Ligandlarning eksponensial boyitish orqali tizimli evolyutsiyasi - Systematic evolution of ligands by exponential enrichment

In vitro tanlov protokoliga umumiy nuqtai. NA - Nuklein kislotalari (DNK, RNK, PNA ) tasodifiy hovuz sifatida boshlanadigan va tanlov jarayonida boyitilgan.

Ligandlarning eksponensial boyitish orqali tizimli evolyutsiyasi (SELEX), shuningdek, deb nomlanadi in vitro tanlov yoki in vitro evolyutsiya, a kombinatorial kimyo texnikasi molekulyar biologiya ishlab chiqarish uchun oligonukleotidlar bitta ipli DNK yoki RNK maqsadga aniq bog'langan ligand yoki ligandlar. Ushbu bitta zanjirli DNK yoki RNK odatda shunday ataladi aptamerlar.[1][2][3] Garchi SELEX protsedura uchun eng ko'p ishlatiladigan nom sifatida paydo bo'lgan bo'lsa-da, ba'zi tadqiqotchilar buni shunday deb atashgan SAAB (tanlangan va kuchaytirilgan majburiy sayt) va CASTing (tsiklik kuchaytirish va maqsadlarni tanlash)[4][5] SELEX birinchi marta 1990 yilda ishlab chiqarilgan. 2015 yilda Molekulyar evolyutsiya jurnali SELEX kashfiyotining chorak asr sharafiga.[6]

Jarayon doimiy ravishda yonma-yon joylashgan sobit uzunlikdagi tasodifiy hosil qilingan ketma-ketliklardan iborat bo'lgan juda katta oligonukleotidlar kutubxonasini sintez qilish bilan boshlanadi. 5' va 3' bo'lib xizmat qiladigan uchlari astarlar.[2] Tasodifiy hosil bo'lgan uzunlik mintaqasi uchun n, kutubxonada mumkin bo'lgan ketma-ketliklar soni - 4 tan (n to'rtta imkoniyatga ega bo'lgan pozitsiyalar (har bir pozitsiyada A, T, C, G)). Kutubxonadagi ketma-ketliklar maqsadli ligandga ta'sir qiladi - bu bo'lishi mumkin oqsil yoki a kichik organik birikma - va maqsadni bog'lamaydiganlar olib tashlanadi, odatda tomonidan yaqinlik xromatografiyasi yoki paramagnetik boncuklarda nishonga olish.[7] Bog'langan ketma-ketliklar tomonidan elute qilinadi va kuchaytiriladi PCR[2][3] eng qattiq bog'langan ketma-ketlikni aniqlash uchun elusiya sharoitlarining qat'iyligini oshirish mumkin bo'lgan keyingi tanlov turlariga tayyorgarlik ko'rish.[2] Ushbu usulni e'tiborga olish kerak bo'lgan ehtiyotkorlik shundan iboratki, juda yuqori, pastkinanomolar majburiy yaqinlik sub'ektlari aslida maqsad molekulasi uchun o'ziga xoslikni yaxshilamasligi mumkin.[8] Tegishli molekulalar bilan maqsaddan tashqari bog'lanish muhim klinik ta'sirga ega bo'lishi mumkin.

SELEX klinik va tadqiqot maqsadlari uchun qiziqarli bo'lgan maqsadlarni bog'laydigan bir qator aptamerlarni ishlab chiqish uchun ishlatilgan.[9] Shuningdek, ushbu uchlarga qarab, kimyoviy jihatdan o'zgartirilgan shakar va asoslari bo'lgan bir qator nukleotidlar SELEX reaktsiyalariga kiritilgan.[9][10] Ushbu o'zgartirilgan nukleotidlar yangi bog'lanish xususiyatlariga va potentsial yaxshilangan barqarorlikka ega aptamerlarni tanlashga imkon beradi.[9][10]

Jarayon

Aptamers bioseptorlardan terapevtikaga qadar keng qo'llanilishi tufayli bioseptorlar sohasida yangi toifaga aylandi. SELEX deb nomlangan skrining jarayonlarining bir nechta o'zgarishlari haqida xabar berilgan bo'lib, ular yakuniy foydalanish uchun kerakli xususiyatlarga ega bo'lgan ketma-ketlikni keltirib chiqarishi mumkin.[11].

