Qatorli zamburug'lar genomlari ro'yxati - List of sequenced fungi genomes - Wikipedia
Bu ketma-ket qo'ziqorin genomlari ro'yxati yig'ilgan, izohlangan va nashr etilgan genomning to'liq genomik qatorlariga ega bo'lgan ma'lum bo'lgan barcha qo'ziqorin turlarini o'z ichiga oladi; qoralama genomlari, shuningdek, organellar faqat ketma-ketliklari kiritilmagan.
Ascomycota
Dotidomitsetlar
- Aureobasidium pullulans, A. melanogenum, A. subglaciale va A. namibiya, poliekstremotolerant (2014[1])
- Hortaea werneckii, juda halotolerant (2013 yil[2] 2017[3])
- Leptosferiya makulalari, o'simlik patogen (2011)[4])
- Makrofomina fazolina, o'simlik patogen (2012)[5])
- Mikosfera fijiensis, o'simlik qo'zg'atuvchisi (2007)[6])
- Mikosfera graminikola IPO323, bug'doy patogen (2008 yil)[7])
- Phaosphaeria nodorum SN15, bug'doy patogen (2005)[8])
- Pirenofora tritici-repentis Pt-1C-BFP, bug'doy qo'zg'atuvchisi (2007 y[9])
Evrotiomitsetalar
- Ajellomyces capsulata bir nechta shtammlar, Darling kasalligi (2009 yil, nashr qilinmagan).[10])
- Ajellomyces dermatitidis bir nechta shtammlar (2009 yil, nashrdan chiqarilgan).[11])
- Arthroderma benhamiae CBS 112371, teri infektsiyasi (2010 yil, nashr qilinmagan).[12])
- Artroderma gipsezi CBS 118893, sportchining oyog'i (2008 y.)[13])
- Arthroderma otae CBS 113480, sportchining oyog'i (2008 y.)[13])
- Aspergillus aculeatus ATCC16872, sanoat maqsadlarida foydalanish (2010 y.)[14])
- Aspergillus carbonarius ITEM 5010, oziq-ovqat patogen (2009)[15])
- Aspergillus clavatus Kuchlanish: NRRL1 (2008 yil)[16])
- Aspergillus fumigatus Tuzilish: A1163, odam patogen (2008)[16])
- Aspergillus fumigatus Tuzilish: Af293, odam patogen (2005)[17])
- Aspergillus kawachii IFO 4308, oziq-ovqat sanoati (2011 y.)[18])
- Aspergillus nidulans Tuzilish: FGSC A4, model organizm (2005)[19])
- Aspergillus niger Kuchlanish: ATCC 1015 (DOE qo'shma Genom instituti )
- Aspergillus niger Kuchlanish: CBS 513.88, sanoat maqsadlarida foydalanish (2007 yil)[20])
- Aspergillus oryzae Kuchlanish: RIB40, sanoat maqsadlarida foydalanish (2005 yil)[21])
- Aspergillus terreus NIH 2624, statin ishlab chiqaruvchisi va patogen (2005, nashr etilmagan).[22])
- Coccidioides immitis, inson qo'zg'atuvchisi, Vodiy isitmasi (2009[23])
- Coccidioides posadasii C735 delta SOWgp, inson qo'zg'atuvchisi, Vodiy isitmasi (2009[23])
- Neosartorya fischeri Kuchlanish: NRRL181 (2008 yil[16])
- Paracoccidioides brasiliensis, bir nechta shtammlar, odam qo'zg'atuvchisi (2007 yil)[24]
- Penicillium xrizogenum Kuchlanish: Viskonsin 54-1255, sanoat maqsadlarida foydalanish (2008 yil)[25])
- Penicillium digitatum PHI26 (2012 yil)[26])
- Penicillium digitatum Std Pd1 (2012 yil.)[26]
- Talaromyces marneffei, inson patogen (2011)[27]
- Uncinocarpus reesii (2009[23])
Leotiomitsetlar
- Blumeria graminis ffsp hordei Tuzilish: DH14, o'simlik patogen (2010)
- Botrytis cinerea (Botryotinia fuckeliana) Tuzilish: B05.10 va T4, o'simlik patogen (2011)[28])
- Glareya lozoyensis (2012[29])
- Sclerotinia sclerotiorum Kuchlanish: 1980 (2011)[28])
- Askorin sarkoidlari Kuchlanish: NRRL50072 (2012 yil[30])
Pezizomitsetalar
- Cladobotryum protrusum (2019[31])
- Ildiz melanosporum Mel28, Perigord qora truffle (2010 yil)[32])
Saxaromitsetlar
- Ashbya gossypii Tuzilish: ATCC 10895, o'simlik patogen (2004)[33])
- Candida albicans Tuzilish: SC5314, odam patogen (2004)[34])
- Candida albicans Tuzilish: WO-1, odam patogen (2009)[35])
- Candida dubliniensis CD36, odam qo'zg'atuvchisi (2009)[36])
- Candida glabrata Tuzilish: CBS138, odam patogen (2004)[37])
- Candida guilliermondii, inson qo'zg'atuvchisi (2009)[35])
- Candida lusitaniae, inson qo'zg'atuvchisi (2009)[35])
- Kandida parapsilozi, inson qo'zg'atuvchisi (2009)[35])
- Candida ortopsilozi ', inson patogen (2012)[38])
- Candida tropicalis, inson qo'zg'atuvchisi (2009)[35])
- Debaryomitsalar hansenii Kuchlanish: CBS767, sanoat maqsadlarida foydalanish (2004 y.)[37])
- Debaryomitsalar hansenii Kuchlanish: MTCC 234, tuzga chidamli (2012 y.)[39])
- Dekkera bruxellensis Tuzilish: CBS2499, sharob xamirturushlari (2012 yil)[40])
- Hansenula polimorfasi NCYC 495 leu1.1, sanoat maqsadlarida foydalanish (2010 y.)[41])
- Kluyveromyces aestuarii ATCC 18862 (2010 yil, nashrdan chiqarilgan).[42])
- Kluyveromyces lactis Qiyin: CLIB210, sanoat maqsadlarida foydalanish (2004 y.)[37])
- Kluyveromyces wickerhamii UCD 54-210 (2010 yil, nashrdan chiqarilgan).[43])
- Lachancea kluyveri (Saccharomyces kluyveri ) NRRL Y-12651, o'simlik patogen (2009)[44])
- Lodderomyces elongisporus, inson qo'zg'atuvchisi (2009)[35])
- Naumovozima kastellii Kuchlanish: AS 2.2404, CBS 4309 (Saxaromyces castellii; 2003,[45] 2011[46])
- Naumovozima dairenensis Kuchlanish: CBS 421 (2011 yil)[46])
- Saccharomyces bayanus (2003,[45][47] 2011[48])
- Saccharomyces arboricolus (2013,[49])
- Saccharomyces cerevisiae Kuchlanish: JAY291, sanoat / model (2009 yil)[50])
- Saccharomyces cerevisiae Kuchlanish: S288C, sanoat / model (1996 y.)[51])
- Saccharomyces cerevisiae Kuchlanish: Sigma1278b, sanoat / model (2010 yil)[52])
- Saccharomyces kudriavzevii (2003[45][48])
- Saccharomyces mikatae (2003,[45][47] 2011[48])
- Saxaromitsalar paradoksusi (2003[47] 2009[53])
