Rozeobakter - Roseobacter

Rozeobakter
Roseobacter strain HIMB11.jpg
Rozeobakter kuchlanish HIMB11 [1]
Ilmiy tasnif
Domen:
Bakteriyalar
Filum:
Proteobakteriyalar
Sinf:
Alfaproteobakteriyalar
Buyurtma:
Rodobakteralar
Oila:
Rodobakteriyalar
Tur:
Rozeobakter
Turlar
Sinonimlar
  • Roseobacter Shiba 1991 yil. Martens va boshq. 2006 yil

Yilda taksonomiya, Rozeobakter a tur ning Rodobakteriyalar. Roseobacter clade Alphaproteobacteria sinfining {alfa} -3 kichik sinfiga kiradi. Birinchi shtamm tavsiflari 1991 yilda paydo bo'lgan bo'lib, unda a'zolar tasvirlangan Rozeobakter litoralis va Rozeobakter denitrifikanlar, dengiz suv o'tlaridan ajratilgan pushti pigmentli bakterioxlorofil a hosil qiluvchi har ikkala shtamm. Rozeobakter naslining a'zolari dengiz biogeokimyoviy tsikllari va iqlim o'zgarishini baholab bo'lmaydi. Rozeobakterlar qirg'oqning 25 foizini tashkil qiladi dengiz bakteriyalari va ushbu nasl-nasab a'zolari dengiz muhitidagi umumiy uglerodning muhim qismini qayta ishlashadi.[2] Rozeobakteriya qoplamasi global uglerod, oltingugurt aylanishida muhim rol o'ynaydi. Shuningdek, u aromatik birikmalarni susaytirishi, iz qoldiruvchi metallarni qabul qilishi va simbiyotik munosabatlarni shakllantirishi mumkin. Roseobacter clade bioaktiv birikmalar ishlab chiqarish muddati davomida akvakulturada, kvorumlarni aniqlashda keng qo'llanilgan.

Tavsif

Rozeobakter okeandagi eng ko'p va ko'p qirrali mikroorganizmlardan biridir. Ular turli xil dengiz yashash joylarida: qirg'oqdan ochiq okeanlarga va dengiz muzidan dengiz tubiga qadar turli xil. Ular dengiz jamoalarining taxminan 25% ni tashkil qiladi. Yosunlarning gullashi davrida prokaryotik jamoaning 20-30% Rozeobakteriyalardir.[3]

Roseobacter clade-ning a'zolari turli xil fiziologiyalar va odatda erkin yashash, zarrachalar bilan bog'liq yoki dengiz fitoplanktonlari, umurtqasizlar va umurtqali hayvonlar bilan o'zaro munosabatlarda topilgan.[4] Rozeobakteriya fitoplankton bilan yashash tarzida o'xshashdir. Ularning ikkalasi ham sirtni kolonizatsiya qiladi, temirni tozalaydi va bioaktiv ikkilamchi metabolitlarni hosil qiladi.[3]

Umumiy klasterlar

1-jadval. Jadvalda keng tarqalgan Roseobacter klasterlari va ularning yashash joylari va tarqalishi ko'rsatilgan[4].
IsmYashash joylariTarqatish
OCT klasteri90% keraksiz klon qutb mintaqasidan55% klon sekanslari, 45% izolyatsiya sekanslari
CHAB-I-5 klasteri56% keraksiz klon qirg'oq dengiz suvidan olingan100% klon ketma-ketliklari
DC5-80-3 klasteri79% planktonik yashash joylaridan (er usti va chuqur suvlar).86% klon sekanslari
RGALL klasteriEukaryotik dengiz organizmlari bilan simbiotik munosabatlar68% etishtirilgan shtammlar
OBULB va SPON klasterlar32% noaniq klon dengiz qirg'og'idagi dengiz suvidan;

29% keraksiz klon dengiz osti muhitidan

70% klon ketma-ketliklari
NAC11-7 klasteri60% keraksiz klon qirg'oqqa yaqin dengiz suvidan olingan88% klon sekanslari
DG1128 klasteriMakroalg va fitoplanktonlardan
AS-21 klasteriDengiz suvi yoki cho'kindidan
TM1040 klasteri
AS-26 klasteri
ANT9093 klasteriQutbiy dengiz muzidan, gubkalar, cho'kindilar,

