MicroRNA va microRNA maqsadli ma'lumotlar bazasi - MicroRNA and microRNA target database

Bu mikroRNK ma'lumotlar bazasi va microRNA ma'lumotlar bazalariga qaratilgan uchun ishlatiladigan ma'lumotlar bazalari va veb-portallar va serverlar to'plamidir mikroRNKlar va ularning maqsadlari. MikroRNKlar (miRNAlar) xabarchi RNKlarni nishonga olish orqali gen ekspressionini tartibga soluvchi kichik kodlamaydigan RNKlarning (ncRNAs) muhim sinfini anglatadi.[1]

microRNA maqsadli genlar ma'lumotlar bazalari

IsmTavsifturiHavolaAdabiyotlar
StarBasestarBase kod hal qilish uchun mo'ljallangan miRNA -lncRNA, miRNA-mRNA, miRNA-tsirkRNK, miRNA-psevdogen, miRNA-sncRNA, oqsil-lncRNA, oqsil-snkRNK, oqsil-mRNK va oqsil-psevdogen o'zaro ta'siri va ceRNA tarmoqlar 108 CLIP-Seq (HITS-CLIP, PAR-CLIP, iCLIP, CLASH) ma'lumotlar to'plamidan. Bu shuningdek beradi Saraton kasalligini tahlil qilish 6000 ta o'sma namunasidan olingan mikroRNK, lncRNA, sirkRNA va oqsil kodlovchi genlar uchun.ma'lumotlar bazasiveb-sayt[2][3]
StarScanStarScan lncRNA, circRNA, mRNA va psevdo genlaridagi kichik RNK (miRNA, piRNA, siRNA) vositachiligidagi RNK bo'linish hodisalarini skanerlash uchun ishlab chiqilgan.veb-dasturiy ta'minotveb-sayt[4]
CupidCupid - bu usul miRNA-maqsadli o'zaro ta'sirlarni va ularning vositachiligidagi raqobatbardosh endogen RNK (ceRNA) o'zaro ta'sirini bir vaqtda bashorat qilish. Bu ko'krak bezi saratoni hujayralarida mRNA va oqsil darajasini o'lchash bilan baholanganidek, miRNA-maqsadli bashorat qilish aniqligini sezilarli darajada yaxshilaydi. Cupid 3 bosqichda amalga oshiriladi: 1-qadam: nomzod miRNA ulanish joylarini 3 'UTRda qayta baholang. 2-bosqich: o'zaro ta'sirlar tanlangan saytlar va miRNA ekspression profillari va taxminiy maqsadlar o'rtasidagi statistik bog'liqlik haqida ma'lumotni birlashtirish orqali bashorat qilinadi. 3-qadam: Cupid, taxmin qilingan maqsadlar taxmin qilingan miRNA regulyatorlari uchun raqobatlashadimi yoki yo'qligini baholaydi. * Faqat 3-qadam uchun manba kodi berilgan.dasturiy ta'minot (MATLAB)veb-sayt[5]
TargetScanHar bir miRNA ning urug 'mintaqasiga to'g'ri keladigan joylarni qidirib, miRNAlarning biologik maqsadlarini taxmin qiladi. Pashshalar va nematodalarda bashoratlar ularning evolyutsion saqlanib qolish ehtimoli asosida tartiblanadi. Zebrafish-da bashoratlar sayt raqamiga, sayt turiga va sayt kontekstiga qarab tartiblanadi, bu saytga kirishga ta'sir qiluvchi omillarni o'z ichiga oladi. Sutemizuvchilardan foydalanuvchi bashoratlarni ularning saqlanish ehtimoli yoki sayt soni, turi va kontekstiga qarab saralashni tanlashi mumkin. Sutemizuvchilar va nematodalarda foydalanuvchi prognozlarni konservalangan saytlardan tashqariga chiqarishni va barcha saytlarni ko'rib chiqishni tanlashi mumkin.ma'lumotlar bazasi, veb-serverveb-sayt[6][7][8][9][10][11]
