Mini-ykkC RNK motifi - Mini-ykkC RNA motif

mini-ykkC RNK motifi
Mini-ykkC ikkilamchi strukturasi.jpg
Bashorat qilingan ikkilamchi tuzilish va ketma-ketlikni saqlash mini-ykkC
Identifikatorlar
Belgilarmini-ykkC
RfamRF01068
Boshqa ma'lumotlar
RNK turiCis-reg
Domen (lar)Bakteriyalar
SOSO: 0005836
PDB tuzilmalarPDBe

The mini-ykkC RNK motifi (keyinchalik Guanidine-II riboswitch deb o'zgartirildi) taxmin sifatida topildi RNK ichida saqlanadigan tuzilma bakteriyalar.[1] Motif saqlangan ikkita narsadan iborat poyalar uning terminal tsikllari ACGR RNK ketma-ketligini o'z ichiga oladi, bu erda R A yoki G ni ifodalaydi. Mini-ykk RNKlari keng tarqalgan Proteobakteriyalar, ammo ba'zilari boshqa bakteriyalar filasida bashorat qilinadi. RNKlarning sis-regulyativ elementlar bo'lishi kutilgan edi, chunki ular odatda oqsillarni kodlash oqimining yuqori qismida joylashgan genlar.

Aftidan mini-ykkC RNKlari tomonidan boshqariladigan genlar tomonidan boshqariladigan genlarga o'xshashlik mavjud. ykkC-yxkD rahbari (guanidin-I), va to'qqiz gen oilasi ikkalasi uchun ham umumiydir. Shu sababli, ushbu ikki RNK sinfining vazifasi bir xil bo'lishi taklif qilindi. YkkC-yxkD etakchisida topilgan murakkab tuzilish va ko'plab konservalangan nukleotidlar mini-ykkC RNK motifida mavjud emas. Shunga qaramay, mini-ykkC ning ikkala tayanch halqa tuzilishining har biri erkin guanidinni bevosita bog'lab turishi ko'rsatildi. Shuning uchun mini-ykkC RNK motifi guanidin sezuvchi RNKlarning alohida sinfini ifodalaydi. Guanidin-II riboswitch.[2] Uning kristall tuzilishi ham aniqlandi.[3]

Mini-ning ikkilamchi tuzilishiykkC RNKlar. Layout, ilgari nashr etilgan rasmda ishlatilganiga o'xshaydi.[1]

Adabiyotlar

  1. ^ a b Weinberg Z, Barrick JE, Yao Z, Roth A, Kim JN, Gore J, Vang JX, Lee ER, Blok KF, Sudarsan N, Neph S, Tompa M, Ruzzo WL, Breaker RR (2007). "CMfinder qiyosiy genomika quvur liniyasidan foydalangan holda bakteriyalarda 22 nomzod tuzilgan RNKlarni aniqlash". Nuklein kislotalarni tadqiq qilish. 35 (14): 4809–4819. doi:10.1093 / nar / gkm487. PMC  1950547. PMID  17621584.
  2. ^ Sherlock ME, Malkowski SN, Breaker RR (yanvar 2017). "Bakteriyalarda ikkinchi Guanidin Ribosvitch sinfining biokimyoviy tekshiruvi". Biokimyo. 56 (2): 352–358. doi:10.1021 / acs.biochem.6b01270. PMC  5340285. PMID  28001368.
  3. ^ Xuang L, Vang J, Lilley DM (iyun 2017). "Guanidin-II Ribosvitchning tuzilishi". Hujayra kimyoviy biologiyasi. 24 (6): 695-702.e2. doi:10.1016 / j.chembiol.2017.05.014. PMC  5486947. PMID  28529131.

Tashqi havolalar