Metanokaldokokk sp. FS406-22 - Methanocaldococcus sp. FS406-22
| Metanokaldokokk sp. FS406-22 | |
|---|---|
| Ilmiy tasnif | |
| Domen: | |
| Qirollik: | |
| Filum: | |
| Sinf: | |
| Buyurtma: | |
| Oila: | |
| Tur: | |
| Binomial ism | |
| Metanokaldokokk sp. FS406-22 | |
Metanokaldokokk sp. FS406-22 bu arxey jinsda Metanokaldokokk.[1] Bu anaerob, piezofil, diazotrofik, gipertermofil dengiz arxeon.[2] Ushbu shtat azotni bugunga qadar qayd etilgan azot fiksatorlarining ma'lum bo'lgan eng yuqori haroratida mahkamlashi bilan ajralib turadi.[3] The 16S rRNK geni Metanokaldokokk sp. FS406-22, deyarli 100% ga o'xshash Metanocaldococcus jannaschii, azot bo'lmagan fiksator.[1]
Kashfiyot va izolyatsiya
Metanokaldokokk sp. FS406-22 chuqur dengizdan ajratilgan gidrotermal shamollatish suyuqligi. [4] Gidrotermal teshiklar plitalar harakatlanadigan okean tubida joylashgan tektonik jihatdan Masalan, vulqon joylari va okeanning o'rtalarida.[4] Ushbu o'rta okean tizmalari suvda yashovchi dengiz hayvonlari uchun katta miqdordagi oziq-ovqat bilan ta'minlaydi.[4] FS406-22 shtammini ajratib turadigan maxsus shamollatish qismi joylashgan Xuan de Fuka tizmasi ichida tinch okeani yaqin vulkanik faollik.[1] Mausmi P. Mehta va Jon A. Baross 2004 yil sentyabr oyida Yangi Millennum observatoriyasining kruiz paytida FS406-22 shtammini ajratib olishdi.[3] The Tomas G. Tompson kemasi ushbu kruizni amalga oshirdi va u tomonga yo'l oldi Eksenel vulqon.[3] Masofadan boshqariladigan transport vositasi (ROPOS ) gidrotermik suyuqlik va zarrachalar namuna oluvchisi (HFPS) yordamida 113 markeridan namuna olingan shamollatish suyuqligi.[3] Marker 113 - bu janubi-sharqiy burchakda 1525 metr chuqurlikda joylashgan shamollatish moslamasi kaldera.[3] Ushbu shamollatish so'nggi portlashdan oldin faol bo'lgan Eksenel vulqon 1998 yil yanvar oyida.[3]
Xususiyatlari
Ekologiya
Metanokaldokokk sp. FS406-22 - dengiz tubidagi dengiz Arxeysi.[5] Bu gipertermofil metanogen azotni biriktiradi.[2] FS405-22 shtammlari eng maqbul haroratda 92 ° C darajasida o'sib, vulqonlar yaqinida rivojlanishiga imkon beradi.[3] FS406-22 shtamm maxsus yashashni afzal ko'radi gidrotermal teshiklar chuqur dengiz tubida.[6] Va nihoyat, bu dengiz arxeysi yo'q sporulyatsiya.[6]
Morfologiya
Metanokaldokokkning ushbu o'ziga xos turi kokklar shaklida.[6] FS406-22 gramm manfiy va yo'q patogen odamlarga.[6] FS406-22 shtammlari erkin yashaydigan dengiz arxeysi va harakatchan flagella.[3]
Fiziologiya va metabolizm
Metanokaldokokk sp. FS406-22 - bu an anaerob azotni o'ta chuqurlikda o'rnatishga qodir dengiz arxeyasi.[2] A bo'lish gipertermofil ekstremofil, u juda issiq muhitda yashaydi, masalan, 75 ° C dan 110 ° C gacha bo'lgan har qanday joyda bo'lishi mumkin bo'lgan gidrotermal shamollatish.[7] FS406-22 shtamm ham piezofil, diazotrofik, litotrof.[6][8] Unda bor anaerob metabolizm, azotni biriktiruvchi metabolizm va metanogen.[1] The elektron qabul qiluvchilar dan iborat karbonat angidrid, sirka kislotasi va nitrat.[1] The elektron donorlar bor glutamin va karboksilik guruhlar.[1]
Genom