Bir qatorli oligonukleotid kutubxonasini yaratish

SELEXning birinchi bosqichi aniqlangan mintaqalar bilan chegaralangan bir necha uzunlikdagi to'liq yoki qisman randomizatsiyalangan oligonukleotidlar ketma-ketligini sintez qilishni o'z ichiga oladi, bu tasodifiy mintaqalarni PCR kuchayishiga va RNK SELEX holatida randomize ketma-ketlikning in vitro transkripsiyasiga imkon beradi.[2][3][12] Ellington va Szostak kimyoviy sintezning ~ 10 hosil bo'lishiga qodir ekanligini namoyish etishgan15 oligonukleotid kutubxonalari uchun noyob ketma-ketliklar, ularning in vitro tanlovdagi 1990 yilgi qog'ozida,[3] ular ushbu sintezlangan oligonukleotidlarni kuchaytirish PCR tarafkashligi va sintez qilingan qismlardagi nuqsonlar tufayli hovuzlarning xilma-xilligini sezilarli darajada yo'qotishiga olib kelganligini aniqladilar.[3] Oligonukleotid havzasi kuchaytirilib, reaksiyaga dastlabki kutubxonaning etarli miqdori qo'shiladi, shunda stoxastik hodisalar tufayli potentsial bog'lanish ketma-ketligini yo'qotishni minimallashtirish uchun har bir alohida ketma-ketlikning ko'p nusxalari mavjud.[3] Inkubatsiya va selektiv saqlash uchun mo'ljallangan kutubxonani joriy etishdan oldin, ketma-ketlik kutubxonasini bitta bog'langan oligonukleotidlarga aylantirish kerak, bu esa maqsadga bog'lanish xususiyatlariga ega bo'lgan konstruktiv konformatsiyalarga erishishdir.[2][3]

Maqsadli inkubatsiya

Maqsadli kiritilishdan oldin bitta oligonukleotid kutubxonasi tez-tez isitiladi va sekin soviydi, oligonukleotidlarni termodinamik barqaror ikkilamchi va uchinchi tuzilmalarga qayta nomlash uchun.[3][7] Tayyorlanganidan so'ng, tasodifiy kutubxona oligonukleotid-maqsadni bog'lash uchun immobilizatsiya qilingan maqsad bilan inkubatsiya qilinadi. Ushbu maqsadli inkubatsiya bosqichi uchun bir nechta fikrlar mavjud, shu jumladan maqsadli immobilizatsiya usuli va keyingi bog'liq bo'lmagan oligonukleotidni ajratish strategiyasi, inkubatsiya vaqti va harorati, inkubatsiya buferi shartlari va oligonukleotid konsentrasiyalariga qarshi maqsad. Maqsadli immobilizatsiya usullariga misollar kiradi yaqinlik xromatografiyasi ustunlar,[3] nitroselüloz majburiy tahlil filtrlari,[2] va paramagnetik boncuklar.[7] So'nggi paytlarda SELEX reaktsiyalari ishlab chiqilgan bo'lib, ularda maqsad butun hujayralar bo'lib, ular to'liq kengaytirilmoqda to'qnashuv va madaniyat plitalarida oligonukleotid kutubxonasi bilan inkubatsiya qilingan.[13] Kuluçka buferi shartlari tanlangan aptamerning maqsad va kerakli funktsiyalari asosida o'zgartiriladi. Masalan, manfiy zaryadlangan kichik molekulalar va oqsillar uchun yuqori tuzli buferlar ishlatiladi zaryadlarni skrining qilish nukleotidlarning maqsadga yaqinlashishiga imkon berish va ma'lum bir majburiy hodisa ehtimolini oshirish.[3] Shu bilan bir qatorda, agar kerakli aptamer funktsiyasi potentsial terapevtik yoki diagnostik qo'llanilishi uchun in vivo jonli oqsil yoki butun hujayra bilan bog'langan bo'lsa, in vivo jonli plazmadagi tuz kontsentratsiyasi va gomeostatik haroratga o'xshash inkubatsiya buferi sharoitlari in vivo jonli ravishda bog'lanishi mumkin bo'lgan aptamerlarni hosil qiladi. Inkubatsion bufer sharoitida yana bir e'tibor - bu o'ziga xos bo'lmagan raqobatchilar. Agar reaktsiya sharoitida o'ziga xos bo'lmagan oligonukleotidni ushlab qolish ehtimoli katta bo'lsa, SELEX kutubxonasidan tashqari kichik molekulalar yoki polimerlar bo'lgan, o'ziga xos bo'lmagan raqobatchilar, bu kutubxona oligonukleotidlariga o'xshash fizik xususiyatlarga ega, kutubxona oligonukleotidlariga o'xshash. maxsus majburiy saytlar.[13] Maqsad va oligonukleotidlarning nisbiy kontsentratsiyasining o'zgarishi tanlangan aptamerlarning xususiyatlariga ham ta'sir qilishi mumkin. Agar yaxshi bo'lsa majburiy yaqinlik chunki tanlangan aptamer xavotirga solmaydi, shuning uchun inkubatsiya paytida hech bo'lmaganda ba'zi ketma-ketliklarning bog'lanib qolishi va saqlanib qolish ehtimolini oshirish uchun maqsadning ortiqcha miqdoridan foydalanish mumkin. Biroq, bu yuqori uchun tanlangan bosimni ta'minlamaydi majburiy yaqinlik, bu oligonukleotid kutubxonasining ortiqcha bo'lishini talab qiladi, shuning uchun mavjud bo'lgan majburiy saytlar uchun noyob ketma-ketliklar o'rtasida raqobat mavjud.[2]