- Saccharomyces pastorianus Weihenstephan 34/70, sanoat, pivo (2009 y.)[54])
- Scheffersomyces stipitis (Pichia stipiti) CBS 6054, lignin / ksiloza degradatsiyasi (2007 y.)[55])
- Spathaspora passalidarum NRRL Y-27907, ksiloz fermenti modeli (2010 y.)[56])
- Tetrapisispora fafii van der Ualt Y 89, CBS 4417 (2011 yil)[46])
- Torulaspora delbrueckii Kuchlanish: Wallerstein 129, CBS 1146 (2011 yil)[46])
- Vandervaltozima polyspora DSM 70294 (2007[57])
- Yarrowia lipolytica Kuchlanish: CLIB99, sanoat maqsadlarida foydalanish (2004 y.)[37])
- Zigosakkaromitsiya rouxii shtamm CBS732, oziq-ovqat spoylerlari (2009 y.)[58])
Shizosaxaromitsetlar
- Schizosaccharomyces japonicus yFS275, invaziv o'sish modeli (2006 y.)[59])
- Schizosaccharomyces pombe Kuchlanish: 972 soat, model eukaryot (2002 y.)[60])
Sordaromitsetalar
- Colletotrichum graminicola, makkajo'xori qo'zg'atuvchisi (2012)[61])
- Colletotrichum higginsianum, Arabidopsis talianasi patogen (2012 y.)[61])
- Chaetomium koxliodalari Tuzilish: CCM F-232, tuproq qo'ziqorinlari (2016 y.)[62])
- Chaetomium globosum Tuzilish: CBS 148.51, tuproq qo'ziqorinlari (2005)[63])
- Chaetomium termofil Tuzilish: CBS 144.50, tuproq qo'ziqorinlari (2011 yil)[64])
- Fusarium oxysporum f. sp. lycopersici 4287, odam / o'simlik patogen (2010 yil)[65])
- Gibberella moniliformis 7600, o'simlik patogen (2010)[65])
- Gibberella zeae PH-1, o'simlik patogen (2008 yil)[66])
- Gaeumannomyces graminis tritici R3-111a-1 (2010 yil, nashrdan chiqarilgan).[67])
- Grosmanniya klavigerasi kw1407, o'simlik qo'zg'atuvchisi (2011)[68])
- Magnaporthe grisea, o'simlik patogen (20054)[69])
- Metarhizium acridum CQMa 102 va
- Metarhizium anisopliae ARSEF 23, hasharotlar patogenlari (2011)[70])
- Neurospora crassa, model eukaryot (2003 y.)[71])
- Neurospora tetrasperma FGSC 2508 mat A, modeli (2010 y.)[72])
- Nektriya gemotokokklari MPVI, plastik / zararkunanda. / lignin degradatori (2009 y.)[73])
- Podospora anserina : S mat + [74]
- Sporotrichum termofil, termofil tsellyuloza degradatori (2010 y.)[75])
- Thielavia terrestris, termofil / sanoat modeli (2010 y.)[76])
- Trichoderma atrovirid, sanoat / tuproq, (2010 yil[77])
- Trichoderma reesei QM6a, biomassani buzuvchi (2008 yil)[78])
- Trichoderma viruslari Gv29-8, sanoat / patogen (2007 yil)[79])
- Verticillium albo-atrum VaMs.102, o'simlik qo'zg'atuvchisi (2008, nashr etilmagan).[80])
Basidiomycota
Agarikomitsetalar
- Agaricus bisporus var. bisporus Kuchlanish: H97, Champignon (2009 yil)[81])
- Agrocybe aegerita, ack Kavak yoki Qilich belbog'li qo'ziqorin (2018 y.)[82]) )
- Aurikulyariya delicata (2012[83])
- Auricularia heimuer, Xitoy Auricularia (2019[84])
- Konyofora puteana (2012[83])
- Koprinopsis cinerea (Coprinus cinereus), ko'p hujayrali qo'ziqorinlar uchun model organizm (2010 y.)[85])
- Dichomitus squalens (2012[83])
- Fibroporia radiculosa Kuchlanish: TFFH 294 (2012 y.)[86])
- Fomitiporiya mediterranea (2012[83])
- Fomitopsis pinicola (2012[83])
- Gloeophyllum trabeum (2012[83])
- Hebeloma cylindrosporum http://genome.jgi.doe.gov/Hebcy2/Hebcy2.home.html
- Heterobazidion annosum, o'simlik patogen (2009)[87])
- Laccaria bicolor Kuchlanish: S238N-H82, mikoriza (2008 yil)[88])
- Lentinula edodes, Shiitake qo'ziqorin (2016 yil[89])
- Monilioftora perniciosa, Jodugarlarning supurgi kasalligi ning kakao (2008[90])
- Phanerochaete xrizosporium Kuchlanish: RP78, mikoremediatsiya (2004[91])
- Piriformospora indica endofit (2011)[92])
- Pleurotus ostreatus, sanoat / lignin degrader (2010 y.)[93])
- Pleurotus tuber-regium, Oq chiriyotgan qo'ziqorin (2018 yil)[94])
- Postia platsenta, tsellyuloza degradatsiyasi (2008 yil)[78][95])
- Punktulariya strigosozonata (2012[83])
- Schizophyllum Commune, qo'ziqorin (2010 yil[96])
- Serpula lakrimanlari, o'simlik patogen (2011)[97])
- Stereum hirsutum (2012[83])
- Trametes versicolor (2012[83])
- Volfiporiya kokos (2012[83])
Pucciniomycetes (avval Urediniomitsetlar )
- Melampsora larisis-populina, mashhur patogen (2008)[98])
- Puccinia graminis f. sp. tritici, o'simlik patogen (2011)[99][100][101])
- Puccinia triticina 1-1 BBBD Race 1, bug'doy patogen ([101])
- Rhodotorula graminislar shtamp WP1, o'simlik simbionti (2010 yil)[102])
- Sporobolomitsiyalar rozeus, o'simliklar bilan bog'liq ([103])
Tremellomitsetalar
- Kriptokokklar (Filobasidiella) neoformanlar JEC21, odam qo'zg'atuvchisi (2005,[104] boshqa shtammlar nashr etilmaydi.[105])
- Dakriopinaks sp. (2012 yil[83])
- Tremella mesenterica (2012[83])
Ustilaginomitsetlar
- Malassezia globosa CBS 7966, kepek bilan bog'liq (2007 yil[106])
- Malassezia cheklovlari CBS 7877, kepek bilan bog'liq (2007 yil[106])
- Sporisorium rellianum, o'simlik patogen (2010)[107])
- Ustilago maydis, o'simlik qo'zg'atuvchisi (2006)[108])
Wallemiomycetes
- Valemiya ichthyophaga, majburiy halofil (2013[109])
- Valemiya sebi, kserofil (2012[110])
Chitridiomycota
Chitridiomycota tarkibida sporalari bo'lgan qo'ziqorinlarni o'z ichiga oladi flagella (zoosporalar ) va flagella etishmaydigan yanada rivojlangan quruqlik qo'ziqorinlari bilan birodar guruhdir. Xitridlarning bir nechta turlari patogenlardir, ammo ularning genomlari hali tartiblanmagan.
