SATB1 - SATB1

SATB1
Mavjud tuzilmalar
PDB	Ortholog qidiruvi: PDBe RCSB
PDB id kodlari ro'yxati
	1YSE, 2L1P, 2O49, 2O4A, 3NZL, 3TUO, 2MW8
Identifikatorlar
Taxalluslar	SATB1, SATB homeobox 1
Tashqi identifikatorlar	OMIM: 602075 MGI: 105084 HomoloGene: 2232 Generkartalar: SATB1
Gen joylashuvi (odam)
Chr.	Xromosoma 3 (odam)
Oxiri	18,445,588 bp
Gen joylashuvi (Sichqoncha)
Chr.	Xromosoma 17 (sichqoncha)
Oxiri	51,833,290 bp
RNK ekspressioni naqsh
	Qo'shimcha ma'lumotni ifodalash ma'lumotlari
Gen ontologiyasi
Molekulyar funktsiya	• DNK bilan bog'lanish; • RNK polimeraza II regulyator mintaqasiga xos DNKni bog'lash; • GO: 0001131, GO: 0001151, GO: 0001130, GO: 0001204 DNK bilan bog'laydigan transkripsiya omilining faolligi; • xromatin bilan bog'lanish; • GO: 0001948 oqsil bilan bog'lanish; • GO: 0001078, GO: 0001214, GO: 0001206 DNK bilan bog'langan transkripsiya repressor faoliyati, RNK polimeraza II ga xos; • ikki zanjirli DNK bilan bog'lanish; • GO: 0001200, GO: 0001133, GO: 0001201 DNK bilan bog'laydigan transkripsiya omilining faolligi, RNK polimeraza II ga xos; • ketma-ketlikka xos DNK bilan bog'lanish;
Uyali komponent	• PML tanasi; • yadro matritsasi; • nukleoplazma; • yadroviy heteroxromatin; • kromatin; • hujayra yadrosi; • yadro tanasi;
Biologik jarayon	• refleks; • CD4-musbat, alfa-beta T hujayralarining differentsiatsiyasi; • CD8-musbat, alfa-beta T hujayralarining differentsiatsiyasi; • xromatinni qayta qurish; • faollashtirilgan T hujayralarining ko'payishi; • transkripsiyani tartibga solish, DNK-andozalari; • RNK polimeraza II promotoridan transkripsiyaning salbiy regulyatsiyasi; • xromatin moddasi; • transkripsiya, DNK-andozali; • epidermis rivojlanishi; • giston metilatsiyasi; • GO: 0022415 virusli jarayon; • T hujayralarini faollashtirish;
	Manbalar:Amigo / QuickGO
Ortologlar
	6304
	20230
	ENSG00000182568
	ENSMUSG00000023927
	Q01826
	Q60611
NM_001131010; NM_001195470; NM_002971; NM_001322871; NM_001322872;
	NM_001322873; NM_001322874; NM_001322875; NM_001322876
NM_001163630; NM_001163631; NM_001163632; NM_009122; NM_001357636;
	NM_001357637; NM_001357638; NM_001357640
NP_001124482; NP_001182399; NP_001309800; NP_001309801; NP_001309802;
	NP_001309803; NP_001309804; NP_001309805; NP_002962
NP_001157102; NP_001157103; NP_001157104; NP_033148; NP_001344565;
	NP_001344566; NP_001344567; NP_001344569
	Vikidata
Insonni ko'rish / tahrirlash	Sichqonchani ko'rish / tahrirlash

SATB1 (maxsus AT-ga boy ketma-ketlikni bog'laydigan oqsil-1) a oqsil odamlarda bu kodlangan SATB1 gen.^[5]

Funktsiya

SATB1, global kromatin tashkilotchi va transkripsiya omili, yuqori darajadagi xromatin arxitekturasini genlarni tartibga solish bilan birlashtiradigan asosiy omil sifatida paydo bo'ldi.^[6] Yaqinda o'tkazilgan tadqiqotlar SATB1 ning xromatin "loopscape" ni tashkil qilishdagi rolini va uning fiziologik ogohlantirishlarga javoban dinamik xususiyatini aniqladi.^[7] Genom miqyosida SATB1 transkripsiyaga asoslangan xromatinni tashkil qilishda muhim rol o'ynaydi. SATB1 MHC-I sinfini aniq xromatin tsikllarida MARlarni yadro matritsasiga biriktirilgan masofada bog'lab, aniq kromatin tsikllariga joylashtiradi. SATB1-ni o'chirish ta'sirini taqlid qiladi IFN-γ xromatin tsikli arxitekturasida davolash MHC I sinf lokus va lokus ichidagi genlarning o'zgargan ifodasi. SATB1 shuningdek, ko'plab genlarning o'zgarishi orqali ko'krak bezi saratonining o'sishini va metastazni keltirib chiqarishi isbotlangan.

