Saraton kasalligini tahlil qilish - Pan-Cancer Analysis

Saraton kasalligini tahlil qilish genomik va hujayra o'zgarishlari o'rtasidagi o'xshashlik va farqlarni o'rganishga qaratilgan o'sma turlari.[1][2] Xalqaro sa'y-harakatlar bo'yicha saraton kasalligi bo'yicha tahlil o'tkazildi ekzomlar va umuman olganda genomlar uning saraton kasalligi, shu jumladan uning kodlamaydigan mintaqalari. Saraton genomi atlasi (TCGA) Tadqiqot tarmog'i, 2018 yilda ishlatilgan exome, transkriptom va DNK metilom o'sma turlari bo'yicha umumiylik, farqlar va paydo bo'ladigan mavzularning yaxlit rasmini ishlab chiqish uchun ma'lumotlar [qarang http://www.nature.com/tcga/ TCGA saraton kasalligini tahlil qilish].

2020 yilda, Butun genomlarning ICGC / TCGA pan-saraton tahlillari (PCAWG) Loyiha tomonidan saratonning genomlari va 38 ta o'smaning transkriptomik ma'lumotlari tahlil qilingan 23 ta maqola chop etildi [1]. Loyihaning keng qamrovli sharhi uning flagman qog'ozida keltirilgan.[3]

RNK bilan bog'langan oqsillarni pan-saraton tahlili[4] Inson saratoni bo'ylab, shuningdek, 15 saraton turi bo'yicha -7000 klinik namunadagi 1.542 RBP ning ekspressioni, somatik nusxa o'zgarishi (SCNA) va mutatsion rejimlarini o'rganish uchun qurilgan. RNK bilan bog'lovchi oqsillarni pan-saraton tahlilida funktsional tajribalar yordamida oltita RBP (NSUN6, ZC3H13, BYSL, ELAC1, RBMS3 va ZGPAT) ning onkogen xususiyati aniqlandi.

Bir nechta tadqiqotlar shuni isbotladiki, genomik o'zgarishlar (qisqa nukleotidli variantlar yoki ko'p sonli nusxalar uchun mo'ljallangan) va genning ekspresiyasi o'rtasida barcha o'sma turlari bo'yicha nedensel, taxmin qilinadigan bog'liqlik mavjud. Genomik holat va transkriptomik miqdoriy ma'lumotlar o'rtasidagi ushbu saraton aloqasi odatda amal qiladi va u faqat gen ekspression profillaridan o'ziga xos genomik o'zgarish mavjudligini taxmin qilish uchun mashinada o'rganish yondashuvlari uchun asos bo'lishi mumkin.[5]


Resurslar va ma'lumotlar bazalari

TCGA harakatlaridan olingan barcha ma'lumotlar AQSh Milliy Saraton Instituti TARGET Data Matrix va ProteinPaint veb-portalida mavjud.[6].

Yaqinda, Saraton kasalligi manbalari[7] tarmoqlari uchun yaratilgan lncRNAlar, mikroRNKlar, SeRNKlar va RNK bilan bog'lovchi oqsillar (RBP).

ICGC / TCGA PCAWG loyihasidan olingan 800 Terabaytga yaqin ma'lumotlar turli portallar va omborlar orqali, shu jumladan Ontario Saraton tadqiqotlari instituti, Evropa molekulyar biologiya laboratoriyasi "s Evropa bioinformatika instituti, va Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi (asosiy ommaviy portallar http://www.nature.com/collections/PCAWG ).