- Batrachochytrium dendrobatidis JEL423, amfibiya qo'zg'atuvchisi (2006)[111])
- Batrachochytrium dendrobatidis JAM81, amfibiya patogen (2006)[112])
- Spizellomitsiya punktatusi DAOM BR117 (2009 yil.)[113])
- Gonapodya prolifera JEL478 (Monoblefaridomitsetlar ) (2011[114])
- Chitriomyces '' sp. MP 71
- Entophlycits helioformis JEL805
- Gaertneriomyces semiglobifer Barr43
- Globomyces pollinis-pini
- Rhizoclomsatium globosum
Blastokladiomikota
- Allomyces makroginus ATCC 38327 (Blastokladiomikota ) (2009[113])
- Katenariya anguillulalari PL171 (Blastokladiomikota )[115]
Neokallimastigomikota
- Piromits sp. E2 (Neokallimastigomikota ) (2011[116])
- Anaeromits sp. S4
- Neokallimastix sp. G1
- Orpinomits sp. C1A
Mikrosporidiya
- Ensefalitozoon kunikuli, inson qo'zg'atuvchisi (2001 yil)[117])
- Ensefalitozoon ichak ATCC 50506, odam qo'zg'atuvchisi (2010 y.)[118])
- Enterocytozoon bieneusi, odamning qo'zg'atuvchisi, ayniqsa OIV infektsiyasi sharoitida (~ 60% genom 2009,[119] 2010[120])
- Nosema ceranae, asal asalari qo'zg'atuvchisi (2009)[121])
- Oktosporea bayeri OER 3-3, Dafniya patogen (2009 yil)[122])
Mukoromikota
Mukoromikotina
- Absidia padenii
- Absidia repenslari
- Backusella circina
- Circinella umbellata
- Cokeromyces recurvatus
- Cunninghamella echinulata
- Dichotomocladium eleganlari
- Fennellomits sp.
- Gilbertella persicaria var. persikariya
- Gongronella butlari
- Hesseltinella vesiculosa
- Lichtheimia corymbifera
- Lichtheimia hyalospora
- Mucor circinelloides
- Mucor kordense
- Mucor indicus
- Mucor heterogamus
- Mycotypha africana
- Parasitella parasitica
- Phascolomyces articulosus
- Phycomyces blakesleeanus
- Phycomyces nitens
- Pilaira anomalasi
- Pilobolus umbonatus
- Radiomyces spectabilis
- Rizopus delemar
- Rhizopus oryzae, inson qo'zg'atuvchisi (mukormikoz ) (2009[123])
- Rhizopus mikrosporasi
- Saksenaea vasiformis
- Spinellus fuiger
- Sporodiniella umbellata
- Syncephalastrum racemosum
- Thamnidium elegans
- Umbelopsis isabellina
- Umbelopsis ramanniana
- Meksika
Glomeromikotina
Mortierellomycotina
- Mortierella alpina Kuchlanish: ATCC 32222, arakidon kislotasining tijorat manbai (2011 yil)[124])
- Lobosporangium transversale
- Mortierella elongata
- Mortierella humilis
- Mortierella multidivaricata
- Mortierella verticillata
Zoopagomikota
Kikxellomikotina
- Coemansia reversa
- Coemansia spiralis
- Kikxella alabastrina
- Linderina pennikporasi
- Martensiomyces pterosporus
- Ramicandelaber brevisporus
- Smittium culicis
- Smittium mucronatum
- Zancudomyces culisetae
Entomoftoromikotina
Zoopagomikotina
- Syncephalis fuscata
- Syncephalis plumigaleata
- Syncephalis pseudoplumigaleata
- Piptocephalis cylindrospora
Shuningdek qarang
- Hayvonlarning ketma-ket genomlari ro'yxati
- Arxeologik genomlar ketma-ketligi
- Tizimli bakterial genomlar ro'yxati
- Tartibga qo'yilgan ökaryotik genomlar ro'yxati
- Tartiblangan o'simlik genomlari ro'yxati
Tashqi havolalar
- Zamburug'li genom tashabbusi (genomlar loyihasini o'z ichiga oladi)
- UniProt so'rovi (to'liq proteom va zamburug'lar)
Adabiyotlar
- ^ Gostinčar C, Ohm RA, Kogej T, Sonjak S, Turk M, Zajc J va boshq. (2014 yil iyul). "To'rt Aureobasidium pullulans navlarini genom sekvensiyasi: biotexnologik salohiyat, stressga chidamlilik va yangi turlarning tavsifi". BMC Genomics. 15 (1): 549. doi:10.1186/1471-2164-15-549. PMC 4227064. PMID 24984952.
- ^ Lenassi M, Gostinčar C, Jackman S, Turk M, Sadowski I, Nislow C va boshq. (2013). "Juda khalotolerant qora xamirturushli Hortaea werneckii de novo genom sekvensiyasi bilan aniqlangan metal kation transportyorlarining butun genomini ko'paytirish va boyitishi". PLOS ONE. 8 (8): e71328. Bibcode:2013PLoSO ... 871328L. doi:10.1371 / journal.pone.0071328. PMC 3744574. PMID 23977017.
- ^ Nislou, Kori; Stajich, Jeyson E.; Gostinchar, Sen; Lenassi, Metka; Cimerman, Nina Gunde; Plemenitash, Ana; Formbi, Shon; Neira, Maurisio; Flibotte, Stefan (2017-07-01). "Halofil xamirturush Hortaea werneckii genomining yaqinda takrorlanishi haqida tushuncha: yaxshilangan genomni gen ekspressioni va xromatin tuzilishi bilan birlashtirish". G3: Genlar, Genomlar, Genetika. 7 (7): 2015–2022. doi:10.1534 / g3.117.040691. ISSN 2160-1836. PMC 5499112. PMID 28500048.
- ^ Rouxel T, Grandaubert J, Hane JK, Hoede C, van de Vou AP, Couloux A va boshq. (2011 yil fevral). "Takroriy induktsiya qilingan mutatsiyalar ta'sirlangan Leptosphaeria maculans genomining bo'linmalarida effektiv diversifikatsiya". Tabiat aloqalari. 2 (2): 202. Bibcode:2011 yil NatCo ... 2..202R. doi:10.1038 / ncomms1189. PMC 3105345. PMID 21326234.
- ^ Islom MS, Haque MS, Islom MM, Emdad EM, Halim A, Hossen QM va boshq. (Sentyabr 2012). "Yo'q qilish uchun vositalar: eng zararli o'simlik patogen zamburug'laridan biri genomi Macrophomina phaseolina". BMC Genomics. 13 (1): 493. doi:10.1186/1471-2164-13-493. PMC 3477038. PMID 22992219.
- ^ "Uy - Pseudocercospora (Mycosphaerella) fijiensis v2.0". genome.jgi-psf.org. Olingan 24-noyabr 2018.
- ^ Goodwin SB, M'barek SB, Dhillon B, Wittenberg AH, Crane CF, Hane JK va boshq. (Iyun 2011). "Mycosphaerella graminicola zamburug'li bug'doy patogenining tugatilgan genomida dispensli tuzilish, xromosoma plastisiyasi va yashirin patogenezi aniqlanadi". PLoS Genetika. 7 (6): e1002070. doi:10.1371 / journal.pgen.1002070. PMC 3111534. PMID 21695235.
- ^ Hane JK, Lowe RG, Solomon PS, Tan KC, Schoch CL, Spatafora JW va boshq. (2007 yil noyabr). "Dagonidomitset o'simliklarining o'zaro ta'sirlari genomlar ketma-ketligi va bug'doy qo'zg'atuvchisi Stagonospora nodorumning EST tahlillari bilan yoritilgan". O'simlik hujayrasi. 19 (11): 3347–68. doi:10.1105 / tpc.107.052829. PMC 2174895. PMID 18024570.
- ^ Jamoa, diArk. "diArk - types_list". www.diark.org. Olingan 24-noyabr 2018.
- ^ "JGI GOLD | Loyiha".
- ^ "JGI GOLD | Loyiha".