Majburiy ketma-ketlikni elflash va kuchaytirish

Oligonukleotid kutubxonasi maqsad bilan etarli vaqt davomida inkübe qilinganidan so'ng, bog'lanmagan oligonukleotidlar immobilizatsiya qilingan maqsaddan yuviladi, ko'pincha inkubatsiya tamponidan foydalaniladi, shunda maxsus bog'langan oligonukleotidlar saqlanib qoladi.[3] Bog'lanmagan ketma-ketliklar yuvilgan holda, maxsus bog'langan ketma-ketliklar oligonukleotidning ochilishi yoki bog'lanish konformatsiyasining yo'qolishi, shu jumladan deionizatsiyalangan suvda oqishini ta'minlovchi denatura sharoitlari yaratilishi bilan ajralib turadi,[3] karbamid va EDTA o'z ichiga olgan denatürasyon eritmalaridan foydalangan holda,[13][14] yoki yuqori issiqlik va jismoniy kuchni qo'llash orqali.[7] Bog'langan ketma-ketliklar elusiyasida saqlanib qolgan oligonukleotidlar bo'ladi teskari transkripsiya qilingan RNK yoki modifikatsiyalangan bazani tanlashda DNKga,[2][3][13] yoki oddiygina DNK SELEX holatida kuchaytirish uchun yig'ilgan.[15] Keyinchalik elitatsiyalangan ketma-ketlikdagi ushbu DNK shablonlari orqali kuchaytiriladi PCR va navbatdagi tanlov uchun dastlabki kirish sifatida ishlatiladigan bitta zanjirli DNK, RNK yoki o'zgartirilgan asosli oligonukleotidlarga aylantirildi.[2][3]

SSDNA olish

SELEX protsedurasining eng muhim bosqichlaridan biri bu PCRni kuchaytirish bosqichidan so'ng bitta zanjirli DNK (ssDNA) olishdir. Bu keyingi tsikl uchun xizmat qiladi, shuning uchun barcha DNKlarning bir zanjirda bo'lishi va imkon qadar kamroq yo'qolishi juda muhimdir. Nisbatan soddaligi sababli, amplifikatsiya bosqichida biotinillangan teskari primerlardan foydalanish eng ko'p qo'llaniladigan usullardan biri bo'lib, undan so'ng bir-birini to'ldiruvchi iplar qatron bilan bog'lanishi mumkin, so'ngra boshqa ipni lye bilan eritib yuboriladi. Boshqa usul - bu assimetrik PCR, bu erda amplifikatsiya pog'onasi haddan tashqari oldinga va juda oz miqdordagi teskari astar bilan amalga oshiriladi, bu esa kerakli ipning ko'proq hosil bo'lishiga olib keladi. Ushbu usulning kamchiliklari shundan iboratki, mahsulotni PCR reaktsiyasidan ikki zanjirli DNK (dsDNA) va boshqa qoldiq moddalardan tozalash kerak. Kiruvchi ipning fermentativ degradatsiyasi ushbu ipni fosfat problangan astar yordamida belgilash orqali amalga oshirilishi mumkin, chunki u kabi fermentlar tomonidan tan olinadi. Lambda ekzonuklezi. Keyinchalik, bu fermentlar fosfat yorlig'ini tanlab tanazzulga keltirib, komplementar zanjirni buzilmasdan qoldiradilar. Ushbu usullarning barchasi DNKning taxminan 50-70 foizini tiklaydi. Batafsil taqqoslash uchun Svobodova va boshqalarning maqolasiga murojaat qiling. bu erda va boshqa usullar eksperimental ravishda taqqoslanadi.[16] Klassik SELEX-da tasodifiy bitta torli kutubxonani yaratish jarayoni, maqsadli inkubatsiya va majburiy ketma-ketlikni o'chirish va kuchaytirish yuqorida tavsiflangan, saqlanadigan hovuzning katta qismi maqsadli bog'lanish ketma-ketligidan iborat bo'lguncha takrorlanadi,[2][3] protsedurada tez-tez ishlatiladigan o'zgartirishlar va qo'shimchalar mavjud bo'lsa ham, quyida muhokama qilinadi.

