Xamirturush metabolizmasi ma'lumotlar bazasi - Yeast Metabolome Database
| Tarkib | |
|---|---|
| Tavsif | Metabolik ma'lumotlar bazasi |
| Ma'lumot turlari qo'lga olindi | Xamirturushli metabolit tuzilmalari, metabolit tavsiflari, metabolit reaktsiyalari, metabolit fermentlari va transportyorlari, xamirturush fermenti va tashuvchisi ketma-ketliklari, kimyoviy xossalari, nomenklaturasi, sinonimlari, kimyoviy taksonomiyasi, metabolit NMR spektrlari, metabolit GC-MS spektrlari, metabolit LC-MS spektrlari. |
| Aloqa | |
| Ilmiy-tadqiqot markazi | Alberta universiteti va Metabolomics Innovation Center |
| Laboratoriya | Doktor Devid Uishart |
| Birlamchi iqtibos | Xamirturush metabolizmasi ma'lumotlar bazasi.[1] |
| Kirish | |
| Veb-sayt | http://www.ymdb.ca |
| URLni yuklab olish | http://www.ymdb.ca/downloads |
| Turli xil | |
| Ma'lumotlarni chiqarish chastota | Har 2-3 yilda davriy tuzatishlar va yangilanishlar bilan |
| Kuratsiya siyosati | Qo'l bilan davolash |
The Xamirturush metabolizmasi ma'lumotlar bazasi (YMDB)[1] kichik molekulalarning keng qamrovli, sifatli, erkin foydalanish mumkin bo'lgan onlayn ma'lumotlar bazasi metabolitlar tomonidan topilgan yoki tomonidan ishlab chiqarilgan Saccharomyces cerevisiae (Beykerning xamirturushlari ). YMDB xamirturushni engillashtirish uchun mo'ljallangan metabolomika tadqiqotlar, xususan umumiy sohalarda fermentatsiya shuningdek, sharob, pivo va fermentlangan ovqatni tahlil qilish. YMDB yordamida xamirturush metabolitlarini aniqlash va tavsiflashni qo'llab-quvvatlaydi NMR spektroskopiyasi, GC-MS spektrometriya va Suyuq xromatografiya - mass-spektrometriya (LC-MS spektrometriyasi). YMDB ikki xil ma'lumotlarni o'z ichiga oladi: 1) kimyoviy ma'lumotlar va 2) molekulyar biologiya /biokimyo ma'lumotlar. Kimyoviy ma'lumotlar tarkibiga 2027 metabolit tuzilmalari, shuningdek 4000 ga yaqin batafsil metabolit tavsiflari kiritilgan NMR, GC-MS va LC / MS spektrlar.
Biyokimyasal ma'lumotlar 1104 ni o'z ichiga oladi oqsil (va DNK ) ketma-ketliklar va 900 dan ortiq biokimyoviy reaktsiyalar (1-rasm), bu metabolit yozuvlari bilan bog'liq.[1] YMDBdagi har bir metabolit yozuvida 80 dan ortiq ma'lumotlar maydonlari mavjud bo'lib, ularning 2/3 qismi kimyoviy ma'lumotlarga, qolgan 1/3 qismi esa fermentativ yoki biokimyoviy ma'lumotlarga bag'ishlangan. Ko'pgina ma'lumotlar maydonlari boshqa ma'lumotlar bazalariga havolali havola (KEGG, PubChem, MetaCyc, ChEBI, Protein ma'lumotlar banki, UniProt va GenBank ) va turli xil tuzilish va yo'llarni ko'rish dasturlari. YMDB ma'lumotlar bazasi keng matn, ketma-ketlik, spektral, kimyoviy tuzilish va relyatsion so'rovlarni qidirishni qo'llab-quvvatlaydi.