- ^ http://genomesonline.org/cgi-bin/GOLD/bin/GOLDCards.cgi?goldstamp=Gc01529
- ^ a b Martinez DA, Oliver BG, Gräser Y, Goldberg JM, Li V, Martinez-Rossi NM va boshq. (2012). "Trichophyton rubrum va unga aloqador dermatofitlarning genomini taqqoslash tahlili infektsiyaga aloqador nomzod genlarni aniqlaydi". mBio. 3 (5): e00259-12. doi:10.1128 / mBio.00259-12. PMC 3445971. PMID 22951933.
- ^ "Uy - Aspergillus aculeatus ATCC16872 v1.1". genome.jgi-psf.org. Olingan 24-noyabr 2018.
- ^ "Uy - Aspergillus carbonarius ITEM 5010 v3". genome.jgi-psf.org. Olingan 24-noyabr 2018.
- ^ a b v Fedorova ND, Xoldi N, Joardar VS, Maiti R, Amedeo P, Anderson MJ va boshq. (2008 yil aprel). "Aspergillus fumigatus patogen filamentoz qo'ziqorinidagi genomik orollar". PLoS Genetika. 4 (4): e1000046. doi:10.1371 / journal.pgen.1000046. PMC 2289846. PMID 18404212.
- ^ Nierman WC, Pain A, Anderson MJ, Wortman JR, Kim HS, Arroyo J va boshq. (2005 yil dekabr). "Aspergillus fumigatus patogen va allergik filamentli qo'ziqorinning genomik ketma-ketligi". Tabiat. 438 (7071): 1151–6. Bibcode:2005 yil natur.438.1151N. doi:10.1038 / nature04332. PMID 16372009.
- ^ Futagami T, Mori K, Yamashita A, Vada S, Kajiwara Y, Takashita H va boshq. (2011 yil noyabr). "Aspergillus kawachii IFO 4308 oq koji qolipining genom ketma-ketligi, yapon distillangan spirtli shochini tayyorlash uchun ishlatiladi". Eukaryotik hujayra. 10 (11): 1586–7. doi:10.1128 / EC.05224-11. PMC 3209066. PMID 22045919.
- ^ Galagan JE, Calvo SE, Cuomo C, Ma LJ, Wortman JR, Batzoglou S va boshq. (2005 yil dekabr). "Aspergillus nidulans ketma-ketligi va A. fumigatus va A. oryzae bilan qiyosiy tahlil". Tabiat. 438 (7071): 1105–15. Bibcode:2005 yil. Tabiat. 438.1105G. doi:10.1038 / nature04341. PMID 16372000.
- ^ Pel HJ, de Winde JH, Archer DB, Dyer PS, Hofmann G, Schaap PJ va boshq. (2007 yil fevral). "Aspergillus niger CBS 513.88 ko'p qirrali hujayra fabrikasining genomlarini ketma-ketligi va tahlili". Tabiat biotexnologiyasi. 25 (2): 221–31. doi:10.1038 / nbt1282. PMID 17259976.
- ^ Machida M, Asai K, Sano M, Tanaka T, Kumagai T, Terai G va boshq. (2005 yil dekabr). "Aspergillus oryzae genomini tartiblash va tahlil qilish" (PDF). Tabiat. 438 (7071): 1157–61. Bibcode:2005 yil. Noyabr. 438.1157M. doi:10.1038 / nature04300. PMID 16372010.
- ^ "DiArk | types_list".
- ^ a b v Sharpton TJ, Stajich JE, Rounsley SD, Gardner MJ, Wortman JR, Jordar VS va boshq. (Oktyabr 2009). "Odamning qo'ziqorin qo'zg'atuvchilari Koksidioid va ularning qarindoshlarini qiyosiy genomik tahlillari". Genom tadqiqotlari. 19 (10): 1722–31. doi:10.1101 / gr.087551.108. PMC 2765278. PMID 19717792.
- ^ Desjardins CA, Champion MD, Holder JW, Muszewska A, Goldberg J, Bailão AM va boshq. (Oktyabr 2011). "Parakoksidioidomikozni qo'zg'atadigan odam qo'ziqorin qo'zg'atuvchilarining qiyosiy genomik tahlili". PLoS Genetika. 7 (10): e1002345. doi:10.1371 / journal.pgen.1002345. PMC 3203195. PMID 22046142.
- ^ van den Berg MA, Albang R, Albermann K, Badger JH, Daran JM, Driessen AJ va boshq. (Oktyabr 2008). "Penicillium chrysogenum filamentoz qo'ziqorinining genomini tartiblash va tahlil qilish" (PDF). Tabiat biotexnologiyasi. 26 (10): 1161–8. doi:10.1038 / nbt.1498. PMID 18820685.
- ^ a b Marcet-Houben M, Ballester AR, de la Fuente B, Harries E, Marcos JF, Gonsales-Candelas L, Gabaldón T (noyabr 2012). "Tsitrusning o'limdan keyingi asosiy patogenasi bo'lgan Penicillium digitatum nekrotrofik qo'ziqorinining genom ketma-ketligi". BMC Genomics. 13: 646. doi:10.1186/1471-2164-13-646. PMC 3532085. PMID 23171342.
- ^ Woo PC, Lau SK, Liu B, Cai JJ, Chong KT, Tse H va boshq. (2011 yil dekabr). "Penicillium marneffei PM1 shtammining genom ketma-ketligi loyihasi". Eukaryotik hujayra. 10 (12): 1740–1. doi:10.1128 / EC.05255-11. PMC 3232717. PMID 22131218.
- ^ a b Amselem J, Kuomo CA, van Kan JA, Viaud M, Benito E.P., Couloux A va boshq. (Avgust 2011). "Sclerotinia sclerotiorum va Botrytis cinerea nekrotik qo'ziqorin qo'zg'atuvchilarining genomik tahlili". PLoS Genetika. 7 (8): e1002230. doi:10.1371 / journal.pgen.1002230. PMC 3158057. PMID 21876677.
- ^ Youssar L, Grüning BA, Erxleben A, Gyunter S, Xyuttel V (fevral, 2012). "Glarea lozoyensis qo'ziqorinining genom ketma-ketligi: Helotiaceae oilasiga kiruvchi turning birinchi genom ketma-ketligi". Eukaryotik hujayra. 11 (2): 250. doi:10.1128 / EC.05302-11. PMC 3272893. PMID 22302591.
- ^ Gianoulis TA, Griffin MA, Spakowicz DJ, Dunican BF, Alpha CJ, Sboner A va boshq. (2012). "Uglevodorod ishlab chiqaruvchi, selülolitik, endofitik qo'ziqorin Ascocoryne sarkoidlarining genomik tahlili". PLoS Genetika. 8 (3): e1002558. doi:10.1371 / journal.pgen.1002558. PMC 3291568. PMID 22396667.
- ^ Sossah FL, Liu Z, Yang C, Okorley BA, Sun L, Fu Y, Li Y (fevral, 2019). "Cladobotryum protrusum o'stirilgan qo'ziqorindagi o'rgimchak to'ri kasalligi patogenining evolyutsiyasi va patogen mexanizmlari to'g'risida tushuncha beradi". Genlar. 10 (2): 124. doi:10.3390 / genlar10020124. PMC 6409746. PMID 30744046.
- ^ Martin F, Kohler A, Murat C, Balestrini R, Coutinho PM, Jaillon O va boshq. (2010 yil aprel). "Perigord qora truffle genomi evolyutsion kelib chiqish va simbiyoz mexanizmlarini ochib beradi". Tabiat. 464 (7291): 1033–8. Bibcode:2010 yil natur.464.1033M. doi:10.1038 / nature08867. PMID 20348908.