Salbiy yoki qarshi tanlov

Berilgan SELEX protsedurasi, manfiy tanlov yoki hisoblagich tanlovi bilan tanlangan aptamerlarning o'ziga xosligini oshirish uchun qadam inkubatsiyadan oldin yoki darhol qo'shilishi mumkin. Hovuzdan maqsadli immobilizatsiya matritsasi tarkibiy qismlariga yaqinlikni ketma-ketligini yo'q qilish uchun kutubxonani maqsadli immobilizatsiya matritsasi komponentlari bilan inkubatsiya qilingan va bog'lanmagan ketma-ketliklar saqlanadigan joyda salbiy tanlovdan foydalanish mumkin.[14][17][15] Salbiy tanlov, shuningdek, oligonukleotid kutubxonasini kichik molekulali maqsadli analoglar, kiruvchi hujayra turlari yoki maqsadga ega bo'lmagan oqsillar bilan inkubatsiya qilish va bog'lanmagan ketma-ketlikni saqlab, maqsadga o'xshash molekulalarni yoki hujayralarni bog'laydigan ketma-ketlikni yo'q qilish uchun ishlatilishi mumkin.[13][15][18]

Tanlovning rivojlanishini kuzatish

SELEX reaksiya jarayonini kuzatib borish uchun elitatsiya qilingan oligonukleotidlar soniga teng bo'lgan nishonga bog'langan molekulalar sonini har bir turda ellyusiyadan so'ng oligonukleotidlarning taxminiy umumiy kiritilishi bilan taqqoslash mumkin.[3][19] Suyultirilgan oligonukleotidlar sonini 260 nm to'lqin uzunligini yutish orqali ellyusiya kontsentratsiyasini baholash orqali aniqlash mumkin.[19] yoki oligonukleotidlarning lyuminestsent yorlig'i.[7] SELEX reaktsiyasi yakunlanishiga yaqinlashganda, oligonukleotid kutubxonasining nishonni bog'laydigan qismi 100% ga yaqinlashadi, chunki elute qilingan molekulalar soni umumiy oligonukleotid kiritish bahosiga yaqinlashadi, ammo kamroq sonda birlashishi mumkin.[3]

Ogohlantirishlar va mulohazalar

Ba'zi SELEX reaktsiyalari ikkilamchi tuzilish hosil bo'lishi uchun primer bog'lanish mintaqalariga bog'liq bo'lgan problarni yaratishi mumkin.[7] Qisqa ketma-ketlik va shu bilan primerni qisqartirish maqsadga muvofiq bo'lgan aptamer dasturlari mavjud.[20] Asl uslub bo'yicha rivojlanish RNK ​​kutubxonasiga doimiy primer mintaqalarni tashlab qo'yishga imkon beradi, bu tanlov jarayonidan so'ng ularni olib tashlash qiyin bo'lishi mumkin, chunki ular barqarorlashadi ikkilamchi tuzilmalar faqat tasodifiy mintaqa tomonidan hosil bo'lganda beqaror.[21]

Kimyoviy modifikatsiyalangan nukleotidlar

Yaqinda SELEX kimyoviy modifikatsiyalangan nukleotidlardan foydalanishni kengaytirdi. Ushbu kimyoviy modifikatsiyalangan oligonukleotidlar tanlangan aptamerlar uchun ko'plab potentsial afzalliklarni, shu jumladan katta barqarorlik va nukleaza qarshiligini, tanlangan maqsadlar uchun bog'lanishni kuchayishini, kengaygan fizik xususiyatlarini, masalan, ortib boradigan hidrofobikani va turli xil strukturaviy konformatsiyalarni taklif etadi.[9][10][22]