TarBaseEksperimental ravishda qo'llab-quvvatlanadigan hayvonlarning mikroRNK maqsadlari haqida to'liq ma'lumotlar bazasima'lumotlar bazasiveb-sayt[12]
Diana-microTDIANA-microT 3.0 har bir microRNA uchun alohida hisoblangan bir nechta parametrlarga asoslangan algoritm bo'lib, u konservalangan va konservatsiyalanmagan mikroRNKni tanib olish elementlarini yakuniy bashorat qilish baliga birlashtiradi.veb-serverveb-server[13]
miRecordsmicroRNA-maqsadli o'zaro ta'sirlar uchun integral resurs.ma'lumotlar bazasiveb-sayt[14]
PicTarPicTar - bu kombinatorial mikroRNK maqsadlarini bashorat qilish.ma'lumotlar bazasi, veb-server, bashoratlarveb-sayt[15]
PITAPITA, mRNA tarkibidagi mikro-RNKni tanib olishda mRNA tarkibidagi bazaviy juftlik bilan o'zaro ta'sirida aniqlangan maqsadli saytga kirishning rolini o'z ichiga oladi.veb-server, bashoratlarbashoratlar[16]
RepTarRepTar algoritmiga asoslangan teskari miRNA maqsadli bashoratlari ma'lumotlar bazasi, bu evolyutsion tabiatni muhofaza qilish nuqtai nazaridan mustaqil va urug'larni juftlashtirish joylari bilan chegaralanmaydi.ma'lumotlar bazasiveb-sayt[17]
RNK22Birinchi havola (bashoratlar) odam, sichqon, dumaloq qurt va meva chivinidagi barcha oqsillarni kodlash transkriptlari uchun RNA22 bashoratini beradi. Bu sizga cDNA xaritasida prognozlarni tasavvur qilish va bir nechta miR ning qiziqishi bo'lgan transkriptlarni topish imkonini beradi. Ikkinchi veb-sayt havolasi (odatiy) avval qiziqish ketma-ketligida taxminiy mikroRNK bog'lanish joylarini topadi, so'ngra maqsadli mikroRNKni aniqlaydi.veb-server, bashoratlarbashoratlar odatiy[18]
miRTarBaseEksperiment asosida tasdiqlangan microRNA-maqsadli o'zaro ta'sirlar ma'lumotlar bazasi. Ma'lumotlar bazasi sifatida miRTarBase uch yuz oltmish mingdan ortiq miRNA-maqsadli o'zaro ta'sirlarni (MTI) to'pladi, ular matnning NLP-dan keyin tegishli adabiyotlarni qo'lda o'rganish orqali to'planib, MiRNA-larning funktsional tadqiqotlari bilan bog'liq tadqiqot maqolalarini muntazam ravishda filtrlash uchun. Umuman olganda, to'plangan MTIlar eksperimental tarzda muxbirlar tahlili, g'arbiy blot, mikroarray va keyingi avlod ketma-ketligi tajribalari bilan tasdiqlanadi. Tasdiqlangan MTIlarning eng katta miqdorini o'z ichiga olgan holda, miRTarBase boshqa shunga o'xshash, ilgari ishlab chiqilgan ma'lumotlar bazalari bilan taqqoslash orqali eng yangilangan to'plamni taqdim etadi.ma'lumotlar bazasiveb-sayt[19][20][21][22]
miRwalkBoshqa miRNA-mRNA ma'lumotlar bazalarining natijalarini birlashtiradi va taqqoslaydima'lumotlar bazasi, veb-server[1][23]
MBSTARHaqiqiy yoki funktsional mikroRNK bilan bog'lanish joylarini aniqlash uchun bir nechta misol.veb-server, bashoratlarbashoratlar[24]
.