- ^ Dietrich FS, Voegeli S, Brachat S, Lerch A, Geyts K, Shtayner S va boshq. (2004 yil aprel). "Ashbya gossypii genomi qadimiy Saccharomyces cerevisiae genomini xaritalash vositasi sifatida". Ilm-fan. 304 (5668): 304–7. Bibcode:2004 yil ... 304..304D. doi:10.1126 / science.1095781. PMID 15001715.
- ^ Jones T, Federspiel NA, Chibana H, Dungan J, Kalman S, Magee BB va boshq. (2004 yil may). "Candida albicansning diploid genom ketma-ketligi". Amerika Qo'shma Shtatlari Milliy Fanlar Akademiyasi materiallari. 101 (19): 7329–34. Bibcode:2004 yil PNAS..101.7329J. doi:10.1073 / pnas.0401648101. PMC 409918. PMID 15123810.
- ^ a b v d e f Butler G, Rasmussen MD, Lin MF, Santos MA, Sakthikumar S, Munro CA va boshq. (Iyun 2009). "Sakkizta Candida genomidagi patogenlik va jinsiy ko'payish evolyutsiyasi". Tabiat. 459 (7247): 657–62. Bibcode:2009 yil natur.459..657B. doi:10.1038 / nature08064. PMC 2834264. PMID 19465905.
- ^ EBI loyihasi sahifasi
- ^ a b v d Dujon B, Sherman D, Fischer G, Durrens P, Casaregola S, Lafontaine I va boshq. (2004 yil iyul). "Xamirturushlarda genom evolyutsiyasi". Tabiat. 430 (6995): 35–44. Bibcode:2004 yil natur.430 ... 35D. doi:10.1038 / nature02579. PMID 15229592.
- ^ Riccombeni A, Vidanes G, Proux-Vera E, Vulfe KH, Butler G (2012). "Patogen achitqi Candida ortopsilozi genomining ketma-ketligi va tahlili". PLOS ONE. 7 (4): e35750. Bibcode:2012PLoSO ... 735750R. doi:10.1371 / journal.pone.0035750. PMC 3338533. PMID 22563396.
- ^ Kumar S, Randxava A, Ganesan K, Raghava GP, Mondal AK (iyul 2012). "Tuzga chidamli xamirturushli genom ketma-ketligi loyihasi Debaryomyces hansenii var. Hansenii MTCC 234". Eukaryotik hujayra. 11 (7): 961–2. doi:10.1128 / EC.00137-12. PMC 3416502. PMID 22744717.
- ^ Piskur J, Ling Z, Marcet-Houben M, Ishchuk OP, Aerts A, LaButti K va boshq. (2012 yil iyul). "Dekkera bruxellensis sharob xamirturushining genomi uning oziq-ovqat bilan bog'liq xususiyatlarini o'rganish vositasini taqdim etadi". Xalqaro oziq-ovqat mikrobiologiyasi jurnali. 157 (2): 202–9. doi:10.1016 / j.ijfoodmicro.2012.05.008. PMID 22663979.
- ^ "Uy - Ogataea polymorpha NCYC 495 leu1.1 v2.0". genome.jgi-psf.org. Olingan 24-noyabr 2018.
- ^ http://genomesonline.org/cgi-bin/GOLD/bin/GOLDCards.cgi?goldstamp=Gc01520
- ^ http://genomesonline.org/cgi-bin/GOLD/bin/GOLDCards.cgi?goldstamp=Gc01521
- ^ Souciet JL, Dujon B, Gaillardin C, Johnston M, Baret PV, Cliften P va boshq. (Oktyabr 2009). "Protoploid Saccharomycetaceae qiyosiy genomikasi". Genom tadqiqotlari. 19 (10): 1696–709. doi:10.1101 / gr.091546.109. PMC 2765284. PMID 19525356.
- ^ a b v d Cliften P, Sudarsanam P, Desikan A, Fulton L, Fulton B, mayor J va boshq. (2003 yil iyul). "Filogenetik iz bilan Saccharomyces genomlarida funktsional xususiyatlarni topish". Ilm-fan. 301 (5629): 71–6. Bibcode:2003Sci ... 301 ... 71C. doi:10.1126 / science.1084337. PMID 12775844.
- ^ a b v d Gordon JL, Armisén D, Proux-Wéra E, Shéigeartaigh SS, Byrne KP, Wolfe KH (dekabr 2011). "Xamirturushli jinsiy xromosomalarning juftlashuv evaziyali eroziyasi, juftlashuv tipidagi kommutatsiya hodisalari". Amerika Qo'shma Shtatlari Milliy Fanlar Akademiyasi materiallari. 108 (50): 20024–9. Bibcode:2011PNAS..10820024G. doi:10.1073 / pnas.1112808108. PMC 3250169. PMID 22123960.
- ^ a b v Kellis M, Patterson N, Endrizzi M, Birren B, Lander ES (may 2003). "Genlarni va tartibga soluvchi elementlarni aniqlash uchun xamirturush turlarini tartiblashtirish va taqqoslash". Tabiat. 423 (6937): 241–54. Bibcode:2003 yil natur.423..241K. doi:10.1038 / tabiat01644. PMID 12748633.
- ^ a b v Scannell DR, Zill OA, Rokas A, Payen C, Dunham MJ, Eisen MB va boshq. (Iyun 2011). "Xamirturushning ajoyib kuchi evolyutsion genetika: Saccharomyces sensu stricto Genus uchun yangi genom ketma-ketliklari va shtamm manbalari". G3. 1 (1): 11–25. doi:10.1534 / g3.111.000273. PMC 3276118. PMID 22384314.
- ^ Liti G, Nguyen Ba AN, Blythe M, Myuller CA, Bergström A, Cubillos FA va boshq. (2013 yil yanvar). "Saccharomyces arboricolus genomining yuqori sifatli de novo ketma-ketligi va yig'ilishi". BMC Genomics. 14 (1): 69. doi:10.1186/1471-2164-14-69. PMC 3599269. PMID 23368932.
- ^ Argueso JL, Carazzolle MF, Mieczkowski PA, Duarte FM, Netto OV, Missawa SK va boshq. (2009 yil dekabr). "Bioetanol ishlab chiqarishda keng qo'llaniladigan Saccharomyces cerevisiae shtammining genom tuzilishi". Genom tadqiqotlari. 19 (12): 2258–70. doi:10.1101 / gr.091777.109. PMC 2792172. PMID 19812109.
- ^ Goffeau A, Barrell BG, Bussey H, Devis RW, Dujon B, Feldmann H va boshq. (Oktyabr 1996). "6000 genli hayot". Ilm-fan. 274 (5287): 546, 563–7. Bibcode:1996Sci ... 274..546G. doi:10.1126 / science.274.5287.546. PMID 8849441.
- ^ Dowell RD, Rayan O, Jansen A, Cheung D, Agarwala S, Danford T va boshq. (2010 yil aprel). "Genotipdan fenotipgacha: murakkab muammo". Ilm-fan. 328 (5977): 469. Bibcode:2010Sci ... 328..469D. doi:10.1126 / science.1189015. PMC 4412269. PMID 20413493.
- ^ Liti G, Karter DM, Musa AM, Warringer J, L qismlari, Jeyms SA va boshq. (Mart 2009). "Uy va yovvoyi xamirturushlarning populyatsion genomikasi". Tabiat. 458 (7236): 337–41. Bibcode:2009 yil natur.458..337L. doi:10.1038 / nature07743. PMC 2659681. PMID 19212322.
- ^ Nakao Y, Kanamori T, Itoh T, Kodama Y, Rainieri S, Nakamura N va boshq. (2009 yil aprel). "Turli xil duragaylar uchun lager pivo xamirturushining genom ketma-ketligi". DNK tadqiqotlari. 16 (2): 115–29. doi:10.1093 / dnares / dsp003. PMC 2673734. PMID 19261625.