Pan-saraton tadqiqotlari

Saraton kasalligi bo'yicha tadqiqotlar o'tkazuvchan genlarni aniqlab olishga, shuningdek takrorlanadigan genomik hodisalar yoki turli xil turlar orasidagi aberratsiyalarga qaratilgan. o'smalar. Ushbu tadqiqotlar uchun turli xil tadqiqotchilar guruhlari o'rtasida ma'lumotlar ustida ishlash va natijalarni taqdim etish mezonlarini belgilaydigan bir nechta platformalar orasidagi ma'lumotlarni standartlashtirish kerak. Omika ma'lumotlar qisqa vaqt ichida bitta tajribada minglab molekulalarni aniqlash va miqdorini aniqlashga imkon beradi. Genomika nima bo'lganligi, ya'ni biron bir narsa yuz berishi mumkinligi haqida ma'lumot beradi, proteomika nima bo'layotgani va metabolomika nima bo'lganligi haqida. The genlar nimadir yuz berishi mumkin bo'lgan ma'lumotlarni o'z ichiga oladi. The oqsillar hozir o'rganilayotgan to'qimalarda nima sodir bo'lishi, funktsiyalarni bajaradiganlar va metabolitlar oqsillarning funktsiyalari natijasida paydo bo'ladi. Ularning barchasining kombinatsiyasi biologiya tizimlari haqida ma'lumot beradi.


Tashqi havolalar

Adabiyotlar:

  1. ^ Saraton genom atlas tadqiqotlari, tarmoq; Vaynshteyn, JN; Kollisson, EA; Mills, GB; Shou, KR; Ozenberger, BA; Ellrott, K; Shmulevich, men; Sander, C; Styuart, JM (oktyabr 2013). "Saraton genomi atlasining pan-saraton kasalligini tahlil qilish loyihasi". Tabiat genetikasi. 45 (10): 1113–20. doi:10.1038 / ng 2764. PMC  3919969. PMID  24071849.
  2. ^ Omberg, L; Ellrott, K; Yuan, Y; Kandot, C; Vong, C; Kellen, MR; Do'stim, SH; Styuart, J; Liang, H; Margolin, AA (2013 yil oktyabr). "Saraton genomi atlasidagi 12 ta o'smaning turlarini shaffof va birgalikda hisoblash tahlilini o'tkazish". Tabiat genetikasi. 45 (10): 1121–6. doi:10.1038 / ng. 2761. PMC  3950337. PMID  24071850.
  3. ^ Butun genomlar konsortsiumining ICGC / TCGA pan-saraton kasalligini tahlil qilish (2020 yil 5-fevral). "Butun genomlarning saraton kasalligini tahlil qilish". Tabiat. 578 (7793): 82–93. doi:10.1038 / s41586-020-1969-6. PMC  7025898. PMID  32025007.
  4. ^ Vang, ZL; Li, B; Luo, YX; Lin, Q; Liu, SR; Chjan, XQ; Chjou, H; Yang, JH; Qu, LH (2018 yil 2-yanvar). "RNK bilan bog'langan oqsillarni inson saratonlari bo'yicha kompleks genomik xarakteristikasi". Hujayra hisobotlari. 22 (1): 286–298. doi:10.1016 / j.celrep.2017.12.035. PMID  29298429.
  5. ^ Merkatelli, Daniele; Rey, o'rmon; Giorgi, Federiko M. (2019). "Gen-ekspression orqali genomik o'zgarishlarni pan-saraton va bitta hujayrali modellashtirish". Genetika chegaralari. 10: 671. doi:10.3389 / fgene.2019.00671. ISSN  1664-8021. PMC  6657420. PMID  31379928.
  6. ^ "ProteinPaint yordamida bolalar saratonida genomik o'zgarishlarni o'rganish". Tabiat genetikasi.
  7. ^ Li, JH; Liu, S; Chjou, H; Qu, LH; Yang, JH (2014 yil yanvar). "starBase v2.0: katta miqyosli CLIP-Seq ma'lumotlaridan miRNA-ceRNA, miRNA-ncRNA va protein-RNK o'zaro ta'sir tarmoqlarini dekodlash". Nuklein kislotalarni tadqiq qilish. 42 (Ma'lumotlar bazasi muammosi): D92-7. doi:10.1093 / nar / gkt1248. PMC  3964941. PMID  24297251.