O'zaro aloqalar

SATB1 ga ko'rsatildi o'zaro ta'sir qilish bilan:

Adabiyotlar

^ ^a ^b ^v GRCh38: Ensembl relizi 89: ENSG00000182568 - Ansambl, 2017 yil may
^ ^a ^b ^v GRCm38: Ensembl relizi 89: ENSMUSG00000023927 - Ansambl, 2017 yil may
^ "Human PubMed ma'lumotnomasi:". Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi, AQSh Milliy Tibbiyot Kutubxonasi.
^ "Sichqoncha PubMed ma'lumotnomasi:". Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi, AQSh Milliy Tibbiyot Kutubxonasi.
^ "Entrez Gen: SATB1 SATB homeobox 1".
^ Pavan Kumar P, Purbey PK, Sinha CK, Notani D, Limaye A, Jayani RS, Galande S (2006 yil aprel). "Global gen regulyatori SATB1 ning fosforillanishi in vivo jonli ravishda transkripsiya faolligini tartibga soluvchi molekulyar kalit sifatida ishlaydi". Molekulyar hujayra. 22 (2): 231–43. doi:10.1016 / j.molcel.2006.03.010. PMID 16630892.
^ Galande S, Purbey PK, Notani D, Kumar PP (oktyabr 2007). "Genlarni tartibga solishning uchinchi o'lchovi: SATB1 tomonidan dinamik xromatinli ko'chadan o'tishni tashkil etish". Genetika va rivojlanish sohasidagi dolzarb fikrlar. 17 (5): 408–14. doi:10.1016 / j.gde.2007.08.003. PMID 17913490.
^ ^a ^b ^v ^d ^e Yasui D, Miyano M, Cai S, Varga-Vaysz P, Kohvi-Shigematsu T (oktyabr 2002). "SATB1 uzoq masofalardagi genlarni tartibga solish uchun xromatinni qayta tuzishga qaratilgan". Tabiat. 419 (6907): 641–5. doi:10.1038 / nature01084. PMID 12374985. S2CID 25822700.
^ Liu J, Barnett A, Neufeld EJ, Dadli JP (Iyul 1999). "CDP va SATB1 gomeoproteinlari o'zaro ta'sir qiladi: to'qimalarga xos tartibga solish potentsiali". Molekulyar va uyali biologiya. 19 (7): 4918–26. doi:10.1128 / mcb.19.7.4918. PMC 84297. PMID 10373541.
^ Durrin LK, Krontiris TG (iyun 2002). "Timotsitlarga xos MAR bog'laydigan oqsil SATB1, in vitro ravishda DNKga yo'naltirilgan RNK polimeraza II, 11-bo'linmaning yangi varianti bilan o'zaro ta'sir qiladi". Genomika. 79 (6): 809–17. doi:10.1006 / geno.2002.6772. PMID 12036295.