Genomik xususiyatlar

Hajmi

Hozirgacha tahlil qilingan Rozeobakterlarning aksariyati katta genomga ega: 3.5Mbp dan 5.0Mbp gacha. Eng kichik topilgani 3.06 Mbp bo'lgan Loktanella vestfoldensis SKA53 genomidir. Roseovarius sp. 5.4 Mbp quvvatga ega HTCC2601. Jannaschia sp. CCS1, Silicibacter pomeroyi DSS-3 va Silicibacter sp. TM1040, ortolog bo'lmagan genlarning ulushi genomlarning 1/3 qismini tashkil qiladi.

Plazmidlar

Plazmidlar Rozeobakterlarda ko'rish odatiy holdir. Plazmidalar hajmi 4,3 dan 821,7 Kb gacha. Ular genom tarkibining 20 foizini tashkil qilishi mumkin. Ekologik ahamiyatga ega genlarni plazmidlarda kodlangan holda topish mumkin. Genom plastisitivligi Rozeobakterlarning xilma-xilligi va moslashuvchanligini tushuntirish uchun sabab bo'lishi mumkin, bu ko'p sonli konjugativ plazmidlar tomonidan qo'llab-quvvatlanadi.

Chiziqli konformatsiya plazmidalar tomonidan namoyish etilishi mumkin, bu Rozeobakterlar uchun keng tarqalgan. Ba'zi shtammlarda plazmid genom tarkibida katta nisbatda sodir bo'ladi. Plazmidning harakatchanligi hali shtammlarda tekshirilmagan bo'lsa ham, ular Rozeobakteriyaning fiziologik xilma-xilligiga hissa qo'shishi mumkin.

Genomni o'rganishning ahamiyati

Roseobacter clade organizmlari genomlarini taqqoslash va tahlil qilish muhimdir, chunki u tushuncha berishi mumkin gorizontal genlarning uzatilishi va o'ziga xos moslashish jarayonlari. Rozeobakteriyalar populyatsiyasi butun dunyo bo'ylab turli xil yashash joylari bilan keng tarqalganligi sababli, Rozeobakteriya qoplamasining muvaffaqiyatini faqat bitta populyatsiyani tekshirish bilan izohlash mumkin emas. Demak, bu kladaning nega juda ko'p ekanligini tushunishning kaliti - bu butun kladegan organizmlarning genetik va metabolik xilma-xilligini o'rganishdir.[5]

Ekologiya

Roseobakter qopqog'i asosan dengiz muhitida uchraydi. Rozeobakteriyalarning har xil turlari o'zlarining ekologik joylariga ega. Sohil bo'yidagi hududlar va ochiq okeanlardagi ko'plab ekotizimlardan bir nechta izolyatsiya olingan.[5] Rozeobakteriyalar - bog'langan bakterial jamoalarning muhim qismidir fitoplankton, makroalglar va bir nechta dengiz hayvonlari. Kabi turli xil turmush tarzi mututeristik va patogen taklif qilingan. Qatlam a'zolari mo''tadil va qutbli okeanlarga tarqalib ketgan, shuningdek dengiz muz ekotizimlarida juda muhimdir. Ular qirg'oq cho'kindilarida chuqur, chuqurlikda bo'lishlari tavsiya etiladi pelagik okean va chuqur dengiz cho'kmalaridan iborat. Roseobacter clade metabolizm darajasi va tartibga solish davrlarining juda xilma-xilligiga ega, bu ularning ko'plab dengiz ekotizimlarida ularning gullab-yashnashiga xizmat qilishi mumkin.[6]

Evolyutsiya

Rosebacter qoplamasi dengizning katta qismida yoki qirg'oq cho'kindilarida erkin yashaydigan qirg'oq hududlarida uchraydi. Ushbu qirg'oq ekotizimlarida Rosebacter clade fitoplankton, makro suv o'tlari va o'zaro va patogen hayot tarzida yashovchi turli xil dengiz hayvonlari bilan o'zaro ta'sir qiladi. Rosebacter clade chuqur pelagik okeanida, chuqur dengiz cho'kindi jinslarida va hatto qutbli okeanda juda ko'p uchraydi. Ularning turli xil dengiz yashash joylarida ko'p bo'lishining sababi shundaki, ular turli xil metabolizm qobiliyatlari va tartibga solish davrlariga ega.