Genetik alifbo va shu tariqa mumkin bo'lgan aptamerlar, shuningdek, g'ayritabiiy tayanch juftliklari yordamida kengaytiriladi[23][24] ushbu g'ayritabiiy tayanch juftliklaridan foydalanish SELEX-ga tatbiq etildi va yuqori yaqinlikdagi DNK aptamerlari hosil bo'ldi.[25]

Oldingi maqsadlar

Rivojlanish uchun texnikadan foydalanilgan aptamerlar turli xil maqsad ligandlariga, shu jumladan juda yuqori bog'lanish yaqinligi kichik molekulalar kabi ATP[26] va adenozin[12][27] va shunga o'xshash oqsillarni o'z ichiga oladi prionlar[28] va qon tomir endotelial o'sish omili (VEGF).[29] Bundan tashqari, SELEX o'simta hujayralari kabi murakkab maqsadlar uchun yuqori darajadagi aptamerlarni tanlash uchun ishlatilgan.[30] Texnikaning klinik qo'llanilishini bog'laydigan aptamerlar taklif qiladi o'simta belgilari,[31] GFP -bog'liq floroforlar,[32] va VEGF-ga majburiy aptamer savdo nomi Makugen davolash uchun FDA tomonidan tasdiqlangan makula degeneratsiyasi.[29][33] Bundan tashqari, SELEX juda aniq katalitik DNK yoki DNK fermentlarini olish uchun ishlatilgan. GR-5 DNK fermenti (qo'rg'oshinga xos), shu jumladan bir nechta metalga xos DNK fermentlari,[34] CA1-3 DNK fermentlari (misga xos),[35] 39E DNK fermenti (uranilga xos) [36] va NaA43 DNK fermenti (natriyga xos).[37]

Ushbu ishlab chiqilgan aptamerlar makula degeneratsiyasi terapiyasida turli xil dasturlarni ko'rdilar[33] va turli tadqiqot dasturlari, shu jumladan biosensorlar,[20] oqsillarni lyuminestsent yorlig'i[38] va hujayralar,[39] va selektiv ferment inhibatsiyasi.[40]