- ^ Jeffris TW, Grigoriev IV, Grimwood J, Laplaza JM, Aerts A, Salamov A va boshq. (2007 yil mart). "Lignocellulose-bioconverting va ksiloz fermentlovchi xamirturush Pichia stipitisining genom ketma-ketligi". Tabiat biotexnologiyasi. 25 (3): 319–26. doi:10.1038 / nbt1290. PMID 17334359.
- ^ "Uy - Spathaspora passalidarum NRRL Y-27907 v2.0". genome.jgi-psf.org. Olingan 24-noyabr 2018.
- ^ Scannell DR, Frank AC, Conant GC, Byrne KP, Woolfit M, Wolfe KH (may 2007). "Ikki xamirturush turidagi minglab takrorlangan gen juftlarini mustaqil ravishda saralash butun genomning ko'payishidan kelib chiqqan". Amerika Qo'shma Shtatlari Milliy Fanlar Akademiyasi materiallari. 104 (20): 8397–402. Bibcode:2007PNAS..104.8397S. doi:10.1073 / pnas.0608218104. PMC 1895961. PMID 17494770.
- ^ EBI loyihasi sahifasi
- ^ Rhind N, Chen Z, Yassour M, Tompson DA, Xaas BJ, Habib N va boshq. (2011 yil may). "Parchalanadigan xamirturushlarning qiyosiy funktsional genomikasi". Ilm-fan. 332 (6032): 930–6. Bibcode:2011 yil ... 332..930R. doi:10.1126 / science.1203357. PMC 3131103. PMID 21511999.
- ^ Wood V, Gwilliam R, Rajandream MA, Line M, Line R, Stewart A va boshq. (2002 yil fevral). "Schizosaccharomyces pombe ning genom ketma-ketligi". Tabiat. 415 (6874): 871–80. doi:10.1038 / tabiat724. PMID 11859360.
- ^ a b O'Connell RJ, Thon MR, Hacquard S, Amyotte SG, Kleemann J, Torres MF va boshq. (Sentyabr 2012). "Genom va transkriptomli tahlillar yordamida shifrlangan o'simlik patogen Colletotrichum zamburug'larida turmush tarzi o'tishlari". Tabiat genetikasi. 44 (9): 1060–5. doi:10.1038 / ng. 2372. PMID 22885923.
- ^ Zamocký M, Tafer H, Chovanova K, Lopandic K, Kamlárová A, Obinger C (sentyabr 2016). "Chaetomium coxliodes filamentli tuproq qo'ziqorinining genom ketma-ketligi barcha peroksidaza va katalaz superfamilalaridan gem fermentlari uchun genlarning ko'pligini ochib beradi". BMC Genomics. 17 (1): 763. doi:10.1186 / s12864-016-3111-6. PMC 5041501. PMID 27681232.
- ^ "Chaetomium globosum Genom loyihasi". broadinstitute.org. 2015 yil 15-may. Olingan 24-noyabr 2018.
- ^ Amlacher S, Sarges P, Flemming D, van Noort V, Kunze R, Devos DP va boshq. (2011 yil iyul). "Eukaryotik termofil genomidan foydalangan holda yadro teshiklari kompleksining tuzilishi va yig'ilishi to'g'risida tushuncha". Hujayra. 146 (2): 277–89. doi:10.1016 / j.cell.2011.06.039. PMID 21784248.
- ^ a b Ma LJ, van der Does HC, Borkovich KA, Coleman JJ, Daboussi MJ, Di Pietro A va boshq. (2010 yil mart). "Qiyosiy genomika Fusariumda xromosomalarning mobil patogenligini aniqlaydi". Tabiat. 464 (7287): 367–73. Bibcode:2010 yil natur.464..367M. doi:10.1038 / nature08850. PMC 3048781. PMID 20237561.
- ^ EBI loyihasi sahifasi
- ^ http://genomesonline.org/cgi-bin/GOLD/bin/GOLDCards.cgi?goldstamp=Gc01519
- ^ "Moviy dog 'qo'ziqorinining genomi tog' qarag'ay qo'ng'izi epidemiyasida daraxtlarni himoya qilishni chetlab o'tish uchun rivojlandi: UBC tadqiqotlari". ubc.ca. 2011 yil 24-yanvar. Olingan 24-noyabr 2018.
- ^ Dean RA, Talbot NJ, Ebbole DJ, Farman ML, Mitchell TK, Orbach MJ va boshq. (2005 yil aprel). "Magnaporthe grisea guruchli qo'ziqorinning genom ketma-ketligi". Tabiat. 434 (7036): 980–6. Bibcode:2005 yil natur.434..980D. doi:10.1038 / nature03449. PMID 15846337.
- ^ Gao Q, Jin K, Ying SH, Zhang Y, Xiao G, Shang Y va boshq. (2011 yil yanvar). "Entomopatogen zamburug'lar metarhizium anisopliae va M. acridum modelining genom sekvensiyasi va qiyosiy transkriptomikasi". PLoS Genetika. 7 (1): e1001264. doi:10.1371 / journal.pgen.1001264. PMC 3017113. PMID 21253567.
- ^ Galagan JE, Calvo SE, Borkovich KA, Selker Evropa Ittifoqi, Read ND, Jaffe D va boshq. (2003 yil aprel). "Neurospora crassa filamentli qo'ziqorinning genom ketma-ketligi". Tabiat. 422 (6934): 859–68. Bibcode:2003 yil natur.422..859G. doi:10.1038 / nature01554. PMID 12712197.
- ^ "Uy - Neurospora tetrasperma FGSC 2508 mat A v2.0". genome.jgi-psf.org. Olingan 24-noyabr 2018.
- ^ Coleman JJ, Rounsley SD, Rodriguez-Carres M, Kuo A, Wasmann CC, Grimwood J va boshq. (Avgust 2009). "Nektriya gemotokokklari genomi: supero'tkazuvchi xromosomalarning genlarning kengayishiga qo'shgan hissasi". PLoS Genetika. 5 (8): e1000618. doi:10.1371 / journal.pgen.1000618. PMC 2725324. PMID 19714214.
- ^ Espagne E, Lespinet O, Malagnac F, Da Silva C, Jaillon O, Porcel BM va boshq. (2008). "Podospora anserina ascomitsete qo'ziqorin modelining genom ketma-ketligi". Genom biologiyasi. 9 (5): R77. doi:10.1186 / gb-2008-9-5-r77. PMC 2441463. PMID 18460219.
- ^ "Uy - Myceliophthora thermophila (Sporotrichum thermophile) v2.0". genome.jgi-psf.org. Olingan 24-noyabr 2018.
- ^ "Uy - Thielavia terrestris v2.0". genome.jgi-psf.org. Olingan 24-noyabr 2018.
- ^ "Uy - Trichoderma atroviride v2.0". genome.jgi-psf.org. Olingan 24-noyabr 2018.
- ^ a b Martinez D, Berka RM, Henrissat B, Salohaymo M, Arvas M, Baker SE va boshq. (2008 yil may). "Trichoderma reesei (sin. Hypocrea jecorina) biomassasini parchalaydigan qo'ziqorinning genomlarini ketma-ketligi va tahlili". Tabiat biotexnologiyasi. 26 (5): 553–60. doi:10.1038 / nbt1403. PMID 18454138.
- ^ "Uy - Trichoderma virens Gv29-8 v2.0". genome.jgi-psf.org. Olingan 24-noyabr 2018.
