YkkC-yxkD rahbari - YkkC-yxkD leader

ykkC-yxkD rahbari
RF00442.jpg
Bashorat qilingan ikkilamchi tuzilish va ketma-ketlikni saqlash ykkC-yxkD ning
Identifikatorlar
BelgilarykkC-yxkD
RfamRF00442
Boshqa ma'lumotlar
RNK turiCis-reg; riboswitch
Domen (lar)Bakteriyalar
SOSO: 0000233
PDB tuzilmalarPDBe

The ykkC / yxkD rahbari a saqlanib qolgan RNK tuzilishi topildi yuqori oqim ykkC va yxkD genlarining Bacillus subtilis va boshqa bakteriyalardagi tegishli genlar. Ushbu oilaning funktsiyasi ko'p yillar davomida noma'lum bo'lib kelgan bo'lsa-da, uni yoqish uchun ishlashi mumkinligi taxmin qilingan oqimli nasoslar va zararli atrof-muhit molekulalariga javoban detoksifikatsiya tizimlari.[1] The Termoanaerobakter tengkongensis ketma-ketlik AE013027 bilan mos keladi purin riboswitch ikkalasini taklif qiladi riboswitches TTE0584 uchun kodlarni yuqoridagi genni tartibga solish uchun birgalikda ishlashi mumkin (Q8RC62), a'zosi permease oila.

Nelson va boshq.[2] bu riboswitch sezishini va unga javob berishini ko'rsatdi guanidin va uning nomi o'zgartirildi Guanidin-I riboswitch. Bundan tashqari, ular bakteriyalar endogen ravishda guanidin ishlab chiqarishga qodir ekanligini va riboswitch bakteriyalarning toksik birikmasi sifatida guanidinni modifikatsiya qilish yoki chiqarishda ishtirok etadigan genlarni boshqarishini namoyish qildilar. Riboswitchning ligand bilan bog'langan kristalli tuzilmalari ham aniqlandi.[3][4]

The mini-ykkC RNK motifi taxminiydir cisaftidan o'xshashlikni tartibga soluvchi tartibga soluvchi element genlar tomonidan tartibga solinadiganlarga Guanidin-I riboswitch (ykkC / yxkD rahbari). Shu bilan birga, mini-ykkC RNK motifi tuzilishi jihatidan sodda va juda kam saqlanib qolgan nukleotid ykkC-yxkD rahbaridan ko'ra pozitsiyalar.[5] Shunga qaramay, uning har ikkala ildiz tuzilishi to'g'ridan-to'g'ri erkin guanidinni bog'laydi. Shuning uchun mini-ykkC RNK motifi guanidin sezuvchi RNKlarning alohida sinfini ifodalaydi. Guanidin-II riboswitch.[6] Uning kristall tuzilishi ham aniqlandi.[7]

The ykkC-III RNK motifi[8] aniq nomzod cis- oldingi motiflar bilan bog'liq bo'lgan genlarni tartibga soladigan ko'rinadigan RNK. Garchi tuzilishi ykkC-III RNKlari ykkC / yxkD RNKlariga o'xshamaydi, ikkalasi ham tuzilish murakkabligiga ega, bu esa ularni riboswitchlarni ifodalaydi degan taklifni keltirib chiqardi. The ykkC-III motifida qattiq saqlangan ACGA ketma-ketligi mavjud bo'lib, u kamroq saqlangan ACGA yoki ACGG ketma-ketligiga o'xshaydi, bu mini-ykkC RNKlar, ammo bu kuzatuvning biologik munosabatlarga aloqadorligi noma'lum. Ushbu motif guanidinli riboswichlarning uchinchi klassi ekanligini ko'rsatadigan biokimyoviy tasdiqlash taqdim etildi. Guanidin-III riboswitch.[9]

Ikkinchi darajadagi tuzilishning konsensusi ykkC-III RNKlar. Ushbu ko'rsatkich avvalgi nashrdan moslashtirilgan.[8]