Rozeobakterlar etishtirildi

Rozeobakterning ajdodi taxminan 260 million yil avval paydo bo'lganligi taxmin qilinmoqda. Ular to'rni o'tkazdilar genomni kamaytirish genomning yangilanishi va kengayishining ikki epizodi ortidan katta umumiy ajdodlar genomidan genlarni lateral uzatishi (LGT).[6]

Genom kengayishining dastlabki taxmin qilingan epizodi taxminan 250 million yil oldin bo'lishi taxmin qilingan. Genomning kengayishi, ehtimol dinoflagellatlar va koksolitoforidlar kabi ökaryotik fitoplankton guruhlarining ko'payishi bilan ta'minlangan yangi ekologik yashash joylari tufayli yuzaga kelgan degan taxminlar mavjud edi.[6] Ushbu nazariya shuni tasdiqlaydiki, rozobakterlarning zamonaviy nasablari fikosfera bu ikki fitoplankton guruhidan. Rozeobakter qopining ajdodidagi harakatchanlik va xemotaksis bilan bog'liq genlar reseobakterni sezish va fitoplanktonga qarab suzishga imkon bergan bo'lar edi. Keyinchalik Rozeobakteriyaning ba'zi nasllari diatomalar bilan ham bog'liqligi aniqlandi. Barcha dinoflagellatlar, koksolitoforidlar va diatomlar qizil-plastid-nasabdagi fitoplankton bo'lib, qizil-plastidli nurlanish va Rozeobakteriya genomining yangilanishi tasodifiyligi adaptiv evolyutsiyaga mos keladi.[6] Ammo genomni o'zgartirish mexanizmi hali aniqlanmagan. Ikkita nazariya bo'yicha, genomning o'zgarishi atrofdagi o'zgarishlardan oldin sodir bo'lgan ekstaptatsiya yoki atrof-muhit o'zgarishi, keyinchalik genetik uzatish hodisasi bilan tanlab olingan, keyinchalik atrof-muhit o'zgarishi sodir bo'lgan ijobiy tanlovdir.

Ikkinchi genom innovatsiyasi yaqinda sodir bo'lgan deb ishoniladi. Genomlari kamaygan bazal nasl genom innovatsiyalarining ikkala epizodidan ham qochib, to'g'ridan-to'g'ri umumiy ajdoddan soddalashtirilganligi taxmin qilinmoqda.[6] Shuning uchun ham Rozeobakterlar genom innovatsiyasiga uchragan nasllarning avlodlari emas. Rozeobakteriyani o'zaro kelishish uchun raqobatdosh bo'lishiga yordam beradigan genlarning yutuqlari transkripsiya genlari, tuzatish genlari va himoya mexanizmi genlari kabi genlar foydasiga ko'rinadi. mikrobial zarralar va tirik yuzalardagi populyatsiyalar. Dengiz muhitida.

Ishlov berilmagan rozobakterlar

De novo yig'ilishi chuqur ketma-ketlikdan metagenomlar va bir hujayrali genomlar ketma-ketligi ishlov berilmagan rozeobakterlarni yolg'on ijobiy natijalarga yo'l qo'ymasdan o'rganishning ikkita eng yaxshi usuli. Va madaniy rozeolakterlarga yo'naltirilgan genomik tahlillar nasl-nasabning ekologiyasiga bo'lgan qarashimizni potentsial ravishda buzishi mumkinligi aniqlandi. Yaqinda o'tkazilgan tadqiqotlar natijasida Shimoliy Tinch okeani, Janubiy Atlantika va Meyn ko'rfazining er usti suvlaridan ishlov berilmagan to'rtta rozeobakterlar olindi. Ushbu qoplama yuzaki okean suvlaridan olingan namunalardagi Rozeobakteriyalar ketma-ketligining 35 foizigacha bo'lgan qismini tashkil etadi. Ushbu Rozeobakteriyalar tarkibida G + C miqdori past, DNKning kamaygan foizlari va genomlari soddalashtirilgan deb taxmin qilinadi.