Qo'llanish doirasi va kirish
YMDBdagi barcha ma'lumotlar mulkiy bo'lmagan yoki mulkiy bo'lmagan manbadan olingan. Unga hamma erkin kirish imkoniyatiga ega va hamma uchun ochiqdir. Bundan tashqari, deyarli har qanday ma'lumotlar to'liq kuzatilishi mumkin va aniq asl manbaga havola qilinadi. YMDB ma'lumotlari umumiy veb-interfeys va yuklab olishlar orqali mavjud.
Foydalanuvchilar ma'lumotlar bazasiga xos turli xil vositalardan foydalangan holda YMDB orqali qidirishlari mumkin. Oddiy matn so'rovi ma'lumotlar bazasining matn komponentasining umumiy matn so'rovlarini qo'llab-quvvatlaydi. "Izlash" maydonida metabolitlar yoki oqsillarni tanlab, qidiruvni va qaytarilgan natijalarni faqat metabolitlar yoki oqsillar bilan bog'liq ma'lumotlarni cheklash mumkin. YMDB-ning ko'rib chiqish vositasi YMDB tarkibining jadval konspektini yaratadi (2-rasm). Ushbu brauzer ko'rinishi foydalanuvchilarga tasodifiy ma'lumotlar bazasi bo'ylab o'tish yoki uning tarkibini qayta saralashga imkon beradi. Berilgan MetaboCard tugmachasini bosish bilan tegishli metabolit uchun to'liq ma'lumotlar olinadi (3-rasm). Qidiruv havolasi ostida foydalanuvchilar ochiladigan menyuda bir qator qidirish parametrlarini topadilar. Chem Query opsiyasi foydalanuvchilarga rasm chizish (MarvinSketch applet yoki ChemSketch applet yordamida) yoki (Jilmayganlar string) kimyoviy birikma va YMDB-ni so'rov tarkibiga o'xshash yoki bir xil bo'lgan kimyoviy moddalarni qidirish. Kengaytirilgan qidirish opsiyasi YMDB-ning matn qismini yanada murakkab matnli qidirishni qo'llab-quvvatlaydi. Tartibni qidirish tugmasi foydalanuvchilarga o'tkazishga imkon beradi Portlash (oqsil ) YMDB tarkibidagi barcha ketma-ketliklarni ketma-ket izlash. Ham bitta, ham ko'p ketma-ketlik (ya'ni to'liq) proteom ) Portlash so'rovlar qo'llab-quvvatlanadi. YMDB shuningdek ma'lum bir ma'lumot maydonlarini yoki ma'lumotlar maydonlarining kombinatsiyalarini qidirish va / yoki ajratib olish imkoniyatini beruvchi Data Extractor opsiyasini qo'llab-quvvatlaydi. YMDB-ning mos yozuvlar birikmasini spektral izlash NMR va MS spektral ma'lumotlari uning MS orqali qo'llab-quvvatlanadi, MS / MS, GC-MS va NMR Spectra Search havolalari. Foydalanuvchilar YMDB-ning to'liq matnli ma'lumotlarini yuklab olishlari mumkin, kimyoviy tuzilmalar va Yuklash tugmachasini bosish orqali ma'lumotlar ketma-ketligi.
Shuningdek qarang
- Xamirturush
- Beykerning xamirturushlari
- Sharob tayyorlashda xamirturush
- Metabolizm
- Metabolik moddalar
- Biologik ma'lumotlar bazalari ro'yxati
Adabiyotlar
- ^ a b v Yahudiy, Timo'tiy; Noks, Kreyg; Neveu, Vanessa; Djoumbou, Yannik; Guo, An Chi; Li, Jaklin; Lyu, Filipp; Mandal, Rupasri; Krishnamurti, qo'chqor; Sinelnikov, Igor; Uilson, Maykl; Vishart, Devid S. (yanvar 2012). "Xamirturush metabolizmasi ma'lumotlar bazasi". Nuklein kislotalarni tadqiq qilish. 40 (Ma'lumotlar bazasi muammosi): D815–20. doi:10.1093 / nar / gkr916. PMC 3245085. PMID 22064855.