microRNA ma'lumotlar bazalari

IsmTavsifturiHavolaAdabiyotlar
deepBasedeepBase - kichik va uzun ncRNA (mikroRNA, siRNA, piRNAs ...) ni yuqori o'tkazuvchanlikdan izohlash va aniqlash uchun ma'lumotlar bazasi. chuqur ketma-ketlik ma'lumotlar.ma'lumotlar bazasiveb-sayt[25]
miRBasemiRBase ma'lumotlar bazasi - nashr etilgan miRNA ketma-ketliklari va izohlarining ma'lumotlar bazasi.ma'lumotlar bazasiveb-sayt[26]
microRNA.orgmicroRNA.org - bu eksperimental ravishda kuzatilgan microRNA ekspression naqshlari va prognoz qilingan microRNA maqsadlari va maqsadlarni pastga regulyatsiya qilish natijalari uchun ma'lumotlar bazasi.ma'lumotlar bazasiveb-sayt[27]
miRGen 2.0miRGen 2.0: microRNA genomik ma'lumotlari va regulyatsiyasi ma'lumotlar bazasima'lumotlar bazasiveb-sayt[28]
miRNAMapmiRNAMap: sutemizuvchilar genomlaridagi mikroRNK genlarining va ularning maqsad genlarining genomik xaritalarima'lumotlar bazasiveb-sayt[29]
PMRDPMRD: o'simlik mikroRNK ma'lumotlar bazasima'lumotlar bazasiveb-sayt[30]
TargetScanTargetScan7.0 mikroRNKlarni ularning saqlanish darajasiga ko'ra (ya'ni turlarga xos, sutemizuvchilar orasida saqlanadigan yoki umurtqali hayvonlar orasida keng saqlanadigan) qarab tasniflaydi va ularni urug 'ketma-ketligi asosida oilalarga birlashtiradi. Shuningdek, u saqlanib qolganlarni izohlaydi izomiRs kichik RNK ketma-ketlik ma'lumotlar to'plamlaridan foydalanish.[10]ma'lumotlar bazasiveb-sayt[10]
VIRmiRNAVIRmiRNA eksperimental bo'yicha birinchi maxsus manbadir virusli miRNA va ularning maqsadlar. Ushbu manba shuningdek, mezbonning virusga qarshi immunitetida muhim rol o'ynashi mumkin bo'lgan antivirusli miRNAlar haqida inklyuziv ma'lumot beradi.Ma'lumotlar bazasiveb-sayt[31]

Adabiyotlar

  1. ^ Bartel, D. P. (2009). "MicroRNAs: maqsadni aniqlash va tartibga solish funktsiyalari". Hujayra. 136 (2): 215–233. doi:10.1016 / j.cell.2009.01.002. PMC  3794896. PMID  19167326.
  2. ^ Yang, J. -H .; Li, J. -H .; Shao, P .; Chjou, X.; Chen, Y. -Q .; Qu, L. -H. (2010). "StarBase: Argonaute CLIP-Seq va Degradome-Seq ma'lumotlaridan microRNA-mRNA o'zaro ta'sir xaritalarini o'rganish uchun ma'lumotlar bazasi". Nuklein kislotalarni tadqiq qilish. 39 (Ma'lumotlar bazasi muammosi): D202-D209. doi:10.1093 / nar / gkq1056. PMC  3013664. PMID  21037263.
  3. ^ Li, JH; Liu, S; Chjou, H; Qu, LH; Yang, JH (2014 yil 1-yanvar). "starBase v2.0: katta miqyosli CLIP-Seq ma'lumotlaridan miRNA-ceRNA, miRNA-ncRNA va protein-RNK o'zaro ta'sir tarmoqlarini dekodlash". Nuklein kislotalarni tadqiq qilish. 42 (1): D92-7. doi:10.1093 / nar / gkt1248. PMC  3964941. PMID  24297251.
  4. ^ Liu, S; Li, JH; Vu, J; Chjou, KR; Chjou, H; Yang, JH; Qu, LH (2015 yil 18-may). "StarScan: degradome ketma-ketlik ma'lumotlaridan kichik RNK maqsadlarini skanerlash uchun veb-server". Nuklein kislotalarni tadqiq qilish. 43: W480-6. doi:10.1093 / nar / gkv524. PMC  4489260. PMID  25990732.
  5. ^ Chiu, Xua-Sheng; Llobet-Navas, Devid; Yang, Xuerui; Chung, Vey-Jen; Ambesi-Impiombato, Alberto; Iyer, Archana; Kim, Xyonja "Rayan"; Seviour, Elena G.; Luo, Zijun; Sehgal, Vasudha; Moss, Tayler; Lu, Yiling; Ram, Praxlad; Silva, Xose; Mills, Gordon B.; Kalifano, Andrea; Sumazin, Pavel (2015 yil fevral). "Cupid: bir vaqtning o'zida microRNA-target va ceRNA tarmoqlarini qayta qurish". Genom tadqiqotlari. 25 (2): 257–67. doi:10.1101 / gr.178194.114. PMC  4315299. PMID  25378249.