Shuningdek qarang

Adabiyotlar

  1. ^ Hak-Xagir A (1978 yil sentyabr). "[Hak-Xagir terisi uchun kanal]". Zeitschrift für Urologie und Nephrologie. 71 (9): 639–42. doi:10.1128 / mcb.9.7.2944. PMC  362762. PMID  2674675.
  2. ^ a b v d e f g h men j k Tuerk C, Gold L (1990 yil avgust). "Ligandlarning eksponensial boyitish orqali tizimli evolyutsiyasi: RNK ligandlari bakteriofagiga T4 DNK-polimeraza". Ilm-fan. 249 (4968): 505–10. Bibcode:1990Sci ... 249..505T. doi:10.1126 / science.2200121. PMID  2200121.
  3. ^ a b v d e f g h men j k l m n o p q Ellington AD, Szostak JW (1990 yil avgust). "Muayyan ligandlarni bog'laydigan RNK molekulalarining in vitro tanlovi". Tabiat. 346 (6287): 818–22. Bibcode:1990 yil 34-iyun. doi:10.1038 / 346818a0. PMID  1697402. S2CID  4273647.
  4. ^ Blackwell TK, Weintraub H (1990 yil noyabr). "Majburiy joy tanlash orqali aniqlangan MyoD va E2A oqsil komplekslarining DNK bilan bog'lanish afzalliklarining farqlari va o'xshashliklari". Ilm-fan. 250 (4984): 1104–10. Bibcode:1990Sci ... 250.1104B. doi:10.1126 / science.2174572. PMID  2174572. S2CID  1995608.
  5. ^ Rayt BIZ, Binder M, Funk V (1991 yil avgust). "Miyogenin konsensusini bog'laydigan joy uchun tsikli kuchaytirish va maqsadlarni tanlash (CASTing)". Molekulyar va uyali biologiya. 11 (8): 4104–10. doi:10.1128 / mcb.11.8.4104. PMC  361222. PMID  1649388.
  6. ^ Oltin, Larri (2015 yil 20-oktabr). "SELEX: Bu qanday sodir bo'ldi va qaerga boradi". Molekulyar evolyutsiya jurnali. 81 (5–6): 140–3. Bibcode:2015JMolE..81..140G. doi:10.1007 / s00239-015-9705-9. PMC  4661202. PMID  26480964.
  7. ^ a b v d e f Stoltenburg R, Shubert T, Strehlitz B (2015-07-29). "In vitro DNK Aptamerni maqsadli oqsilni tanlash va o'zaro ta'sirini o'rganish". PLOS ONE. 10 (7): e0134403. Bibcode:2015PLoSO..1034403S. doi:10.1371 / journal.pone.0134403. PMC  4519192. PMID  26221730.
  8. ^ Carothers JM, Oestreich SC, Szostak JW (iyun 2006). "Yuqori afinitelni bog'lash uchun tanlangan aptammerlar maqsad ligand uchun aniqroq emas". Amerika Kimyo Jamiyati jurnali. 128 (24): 7929–37. doi:10.1021 / ja060952q. PMC  4287982. PMID  16771507.
  9. ^ a b v d Vu YX, Kvon YJ (2016 yil avgust). "Aptamers: SELEX" evolyutsiyasi "". Usullari. 106: 21–8. doi:10.1016 / j.ymeth.2016.04.020. PMID  27109056.
  10. ^ a b v Keefe AD, Cload ST (2008 yil avgust). "O'zgartirilgan nukleotidlar bilan SELEX". Kimyoviy biologiyaning hozirgi fikri. 12 (4): 448–56. doi:10.1016 / j.cbpa.2008.06.028. PMID  18644461.
  11. ^ Kaur, Xarmanjit; Shorie, Munish (20 oktyabr 2018). "Microtitre Plitalar asosidagi Cell-SELEX usuli". Bio-protokol. 8 (20). doi:10.21769 / BioProtoc.3051.
  12. ^ a b Huizenga DE, Szostak JW (1995 yil yanvar). "Adenozin va ATP ni bog'laydigan DNK aptameri". Biokimyo. 34 (2): 656–65. doi:10.1021 / bi00002a033. PMID  7819261.
  13. ^ a b v d e Ivagava T, Ohuchi SP, Vatanabe S, Nakamura Y (yanvar 2012). "Sichqoncha embrionining ildiz hujayralariga qarshi RNK aptamerlarini tanlash". Biochimie. 94 (1): 250–7. doi:10.1016 / j.biochi.2011.10.017. PMID  22085640.
  14. ^ a b Vater A, Jarosch F, Buchner K, Klussmann S (2003 yil noyabr). "O'chokli bilan bog'liq kaltsitonin geni bilan bog'liq peptidga qisqa bioaktiv Spiegelmers yangi yondashuv bilan tezda aniqlandi: moslashtirilgan SELEX". Nuklein kislotalarni tadqiq qilish. 31 (21): 130e-130. doi:10.1093 / nar / gng130. PMC  275487. PMID  14576330.
  15. ^ a b v Blank M, Vaynshenk T, Priemer M, Shlyuzener H (may 2001). "DNK aptamerining kalamush miya shishi mikrovessellari bilan bog'lanishining tizimli evolyutsiyasi. Endotelial regulyator oqsil cho'chqasining selektiv yo'nalishi". Biologik kimyo jurnali. 276 (19): 16464–8. doi:10.1074 / jbc.M100347200. PMID  11279054. S2CID  39002909.
