs.analchem.9b04375. PMID  32227882.
  57. ^ Migas, Lukasz G.; France, Aidan P.; Bellina, Bruno; Barran, Perdita E. (April 2018). "ORIGAMI : A software suite for activated ion mobility mass spectrometry (aIM-MS) applied to multimeric protein assemblies". International Journal of Mass Spectrometry. 427: 20–28. Bibcode:2018IJMSp.427...20M. doi:10.1016/j.ijms.2017.08.014. ISSN  1387-3806.
  58. ^ Carvalho, Paulo C; Fischer, Juliana SG; Chen, Emily I; Yates, John R; Barbosa, Valmir C (2008). "PatternLab for proteomics: a tool for differential shotgun proteomics". BMC Bioinformatics. 9: 316. doi:10.1186/1471-2105-9-316. PMC  2488363. PMID  18644148.
  59. ^ Lima, D. B.; De Lima, T. B.; Balbuena, T. S.; Neves-Ferreira, A. G.; Barbosa, V. C.; Gozzo, F. C.; Carvalho, P. C. (2015). "SIM-XL: A powerful and user-friendly tool for peptide cross-linking analysis". Proteomika jurnali. 129: 51–5. doi:10.1016/j.jprot.2015.01.013. hdl:11449/158584. PMID  25638023.
  60. ^ Kuzniar, A .; Kanaar, R. (2014). "PIQMIe: a web server for semi-quantitative proteomics data management and analysis". Nuklein kislotalari rez. 42 (W1): W100–W106. doi:10.1093/nar/gku478. PMC  4086067. PMID  24861615.
  61. ^ Weatherly, D. B.; Atwood Ja, 3rd; Minning, TA; Cavola, C; Tarleton, RL; Orlando, R (2005). "A Heuristic Method for Assigning a False-discovery Rate for Protein Identifications from Mascot Database Search Results". Molekulyar va uyali proteomika. 4 (6): 762–72. doi:10.1074/mcp.M400215-MCP200. PMID  15703444. S2CID  18408543.
  62. ^ Keller, Andrew; Nesvizhskii, Alexey I.; Kolker, Eugene; Aebersold, Ruedi (2002). "Empirical Statistical Model To Estimate the Accuracy of Peptide Identifications Made by MS/MS and Database Search". Analytical Chemistry. 74 (20): 5383–92. doi:10.1021/ac025747h. PMID  12403597.
  63. ^ Nesvizhskii, AI; Keller, A; Kolker, E; Aebersold, R (2003). "A statistical model for identifying proteins by tandem mass spectrometry". Analytical Chemistry. 75 (17): 4646–58. doi:10.1021/ac0341261. PMID  14632076.
  64. ^ Specht, Michael; Kuhlgert, Sebastian; Fufezan, Christian; Hippler, Michael (2011). "Proteomics to go: Proteomatic enables the user-friendly creation of versatile MS/MS data evaluation workflows". Bioinformatika. 27 (8): 1183–1184. doi:10.1093/bioinformatics/btr081. PMID  21325302.
  65. ^ Sheng, Quanhu; Dai, Jie; Wu, Yibo; Tang, Xaysu; Zeng, Rong (2012). "BuildSummary: using a group-based approach to improve the sensitivity of peptide/protein identification in shotgun proteomics". J Proteom Res. 11 (3): 1494–1502. doi:10.1021/pr200194p. PMID  22217156.
  66. ^ Gallant, James; Heunis, Tiaan; Sampson, Samantha; Bitter, Wilbert (2020). "ProVision: A web based platform for rapid analysis of proteomics data processed by MaxQuant". Bioinformatika. 36. doi:10.1093/bioinformatics/btaa620. PMID  32638008.
  67. ^ Bald, Till; Barth, Johannes; Niehues, Anna; Specht, Michael; Hippler, Michael; Fufezan, Christian (2012). "pymzML – Python module for high throughput bioinformatics on mass spectrometry data". Bioinformatika. 28 (7): 1052–3. doi:10.1093/bioinformatics/bts066. PMID  22302572.
  68. ^ Goloborodko, Anton; Levitsky, Lev; Ivanov, Mark; Gorshkov, Mikhail (2013). "Pyteomics — a Python framework for exploratory data analysis and rapid software prototyping in proteomics". J Am Soc ommaviy spektri. 24 (2): 301–4. Bibcode:2013JASMS..24..301G. doi:10.1007/s13361-012-0516-6. PMID  23292976. S2CID  22009929.
  69. ^ Zucht, Hans-Dieter; Lamerz, Jens; Khamenia, Valery; Schiller, Carsten; Appel, Annette; Tammen, Harald; Krameri, Reto; Selle, Hartmut (2005). "Datamining Methodology for LC-MALDI-MS Based Peptide Profiling". Kombinatorial kimyo va yuqori samaradorlikni skrining. 8 (8): 717–23. doi:10.2174/138620705774962481. PMID  16464158.
  70. ^ Götze, Michael; Pettelkau J; Schaks S; Bosse K; Ihling CH; Krauth F; Fritzsche R; Kühn U; Sinz A. (January 2012). "StavroX--a software for analyzing crosslinked products in protein interaction studies". J Am Soc ommaviy spektri. 23 (1): 76–87. Bibcode:2012JASMS..23...76G. doi:10.1007/s13361-011-0261-2. PMID  22038510. S2CID  38037472.
  71. ^ Pedrioli, Patrick G. A. (2010). "Trans-Proteomic Pipeline: A Pipeline for Proteomic Analysis". Proteome Bioinformatics. Molekulyar biologiya usullari. 604. 213–238 betlar. doi:10.1007/978-1-60761-444-9_15. ISBN  978-1-60761-443-2. PMID  20013374.
  72. ^ Deutsch, Erik V.; Mendoza, Luis; Shteynberg, David; Farrah, Terry; Lam, Genri; Tasman, Natalie; Quyosh, Chji; Nilsson, Erik; Pratt, Brian; Prazen, Bryan; Eng, Jimmi K.; Martin, Daniel B.; Nesvizhskii, Alexey I.; Aebersold, Ruedi (2010). "A guided tour of the Trans-Proteomic Pipeline". Proteomika. 10 (6): 1150–1159. doi:10.1002/pmic.200900375. ISSN  1615-9853. PMC  3017125. PMID  20101611.
  73. ^ Monroe, M. E.; Tolić, N.; Jeytli, N .; Shaw, J. L.; Adkins, J. N .; Smith, R. D. (2007). "VIPER: an advanced software package to support high-throughput LC-MS peptide identification". Bioinformatika. 23 (15): 2021–3. doi:10.1093/bioinformatics/btm281. PMID  17545182.

Tashqi havolalar