- ^ Jamoa, diArk. "diArk - types_list". www.diark.org. Olingan 24-noyabr 2018.
- ^ "Uy - Agaricus bisporus var bisporus (H97) v2.0". genome.jgi-psf.org. Olingan 24-noyabr 2018.
- ^ Gupta DK, Ruh M, Mishra B, Kleofas V, Xofrixter M, Hertsog R va boshq. (2018 yil yanvar). "Agrocybe aegerita tijorat maqsadlarida etishtiriladigan qo'ziqorinning genomlari ketma-ketligi meva bilan bog'liq genlarning konservalangan repertuarini va biopolimerni emiruvchi fermentlarning ko'p qirrali to'plamini ochib beradi". BMC Genomics. 19 (1): 48. doi:10.1186 / s12864-017-4430-y. PMC 5769442. PMID 29334897.
- ^ a b v d e f g h men j k l Floudas D, Binder M, Riley R, Barri K, Blanchette RA, Henrissat B va boshq. (Iyun 2012). "31 qo'ziqorin genomidan tiklangan fermentativ lignin parchalanishining paleozoy kelib chiqishi". Ilm-fan. 336 (6089): 1715–9. Bibcode:2012 yil ... 336.1715F. doi:10.1126 / fan.1221748. hdl:10261/60626. PMID 22745431.
- ^ Yuan Y, Vu F, Si J, Chjao YF, Dai YC (yanvar 2019). "Auricularia heimuer (Basidiomycota, Fungi) ning butun genom ketma-ketligi, dunyo bo'ylab yetishtiriladigan qo'ziqorinlar orasida uchinchi o'rinda". Genomika. 111 (1): 50–58. doi:10.1016 / j.ygeno.2017.12.013. PMID 29288711.
- ^ Stajich JE, Wilke SK, Ahren D, Au CH, Birren BW, Borodovskiy M va boshq. (Iyun 2010). "Qo'ziqorin Coprinopsis cinerea (Coprinus cinereus) qo'ziqorinining yig'ilgan xromosomalaridan ko'p hujayrali qo'ziqorinlarning evolyutsiyasi to'g'risida tushunchalar". Amerika Qo'shma Shtatlari Milliy Fanlar Akademiyasi materiallari. 107 (26): 11889–94. Bibcode:2010PNAS..10711889S. doi:10.1073 / pnas.1003391107. PMC 2900686. PMID 20547848.
- ^ Tang JD, Perkins AD, Sonstegard TS, Shreder SG, Burgess SC, Diehl SV (aprel 2012). "Fibroporia radiculosa jigarrang chiriyotgan qo'ziqorini genomik tahlil qilish uchun qisqa o'qish ketma-ketligi". Amaliy va atrof-muhit mikrobiologiyasi. 78 (7): 2272–81. doi:10.1128 / AEM.06745-11. PMC 3302605. PMID 22247176.
- ^ "Uy - Heterobasidion annosum v2.0". genome.jgi-psf.org. Olingan 24-noyabr 2018.
- ^ Martin F, Aerts A, Ahren D, Brun A, Danchin EG, Duchaussoy F va boshq. (2008 yil mart). "Lakariya bikolorining genomi mikorizal simbioz haqida tushuncha beradi". Tabiat. 452 (7183): 88–92. Bibcode:2008 yil natur.452 ... 88M. doi:10.1038 / nature06556. PMID 18322534.
- ^ Shim D, Park SG, Kim K, Bae V, Li GW, Xa BS va boshq. (2016 yil aprel). "Butun genom de novo ketma-ketligi va dunyo bo'ylab mashhur qo'ziqorin qo'ziqorinining genom izohlanishi, Lentinula edodes". Biotexnologiya jurnali. 223: 24–5. doi:10.1016 / j.jbiotec.2016.02.032. PMID 26924240.
- ^ Mondego JM, Carazzolle MF, Kosta GG, Formighieri EF, Parizzi LP, Rincones J va boshq. (2008 yil noyabr). "Monilioftora perniciosa genomini o'rganish jodugarlar kakao supurgi kasalligi to'g'risida yangi tushunchalar beradi". BMC Genomics. 9: 548. doi:10.1186/1471-2164-9-548. PMC 2644716. PMID 19019209.
- ^ Martinez D, Larrondo LF, Putnam N, Gelpke MD, Huang K, Chapman J va boshq. (2004 yil iyun). "Lignocellulose ning dezinfektsiyalovchi Phanerochaete xrizosporium shtampi RP78 genomining ketma-ketligi". Tabiat biotexnologiyasi. 22 (6): 695–700. doi:10.1038 / nbt967. PMID 15122302.
- ^ Zuccaro A, Lahrmann U, Güldener U, Langen G, Pfiffi S, Biedenkopf D va boshq. (Oktyabr 2011). "Piriformospora indica mutotsialistik ildiz simbiontining genom va transkriptomik tahlillari bilan dekodlangan hayot strategiyalari". PLoS patogenlari. 7 (10): e1002290. doi:10.1371 / journal.ppat.1002290. PMC 3192844. PMID 22022265.
- ^ "Uy - Pleurotus ostreatus PC15 v2.0". genome.jgi-psf.org. Olingan 24-noyabr 2018.
- ^ Lam KL, Si K, Vu X, Tang S, Sun X, Kvan HS, Cheung PC (oktyabr 2018). "Pleurotus -Pleurotus tuber-regium jinsidagi yagona sklerotiya hosil qiluvchi yovvoyi turlarning diploid genomi - uning biomassasini lignotsellyuloza substratlaridan konversiya mexanizmi to'g'risida tushuncha beradi". Biotexnologiya jurnali. 283: 22–27. doi:10.1016 / j.jbiotec.2018.07.009. PMID 30003974.
- ^ "Uy - Postia platsentasi MAD 698-R v1.0". genome.jgi-psf.org. Olingan 24-noyabr 2018.
- ^ Ohm RA, de Jong JF, Lugones LG, Aerts A, Kothe E, Stajich JE va boshq. (Sentyabr 2010). "Schizophyllum commune qo'ziqorin modelining genom ketma-ketligi". Tabiat biotexnologiyasi. 28 (9): 957–63. doi:10.1038 / nbt.1643. PMID 20622885.
- ^ Eastwood DC, Floudas D, Binder M, Majcherczyk A, Schneider P, Aerts A va boshq. (Avgust 2011). "O'rmon zamburug'larining funktsional xilma-xilligi asosida o'simlik hujayralarini devorlarini buzadigan uskunalar yotadi". Ilm-fan (Qo'lyozma taqdim etilgan). 333 (6043): 762–5. Bibcode:2011 yil ... 333..762E. doi:10.1126 / science.1205411. PMID 21764756.
- ^ "Uy - Melampsora larici-populina v1.0". genome.jgi.doe.gov. Olingan 24-noyabr 2018.
- ^ Duplessis S, Cuomo, CA, Lin YC, Aerts A, Tisserant E, Veneault-Fourrey C va boshq. (2011 yil may). "Zang zamburug'larining genomik tahlillari bilan hal qilingan majburiy biotrofiya xususiyatlari". Amerika Qo'shma Shtatlari Milliy Fanlar Akademiyasi materiallari. 108 (22): 9166–71. Bibcode:2011PNAS..108.9166D. doi:10.1073 / pnas.1019315108. PMC 3107277. PMID 21536894.
- ^ Lyuis CM, Personlar A, Bebber DP, Kigati RN, Maynts J, Findlay K va boshq. (2018-02-08). "Buyuk Britaniyada bug'doy poyasi zangining qayta paydo bo'lishi ehtimoli". Aloqa biologiyasi. 1 (1): 13. doi:10.1038 / s42003-018-0013-y. PMC 6053080. PMID 30271900.