  16. ^ Svobodova M, Pinto A, Nadal P, O 'Sallivan CK (avgust 2012). "SELEX jarayonlari uchun bitta zanjirli DNKni yaratish uchun turli xil usullarni taqqoslash". Analitik va bioanalitik kimyo. 404 (3): 835–42. doi:10.1007 / s00216-012-6183-4. PMID  22733247. S2CID  206910212.
  17. ^ Stoltenburg R, Reinemann C, Strehlitz B (oktyabr 2007). "SELEX - yuqori afinitik nuklein kislota ligandlarini hosil qilishning evolyutsion usuli". Biyomolekulyar muhandislik. 24 (4): 381–403. doi:10.1016 / j.bioeng.2007.06.001. PMID  17627883.
  18. ^ Haller AA, Sarnow P (1997 yil avgust). "Qopqoqli mRNA molekulalarining tarjimasini inhibe qiluvchi 7-metil-guanozin bilan bog'langan RNKning in vitro tanlovi". Amerika Qo'shma Shtatlari Milliy Fanlar Akademiyasi materiallari. 94 (16): 8521–6. Bibcode:1997 yil PNAS ... 94.8521H. doi:10.1073 / pnas.94.16.8521. PMC  22984. PMID  9238009.
  19. ^ a b Sefah K, Shangguan D, Xiong X, O'Donoghue MB, Tan Vt (iyun 2010). "Cell-SELEX yordamida DNK aptamerlarini yaratish". Tabiat protokollari. 5 (6): 1169–85. doi:10.1038 / nprot.2010.66. PMID  20539292. S2CID  4953042.
  20. ^ a b Lubin AA, Hunt BV, White RJ, Plaxco KW (mart 2009). "Zond uzunligi, prob geometriyasi va oksidlanish-qaytarilish yorlig'i elektrokimyoviy E-DNK sensori ishlashiga ta'siri". Analitik kimyo. 81 (6): 2150–8. doi:10.1021 / ac802317k. PMID  19215066.
  21. ^ Jarosch F, Buchner K, Klussmann S (2006 yil iyul). "Ikkala RNK kutubxonasi yordamida in vitro tanlov, bu primersiz tanlashga imkon beradi". Nuklein kislotalarni tadqiq qilish. 34 (12): e86. doi:10.1093 / nar / gkl463. PMC  1524915. PMID  16855281.
  22. ^ Pinheiro VB, Teylor AI, Cozens C, Abramov M, Renders M, Zhang S, Chaput JC, Vengel J, Peak-Chew SY, McLaughlin SH, Herdewijn P, Holliger P (aprel 2012). "Irsiyat va evolyutsiyaga qodir sintetik genetik polimerlar". Ilm-fan. 336 (6079): 341–4. Bibcode:2012Sci ... 336..341P. doi:10.1126 / science.1217622. PMC  3362463. PMID  22517858.
  23. ^ Kimoto M, Kawai R, Mitsui T, Yokoyama S, Xirao I (2009 yil fevral). "DNK molekulalarini samarali PCR oshirish va funktsionalizatsiyasi uchun tabiiy bo'lmagan juftlik tizimi". Nuklein kislotalarni tadqiq qilish. 37 (2): e14. doi:10.1093 / nar / gkn956. PMC  2632903. PMID  19073696.
  24. ^ Yamashige R, Kimoto M, Takezava Y, Sato A, Mitsui T, Yokoyama S, Xirao I (mart 2012). "PCRni kuchaytirish uchun uchinchi bazaviy juftlik sifatida juda o'ziga xos g'ayritabiiy bazaviy juftlik tizimlari". Nuklein kislotalarni tadqiq qilish. 40 (6): 2793–806. doi:10.1093 / nar / gkr1068. PMC  3315302. PMID  22121213.
  25. ^ Kimoto M, Yamashige R, Matsunaga K, Yokoyama S, Xirao I (may 2013). "Kengaytirilgan genetik alfavitdan foydalangan holda yuqori yaqinlikdagi DNK aptamerlarini yaratish". Tabiat biotexnologiyasi. 31 (5): 453–7. doi:10.1038 / nbt.2556. PMID  23563318. S2CID  23329867.
  26. ^ Dieckmann T, Suzuki E, Nakamura GK, Feigon J (iyul 1996). "ATP bilan bog'langan RNK aptamerining eritma tuzilishi yangi katlamni ochib beradi". RNK. 2 (7): 628–40. PMC  1369402. PMID  8756406.
  27. ^ Burke DH, Gold L (1997 yil may). "S-adenosil metioninning adenozin qismiga RNK aptamerlari: SELEX mavzusi va takrorlanuvchanligi bo'yicha tuzilmaviy xulosalar". Nuklein kislotalarni tadqiq qilish. 25 (10): 2020–4. doi:10.1093 / nar / 25.10.2020. PMC  146680. PMID  9115371.
  28. ^ Mercey R, Lantier I, Maurel MC, Grosclaude J, Lantier F, Marc D (noyabr 2006). "Prion oqsilining o'ziga xos ketma-ketlik sxemalarini o'z ichiga olgan RNK aptamerlari bilan tezkor, qaytariladigan o'zaro ta'siri". Virusologiya arxivi. 151 (11): 2197–214. doi:10.1007 / s00705-006-0790-3. PMID  16799875. S2CID  32195593.