Uning genom hajmi 1,77 million asosiy juftlikdan iborat bo'lib, 1893 ni tashkil qiladi oqsillarni kodlovchi genlar.[5] Ushbu oqsillarni kodlovchi genlarga qo'shimcha ravishda, Metanokaldokokk sp. FS406-22 36 ga ega psevdogenlar va jami 23 ta CRISPR lokuslar.[6] Ushbu shtamm hozirgi kungacha barcha ketma-ket izolatlar orasida eng ko'p CRISPR lokusiga ega.[2] Bundan tashqari, a GK-tarkib 32,04%.[5]
Filogeniya
The 16S rRNK Methanocaldococcus sp. geni. FS406-22, deyarli 100% ga o'xshash Metanocaldococcus jannascsalom DSM 2661.[3] Faqatgina farq shundaki Metanokaldokokk sp. FS406-22 - bu gipertermofil azotni biriktirish arxey va Metanocaldococcus jannaschii DSM 2661 azotni tuzatishga qodir emas.[3] Boshqa tegishli turlari va shtammlar ning Metanokaldokokk shu tartibda yashovchilarga quyidagilar kiradi: Metanococcus aeolicus, Metanocaldococcus fervens, Methanotorris igneus, Methanocaldococcus infernus, Metanocaldococcus jannaschii, Metanococcus maripaludis, Metanotermokokk okinawensis, Metanococcus vannielii, Metanokokk voltava Metanokaldokokk vulkanius.[6]
Ahamiyati
Metanokaldokokk sp. FS406-22 azotni tuzatish qobiliyati va uchun juda muhimdir kamaytirish u N2 ga NH3 tegmaslik 92 ° C haroratda.[3] Bu ilmiy jamoatchilik uchun juda muhim kashfiyotdir, chunki azotning 92 ° S darajadagi optimal pasayishi metanogenning avval qayd etilgan azot pasayishiga qaraganda jami 28 ° C ga yuqori, Metanotermokokk termolitotrofik. Kashf etilishidan oldin Metanokaldokokk sp. FS406-22, Metanotermokokk termolitotrofikus edi eng termofil mikroorganizm, azotni 64 ° C da mahkamlash.[3] Ushbu maxsus kashfiyot nafaqat dengiz biosferasida, balki boshqa hayot sharoitlarini ham ochib berishga qodir. ekotizimlar bu azot etishmasligi. Ushbu metanogenni chuqurroq ko'rib chiqsak, 16S rRNK geni Metanokaldokokk sp. FS406-22, 99% ga o'xshash Metanocaldococcus jannaschii DSM 2661.[3] Bu g'alati 1% kelishmovchilik FS406-22 va M. jannaschii ajdodlar genlarining avvalgi ajralishi bilan bog'liq. Gipertermofil, diazotrofik, arxey (FS406-22 shtamm) ning paydo bo'lishi evolyutsion tarixi azotli.[3] The filogenetik tahlil azotli va xlorofillli temir oqsillar ota-bobolarimizdan kelib chiqqan temir oqsilini taklif qiladi takrorlangan va ajratilgan ichiga nifH va anfH genlar.[3] Genlarning bu xilma-xilligi ajralishdan oldin sodir bo'lgan deb taxmin qilinadi Domenlar bakteriyalar va metanogen arxealar.[3] FS406-22 shtammida funktsional mavjud nifH kodlashga qodir bo'lgan gen dinitrogenaza reduktaza Holbuki M. jannaschii bu genga ega emas, bu ikki tur o'rtasidagi 1% farqlanishni tushuntiradi.[3]
Adabiyotlar
- ^ a b v d e f Kruz, J; Liu, Y; Liang, Y; va boshq. (Yanvar 2012). "BacMap: izohlangan bakterial genomlarning zamonaviy elektron atlasi". Nuklein kislotalari rez. 40: D599–604. doi:10.1093 / nar / gkr1105. PMC 3245156. PMID 22135301.
- ^ a b v d Anderson, Rika E.; Brazelton, Uilyam J.; Barros, Jon A. (2011 yil mart). "CRISPR-larni metagenomik vosita sifatida diffuz oqim gidrotermal ventilyatsiya viruslari yig'ilishining mikrobial xostlarini aniqlash uchun ishlatish". FEMS Mikrobiologiya Ekologiyasi. 77 (1): 120–133. doi:10.1111 / j.1574-6941.2011.01090.x. PMID 21410492.