- ^ a b [1] Keng institut
- ^ "Uy - Rhodotorula graminis shtammlari WP1 v1.1". genome.jgi-psf.org. Olingan 24-noyabr 2018.
- ^ "JGI kirish". jgi-psf.gov. Olingan 24-noyabr 2018.
- ^ Loftus BJ, Fung E, Roncaglia P, Rowley D, Amedeo P, Bruno D va boshq. (2005 yil fevral). "Bazidiomitsitli xamirturush va odamning qo'zg'atuvchisi Cryptococcus neoformans genomi". Ilm-fan. 307 (5713): 1321–4. Bibcode:2005 yil ... 307.1321L. doi:10.1126 / science.1103773. PMC 3520129. PMID 15653466.
- ^ "JGI GOLD | Loyiha".
- ^ a b Xu J, Saunders CW, Xu P, Grant RA, Boekhout T, Kuramae EE va boshq. (2007 yil noyabr). "Kepek bilan bog'liq bo'lgan Malassezia genomlari o'simlik va odam zamburug'li patogenlari bilan birgalikda konvergent va divergent virulentlik xususiyatlarini ochib beradi". Amerika Qo'shma Shtatlari Milliy Fanlar Akademiyasi materiallari. 104 (47): 18730–5. Bibcode:2007PNAS..10418730X. doi:10.1073 / pnas.0706756104. PMC 2141845. PMID 18000048.
- ^ Schirawski J, Mannhaupt G, Myunch K, Brefort T, Schipper K, Doehlemann G va boshq. (2010 yil dekabr). "Genomni taqqoslash natijasida aniqlangan qo'ziqorin qo'ziqorini patogenligini aniqlash omillari". Ilm-fan. 330 (6010): 1546–8. Bibcode:2010Sci ... 330.1546S. doi:10.1126 / science.1195330. PMID 21148393.
- ^ Kämper J, Kahmann R, Bölker M, Ma LJ, Brefort T, Saville BJ va boshq. (2006 yil noyabr). "Utilago maydis biotrofik qo'ziqorin o'simlik patogenining genomidan tushunchalar". Tabiat. 444 (7115): 97–101. Bibcode:2006 yil Noyabr 444 ... 97K. doi:10.1038 / nature05248. PMID 17080091.
- ^ Zajc J, Liu Y, Dai V, Yang Z, Xu J, Gostinchar S, Gunde-Simerman N (sentyabr 2013). "Galemiya qo'ziqorinining genom va transkriptomik ketma-ketligi Wallemia ichthyophaga: mavjud va mavjud bo'lmagan galoadaptatsiyalar". BMC Genomics. 14: 617. doi:10.1186/1471-2164-14-617. PMC 3849046. PMID 24034603.
- ^ Padamsee M, Kumar TK, Riley R, Binder M, Boyd A, Calvo AM va boshq. (2012 yil mart). "Xerotolerant mog'or Wallemia sebi genomi osmotik stressga moslashishni aniqlaydi va kriptik jinsiy ko'payishni taklif qiladi". Qo'ziqorin genetikasi va biologiyasi (Qo'lyozma taqdim etilgan). 49 (3): 217–26. doi:10.1016 / j.fgb.2012.01.007. PMID 22326418.
- ^ "Batrachochitrium Genome Project". broadinstitute.org. 2016 yil 25-avgust. Olingan 24-noyabr 2018.
- ^ "Uy - Batrachochytrium dendrobatidis JAM81 v1.0". genome.jgi.doe.gov. Olingan 24-noyabr 2018.
- ^ a b "Mikrobial Eukaryotes veb-saytimiz foydalanuvchilari uchun yangilanish". broadinstitute.org. 2016 yil 29 fevral. Olingan 24-noyabr 2018.
- ^ "Uy - Gonapodya prolifera v1.0". genome.jgi.doe.gov. Olingan 24-noyabr 2018.
- ^ "Uy - Catenaria anguillulae PL171 v1.0". genome.jgi.doe.gov. Olingan 24-noyabr 2018.
- ^ "Uy - Piromyces sp. E2 v1.0". genome.jgi-psf.org. Olingan 24-noyabr 2018.
- ^ Katinka MD, Duprat S, Cornillot E, Meténier G, Thomarat F, Prensier G va boshq. (Noyabr 2001). "Enkefalitozoon kunikuli eukaryot parazitining genomlar ketma-ketligi va genlarni zichlashi". Tabiat. 414 (6862): 450–3. Bibcode:2001 yil natur.414..450K. doi:10.1038/35106579. PMID 11719806.
- ^ Corradi N, Pombert JF, Farinelli L, Didier ES, Keeling PJ (sentyabr 2010). "Encephalitozoon intestinalis mikrosporidiyasidan ma'lum bo'lgan eng kichik yadro genomining to'liq ketma-ketligi". Tabiat aloqalari. 1 (6): 77. Bibcode:2010 yil NatCo ... 1 ... 77C. doi:10.1038 / ncomms1082. PMC 4355639. PMID 20865802.
- ^ Akiyoshi DE, Morrison HG, Lei S, Feng X, Zhang Q, Corradi N va boshq. (Yanvar 2009). "Kultivatsiya qilinmaydigan opportunistik odam patogenini genomik tekshirish, Enterocytozoon bieneusi". PLoS patogenlari. 5 (1): e1000261. doi:10.1371 / journal.ppat.1000261. PMC 2607024. PMID 19132089.
- ^ Keeling PJ, Corradi N, Morrison HG, Haag KL, Ebert D, Vayss LM va boshq. (2010 yil iyul). "Enterocytozoon bieneusi parazitar mikrosporidianing kamaytirilgan genomida yadro uglerod metabolizmi uchun genlar etishmaydi". Genom biologiyasi va evolyutsiyasi. 2: 304–9. doi:10.1093 / gbe / evq022. PMC 2942035. PMID 20624735.
- ^ Cornman RS, Chen YP, Schatz MC, Street C, Zhao Y, Desany B va boshq. (Iyun 2009). "Asal asalarilarining paydo bo'ladigan patogenlari mikrosporidian Nosema ceranae ning genomik tahlillari". PLoS patogenlari. 5 (6): e1000466. doi:10.1371 / journal.ppat.1000466. PMC 2685015. PMID 19503607.
- ^ Corradi N, Haag KL, Pombert JF, Ebert D, Keeling PJ (2009). "Daphniya patogenining Octosporea bayeri genomlari ketma-ketligi loyihasi: katta mikrosporidian genomining gen tarkibiga oid tushunchalar va mezbon-parazit o'zaro ta'sirining modeli". Genom biologiyasi. 10 (10): R106. doi:10.1186 / gb-2009-10-10-r106. PMC 2784321. PMID 19807911.
- ^ Ma LJ, Ibrohim AS, Skory C, Grabherr MG, Burger G, Butler M va boshq. (2009 yil iyul). "Rhizopus oryzae bazal nasl zamburug'ining genomik tahlilida butun genomning ko'payishi aniqlandi". PLoS Genetika. 5 (7): e1000549. doi:10.1371 / journal.pgen.1000549. PMC 2699053. PMID 19578406.
- ^ Vang L, Chen V, Fen Y, Ren Y, Gu Z, Chen X va boshqalar. (2011). "Mortierella alpina yog'li qo'ziqorinining genomik tavsifi". PLOS ONE. 6 (12): e28319. Bibcode:2011PLoSO ... 628319W. doi:10.1371 / journal.pone.0028319. PMC 3234268. PMID 22174787.