Qo'shimcha o'qish

Dikkinson LA, Joh T, Kohwi Y, Kohwi-Shigematsu T (avgust 1992). "To'qimalarga xos bo'lgan MAR / SAR DNK bilan bog'langan oqsil, odatiy bog'lanish joyini taniy olmaydi" Hujayra. 70 (4): 631–45. doi:10.1016 / 0092-8674 (92) 90432-C. PMID 1505028. S2CID 41115832.
Robertson NG, Xetarpal U, Gutierrez-Espeleta GA, Biber FR, Morton CC (1994 yil sentyabr). "Subtraktiv duragaylash va differentsial skrining yordamida odamning homila koklear cDNA kutubxonasidan yangi va ma'lum genlarni ajratish". Genomika. 23 (1): 42–50. doi:10.1006 / geno.1994.1457. PMID 7829101.
Nakagomi K, Kohwi Y, Dikkinson LA, Kohwi-Shigematsu T (Mar 1994). "Yadro matritsasi biriktirilishidagi DNKni bog'laydigan SATB1 oqsilidagi DNKni bog'laydigan yangi motif". Molekulyar va uyali biologiya. 14 (3): 1852–60. doi:10.1128 / MCB.14.3.1852. PMC 358543. PMID 8114718.
Xu L, Deng XX, Xia JH, Yang Y, Fan CH, Xang VY, Siddk T (1997). "In situ hibridizatsiyasi orqali odam xromosomasi 3p23 ga SATB1 ni tayinlash". Sitogenetika va hujayra genetikasi. 77 (3–4): 205–6. doi:10.1159/000134577. PMID 9284917.
Reddy PH, Stockburger E, Gillevet P, Tagle DA (1997 yil dekabr). "Oligo ta'qib qilish usuli bilan olingan kattalar odam miyasidan takroriy CDNKlarni xaritalash va tavsiflash (CAG)". Genomika. 46 (2): 174–82. doi:10.1006 / geno.1997.5044. PMID 9417904.
Eskaler D, Allenet B, Badrichani A, Garchon HJ (yanvar 1999). "Xlr yadro oqsilining etuk bo'lmagan timotsitlarda yuqori darajadagi ekspresi va matritsaga bog'liq mintaqani bog'laydigan SATB1 oqsili bilan kolokalizatsiya". Immunologiya jurnali. 162 (1): 292–8. PMID 9886398.
Liu J, Barnett A, Neufeld EJ, Dadli JP (Iyul 1999). "CDP va SATB1 gomeoproteinlari o'zaro ta'sir qiladi: to'qimalarga xos tartibga solish potentsiali". Molekulyar va uyali biologiya. 19 (7): 4918–26. doi:10.1128 / mcb.19.7.4918. PMC 84297. PMID 10373541.
Galande S, Dikkinson LA, Mian IS, Sikorska M, Kohwi-Shigematsu T (Avgust 2001). "Kaspaza 6 bilan SATB1 parchalanishi PDZ domen vositachiligidagi dimerizatsiyani buzadi va T-hujayrali apoptozning boshida xromatindan ajraladi". Molekulyar va uyali biologiya. 21 (16): 5591–604. doi:10.1128 / MCB.21.16.5591-5604.2001. PMC 87280. PMID 11463840.
Kieffer LJ, Greally JM, Landres I, Nag S, Nakajima Y, Kohwi-Shigematsu T, Kavathas PB (2002 yil aprel). "DNase I gipersensitiv joylari va SATB1 va GATA-3 ni biriktiradigan matritsani biriktirish mintaqalarini kolokalizatsiya qilish yo'li bilan odamning CD8 gen kompleksidagi nomzodni tartibga soluvchi mintaqani aniqlash". Immunologiya jurnali. 168 (8): 3915–22. doi:10.4049 / jimmunol.168.8.3915. PMID 11937547.
Durrin LK, Krontiris TG (iyun 2002). "Timotsitlarga xos MAR bog'laydigan oqsil, SATB1, in vitro ravishda DNKga yo'naltirilgan RNK polimeraza II, 11-bo'linmaning yangi varianti bilan o'zaro ta'sir qiladi". Genomika. 79 (6): 809–17. doi:10.1006 / geno.2002.6772. PMID 12036295.
Yasui D, Miyano M, Cai S, Varga-Vaysz P, Kohvi-Shigematsu T (oktyabr 2002). "SATB1 uzoq masofalardagi genlarni tartibga solish uchun xromatinni qayta tuzishga qaratilgan". Tabiat. 419 (6907): 641–5. doi:10.1038 / nature01084. PMID 12374985. S2CID 25822700.
Cai S, Han HJ, Kohwi-Shigematsu T (may 2003). "To'qimalarga xos yadro arxitekturasi va gen ekspressioni SATB1 tomonidan tartibga solinadi". Tabiat genetikasi. 34 (1): 42–51. doi:10.1038 / ng1146. PMID 12692553. S2CID 974648.
Fujii Y, Kumatori A, Nakamura M (2004). "SATB1 kompleksni p300 bilan tuzadi va gp91 (foks) promotor faoliyatini bostiradi". Mikrobiologiya va immunologiya. 47 (10): 803–11. doi:10.1111 / j.1348-0421.2003.tb03438.x. PMID 14605447. S2CID 6138288.
Gocke CB, Yu H, Kang J (fevral 2005). "Sutemizuvchilarning kichkina ubikitinga o'xshash modifikator substratlarini tizimli ravishda aniqlash va tahlil qilish". Biologik kimyo jurnali. 280 (6): 5004–12. doi:10.1074 / jbc.M411718200. PMID 15561718.
Ven J, Xuang S, Rojers H, Dikkinson LA, Kohvi-Shigematsu T, Noguchi KT (2005 yil aprel). "SATB1 oilasining oqsillari erta eritroid differentsiatsiyasi jarayonida namoyon bo'lib, globin geni ekspressionini o'zgartiradi". Qon. 105 (8): 3330–9. doi:10.1182 / qon-2004-08-2988. PMID 15618465.
Seo J, Lozano MM, Dadli JP (Iyul 2005). "Yadro matritsasi bilan bog'lanish SATB1 vositachiligidagi transkripsiyaviy repressiyani tartibga soladi". Biologik kimyo jurnali. 280 (26): 24600–9. doi:10.1074 / jbc.M414076200. PMID 15851481.
Nakayama Y, Mian IS, Kohwi-Shigematsu T, Ogawa T (avgust 2005). "T hujayra nasabidagi genom tashkilotchisi SATB1 uchun yadroviy nishonni aniqlovchi". Hujayra aylanishi. 4 (8): 1099–106. doi:10.4161 / cc.4.8.1862. PMID 15970696.
Rual JF, Venkatesan K, Xao T, Xirozane-Kishikava T, Drikot A, Li N, Berriz GF, Gibbons FD, Dreze M, Ayivi-Gedehoussou N, Klitgord N, Saymon S, Boxem M, Milshteyn S, Rozenberg J, Goldberg DS, Zhang LV, Vong SL, Franklin G, Li S, Albala JS, Lim J, Fraughton C, Llamosas E, Cevik S, Bex C, Lamesch P, Sikorski RS, Vandenhaute J, Zoghbi HY, Smolyar A, Bosak S, Sequerra R, Ducette-Stamm L, Cusick ME, Hill DE, Roth FP, Vidal M (oktyabr 2005). "Odamning oqsil va oqsil bilan o'zaro aloqasi tarmog'ining proteom miqyosli xaritasi tomon". Tabiat. 437 (7062): 1173–8. doi:10.1038 / nature04209. PMID 16189514. S2CID 4427026.