- ^ a b v d e f g h men j k l m n o p q Mehta, Mausmi P.; Baross, Jon A. (2006). "Gidrotermal shamollatish arxeoni tomonidan azotni 92 ° C da aniqlash". Ilm-fan. 314 (5806): 1783–1786. Bibcode:2006 yil ... 314.1783M. doi:10.1126 / science.1134772. PMID 17170307.
- ^ a b v Sakata, Rie; Kabutomori, Ryo; Okano, Keyko; Mitsui, Xiromasa; Takemura, Akixiro; Miwa, Tetsuya; Yamamoto, Xiroyuki; Okano, Toshiyuki (2015-08-14). "To'q Issiq dengizdagi Rodopsin: Rhodopsinni ilon balığı, Careproctus rhodomelas, chuqur dengizdagi gidrotermal teshikka yaqin joyda yashash". PLOS One. 10 (8): e0135888. Bibcode:2015PLoSO..1035888S. doi:10.1371 / journal.pone.0135888. ISSN 1932-6203. PMC 4537116. PMID 26275172.
- ^ a b v Kaspi, Ron; Altman, Tomer; Dreher, Kate; Fulcher, Kerol A.; Subhraveti, Pallavi; Keseler, Ingrid M.; Kotari, Anamika; Krummenacker, Markus; Latendresse, Mario (2012-01-01). "Metabolik yo'llar va fermentlarning metaCyc ma'lumotlar bazasi va yo'llar / genom ma'lumotlar bazalarining BioCyc to'plami". Nuklein kislotalarni tadqiq qilish. 40 (D1): D742-D753. doi:10.1093 / nar / gkr1014. ISSN 0305-1048. PMC 3245006. PMID 22102576.
- ^ a b v d e f g Nordberg, Henrik; Kantor, Maykl; Dusheyko, Serj; Xua, Syuzan; Poliakov, Aleksandr; Shabalov, Igor; Smirnova, Tatyana; Grigoryev, Igor V.; Dubchak, Inna (2014-01-01). "Energetika bo'yicha qo'shma Genom institutining genom portali: 2014 yil yangilanishlari". Nuklein kislotalarni tadqiq qilish. 42 (D1): D26-D31. doi:10.1093 / nar / gkt1069. ISSN 0305-1048. PMC 3965075. PMID 24225321.
- ^ "Metanokaldokokk sp. FS406-22 xromosomasining to'liq ketma-ketligi." Lucas S., Copeland A., Lapidus A., Cheng J.F., Bryus D., Gudvin L., Pitlak S., Teshima H., Detter JK, Xan S, Tapia R., Larimer F., Land M., Hauser L., Kirpides N., Mixaylova N., Sieprawska-Lupa M., Ley J., Whitman WB, Woyke T. (FEB-2010) taqdim etilgan. EMBL / GenBank / DDBJ ma'lumotlar bazalari
- ^ Allen, EE, Bartlett DH. 2004. Piezofillar: mikroorganizmlarning dengiz tubidagi muhitga moslashishi. Ekstremofillar. 3 (Gerday C, Glansdorff N, Eds.) .: 231-255., Oksford: Eolss Publishers Co Ltd
Qo'shimcha o'qish
- Rath, Devashish (2015). "CRISPR-Cas immun tizimi: Biologiya, mexanizmlar va qo'llanmalar". Biochimie. 117: 119–128. doi:10.1016 / j.biochi.2015.03.025. PMID 25868999..
- Dos Santos, kompyuter; Fang, Z; Meyson, SW; Setubal, JC; Dikson, R (2012). "Azot fiksatsiyasi va nitrogenaza o'xshash sekanslarning mikrobial genomlar orasida taqsimlanishi". BMC Genomics. 13: 162. doi:10.1186/1471-2164-13-162. PMC 3464626. PMID 22554235..
- Anderson, RE; Brazelton, VJ; Baross, JA (2011). "CRISPR-larni metagenomik vosita sifatida diffuz oqim gidrotermal ventilyatsiya viruslari yig'ilishining mikrobial xostlarini aniqlash uchun ishlatish". FEMS Mikrobiol Ekol. 77: 120–33. doi:10.1111 / j.1574-6941.2011.01090.x. PMID 21410492.