  6. ^ Lyuis, BP; Burge CB; Bartel DP (2005 yil 14-yanvar). "Odatda adenozinlar bilan yonma-yon turadigan urug'larni bir-biriga bog'lab qo'yish, odamlarning minglab genlari mikroRNK nishonlari ekanligidan dalolat beradi". Hujayra. 120 (1): 15–20. doi:10.1016 / j.cell.2004.12.035. PMID  15652477.
  7. ^ Grimson, A; Farx, KK; Johnston, WK; Garret-Engele, P; Lim, LP; Bartel, DP (6 Jul, 2007). "Sutemizuvchilarning o'ziga xos xususiyatiga ega bo'lgan MicroRNA: urug'larni juftlashtirishdan tashqari determinantlar". Molekulyar hujayra. 27 (1): 91–105. doi:10.1016 / j.molcel.2007.06.017. PMC  3800283. PMID  17612493.
  8. ^ Fridman, RC; Farx, KK; Burge, CB; Bartel, DP (yanvar, 2009 yil). "Ko'pgina sutemizuvchilar mRNKlari mikroRNKlarning saqlanib qolgan maqsadlari". Genom tadqiqotlari. 19 (1): 92–105. doi:10.1101 / gr.082701.108. PMC  2612969. PMID  18955434.
  9. ^ Garsiya, DM; Baek, D; Shin, C; Bell, GW; Grimson, A; Bartel, DP (2011 yil 11 sentyabr). "Urug'larni juftlashtirishning zaif barqarorligi va mo'ljaldagi mo'l-ko'llik lsy-6 va boshqa mikroRNKlarning malakasini pasaytiradi" (PDF). Tabiatning strukturaviy va molekulyar biologiyasi. 18 (10): 1139–46. doi:10.1038 / nsmb.2115. PMC  3190056. PMID  21909094.
  10. ^ a b v Agarval, Vikram; Bell, Jorj V.; Nam, Jin-Vu; Bartel, Devid P. (2015-08-12). "Sutemizuvchilar mRNKlarida samarali mikroRNK nishon joylarini bashorat qilish". eLife. 4: e05005. doi:10.7554 / eLife.05005. ISSN  2050-084X. PMC  4532895. PMID  26267216. Arxivlandi asl nusxasi 2015-08-27 da.
  11. ^ Agarval, V; Subtelny, AO; Thiru, P; Ulitskiy, men; Bartel, DP (4 oktyabr 2018). "Drozofilada mikroRNKning samaradorligini taxmin qilish". Genom biologiyasi. 19 (1): 152. doi:10.1186 / s13059-018-1504-3. PMC  6172730. PMID  30286781.
  12. ^ Setupati P, Corda B, Hatzigeorgiou AG (2006). "TarBase: eksperimental ravishda qo'llab-quvvatlanadigan hayvonlarning mikroRNK maqsadlari to'g'risida to'liq ma'lumotlar bazasi". RNK. 12 (2): 192–197. doi:10.1261 / rna.2239606. PMC  1370898. PMID  16373484.
  13. ^ Maragkakis M, Aleksiou P, Papadopulos GL, Reczko M, Dalamagas T, Giannopulos G, Gumas G, Koukis E, Kourtis K, Simossis VA, Setupatiya P, Vergoulis T, Koziris N, Sellis T, Tsanakas P, Xatsigeorgu (2009) . "MikroRNKning aniq prognozi oqsil repressiyasi darajasi bilan o'zaro bog'liq". BMC Bioinformatika. 10: 295. doi:10.1186/1471-2105-10-295. PMC  2752464. PMID  19765283.
  14. ^ Xiao F, Zuo Z, Cai G, Kang S, Gao X, Li T (2009). "miRecords: microRNA-maqsadli ta'sir o'tkazish uchun integral resurs". Nuklein kislotalari rez. 37 (Ma'lumotlar bazasi muammosi): D105-110. doi:10.1093 / nar / gkn851. PMC  2686554. PMID  18996891.