Turli xillik

Roseobacter clade metabolizmning keng imkoniyatlari tufayli ko'plab dengiz yashash joylarida muvaffaqiyatlarni namoyish etadi. Juda katta genomik va fiziologik turli xil o'lchamlar, genlar tarkibiga ishora qiluvchi asosiy to'qnashuvlar davomida xilma-xillik, GK tarkibi, ekologik strategiya va trofik strategiya. Turli xillik ekologiyaga ta'sir qiladi, chunki bakterial nasllar okean elementar tsikllarida o'ynaydi va ularning dengiz bilan aloqalari. eukaryotlar.[6] Rozeobakterlar qoplamasi ma'lum qirg'oq mintaqalaridagi bakteriyalar hujayralarining 20% ​​gacha va ochiq okean sirt suvlarida 3-5% ni tashkil qiladi.[7]

Ularning miqdori juda kengaymoqda tur va turlari kladdagi tavsiflar ushbu organizmlarning fiziologik va genetik xilma-xilligini ko'rsatadi. Yangi belgilar shtammlar faqat ga asoslangan 16s rRNK genlar ketma-ketligi ortib borayotgan qiyinchiliklarni keltirib chiqaradi. Ba'zi turlar bitta turga kiritilgan deb hisoblanadi, ammo boshqalari turli xil xususiyatlar ikki turni alohida saqlashga olib kelishi kerak, deb ta'kidlaydilar. Rozeobakter qoplamasida bir nechta klonlar to'plami va aniqlanmagan shtammlar aniqlandi. Ushbu qoplama potentsiali bilan ajralib turadi genom chambarchas bog'liq shtammlarning o'zaro bog'liqligi.[5]

Vazifalar

Roseobacter clade a'zolari ekotizimda muhim rol o'ynaydi.[4]

Global uglerod / oltingugurt aylanishi

Rozeobakteriyalar global uglerod, oltingugurt tsikli va iqlim sharoitida juda muhimdir. Rozeobakterlar umumiy mikroblar hamjamiyatida katta ulushga ega bo'lganligi sababli, CO2 ning global fiksatsiyasiga katta hissa qo'shadi. Oldingi tadqiqotlar shuni ko'rsatadiki, Rozeobakter qopqog'ida ba'zi a'zolar Aerobik guruhiga mansub Anoksigenli fototroflar (AAPs), boshqa a'zolar esa fototrof bo'lmagan. AAPlar fotosintez uchun kislorod talab qiladigan, ammo uni hosil qilmaydigan yagona taniqli organizmlardir. Fototrof bo'lmagan a'zolar CO oksidlanishida ishlatilishi mumkin, AAPlar esa CO2 fiksatsiyasini o'tkazishi mumkin, chunki Rozeobakteriyalar orqali energiya ishlab chiqarishi mumkin aerobik anoksigenik fotosintez.[8] Rozeobakter dengiz suv o'tlari tomonidan mo'l-ko'l ishlab chiqarilgan organik oltingugurt birikmasi - dimetilsülfoniopropionatning (DMSP) parchalanish qobiliyatiga ega. Yosunlarning degradatsiyasi orqali osmolitlar, ular iqlimga bog'liq gazni ham ishlab chiqarishi mumkin dimetil sulfid (DMS).[9]

Aromatik birikmaning parchalanishi

Rozeobakter tanazzulga uchrashi mumkin aromatik birikmalar va aromatik birikmalarni asosiy o'sish substratlari sifatida ishlatishga qodir. Oldingi tadqiqotlar shuni ko'rsatdiki, rozeobakteriya xuddi shu tarzda lignin bilan bog'liq birikmalarni parchalaydi. Rozeobakter izolatlarida halqa parchalanish dioksigenazalari va b-ketoadipat yo'lining bog'liq genlari mavjudligi aromatik birikma degradatsiyasi ekologiyasini taqqoslash bo'yicha tadqiqotlar uchun muhim bo'lishi mumkin.[10]