Adabiyotlar

  1. ^ Barrick, JE; Corbino KA; Winkler WC; Nahvi A; Mandal M; Kollinz J; Li M; Rot A; Sudarsan N; Jona I; Vikiser JK; Breaker RR (2004). "Yangi RNK motiflari bakterial genetik nazoratda riboswitches uchun kengaytirilgan maydonni taklif etadi". Proc Natl Acad Sci AQSh. 101 (17): 6421–6426. doi:10.1073 / pnas.0308014101. PMC  404060. PMID  15096624.
  2. ^ Nelson, Jeyms V.; Atilyo, Ruben M.; Sherlock, Medeline E.; Stokbrij, Rendi B.; Breaker, Ronald R. (2017-01-19). "Bakteriyalarda erkin guanidinning metabolizmi keng tarqalgan Ribosvitch klassi tomonidan tartibga solinadi". Molekulyar hujayra. 65 (2): 220–230. doi:10.1016 / j.molcel.2016.11.019. ISSN  1097-4164. PMC  5360189. PMID  27989440.
  3. ^ Battalya, Robert A.; Narx, Yan R.; Ke, Ailong (2017 yil aprel). "YkkC riboswichlar oilasi tomonidan guanidin sezishining strukturaviy asoslari". RNK. 23 (4): 578–585. doi:10.1261 / rna.060186.116. ISSN  1469-9001. PMC  5340920. PMID  28096518.
  4. ^ Reys, Kerolin V.; Xiong, Yong; Strobel, Skott A. (2017-01-03). "Guandidin-I Ribosvitch bilan ligandni bog'lashning tarkibiy asoslari". Tuzilishi. 25 (1): 195–202. doi:10.1016 / j.str.2016.11.020. ISSN  1878-4186. PMC  5317007. PMID  28017522.
  5. ^ Vaynberg Z, Barrik JE, Yao Z va boshq. (2007). "CMfinder qiyosiy genomika quvur liniyasidan foydalangan holda bakteriyalarda 22 nomzod tuzilgan RNKlarni aniqlash". Nuklein kislotalari rez. 35 (14): 4809–4819. doi:10.1093 / nar / gkm487. PMC  1950547. PMID  17621584.
  6. ^ Sherlock, Medeline E.; Malkovskiy, Sara N.; Breaker, Ronald R. (2017-01-17). "Bakteriyalarda ikkinchi Guanidin Ribosvitch sinfining biokimyoviy tekshiruvi". Biokimyo. 56 (2): 352–358. doi:10.1021 / acs.biochem.6b01270. ISSN  1520-4995. PMC  5340285. PMID  28001368.
  7. ^ Xuang, Lin; Vang, Jia; Lilley, Devid M. J. (2017-06-22). "Guanidin-II Ribosvitchning tuzilishi". Hujayra kimyoviy biologiyasi. 24 (6): 695-702.e2. doi:10.1016 / j.chembiol.2017.05.014. ISSN  2451-9456. PMC  5486947. PMID  28529131.
  8. ^ a b Vaynberg Z, Vang JX, Bogue J va boshq. (2010 yil mart). "Qiyosiy genomika bakteriyalar, arxeylar va ularning metagenomlaridan 104 nomzodning tuzilgan RNKlarini aniqlaydi". Genom Biol. 11 (3): R31. doi:10.1186 / gb-2010-11-3-r31. PMC  2864571. PMID  20230605.
  9. ^ Sherlock, Medeline E.; Breaker, Ronald R. (2017-01-17). "Bakteriyalarda uchinchi Guanidin Ribosvitch sinfining biokimyoviy tekshiruvi". Biokimyo. 56 (2): 359–363. doi:10.1021 / acs.biochem.6b01271. ISSN  1520-4995. PMC  5315414. PMID  28001372.

Tashqi havolalar