  15. ^ Krek A, Grün D, Poy MN, Wolf R, Rozenberg L, Epstein EJ, MacMenamin P, da Piedade I, Gunsalus KC, Stoffel M, Rajewsky N (2005). "Kombinatorial mikroRNK maqsadlarini bashorat qilish". Nat Genet. 37 (5): 495–500. doi:10.1038 / ng1536. PMID  15806104.
  16. ^ Kertesz M, Iovino N, Unnerstall U, Gaul U, Segal E (2007). "MicroRNA maqsadini aniqlashda saytga kirishning roli". Nat Genet. 39 (10): 1278–84. doi:10.1038 / ng2135. PMID  17893677.
  17. ^ Elefant, Naama; Berger Amnon; Shein Harel; Xofri Matan; Margalit Xana; Altuvia Yael (2011 yil yanvar). "RepTar: xost va virusli miRNAlarning taxmin qilingan uyali maqsadlari ma'lumotlar bazasi". Nuklein kislotalari rez. Angliya. 39 (Ma'lumotlar bazasi muammosi): D188-94. doi:10.1093 / nar / gkq1233. PMC  3013742. PMID  21149264.
  18. ^ Miranda KC, Huynh T, Tay Y, Ang YS, Tam WL, Tomson AM, Lim B, Rigoutsos I (2006). "MicroRNA bog'lanish joylari va ularga mos keladigan heteroduplekslarni aniqlash uchun naqshga asoslangan usul" (PDF). Hujayra. 126 (6): 1203–17. doi:10.1016 / j.cell.2006.07.031. PMID  16990141.
  19. ^ Hsu SD, Lin FM, Wu WY, Liang C, Huang WC, Chan WL, Tsay WT, Chen GZ, Lee CJ, Chiu CM, Chien CH, Wu MC, Huang CY, Tsou AP, Huang HD (2011). "miRTarBase: ma'lumotlar bazasi eksperimental ravishda tasdiqlangan microRNA-maqsadli o'zaro ta'sirlarni boshqaradi". Nuklein kislotalarni tadqiq qilish. 39 (Ma'lumotlar bazasi muammosi): D163-9. doi:10.1093 / nar / gkq1107. PMC  3013699. PMID  21071411.
  20. ^ Hsu SD, Tseng YT, Shrestha S, Lin YL, Xaleel A, Chou CH, Chu CF, Xuang XY, Lin CM, Xo SY, Jian TY, Lin FM, Chang TH, Veng SL, Liao KW, Liao IE, Liu CC , Huang HD (2014). "miRTarBase update 2014: eksperimental tarzda tasdiqlangan miRNA-maqsadli o'zaro ta'sirlar uchun axborot manbai". Nuklein kislotalarni tadqiq qilish. 42 (Ma'lumotlar bazasi muammosi): D78-85. doi:10.1093 / nar / gkt1266. PMC  3965058. PMID  24304892.
  21. ^ Chou CH, Chang NW, Shrestha S, Xsu SD, Lin YL, Li VX, Yang CD, Xong XK, Vey TY, Tu SJ, Tsay TR, Xo SY, Jian TY, Vu XY, Chen PR, Lin NC, Xuan HT , Yang TL, Pai CY, Tai CS, Chen WL, Huang CY, Liu CC, Weng SL, Liao KW, Hsu WL, Huang HD (2016). "miRTarBase 2016: eksperiment asosida tasdiqlangan miRNA-maqsadli o'zaro ta'sirlar ma'lumotlar bazasini yangilash". Nuklein kislotalarni tadqiq qilish. 44 (Ma'lumotlar bazasi muammosi): D239-47. doi:10.1093 / nar / gkv1258. PMC  4702890. PMID  26590260.
  22. ^ Chou CH, Shrestha S, Yang CD, Chang NW, Lin YL, Liao KW, Huang WC, Sun TH, Tu SJ, Lee WH, Chiew MY, Tai CS, Wei TY, Tsai TR, Huang HT, Wang CY, Wu HY. , Ho SY, Chen PR, Chuang CH, Xsieh PJ, Vu YS, Chen WL, Li MJ, Vu YC, Xuang XY, Ng FL, Buddhakosay V, Huang Kompyuter, Lan KC, Huang CY, Veng SL, Cheng YN, Liang C, Hsu WL, Huang HD (2018). "miRTarBase update 2018: eksperimental tarzda tasdiqlangan microRNA-maqsadli o'zaro ta'sirlar uchun resurs". Nuklein kislotalarni tadqiq qilish. 46 (Ma'lumotlar bazasi muammosi): D296-302. doi:10.1093 / nar / gkt1266. PMC  5753222. PMID  29126174.