Metallni so'rib olish

Rozeobakteriyalarni qoplash iz metall. Odatda, kattaroq Rozeobakteriya genomlari ko'proq izlarni qabul qilishning ko'p qirraliligi va ko'proq plastisitiga ega, bu esa filogenetik jihatdan o'xshash genomlarni juda xilma-xil xususiyatlarga ega bo'lishiga olib kelishi mumkin. [11]Rozeobakter shtammlarining ham organik ravishda murakkablashgan, ham noorganik metallarini olish turli xil yo'llar orqali o'tishi mumkin, bu rozeobakterlarning dengiz muhitida bir qator iz metallari nishlariga moslashishi va ularni egallashga qodirligini ko'rsatadi. Bundan tashqari, iz metallari manbalarining mavjudligi Roseobacter genomining diversifikatsiyasiga ta'sir qilishi mumkin degan ma'noni anglatadi.Rozeobakteriyalarning ayrim a'zolari uchun mikroelementlarni soddalashtirish ham qimmatli ekologik strategiyadir.[11]

Simbiotik va patogen aloqalar

Rozeobakteriya qoplamasi simbiotik va patogen aloqalarni o'rnatishi mumkin.[12] Rozeobakter shtammlari turlicha bo'lgan ökaryotik dengiz organizmlari bilan simbiyotik munosabatlarni hosil qilishi mumkin. Dengiz qizil yosunlari turlarida rozeobakteriya fitotiplari aniqlangan Prionit.[13] Bundan tashqari, Rozeobakterlar bilan yaqin munosabatlarni rivojlantirish mumkin Pfiesteriya, ular bu dinoflagellatlar ichida yoki ularga biriktirilgan deb topilgan.[14]

Patogen munosabatlar, ozgina tadqiqotlarga ega bo'lsa ham va simbiyotik munosabatlarga qaraganda kamroq tarqalgan bo'lsa-da, Rozeobakter shtammlarida ham topilgan. Masalan, rozeobakter qopqog'i a'zolari va filotiplari Sharqiy ustritsada balog'atga etmagan istiridye kasalligi, shuningdek skleraktiniya mercanidagi qora tasma kasalligining sabablaridan biri ekanligi ko'rsatilgan.[4]

Ilovalar

Bioaktiv birikmalar

Rozeobakteriya qoplamasi har xil turlarni ishlab chiqarishi mumkin bioaktiv birikmalar. Ushbu birikmalar, shu jumladan alg o'sishini oshiruvchi vositalar (ya'ni. auksinlar ) va algetsidli birikmalar (ya'ni, rozeobaktidlar).[15] Antimikrobiyal birikmalar, toksinlar va algetsidli birikmalar ham mavjud. Ushbu birikmalar farmatsevtika yoki boshqa sanoat dasturlarida ishlatilishi mumkin. Bundan tashqari, rozeobakteriyaning genom bilan qazib olinishi bilan, rozeobakter yangi bioaktiv birikmalar (masalan, yangi antibiotiklar) manbai sifatida ishlatilishi mumkin bo'lgan boshqa birikmalarni ham ishlab chiqarishga qodir deb ishonilgan.

Lichinkachilik

Balog'atga etmagan va kattalar baliqlari etuk immunitetga ega va emlash mumkin bo'lsa, dengiz baliqlari va umurtqasiz hayvonlarning lichinkalari bakterial infektsiyaga moyil. Rozeobakter qopqog'idagi dengiz bakteriyalari (alfa-proteobakteriyalar) probiotik bakteriyalar sifatida bakterial kasalliklarning oldini olish uchun antibiotiklardan foydalanishga alternativa berish imkoniyatini namoyish etdi.[16] Roseobactor nafaqat baliqlar va umurtqasizlar lichinkalari orasida, balki baliqlarga va ularning tirik ozuqalariga zarar bermasdan baliq patogen bakteriyalarini antagonizatsiya qilish uchun ham ishlatilishi mumkin.[17] Roseobacter bu qadar mo'l-ko'l bo'lganligi sababli, okean bakterio-plankton jamoalarining 15-20 foizini tashkil qiladi, ular bio-geoinjenerlik faoliyati uchun sintetik biologiya shassisini yaratish uchun ishlatilishi mumkin. bioremediatsiya plastmassadan iborat okean chiqindilari.[18]