Ushbu maqola gen kuni inson xromosomasi 3 a naycha. Siz Vikipediyaga yordam berishingiz mumkin uni kengaytirish.

[refGRCh38Ensembl-1] v GRCh38: Ensembl relizi 89: ENSG00000182568 - Ansambl, 2017 yil may

[refGRCm38Ensembl-2] v GRCm38: Ensembl relizi 89: ENSMUSG00000023927 - Ansambl, 2017 yil may

[3] "Human PubMed ma'lumotnomasi:". Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi, AQSh Milliy Tibbiyot Kutubxonasi.

[4] "Sichqoncha PubMed ma'lumotnomasi:". Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi, AQSh Milliy Tibbiyot Kutubxonasi.

[entrez-5] "Entrez Gen: SATB1 SATB homeobox 1".

[pmid16630892-6] Pavan Kumar P, Purbey PK, Sinha CK, Notani D, Limaye A, Jayani RS, Galande S (2006 yil aprel). "Global gen regulyatori SATB1 ning fosforillanishi in vivo jonli ravishda transkripsiya faolligini tartibga soluvchi molekulyar kalit sifatida ishlaydi". Molekulyar hujayra. 22 (2): 231–43. doi:10.1016 / j.molcel.2006.03.010. PMID 16630892.

[pmid17913490-7] Galande S, Purbey PK, Notani D, Kumar PP (oktyabr 2007). "Genlarni tartibga solishning uchinchi o'lchovi: SATB1 tomonidan dinamik xromatinli ko'chadan o'tishni tashkil etish". Genetika va rivojlanish sohasidagi dolzarb fikrlar. 17 (5): 408–14. doi:10.1016 / j.gde.2007.08.003. PMID 17913490.

[pmid12374985-8] v ^d ^e Yasui D, Miyano M, Cai S, Varga-Vaysz P, Kohvi-Shigematsu T (oktyabr 2002). "SATB1 uzoq masofalardagi genlarni tartibga solish uchun xromatinni qayta tuzishga qaratilgan". Tabiat. 419 (6907): 641–5. doi:10.1038 / nature01084. PMID 12374985. S2CID 25822700.

[pmid10373541-9] Liu J, Barnett A, Neufeld EJ, Dadli JP (Iyul 1999). "CDP va SATB1 gomeoproteinlari o'zaro ta'sir qiladi: to'qimalarga xos tartibga solish potentsiali". Molekulyar va uyali biologiya. 19 (7): 4918–26. doi:10.1128 / mcb.19.7.4918. PMC 84297. PMID 10373541.

[pmid12036295-10] Durrin LK, Krontiris TG (iyun 2002). "Timotsitlarga xos MAR bog'laydigan oqsil SATB1, in vitro ravishda DNKga yo'naltirilgan RNK polimeraza II, 11-bo'linmaning yangi varianti bilan o'zaro ta'sir qiladi". Genomika. 79 (6): 809–17. doi:10.1006 / geno.2002.6772. PMID 12036295.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]