  23. ^ Dweep H, Sticht C, Pandey P, Gretz N (2011). "miRWalk-ma'lumotlar bazasi: uchta genomning genlarini" yurish "orqali miRNA bog'lanish joylarini taxmin qilish". JBI. 44 (5): 839–47. doi:10.1016 / j.jbi.2011.05.002. PMID  21605702.
  24. ^ Bandyopadhyay S, Ghosh D, Mitra R, Zhao Z (2015). "MBSTAR: microRNA maqsadlarida aniq funktsional bog'lanish joylarini prognoz qilish uchun bir nechta instansiyani o'rganish". Ilmiy ish. Rep. 5: 8004. Bibcode:2015 yil NatSR ... 5E8004B. doi:10.1038 / srep08004. PMC  4648438. PMID  25614300.
  25. ^ Yang JH, Shao P, Chjou X, Chen YQ, Qu LH (2010). "deepBase: chuqur izohlash va chuqur ketma-ketlik ma'lumotlarini qazib olish uchun ma'lumotlar bazasi". Nuklein kislotalari rez. 38 (Ma'lumotlar bazasi muammosi): D123-130. doi:10.1093 / nar / gkp943. PMC  2808990. PMID  19966272.
  26. ^ Griffits-Jons S, Saini XK, van Dongen S, Enright AJ (2008). "miRBase: microRNA genomikasi vositalari". Nuklein kislotalari rez. 36: D154 – D158. doi:10.1093 / nar / gkm952. PMC  2238936. PMID  17991681.
  27. ^ Betel D, Uilson M, Gabov A, Marks DS, Sander S (2007). "MicroRNA.org resursi: maqsadlar va ifoda". Nuklein kislotalari rez. 36 (Ma'lumotlar bazasi muammosi): D149-153. doi:10.1093 / nar / gkm995. PMC  2238905. PMID  18158296.
  28. ^ Alexiou P, Vergoulis T, Gleditzsch M, Prekas G, Dalamagas T, Megraw M, Grosse I, Sellis T, Hatzigeorgiou AG (2010). "miRGen 2.0: microRNA genomik ma'lumotlari va regulyatsiyasi ma'lumotlar bazasi". Nuklein kislotalari rez. 38 (Ma'lumotlar bazasi muammosi): D137-41. doi:10.1093 / nar / gkp888. PMC  2808909. PMID  19850714.
  29. ^ Hsu PW, Huang HD, Hsu SD, Lin LZ, Tsou AP, Tseng CP, Stadler PF, Washietl S, Hofacker IL (2006). "miRNAMap: microRNA genlarining genomik xaritalari va ularning sutemizuvchilar genomidagi maqsadli genlari". Nuklein kislotalari rez. 34 (Ma'lumotlar bazasi muammosi): D135-139. doi:10.1093 / nar / gkj135. PMC  1347497. PMID  16381831.
  30. ^ Chjan Z, Yu J, Li D, Chjan Z, Lyu F, Chjou X, Vang T, Ling Y, Su Z (2010). "PMRD: o'simlik microRNA ma'lumotlar bazasi". Nuklein kislotalari rez. 38 (Ma'lumotlar bazasi muammosi): D806-813. doi:10.1093 / nar / gkp818. PMC  2808885. PMID  19808935.
  31. ^ Kureshi, Obid; Thakur, Nishant; Monga, Isha; Thakur, Anamika; Kumar, Manoj (2014-01-01). "VIRmiRNA: eksperimental tarzda tasdiqlangan virusli miRNAlar va ularning maqsadlari uchun keng qamrovli manba". Ma'lumotlar bazasi: Biologik ma'lumotlar bazalari va kuratsiya jurnali. 2014: bau103. doi:10.1093 / ma'lumotlar bazasi / bau103. ISSN  1758-0463. PMC  4224276. PMID  25380780.

Qo'shimcha o'qish

Tashqi havolalar