Kvorumni aniqlash

Ko'pgina bakteriyalar kimyoviy aloqa tizimlariga ega. Ular orasida, kvorumni aniqlash (QS) - bu bakteriyalar tarqaladigan signallar orqali o'zlarining aholi zichligini sezishi va idrok etishi. Rozeobakter qopqog'i a'zolarida, Asil-gomoserinli lakton (AHL) asosida kvorumni aniqlash keng tarqalgan: mavjud rozeobakterial genomlarning 80% dan ortig'i kamida bitta lyuksI gomologni kodlaydi.[19] Bu tegishli dengiz muhitiga moslashishda QS tomonidan boshqariladigan tartibga soluvchi yo'llarning muhim rolini ko'rsatadi. Mavjud rozeobakterial AHL asosidagi QS uchtasi eng yaxshi o'rganilgan: Feobakter DSM17395 ni inhibe qiladi, dengiz shimgichi simbionti Ruegeria sp. KLH11 va dinoflagellat simbiont Dinoroseobacter shibae.[19] Shu bilan birga, QS mexanizmlarining ekologik roli to'g'risida to'liqroq tushunish uchun rozetlarning xilma-xilligida QS va signalizatsiya jarayoni bo'yicha keyingi tadqiqotlar o'tkazish kerak.[19]

