Pseudomon-1 RNK motifi - Pseudomon-1 RNA motif

Pseudomon-1 RNK
Pseudomon-1-RNA.svg
Ikkinchi tuzilmaning konsensusi Pseudomon-1 RNK
Identifikatorlar
BelgilarPseudomon-1
RfamRF01719
Boshqa ma'lumotlar
RNK turisRNK
Domen (lar)Pseudomonas '
PDB tuzilmalarPDBe

The Pseudomon-1 RNK motifi saqlanib qolgan RNK tomonidan aniqlangan bioinformatika.[1] Bu ko'pchilik tomonidan qo'llaniladi turlari kimning genomlar ketma-ketlik qilingan va ular ichida tasniflangan tur Pseudomonas, va u ham mavjud Azotobacter vinelandii, yaqin tur. A funktsiyasini bajarishi taxmin qilinmoqda kodlamaydigan RNK. Pseudomon-1 RNK doimiy ravishda quyi oqimga ega rho-mustaqil transkripsiya terminatori.

O'z ichiga olgan intergenik mintaqa Pseudomon-1 RNKlar keyinchalik chuqur ketma-ketlikka asoslangan va SPA0122 deb nomlangan mustaqil tadqiqot natijasida aniqlandi[2] Ushbu mintaqani o'rab turgan genlar o'xshashligini ko'rsatadi Spot 42 RNK,[2] lekin Pseudomonas AlgC fermentini boshqarish uchun RNK ishlaydi[3] Ushbu ma'lumotlarga asoslanib, yangi nom ErsA chunki RNK qabul qilingan.[3] Asosiy porinni salbiy tartibga soladi oprD qabul qilish uchun javobgar bo'lgan ifoda karbapenem antibiotiklar, asosli juftlik bilan oprD 5′UTR (uchun bakterial qarshilik kuchayishiga olib keladi meropenem ).[4] ErsA amrZ mRNA-ni ijobiy tartibga soladi va biofilm hosil bo'lishiga va harakatchanligiga hissa qo'shadi.[5]

Adabiyotlar

  1. ^ Weinberg Z, Vang JX, Bogue J, Yang J, Corbino K, Moy RH, Breaker RR (mart 2010). "Qiyosiy genomika bakteriyalar, arxeylar va ularning metagenomlaridan 104 nomzodning tuzilgan RNKlarini aniqlaydi". Genom biologiyasi. 11 (3): R31. doi:10.1186 / gb-2010-11-3-r31. PMC  2864571. PMID  20230605.
  2. ^ a b Ferrara S, Brugnoli M, De Bonis A, Righetti F, Delvillani F, Dehò G, Horner D, Briani F, Bertoni G (may 2012). "Pseudomonas aeruginosa shtammlarining qiyosiy profilida yangi noyob va saqlanib qolgan kichik RNKlarning differentsial ifodasi aniqlanadi". PLOS One. 7 (5): e36553. doi:10.1371 / journal.pone.0036553. PMC  3349714. PMID  22590564.
  3. ^ a b Ferrara S, Carloni S, Fulco R, Falcone M, Macchi R, Bertoni G (yanvar 2015). "Pseudomonas aeruginosa ning σ (22) ga bog'liq bo'lgan kichik RNK ErsA tomonidan virulentlik bilan bog'liq bo'lgan AlgC fermentining transkripsiyadan so'ng regulyatsiyasi". Atrof-muhit mikrobiologiyasi. 17 (1): 199–214. doi:10.1111/1462-2920.12590. PMID  25186153.
  4. ^ Chjan YF, Xan K, Chandler Idoralar, Tjaden B, Ernst RK, Lori S (dekabr 2017). "P. aeruginosa sRNA regulyativ landshaftini tekshirish: patogenlik va antibiotik sezuvchanligini determinantlarini transkripsiyadan keyingi nazorati". Molekulyar mikrobiologiya. 106 (6): 919–937. doi:10.1111 / mmi.13857. PMC  5738928. PMID  28976035.
  5. ^ Falcone M, Ferrara S, Rossi E, Yoxansen XK, Molin S, Bertoni G (2018). "Pseudomonas aeruginosa AmrZning transkripsiyadan keyingi modulyatsiyasi orqali biofilmning rivojlanishi va harakatlanishiga hissa qo'shadi". Mikrobiologiyadagi chegara. 9: 238. doi:10.3389 / fmicb.2018.00238. PMC  5819304. PMID  29497413.

Tashqi havolalar