  29. ^ a b Ulrich H, Trujillo CA, Nery AA, Alves JM, Majumder P, Resende RR, Martins AH (sentyabr 2006). "DNK va RNK aptamerlari: terapevtik qo'llanmalar bo'yicha asosiy tadqiqotlar uchun vositalardan". Kombinatorial kimyo va yuqori samaradorlikni skrining. 9 (8): 619–32. doi:10.2174/138620706778249695. PMID  17017882.
  30. ^ Daniels DA, Chen H, Xick BJ, Swiderek KM, Gold L (2003 yil dekabr). "SELEX o'simta hujayrasi tomonidan aniqlangan tenaskin-C aptameri: eksponentli boyitish orqali ligandlarning tizimli evolyutsiyasi". Amerika Qo'shma Shtatlari Milliy Fanlar Akademiyasi materiallari. 100 (26): 15416–21. Bibcode:2003PNAS..10015416D. doi:10.1073 / pnas.2136683100. PMC  307582. PMID  14676325.
  31. ^ Ferreira CS, Matthews CS, Missailidis S (2006). "MUC1 o'simta markeriga bog'laydigan DNK aptamerlari: MUC1 bilan bog'langan bir zanjirli DNK aptamerlarining dizayni va tavsifi". Shish biologiyasi. 27 (6): 289–301. doi:10.1159/000096085. PMID  17033199. S2CID  41664944.
  32. ^ Peyj JS, Vu KY, Jaffri SR (2011 yil iyul). "Yashil lyuminestsent oqsilni RNK taqlid qiladi". Ilm-fan. 333 (6042): 642–6. Bibcode:2011Sci ... 333..642P. doi:10.1126 / science.1207339. PMC  3314379. PMID  21798953.
  33. ^ a b Vavvas D, D'Amico DJ (sentyabr 2006). "Pegaptanib (Macugen): neovaskulyar yoshga bog'liq makula dejeneratsiyasini davolash va klinik amaliyotdagi hozirgi o'rni". Shimoliy Amerikaning oftalmologiya klinikalari. 19 (3): 353–60. doi:10.1016 / j.ohc.2006.05.008 (nofaol 2020-11-11). PMID  16935210.CS1 maint: DOI 2020 yil noyabr holatiga ko'ra faol emas (havola)
  34. ^ Breaker RR, Joys GF (1994 yil dekabr). "RNKni parchalaydigan DNK fermenti". Kimyo va biologiya. 1 (4): 223–9. doi:10.1016/1074-5521(94)90014-0. PMID  9383394.
  35. ^ Karmi N, Shultz LA, Breaker RR (dekabr 1996). "O'z-o'zidan ajraladigan DNKlarning in vitro tanlovi". Kimyo va biologiya. 3 (12): 1039–46. doi:10.1016 / s1074-5521 (96) 90170-2. PMID  9000012.
  36. ^ Liu J, Braun AK, Men X, Cropek DM, Istok JD, Uotson DB, Lu Y (fevral 2007). "Uran uchun katalitik mayoq sensori, trillionga sezgirligi va million marta selektivligi". Amerika Qo'shma Shtatlari Milliy Fanlar Akademiyasi materiallari. 104 (7): 2056–61. Bibcode:2007PNAS..104.2056L. doi:10.1073 / pnas.0607875104. PMC  1892917. PMID  17284609.
  37. ^ Torabi SF, Vu P, McGhee Idoralar, Chen L, Xvan K, Zheng N, Cheng J, Lu Y (may 2015). "Natriyga xos bo'lgan DNK fermentini in vitro tanlash va uni hujayra ichidagi sezgirlikda qo'llash". Amerika Qo'shma Shtatlari Milliy Fanlar Akademiyasi materiallari. 112 (19): 5903–8. Bibcode:2015PNAS..112.5903T. doi:10.1073 / pnas.1420361112. PMC  4434688. PMID  25918425.
  38. ^ Umrao S, Jeyn V, Chakraborti B, Roy R (2018 yil avgust). "Trombinni aniqlash uchun aptamerni sezish mexanizmi sifatida oqsillarni keltirib chiqaradigan lyuminestsentsiyani kuchaytirish". Sensorlar va aktuatorlar B: kimyoviy. 267: 294–301. doi:10.1016 / j.snb.2018.04.039.
  39. ^ Terazono H, Anzay Y, Soloviev M, Yasuda K (aprel 2010). "Tirik hujayralarni lyuminestsent aptamerlar yordamida yorliqlash: DNK nukleazalari bilan bog'lanishni qaytarish". Nanobioteknologiya jurnali. 8 (1): 8. doi:10.1186/1477-3155-8-8. PMC  2861636. PMID  20388214.
  40. ^ Mondragon E, Maher LJ (sentyabr 2015). "RNK aptamer inhibitörleri, cheklash endonukleazasi". Nuklein kislotalarni tadqiq qilish. 43 (15): 7544–55. doi:10.1093 / nar / gkv702. PMC  4551934. PMID  26184872.

Qo'shimcha o'qish

Tashqi havolalar