Adabiyotlar

  1. ^ Durham, BP, Grote, J., Whittaker, KA, Bender, SJ, Luo, H., Grim, SL, Braun, JM, Keysi, JR, Dron, A., Florez-Leyva, L. va Krupke, A. (2014) "HIMB11 dengiz alfaproteobakterial shtammining genom ketma-ketligi, noyob nasldan naslning birinchi yetishtirilgan vakili. Rozeobakter g'ayrioddiy kichik genomga ega bo'lgan qoplama ". Genomika fanlari standartlari, 9(3): 632. doi:10.4056 / sigs.4998989.
  2. ^ Ga qarang NCBI Roseobacter-dagi veb-sahifa. Dan olingan ma'lumotlar "NCBI taksonomiyasi resurslari". Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi. Olingan 2007-03-19.
  3. ^ a b Bentzon-Tilia M, Gram L (2017). Biologik qidiruv. Biologik xilma-xillik va uni muhofaza qilish mavzulari. Springer, Xam. 137–166 betlar. doi:10.1007/978-3-319-47935-4_7. ISBN  978-3-319-47933-0.
  4. ^ a b v d Buchan A, Gonsales JM, Moran MA (oktyabr 2005). "Dengiz rozeobakteriyalarining nasl-nasabiga umumiy nuqtai". Amaliy va atrof-muhit mikrobiologiyasi. 71 (10): 5665–77. doi:10.1128 / AEM.71.10.5665-5677.2005. PMC  1265941. PMID  16204474.
  5. ^ a b v Brinkhoff T, Giebel XA, Simon M (iyun 2008). "Rozeobakteriyalarning xilma-xilligi, ekologiyasi va genomikasi: qisqacha ma'lumot". Mikrobiologiya arxivi. 189 (6): 531–9. doi:10.1007 / s00203-008-0353-y. PMID  18253713.
  6. ^ a b v d e f Luo X, Moran MA (dekabr 2014). "Dengiz rozeobakteriyasi qoplamasining evolyutsion ekologiyasi". Mikrobiologiya va molekulyar biologiya sharhlari. 78 (4): 573–87. doi:10.1128 / MMBR.00020-14. PMC  4248658. PMID  25428935.
  7. ^ Moran MA, Belas R, Schell MA, Gonsales JM, Sun F, Sun S, Binder BJ, Edmonds J, Ye V, Orkatt B, Xovard EC, Meile C, Palefskiy V, Goesmann A, Ren Q, Paulsen I, Ulrix LE , Tompson LS, Saunders E, Buchan A (2007 yil iyul). "Dengiz rozobakterlarining ekologik genomikasi". Amaliy va atrof-muhit mikrobiologiyasi. 73 (14): 4559–69. doi:10.1128 / AEM.02580-06. PMC  1932822. PMID  17526795.
  8. ^ Moran MA, Gonsales JM, Kiene RP (2003 yil iyul). "Bakterial taksonni dengizdagi oltingugurt aylanishiga bog'lash: Dengiz Rozeobakteriyalar guruhini o'rganish". Geomikrobiologiya jurnali. 20 (4): 375–388. doi:10.1080/01490450303901.
  9. ^ Vagner-Dobler I, Biebl H (2006). "Dengiz Rozeobakter nasabining ekologik biologiyasi". Mikrobiologiyaning yillik sharhi. 60: 255–80. doi:10.1146 / annurev.micro.60.080805.142115. hdl:10033/15373. PMID  16719716.
  10. ^ Buchan A, Collier LS, Neidle EL, Moran MA (Noyabr 2000). "Ekologik jihatdan muhim dengiz Rozeobakteriyalar nasl-nasabida 3,4-dioksigenazni protokatlashtiradigan aromatik halqalarni ajratuvchi asosiy ferment". Amaliy va atrof-muhit mikrobiologiyasi. 66 (11): 4662–72. doi:10.1128 / AEM.66.11.4662-4672.2000. PMC  92364. PMID  11055908.
  11. ^ a b Hogle SL, Thrash JC, Dyupont CL, Barbeau KA (yanvar 2016). "Kontrastli trofik strategiyalar bilan dengiz heterotrofik bakterioplankton tomonidan metall sotib olishning izlanishi". Amaliy va atrof-muhit mikrobiologiyasi. 82 (5): 1613–24. doi:10.1128 / AEM.03128-15. PMC  4771312. PMID  26729720.
  12. ^ Piekarski T, Buchholz I, Drepper T, Shobert M, Vagner-Debler I, Tielen P, Jann D (dekabr 2009). "Roseobacter clade bakteriyalarini tekshirish uchun genetik vositalar". BMC mikrobiologiyasi. 9: 265. doi:10.1186/1471-2180-9-265. PMC  2811117. PMID  20021642.
  13. ^ Ashen JB, Goff LJ (2000 yil iyul). "Dengiz algal-bakterial simbiyozlari guruhidagi turlarning o'ziga xosligi va koevolyutsiyasi uchun molekulyar va ekologik dalillar". Amaliy va atrof-muhit mikrobiologiyasi. 66 (7): 3024–30. doi:10.1128 / AEM.66.7.3024-3030.2000. PMC  92106. PMID  10877801.
  14. ^ Alavi M, Miller T, Erlandson K, Shneyder R, Belas R (2001-06-01). "Pfiesteriyaga o'xshash dinoflagellat madaniyati bilan bog'liq bo'lgan bakteriyalar jamoasi". Atrof-muhit mikrobiologiyasi. 3 (6): 380–396. doi:10.1046 / j.1462-2920.2001.00207.x. PMID  11472503.
  15. ^ Bentzon-Tilia M, Gram L (2017). Biologik qidiruv. Biologik xilma-xillik va uni muhofaza qilish mavzulari. Springer, Xam. 137–166 betlar. doi:10.1007/978-3-319-47935-4_7. ISBN  978-3-319-47933-0.
  16. ^ D'Alvise P (2013). Rozeobakteriyalar qatlamidan dengiz bakteriyalarining suv mahsulotlari etishtirish va ekofiziologiyasi. DTU oziq-ovqat.
  17. ^ Sonnenschein EC, Nielsen KF, D'Alvise P, Porsby CH, Melchiorsen J, Heilmann J, Kalatzis PG, Lopes-Peres M, Bunk B, Spröer C, Middelboe M, Gram L (Fevral 2017). "Rozeobakteriyalar bilan qoplangan Ruegeria mobilis turlarining global paydo bo'lishi va heterojenligi". ISME jurnali. 11 (2): 569–583. doi:10.1038 / ismej.2016.111. PMC  5270555. PMID  27552638.
  18. ^ Borg Y, Grigonyte AM, Boeing P, Wolfenden B, Smit P, Beaufoy V, Rose S, Ratisai T, Zaikin A, Nesbeth DN (2016-07-07). "Roseobacter clade bakteriyalarini biogeotexnika uchun sintetik biologiya shassisi sifatida aniqlashga ochiq manbali yondashuvlar". PeerJ. 4: e2031. doi:10.7717 / peerj.2031. PMC  4941783. PMID  27441104.
  19. ^ a b v Zan J, Liu Y, Fuqua C, Hill RT (yanvar 2014). "Rozeobakter qopqog'ida akil-gomoserin lakton kvorumini aniqlash". Xalqaro molekulyar fanlar jurnali. 15 (1): 654–69. doi:10.3390 / ijms15010654. PMC  3907830. PMID  24402124.

Qo'shimcha o'qish

Tashqi havolalar